Mezinárodní spolupráce s databází nukleotidových sekvencí - International Nucleotide Sequence Database Collaboration

The Mezinárodní spolupráce s databází nukleotidových sekvencí (INSDC) spočívá ve společném úsilí sbírat a šířit databáze obsahující DNA a RNA sekvence.[1] Zahrnuje následující počítačově databáze: DNA Data Bank of Japan (Japonsko ), GenBank (USA ) a Evropský archiv nukleotidů (Spojené království ). Nové a aktualizované údaje o nukleotid sekvence přispívající výzkumnými týmy do každé ze tří databází jsou denně synchronizovány prostřednictvím nepřetržité interakce mezi zaměstnanci každé spolupracující organizace.

The DDBJ /EMBL /GenBank synchronizace je udržována podle řady pokynů, které jsou vytvářeny a publikovány Mezinárodním poradním výborem.[2] Pokyny se skládají ze společné definice tabulek funkcí [3] pro databáze, které regulují obsah a syntax záznamů v databázi,[4] ve formě společné DTD (Definice typu dokumentu).

Syntaxe se nazývá INSDSeq a její jádro se skládá z posloupnosti písmen genová exprese (aminokyselina sekvence) a posloupnost písmen pro nukleotid báze v genovém nebo dekódovaném segmentu. V operaci DBFetch ukazuje typickou položku INSD v databázi EBI;[5] stejný záznam na NCBI.[6]

Viz také

externí odkazy

Reference

  1. ^ Karsch-Mizrachi, I .; Nakamura, Y .; Cochrane, G .; International Nucleotide Sequence Database Collaboration (2011). „Mezinárodní spolupráce s databází nukleotidových sekvencí“. Výzkum nukleových kyselin. 40 (Problém s databází): D33 – D37. doi:10.1093 / nar / gkr1006. PMC  3244996. PMID  22080546.
  2. ^ „INSDC :: Advisors“. Archivovány od originál dne 09.12.2007. Citováno 2019-06-29.
  3. ^ „Definice tabulky funkcí DDBJ / ENA / GenBank“. Ebi.ac.uk. Archivovány od originál dne 2005-03-24. Citováno 2019-06-29.
  4. ^ „European Nucleotide Archive . www.ebi.ac.uk.
  5. ^ „Archivovaná kopie“. Archivovány od originál dne 12. února 2005. Citováno 2005-03-02.CS1 maint: archivovaná kopie jako titul (odkaz)
  6. ^ USA (06.05.2019). „Trifolium repens mRNA pro nekyanogenní beta-glukosidázu - nukleotid - NCBI“. Ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2019-06-29.

externí odkazy