Seznam sekvenovaných eukaryotických genomů - List of sequenced eukaryotic genomes

Tento seznam "sekvenovaných" eukaryotických genomů obsahuje všechny eukaryoty je známo, že je veřejně dostupný jaderný a organela sekvence genomu které byly sekvenovány, sestaveny, anotovány a publikovány; nejsou zahrnuty koncept genomy, ani sekvence pouze pro organely.
DNA byla poprvé sekvenována v roce 1977. Prvním volně žijícím organismem, jehož genom byl kompletně sekvenován, byla bakterie Haemophilus influenzae, v roce 1995. V roce 1996 Saccharomyces cerevisiae (pekařské kvasnice) byla první uvolněná sekvence genomu eukaryot a v roce 1998 první sekvence genomu pro mnohobuněčný eukaryot, Caenorhabditis elegans, byl vydán.
Protisti
Následuje šest prvních sekvenovaných genomů protistů. Úplnější seznam najdete v části Seznam sekvenovaných protistických genomů.
Organismus | Typ | Relevantnost | Velikost genomu | Počet předpokládaných genů | Organizace | Rok dokončení |
---|---|---|---|---|---|---|
Guillardia theta | Kryptomonad | Modelový organismus | 0.551 Mb (nukleomorf pouze genom) | 465,[1] 513 598 (UniProt) | Kanadský institut pokročilého výzkumu, Philipps-University Marburg a University of British Columbia | 2001[1] |
Plasmodium falciparum Klon: 3D7 | Apicomplexan | Lidský patogen (malárie ) | 22,9 Mb | 5,268[2] | Konsorcium projektu genomu malárie | 2002[2] |
Plasmodium yoelii yoelii Kmen: 17XNL | Apicomplexan | Patogen hlodavců (malárie) | 23,1 Mb | 5,878[3] | TIGR a NMRC | 2002[3] |
Cryptosporidium hominis Kmen: TU502 | Apicomplexan | Lidský patogen | 10,4 Mb | 3,994[4] | Virginia Commonwealth University | 2004[4] |
Cryptosporidium parvum Izolát C- nebo genotyp 2 | Apicomplexan | Lidský patogen | 16,5 Mb | 3,807[5] | UCSF a University of Minnesota | 2004[5] |
Thalassiosira pseudonana Kmen: CCMP 1335 | Diatom | Modelový organismus | 34,5 Mb | 11,242[6] | Společný institut pro genom a University of Washington | 2004[6] |
Rostliny
Následuje pět prvních sekvenovaných genomů rostlin. Úplnější seznam najdete v části Seznam sekvenovaných rostlinných genomů.
Organismus | Typ | Relevantnost | Velikost genomu | Počet chromozomů | Počet předpokládaných genů | Organizace | Rok dokončení |
---|---|---|---|---|---|---|---|
Arabidopsis thaliana Ekotyp: Columbia | Divoký hořčice Thale Cress | Modelka rostlina | 135 Mb[7] | 5 | 25,498,[8] 27,400,[9] 31 670 (UniProt) | Arabidopsis Genome Initiative[10] | 2000[8] |
Cyanidioschyzon merolae Kmen: 10D | Červené řasy | Jednoduchý eukaryot | 16,5 Mb | 20 | 5,331[11] | University of Tokyo, Rikkyo University, Saitama University a Kumamoto University | 2004[11] |
Oryza sativa ssp indica | Rýže | Plodina a modelový organismus | 420 Mb | 12 | 32-50,000[12] | Pekingský institut pro genomiku, Zhejiang University a Čínská akademie věd | 2002[12] |
Ostreococcus tauri | Zelené řasy | Jednoduchý eukaryot, malý genom | 12,6 Mb | 7 969 (UniProt) | Laboratoire Arago | 2006[13] | |
Populus trichocarpa | Topol balzámový nebo topol černý | Sekvestrace uhlíku, modelový strom, komerční využití (dřevo) a srovnání s A. thaliana | 550 Mb | 19 | 45,555[14] | Mezinárodní konsorcium topolových genomů | 2006[14] |
Houby
Následuje pět prvních sekvenovaných genomů hub. Úplnější seznam najdete v části Seznam sekvenovaných genomů hub.
Organismus | Typ | Relevantnost | Velikost genomu | Počet předpokládaných genů | Organizace | Rok dokončení |
---|---|---|---|---|---|---|
Saccharomyces cerevisiae Kmen: S288C | Saccharomycetes | Pekařské droždí; Model eukaryote | 12,1 Mb | 6,294[15] | Mezinárodní spolupráce pro sekvenování genomu kvasinek[16] | 1996[15] |
Encephalitozoon cuniculi | Microsporidium | Lidský patogen | 2,9 Mb | 1,997[17] | Genoskop a Université Blaise Pascal | 2001[17] |
Schizosaccharomyces pombe Kmen: 972 h | Schizosaccharomycetes | Model eukaryote | 14 Mb | 4,824[18] | Sanger Institute a Cold Spring Harbor Laboratory | 2002[18] |
Neurospora crassa | Sordariomycetes | Model eukaryote | 40 Mb | 10,082[19] | Široký institut, Oregonská univerzita pro zdraví a vědu, University of Kentucky a University of Kansas | 2003[19] |
Phanerochaete chrysosporium Kmen: RP78 Představte si! | Agaricomycetes | Hniloba dřeva, použití v mykoremediace | 30 Mb | 11,777[20] | Společný genomový institut | 2004[20] |
Zvířata
Následuje pět prvních sekvenovaných genomů zvířat. Úplnější seznam najdete v části Seznam sekvenovaných zvířecích genomů.
Organismus | Typ | Relevantnost | Velikost genomu | Počet předpokládaných genů | Organizace | Rok dokončení |
---|---|---|---|---|---|---|
Caenorhabditis elegans Kmen: Bristol N2 | Hlístice | Modelové zvíře | 100 Mb | 19,000[21] | Washington University a Sanger Institute | 1998[21] |
Drosophila melanogaster | Ovocný let | Modelové zvíře | 165 Mb | 13,600[22] | Celera, UC Berkeley, Baylor College of Medicine, evropské DGP | 2000[22] |
Anopheles gambiae Kmen: PEST | Komár | Vektor z malárie | 278 Mb | 13,683[23] | Celera Genomics a Genoskop | 2002[23] |
Takifugu rubripes | Puffer ryby | Obratlovci s malým genomem | 390 Mb | 22–29,000[24] | Mezinárodní konsorcium genomu Fugu[25] | 2002[26] |
Homo sapiens | Člověk | 3,2 GB[27] | 18 826 (konsorcium CCDS) | Konsorcium projektu lidského genomu a Celera Genomics | Návrh 2001[28][29] Kompletní 2006[30] |
Viz také
- Projekt genomu, Lidský genom
- Genomická organizace
- Dějiny genetiky
- Seznam sekvenovaných zvířecích genomů
- Seznam sekvenovaných archaeal genomů
- Seznam sekvenovaných bakteriálních genomů
- Seznam sekvenovaných genomů hub
- Seznam sekvenovaných rostlinných genomů
- Seznam sekvenovaných plastomů
- Seznam sekvenovaných protistických genomů
Reference
- ^ A b Douglas S, Zauner S, Fraunholz M a kol. (Duben 2001). „Vysoce redukovaný genom zotročeného jádra řas“. Příroda. 410 (6832): 1091–6. Bibcode:2001 Natur.410.1091D. doi:10.1038/35074092. PMID 11323671.
- ^ A b Gardner MJ, Hall N, Fung E a kol. (Říjen 2002). „Sekvence genomu parazita lidské malárie Plasmodium falciparum". Příroda. 419 (6906): 498–511. Bibcode:2002 Natur.419..498G. doi:10.1038 / nature01097. PMC 3836256. PMID 12368864.
- ^ A b Carlton JM, Angiuoli SV, Suh BB a kol. (Říjen 2002). „Sekvence genomu a srovnávací analýza modelového parazita hlodavce s malárií Plasmodium yoelii yoelii". Příroda. 419 (6906): 512–9. Bibcode:2002 Natur.419..512C. doi:10.1038 / nature01099. PMID 12368865.
- ^ A b Xu P, Widmer G, Wang Y a kol. (Říjen 2004). "Genom Cryptosporidium hominis". Příroda. 431 (7012): 1107–12. Bibcode:2004 Natur.431.1107X. doi:10.1038 / nature02977. PMID 15510150.
- ^ A b Abrahamsen MS, Templeton TJ, Enomoto S a kol. (Duben 2004). „Kompletní genomová sekvence apicomplexanu, Cryptosporidium parvum". Věda. 304 (5669): 441–5. Bibcode:2004Sci ... 304..441A. doi:10.1126 / science.1094786. PMID 15044751. S2CID 26434820.
- ^ A b Armbrust EV, Berges JA, Bowler C a kol. (Říjen 2004). „Genom rozsivky Thalassiosira pseudonana: ekologie, evoluce a metabolismus“. Věda. 306 (5693): 79–86. Bibcode:2004Sci ... 306 ... 79A. CiteSeerX 10.1.1.690.4884. doi:10.1126 / science.1101156. PMID 15459382. S2CID 8593895.
- ^ https://www.arabidopsis.org/portals/genAnnotation/gene_structural_annotation/agicomplete.jsp
- ^ A b Arabidopsis Genome Initiative (prosinec 2000). "Analýza sekvence genomu kvetoucí rostliny Arabidopsis thaliana". Příroda. 408 (6814): 796–815. Bibcode:2000Natur.408..796T. doi:10.1038/35048692. PMID 11130711.
- ^ Vstup do souboru
- ^ Arabidopsis Genome Initiative Archivováno 2006-02-07 na Wayback Machine
- ^ A b Matsuzaki M, Misumi O, Shin-IT, et al. (Duben 2004). „Sekvence genomu ultramalé jednobuněčné červené řasy Cyanidioschyzon merolae 10D ". Příroda. 428 (6983): 653–7. Bibcode:2004 Natur.428..653M. doi:10.1038 / nature02398. PMID 15071595.
- ^ A b Goff SA, Ricke D, Lan TH a kol. (Duben 2002). „Návrh sekvence genomu rýže (Oryza sativa L. ssp. japonica)". Věda. 296 (5565): 92–100. Bibcode:2002Sci ... 296 ... 92G. doi:10.1126 / science.1068275. PMID 11935018. S2CID 2960202.
- ^ Derelle E, Ferraz C, Rombauts S a kol. (Srpen 2006). „Analýza genomu nejmenšího volně žijícího eukaryota Ostreococcus tauri odhaluje mnoho jedinečných vlastností“. PNAS. 103 (31): 11647–52. Bibcode:2006PNAS..10311647D. doi:10.1073 / pnas.0604795103. PMC 1544224. PMID 16868079.
- ^ A b Tuskan GA, Difazio S, Jansson S a kol. (Září 2006). „Genom černého topolu, Populus trichocarpa (Torr. & Gray) ". Věda. 313 (5793): 1596–604. Bibcode:2006Sci ... 313.1596T. doi:10.1126 / science.1128691. PMID 16973872. S2CID 7717980.
- ^ A b Goffeau A, Barrell BG, Bussey H a kol. (Říjen 1996). "Život s 6000 geny". Věda. 274 (5287): 546, 563–7. Bibcode:1996Sci ... 274..546G. doi:10.1126 / science.274.5287.546. PMID 8849441. S2CID 16763139.
- ^ Mezinárodní spolupráce pro sekvenování genomu kvasinek Archivováno 2007-09-27 na Wayback Machine
- ^ A b Katinka MD, Duprat S, Cornillot E a kol. (Listopad 2001). „Sekvence genomu a zhutnění genu parazita eukaryota Encephalitozoon cuniculi". Příroda. 414 (6862): 450–3. Bibcode:2001 Natur.414..450K. doi:10.1038/35106579. PMID 11719806.
- ^ A b Wood V, Gwilliam R, Rajandream MA a kol. (Únor 2002). "Sekvence genomu Schizosaccharomyces pombe". Příroda. 415 (6874): 871–80. doi:10.1038 / příroda724. PMID 11859360.
- ^ A b Galagan JE, Calvo SE, Borkovich KA a kol. (Duben 2003). „Sekvence genomu vláknité houby Neurospora crassa". Příroda. 422 (6934): 859–68. Bibcode:2003 Natur.422..859G. doi:10.1038 / nature01554. PMID 12712197.
- ^ A b Martinez, Diego; Larrondo, Luis F; Putnam, Nik; Gelpke, Maarten D Sollewijn; Huang, Katherine; Chapman, Jarrod; Helfenbein, Kevin G; Ramaiya, Preethi; et al. (2004). "Genomová sekvence houby degradující lignocelulózu Phanerochaete chrysosporium kmen RP78". Přírodní biotechnologie. 22 (6): 695–700. doi:10.1038 / nbt967. PMID 15122302.
- ^ A b Konsorcium pro sekvenování C. elegans (prosinec 1998). „Genomová sekvence hlístice C. elegans: platforma pro zkoumání biologie ". Věda. 282 (5396): 2012–8. Bibcode:1998Sci ... 282.2012.. doi:10.1126 / science.282.5396.2012. PMID 9851916.
- ^ A b Adams MD, Celniker SE, Holt RA a kol. (Březen 2000). "Sekvence genomu Drosophila melanogaster". Věda. 287 (5461): 2185–95. Bibcode:2000Sci ... 287.2185.. CiteSeerX 10.1.1.549.8639. doi:10.1126 / science.287.5461.2185. PMID 10731132.
- ^ A b Holt RA, Subramanian GM, Halpern A, et al. (Říjen 2002). „Sekvence genomu malárského komára Anopheles gambiae". Věda. 298 (5591): 129–49. Bibcode:2002Sci ... 298..129H. CiteSeerX 10.1.1.149.9058. doi:10.1126 / science.1076181. PMID 12364791. S2CID 4512225.H
- ^ Mezinárodní konsorcium genomu Fugu. Shromáždění genomu dále Archivováno 2012-02-05 na Wayback Machine
- ^ Mezinárodní konsorcium genomu Fugu Archivováno 2012-02-05 na Wayback Machine
- ^ Aparicio S, Chapman J, Stupka E a kol. (Srpen 2002). „Sestavení brokovnice celého genomu a analýza genomu Fugu rubripes". Věda. 297 (5585): 1301–10. Bibcode:2002Sci ... 297.1301A. doi:10.1126 / science.1072104. PMID 12142439. S2CID 10310355.
- ^ Konsorcium pro sekvenování lidského genomu, mezinárodní (říjen 2004). „Dokončení euchromatické sekvence lidského genomu“. Příroda. 431 (7011): 931–45. Bibcode:2004 Natur.431..931H. doi:10.1038 / nature03001. PMID 15496913.
- ^ McPherson JD, Marra M, Hillier L a kol. (Únor 2001). „Fyzická mapa lidského genomu“. Příroda. 409 (6822): 934–41. Bibcode:2001 Natur.409..934M. doi:10.1038/35057157. PMID 11237014.
- ^ Venter JC, Adams MD, Myers EW a kol. (Únor 2001). „Sekvence lidského genomu“. Věda. 291 (5507): 1304–51. Bibcode:2001Sci ... 291.1304V. doi:10.1126 / science.1058040. PMID 11181995.
- ^ Gregory SG, Barlow KF, McLay KE a kol. (Květen 2006). „Sekvence DNA a biologická anotace lidského chromozomu 1“. Příroda. 441 (7091): 315–21. Bibcode:2006 Natur.441..315G. doi:10.1038 / nature04727. PMID 16710414.
externí odkazy
- Diark - zdroj pro výzkum eukaryotického genomu
- EMBL-EBL eukaryotické genomy
- UCSC Genome Browser
- Konsorcium pro mezinárodní sekvenování - rozsáhlá databáze sekvenčních projektů
- Ensembl The Ensembl Prohlížeč genomu (zahrnuje genomy konceptu a nízkého pokrytí)
- GOLD: Genomes OnLine Database v 3.0
- SUPERFAMILY srovnávací databáze genomiky Zahrnuje genomy všech kompletně seřazených eukaryot a sofistikované datamining plus vizualizační nástroje pro analýzu
- Databáze krysích genomů