Ribozomální protein SA - Ribosomal protein SA
40S ribozomální protein SA je ribozomální protein že u lidí je kódován RPSA gen.[5][6] Působí také jako buněčný povrchový receptor, zejména pro laminin, a podílí se na několika patogenních procesech.
Funkce
Lamininy, rodina extracelulární matrix glykoproteiny, jsou hlavní noncollagenous složka bazální membrány. Byly zapojeny do široké škály biologických procesů včetně buněčná adheze, diferenciace, migrace, signalizace, neurit růst a metastáza. Mnoho účinků lamininu je zprostředkováno prostřednictvím interakce s buněčné povrchové receptory. Tyto receptory zahrnují členy integrin rodina, stejně jako neintegrinové proteiny vázající laminin. Gen RPSA kóduje multifunkční protein, který je jak ribozomálním proteinem, tak vysokoafinitním neintegrinovým lamininovým receptorem. Tento protein byl různě nazýván Ribozomální protein SA; RPSA; LamR; LamR1; Prekurzor receptoru pro laminin 37 kDa; 37LRP; 67 kDa lamininový receptor; 67LR; Lamininový receptor 37/67 kDa; LRP / LR; LBP / p40; a protein p40 asociovaný s ribozomy. Ribozomální protein SA a RPSA jsou schválený název a symbol. The aminokyselina sekvence RPSA je vysoce konzervovaný vývoj, což naznačuje klíč biologická funkce. Bylo pozorováno, že úroveň RPSA přepis je vyšší v dvojtečka karcinom tkáň a buněčné linie rakoviny plic než jejich normální protějšky. Existuje také korelace mezi upregulace z toho polypeptid v rakovinných buňkách a jejich invazivních a metastatických fenotyp. Existuje více kopií genu RPSA; většina z nich však je pseudogeny myslel, že vznikl z retropoziční Události. Dva alternativně sestříhané byly pro tento gen nalezeny varianty transkriptu kódující stejný protein.[7]
Struktura a stabilita
Komplementární DNA (cDNA) genu RPSA je tvořena sestavením sedmi exonů, z nichž šest odpovídá kódující sekvenci.[6] Aminokyselinová sekvence RPSA, odvozená ze sekvence její cDNA, obsahuje 295 zbytků. RPSA lze rozdělit do dvou hlavních domén: N-doména (zbytky 1-209), která odpovídá exonům 2-5 genu, a C-doména (zbytky 210-295), která odpovídá exonům 6 -7. N-doména RPSA je homologní s ribozomálním proteinem S2 (RPS2) prokaryot. Obsahuje palindromickou sekvenci 173LMWWML178, která je zachována ve všech metazoanech. Jeho C-doména je u obratlovců vysoce konzervovaná. Aminokyselinová sekvence RPSA je u 98% identická u všech savců. RPSA je ribozomální protein, který během evoluce získal funkci lamininového receptoru.[8][9] Struktura N-domény RPSA je podobná struktuře prokaryotického RPS2.[10] C-doména je v roztoku vnitřně narušená. N-doména je v roztoku monomerní a odvíjí se podle rovnováhy ve třech stavech. Skládací meziprodukt převládá při 37 ° C.[11]
Interakce
Několik interakcí RPSA, které byly původně objeveny metodami buněčné biologie, bylo následně potvrzeno použitím rekombinantních derivátů a in vitro experimentů. Posledně uvedené ukázaly, že složená N-doména a neuspořádaná C-doména RPSA mají společné i specifické funkce.[12]
- RPSA se váže na proteiny, které se podílejí na překladu genetického kódu. (i) Kvasinkové dvouhybridní testy ukázaly, že RPSA se váže na ribozomální protein S21 40S malé ribozomální podjednotky.[13][14] (ii) Sériové delece RPSA ukázaly, že segment zbytků 236-262, zahrnutý v C-doméně, je zapojen do interakce mezi RPSA a 40S podjednotkou ribozomu.[15] (iii) Studie založené na nukleární magnetické rezonanční spektroskopii (NMR) ukázaly, že antikodonová vazebná doména Lysyl-tRNA syntetázy se váže přímo na C-doménu RPSA.[16]
- RPSA byl původně identifikován jako protein vázající laminin.[17][18] Jak rekombinantní N-doména, tak C-doména RPSA váží laminin in vitro a vážou se s podobnými disociačními konstantami (300 nM).[10][12]
- Jak RPSA, tak laminin patří do interhektomu heparin / heparan sulfát.[19] Heparin se váže in vitro na N-doménu RPSA, ale ne na její C-doménu. Kromě toho C-doména RPSA a heparinu soutěží o vazbu na laminin, což ukazuje, že vysoce kyselá C-doména RPSA napodobuje heparin (a potenciálně heparan sulfáty) o vazbu na laminin.[12]
- RPSA je potenciální buněčný receptor pro několik patogenních Flaviviry, včetně viru dengue (DENV),[20][21] a Alfaviry, včetně viru Sindbis (SINV).[22] N-doména RPSA zahrnuje vazebné místo pro SINV in vitro.[10] N-doména také zahrnuje slabá vazebná místa pro rekombinantní doménu 3 (ED3, zbytky 296-400) z obalových proteinů dvou Flaviviry, Virus West-Nile a sérotyp 2 DENV. C-doména zahrnuje slabá vazebná místa pro doménu 3 viru žluté zimnice (YFV) a sérotypů 1 a 2 DENV. Naproti tomu se zdá, že doména 3 viru japonské encefalitidy neváže RPSA in vitro.[12]
- RPSA je také receptorem pro malé molekuly. i) RPSA váže aflatoxin B1 in vivo i in vitro.[23] ii) RPSA je receptor pro epigalokatechin-galát (EGCG), který je hlavní složkou zeleného čaje a má mnoho účinků na zdraví.[24][25] EGCG se váže pouze na N-doménu RPSA in vitro s disociační konstantou 100 nM, ale ne na svou C-doménu.[12]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000168028 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000032518 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ Satoh K, Narumi K, Sakai T, Abe T, Kikuchi T, Matsushima K, Sindoh S, Motomiya M (červenec 1992). "Klonování 67-kDa lamininového receptoru cDNA a genová exprese v normálních a maligních buněčných liniích lidských plic". Cancer Lett. 62 (3): 199–203. doi:10.1016 / 0304-3835 (92) 90096-E. PMID 1534510.
- ^ A b Jackers P, Minoletti F, Belotti D, Clausse N, Sozzi G, Sobel ME, Castronovo V (září 1996). „Izolace z multigenní rodiny aktivního lidského genu multifunkčního proteinu 37LRP / p40 spojeného s metastázami na chromozomu 3p21.3“. Onkogen. 13 (3): 495–503. PMID 8760291.
- ^ DiGiacomo, Vincent; Meruelo, Daniel (květen 2016). „Pohled do lamininového receptoru: kritická diskuse týkající se neintegrovaného 37/67-kDa lamininového receptoru / proteinu RPSA“. Biologické recenze. 91 (2): 288–310. doi:10.1111 / brv.12170. PMC 5249262. PMID 25630983.
- ^ Ardini E, Pesole G, Tagliabue E, Magnifico A, Castronovo V, Sobel ME, Colnaghi MI, Ménard S (srpen 1998). „67-kDa lamininový receptor pocházel z ribozomálního proteinu, který během evoluce získal dvojí funkci“. Molekulární biologie a evoluce. 15 (8): 1017–25. doi:10.1093 / oxfordjournals.molbev.a026000. PMID 9718729.
- ^ Nelson J, McFerran NV, Pivato G, Chambers E, Doherty C, Steele D, Timson DJ (únor 2008). "Receptor lamininu 67 kDa: struktura, funkce a role v nemoci". Zprávy o biologických vědách. 28 (1): 33–48. doi:10.1042 / BSR20070004. PMID 18269348.
- ^ A b C Jamieson KV, Wu J, Hubbard SR, Meruelo D (únor 2008). "Krystalová struktura prekurzoru lidského lamininového receptoru". The Journal of Biological Chemistry. 283 (6): 3002–5. doi:10.1074 / jbc.C700206200. PMID 18063583.
- ^ Ould-Abeih, MB; Petit-Topin, I; Zidane, N; Baron, B; Bedouelle, Hugues (červen 2012). „Několik stavů skládání a porucha ribozomálního proteinu SA, membránového receptoru pro laminin, antikarcinogeny a patogeny“. Biochemie. 51 (24): 4807–4821. doi:10.1021 / bi300335r. PMID 22640394.
- ^ A b C d E Zidane, N; Ould-Abeih, MB; Petit-Topin, I; Bedouelle, H (2012). „Složené a neuspořádané domény lidského ribozomálního proteinu SA mají idiosynkratické i sdílené funkce jako membránové receptory“. Biosci. Rep. 33 (1): 113–124. doi:10.1042 / BSR20120103. PMC 4098866. PMID 23137297.
- ^ Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, Stroedicke M, Zenkner M, Schoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Abraham C, Bock N, Kietzmann S, Goedde A, Toksöz E „Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier W, Lehrach H, Wanker EE (září 2005). „Síť interakce lidský protein-protein: zdroj pro anotování proteomu“. Buňka. 122 (6): 957–968. doi:10.1016 / j.cell.2005.08.029. hdl:11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. PMID 16169070. S2CID 8235923.
- ^ Sato M, Saeki Y, Tanaka K, Kaneda Y (březen 1999). „Protein asociovaný s ribozomy LBP / p40 se váže na protein S21 ribosomu 40S: analýza pomocí kvasinkového dvouhybridního systému“. Biochem. Biophys. Res. Commun. 256 (2): 385–390. doi:10.1006 / bbrc.1999.0343. PMID 10079194.
- ^ Malygin, AA; Babaylova, ES; Loktev, VB; Karpova, GG (2011). „Oblast v C-koncové doméně ribozomálního proteinu SA potřebná pro navázání SA na lidskou 40S ribozomální podjednotku“. Biochimie. 93 (3): 612–617. doi:10.1016 / j.biochi.2010.12.005. PMID 21167900.
- ^ Cho, HY; Ul Mushtaq, A; Lee, JY; Kim, DG; Seok, MS; Jang, M; Han, BW; Kim, S; Jeon, YH (2014). "Charakterizace interakce mezi lysyl-tRNA syntetázou a lamininovým receptorem pomocí NMR". FEBS Lett. 588 (17): 2851–2858. doi:10.1016 / j.febslet.2014.06.048. PMID 24983501. S2CID 36128866.
- ^ Rao, NC; Barsky, SH; Terranová, VP; Liotta, LA (1983). "Izolace lamininového receptoru nádorové buňky". Biochem. Biophys. Res. Commun. 111 (3): 804–808. doi:10.1016 / 0006-291X (83) 91370-0. PMID 6301485.
- ^ Lesot, H; Kühl, U; Mark, K (1983). "Izolace proteinu vázajícího laminin ze svalových buněčných membrán". EMBO J.. 2 (6): 861–865. doi:10.1002 / j.1460-2075.1983.tb01514.x. PMC 555201. PMID 16453457.
- ^ Ori, A; Wilkinson, MC; Fernig, DG (2011). „Systémový biologický přístup ke zkoumání interatomu heparin / heparan sulfát“. J. Biol. Chem. 286 (22): 19892–19904. doi:10.1074 / jbc.M111.228114. PMC 3103365. PMID 21454685.
- ^ Thepparit, C; Smith, DR (2004). „Sérotypově specifický vstup viru dengue do jaterních buněk: identifikace vysokoafinitního lamininového receptoru o hmotnosti 37 kilodaltonů / 67 kilodaltonů jako receptoru sérotypu 1 viru dengue. J. Virol. 78 (22): 12647–12656. doi:10.1128 / jvi.78.22.12647-12656.2004. PMC 525075. PMID 15507651.
- ^ Tio, PH; Jong, WW; Cardosa, MJ (2005). „Dvourozměrná VOPBA odhaluje interakci lamininového receptoru (LAMR1) se sérotypy viru dengue 1, 2 a 3“. Virol. J. 2: 25. doi:10.1186 / 1743-422X-2-25. PMC 1079963. PMID 15790424.
- ^ Wang, KS; Kuhn, RJ; Strauss, EG; Ou, S; Strauss, JH (1992). „Vysokoafinitní lamininový receptor je receptorem pro virus Sindbis v buňkách savců“. J. Virol. 66 (8): 4992–5001. doi:10.1128 / JVI.66.8.4992-5001.1992. PMC 241351. PMID 1385835.
- ^ Zhuang, Z; Huang, Y; Yang, Y; Wang, S (2016). "Identifikace proteinů interagujících s AFB1 a interakce mezi RPSA a AFB1". J. Hazard. Mater. 301: 297–303. doi:10.1016 / j.jhazmat.2015.08.053. PMID 26372695.
- ^ Tachibana, H; Koga, K; Fujimura, Y; Yamada, K (2004). "Receptor pro zelený čaj polyfenol EGCG". Nat. Struct. Mol. Biol. 11 (4): 380–381. doi:10.1038 / nsmb743. PMID 15024383. S2CID 27868813.
- ^ Tachibana, H (2011). "Snímání polyfenolu zeleného čaje". Proc. Jpn. Acad. Ser. B Phys. Biol. Sci. 87 (3): 66–80. Bibcode:2011PJAB ... 87 ... 66T. doi:10.2183 / pjab.87.66. PMC 3066547. PMID 21422740.
Další čtení
- Belkin AM, Stepp MA (2000). "Integriny jako receptory pro lamininy". Microsc. Res. Tech. 51 (3): 280–301. doi:10.1002 / 1097-0029 (20001101) 51: 3 <280 :: AID-JEMT7> 3.0.CO; 2-O. PMID 11054877.
- Wewer UM, Liotta LA, Jaye M, Ricca GA, Drohan WN, Claysmith AP, Rao CN, Wirth P, Coligan JE, Albrechtsen R (1986). „Změněné hladiny mRNA lamininového receptoru v různých buňkách lidského karcinomu, které mají různé schopnosti vázat laminin“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 83 (19): 7137–7141. Bibcode:1986PNAS ... 83,7137W. doi:10.1073 / pnas.83.19.7137. PMC 386670. PMID 2429301.
- Van den Ouweland AM, Van Duijnhoven HL, Deichmann KA, Van Groningen JJ, de Leij L, Van de Ven WJ (1989). „Vlastnosti rodiny genů s více kopiemi převážně sestávající ze zpracovaných pseudogenů“. Nucleic Acids Res. 17 (10): 3829–3843. doi:10.1093 / nar / 17.10.3829. PMC 317862. PMID 2543954.
- Yow HK, Wong JM, Chen HS, Lee CG, Davis S, Steele GD, Chen LB (1988). „Zvýšená exprese mRNA proteinu vázajícího laminin v lidském karcinomu tlustého střeva: kompletní sekvence cDNA plné délky kódující protein“ (PDF). Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 85 (17): 6394–6398. Bibcode:1988PNAS ... 85.6394Y. doi:10.1073 / pnas.85.17.6394. PMC 281978. PMID 2970639.
- Selvamurugan N, Eliceiri GL (1996). „Gen pro lidskou E2 malou nukleolární RNA spočívá v intronu genu proteinu vázajícího laminin“. Genomika. 30 (2): 400–1. PMID 8586453.
- Vladimirov SN, Ivanov AV, Karpova GG, Musolyamov AK, Egorov TA, Thiede B, Wittmann-Liebold B, Otto A (1996). "Charakterizace lidských malých ribozomálních podjednotkových proteinů N-terminálním a interním sekvenováním a hmotnostní spektrometrií". Eur. J. Biochem. 239 (1): 144–149. doi:10.1111 / j.1432-1033.1996.0144u.x. PMID 8706699.
- Clausse N, Jackers P, Jarès P, Joris B, Sobel ME, Castronovo V (1997). „Identifikace aktivního genu kódujícího multifunkční protein 37LRP / p40 spojený s metastázami“. DNA Cell Biol. 15 (12): 1009–1023. doi:10.1089 / dna.1996.15.1009. PMID 8985115.
- Daidone MG, Silvestrini R, Benini E, Grigioni WF, D'Errico A (1997). „Exprese vysokoafinitních 67-kDa lamininových receptorů u primárních karcinomů prsu a metachronních metastatických lézí nebo kontralaterálních karcinomů“. Br. J. Cancer. 76 (1): 52–3. doi:10.1038 / bjc.1997.335. PMC 2223804. PMID 9218732.
- Kenmochi N, Kawaguchi T, Rozen S, Davis E, Goodman N, Hudson TJ, Tanaka T, Page DC (1998). „Mapa 75 genů lidského ribozomálního proteinu“. Genome Res. 8 (5): 509–23. doi:10,1101 / gr. 8.509. PMID 9582194.
- de Manzoni G, Guglielmi A, Verlato G, Tomezzoli A, Pelosi G, Schiavon I, Cordiano C (1998). „Prognostický význam exprese 67-kDa lamininového receptoru u pokročilého karcinomu žaludku“. Onkologie. 55 (5): 456–460. doi:10.1159/000011895. PMID 9732225. S2CID 46799166.
- Sato M, Saeki Y, Tanaka K, Kaneda Y (1999). „Protein asociovaný s ribozomy LBP / p40 se váže na protein S21 ribosomu 40S: analýza pomocí kvasinkového dvouhybridního systému“. Biochem. Biophys. Res. Commun. 256 (2): 385–390. doi:10.1006 / bbrc.1999.0343. PMID 10079194.
- Canfield SM, Khakoo AY (1999). „Neintegrinový protein vázající na laminin (p67 LBP) je exprimován v podskupině aktivovaných lidských T lymfocytů a společně s velmi pozdní aktivací antigenu-6 integrinu zprostředkovává zanícenou buněčnou adherenci k lamininu.“ J. Immunol. 163 (6): 3430–40. PMID 10477615.
- Donaldson EA, McKenna DJ, McMullen CB, Scott WN, Stitt AW, Nelson J (2000). „Exprese membránově asociovaného 67-kDa lamininového receptoru (67LR) je modulována in vitro inhibicí kontaktem s buňkou“. Mol. Cell Biol. Res. Commun. 3 (1): 53–59. doi:10,1006 / mcbr. 2000.0191. PMID 10683318.
- Pedraza C, Geberhiwot T, Ingerpuu S, Assefa D, Wondimu Z, Kortesmaa J, Tryggvason K, Virtanen I, Patarroyo M (2000). „Monocytické buňky syntetizují, adherují a migrují na laminin-8 (alfa 4 beta 1 gama 1)“. J. Immunol. 165 (10): 5831–8. doi:10,4049 / jimmunol.165.10.5831. PMID 11067943.
- Vande Broek I, Vanderkerken K, De Greef C, Asosingh K, Straetmans N, Van Camp B, Van Riet I (2001). „Laminin-1-indukovaná migrace buněk mnohočetného myelomu zahrnuje vysoce afinitní 67 kD lamininový receptor“. Br. J. Cancer. 85 (9): 1387–1395. doi:10.1054 / bjoc.2001.2078. PMC 2375239. PMID 11720479.
- Waltregny D, de Leval L, Coppens L, Youssef E, de Leval J, Castronovo V (2002). „Detekce 67-kD lamininového receptoru v biopsiích rakoviny prostaty jako prediktor recidivy po radikální prostatektomii“. Eur. Urol. 40 (5): 495–503. doi:10.1159/000049825. PMID 11752855. S2CID 22778829.