Silicibacter pomeroyi - Silicibacter pomeroyi - Wikipedia

Silicibacter pomeroyi
Vědecká klasifikace
Království:
Bakterie
Kmen:
Proteobakterie
Třída:
Alphaproteobacteria
Objednat:
Rhodobacterales
Rodina:
Rhodobacteraceae
Rod:
Silicibacter
Druh:
Silicibacter pomeroyi

González a kol. 2003

Silicibacter pomeroyi je druh Gramnegativní, tyčový, aerobní dimethylsulfoniopropionát -demetylační bakterie. Jeho typový kmen je DSS-3T (= ATCC 700808T = DSM 15171T).[1] Muramatsu a kol. 2007 považován za sjednocující Silicibacter s Ruegeria Avšak druhy nalezené v dřívějším rodu jsou považovány za fenotypicky dost odlišné na to, aby zaručovaly jejich současné taxonomické postavení.[2] Jeho genom byl sekvenován.[3]

Objev

Silicibacter pomeroyi byl objeven u pobřeží východních Spojených států v laboratoři Mary Ann Moran, Ph.D.[4] na Gruzínské univerzitě.

S. pomeroyi byl pojmenován po Lawrencovi „Larry“ Pomeroyovi, mořském mikrobiálním ekologovi, který to v roce 1974 zejména ustanovil mořské bakterie hrát zásadní a stěžejní roli v oceán potravin web dynamika.[5] Pomeroy byl také výzkumným pracovníkem na univerzitě v Gruzii.

Genom

Genom Silicibacter pomeroyi kmen typu (DSS-3) byl dokončen v roce 2004. Genom je dlouhý 4 109 442 párů bází s megaplasmidem dlouhým 491 611 párů bází.[6]

Ekologie

Silicibacter pomeroyi je pobřežní oceánská bakterie v řadě bakterií běžně považovaných za ekologické „generály“.[6] Relativně velký genom S. pomeroyi, ve srovnání s jinými mořskými bakteriálními druhy tento koncept podporuje. V souladu s tím S.pomeroyi má velmi univerzální schopnost využívat a izolovat uhlík a energii.[7]

S. pomeroyi má také schopnost degradovat dimethylsulfoniopropionát (DMSP), osmolyt řas obsahující síru a pomocí síry syntetizovat aminokyseliny obsahující síru. Ačkoli mnoho mořských bakterií je schopných degradovat DMSP, geny a proteiny, které se k tomu používaly, byly vědcům po mnoho let nepolapitelné. Bylo to uvnitř S. pomeroyi že Howard a kolegové objevili první gen, který degraduje DMSP.[8] Tento gen (dmdA)[8] kóduje protein (DmdA), který odstraňuje methylovou skupinu (-CH3) z DMSP. Od té doby byl protein DmdA dále charakterizován S. pomeroyi,[9] stejně jako transkripční odpověď dmdA gen na přítomnost DMSP[10] a sekvenční rozmanitost dmdA gen.[11] Tento demetylační proces je prvním krokem ve velmi vyhledávané demethylační cestě degradace DMSP v mořských bakteriích. Po objevu dmdA gen, byla použita genová sekvence, aby se zjistilo, že více než polovina mořských bakterií, včetně bakterií na otevřeném oceánu i pobřežních bakterií, je schopna demethylovat DMSP.[12]

Po objevu demetylační dráhy degradace DMSP v roce 2006 S. pomeroyi, byla objevena alternativní cesta degradace DMSP, při které se DMSP štěpí na polovinu místo demetylovaného, ​​což je způsob, který je také schopný S. pomeroyi.[13]

Reference

  1. ^ Gonzalez, J. M. (2003). „Silicibacter pomeroyi sp. Nov. A Roseovarius nubinhibens sp. Nov., Dimethylsulfoniopropionát-demetylační bakterie z mořského prostředí“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 53 (5): 1261–1269. doi:10.1099 / ijs.0.02491-0. ISSN  1466-5026. PMID  13130004.
  2. ^ MURAMATSU (Y.), UCHINO (Y.), KASAI (H.), SUZUKI (K.) a NAKAGAWA (Y.): Ruegeria mobilissp. listopadu, člen Alphaproteobacteria izolovaných v Japonsku a Palau. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2007,57, 1304-1309.
  3. ^ Moran, Mary Ann; Buchan, Alison; González, José M .; Heidelberg, John F .; Whitman, William B .; Kiene, Ronald P .; Henriksen, James R .; King, Gary M .; Belas, Robert; Fuqua, hlína; Brinkac, Lauren; Lewis, Matt; Johri, Shivani; Weaver, Bruce; Pai, Grace; Eisen, Jonathan A .; Rahe, Elisha; Sheldon, Wade M .; Ye, Wenying; Miller, Todd R .; Carlton, Jane; Rasko, David A .; Paulsen, Ian T .; Ren, Qinghu; Daugherty, Sean C .; Deboy, Robert T .; Dodson, Robert J .; Durkin, A. Scott; Madupu, Ramana; Nelson, William C .; Sullivan, Steven A .; Rosovitz, M. J .; Haft, Daniel H .; Selengut, Jeremy; Ward, Naomi (2004). "Sekvence genomu Silicibacter pomeroyi odhaluje adaptace na mořské prostředí". Příroda. 432 (7019): 910–913. Bibcode:2004 Natur.432..910M. doi:10.1038 / nature03170. ISSN  0028-0836. PMID  15602564.
  4. ^ „Moran Lab“. moranresearch.uga.edu. Citováno 2016-07-29.
  5. ^ Pomeroy, Lawrence R. (01.09.1974). „The Ocean's Food Web, a Making Paradigm“. BioScience. 24 (9): 499–504. doi:10.2307/1296885. ISSN  0006-3568. JSTOR  1296885.
  6. ^ A b Moran, Mary Ann; Buchan, Alison; González, José M .; Heidelberg, John F .; Whitman, William B .; Kiene, Ronald P .; Henriksen, James R .; King, Gary M .; Belas, Robert (16. 12. 2004). „Sekvence genomu Silicibacter pomeroyi odhaluje adaptace na mořské prostředí“. Příroda. 432 (7019): 910–913. Bibcode:2004 Natur.432..910M. doi:10.1038 / nature03170. ISSN  0028-0836. PMID  15602564.
  7. ^ Newton, Ryan J .; Griffin, Laura E .; Bowles, Kathy M .; Meile, Christof; Gifford, Scott; Givens, Carrie E .; Howard, Erinn C .; King, Eric; Oakley, Clinton A. (06.06.2010). „Genomové charakteristiky všeobecné mořské bakteriální linie“. Časopis ISME. 4 (6): 784–798. doi:10.1038 / ismej.2009.150. ISSN  1751-7362. PMID  20072162.
  8. ^ A b Howard, Erinn C .; Henriksen, James R .; Buchan, Alison; Reisch, Chris R .; Bürgmann, Helmut; Welsh, Rory; Ye, Wenying; González, José M .; Mace, Kimberly (2006-10-27). "Bakteriální taxony, které omezují tok síry z oceánu". Věda. 314 (5799): 649–652. Bibcode:2006Sci ... 314..649H. doi:10.1126 / science.1130657. ISSN  0036-8075. PMID  17068264.
  9. ^ Reisch, Chris R .; Moran, Mary Ann; Whitman, William B. (01.12.2008). „Demethyláza závislá na dimethylsulfoniopropionátu (DmdA) z Pelagibacter ubique a Silicibacter pomeroyi“. Journal of Bacteriology. 190 (24): 8018–8024. doi:10.1128 / JB.00770-08. ISSN  1098-5530. PMC  2593244. PMID  18849431.
  10. ^ Bürgmann, Helmut; Howard, Erinn C .; Ye, Wenying; Sun, Feng; Sun, Shulei; Napierala, Sarah; Moran, Mary Ann (01.11.2007). "Transkripční odpověď Silicibacter pomeroyi DSS-3 na dimethylsulfoniopropionát (DMSP)". Mikrobiologie prostředí. 9 (11): 2742–2755. doi:10.1111 / j.1462-2920.2007.01386.x. ISSN  1462-2920. PMID  17922758.
  11. ^ Varaljay, Vanessa A .; Howard, Erinn C .; Sun, Shulei; Moran, Mary Ann (2010-01-15). „Hluboké sekvenování genu degradujícího dimethylsulfoniopropionát (dmdA) pomocí párů primerů PCR navržených na základě mořských metagenomických dat“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 76 (2): 609–617. doi:10.1128 / AEM.01258-09. ISSN  0099-2240. PMC  2805212. PMID  19948858.
  12. ^ Howard, Erinn C .; Sun, Shulei; Biers, Erin J .; Moran, Mary Ann (01.09.2008). „Bohaté a různorodé bakterie podílející se na degradaci DMSP v mořských povrchových vodách“. Mikrobiologie prostředí. 10 (9): 2397–2410. doi:10.1111 / j.1462-2920.2008.01665.x. ISSN  1462-2920. PMID  18510552.
  13. ^ Todd, Jonathan D .; Rogers, Rachel; Li, ty Guo; Wexler, Margaret; Bond, Philip L .; Sun, Lei; Curson, Andrew R. J .; Malin, Gill; Steinke, Michael (02.02.2007). "Strukturální a regulační geny potřebné k výrobě dimethylsulfidu plynu v bakteriích". Věda. 315 (5812): 666–669. Bibcode:2007Sci ... 315..666T. doi:10.1126 / science.1135370. ISSN  0036-8075. PMID  17272727.

Další čtení

externí odkazy