Retroposon - Retroposon - Wikipedia

Fylogenetický strom z vačnatci odvozené z údajů retroposonu[1]

Retroposony se opakují DNA fragmenty, které jsou vloženy do chromozomy poté, co byli zpětně přepsaný od kteréhokoli RNA molekula.

Rozdíl mezi retroposony a retrotransposony

Na rozdíl od retrotranspozony, retroposony nikdy nekódují reverzní transkriptáza (RT) (ale viz níže). Jedná se tedy o neautonomní prvky transpozice činnost (na rozdíl od transpozice Retrotranspozony s dlouhým terminálním opakováním (LTR), jako je člověk LINE1 prvky jsou někdy falešně označovány jako retroposony. To však záleží na autorovi. Například, Howard Temin zveřejnil následující definici: Retroposony kódují RT, ale postrádají dlouhé opakování terminálu (LTR), například dlouho proložené prvky (ŘÁDKY). Retrotranspozony také obsahují LTR a retroviry, navíc jsou baleny jako virové částice (viriony). Retrosekvence jsou neautonomní prvky postrádající RT. Jsou přetvořeny pomocí mechanismu autonomních prvků, jako jsou LINE; příklady jsou krátké rozptýlené jaderné prvky (SINE) nebo odvozené od mRNA retro (pseudo) geny.[2][3][4]

Genové duplikace

Retropozice představuje přibližně 10 000 duplikací genů v lidském genomu, z nichž je přibližně 2–10% pravděpodobně funkčních.[5] Takovým genům se říká retrogenes a představují určitý typ retroposonu. Klasickou událostí je retropozice sestřihové molekuly pre-mRNA z gen c-src do provirálního předka Virus Rous Sarcoma (RSV). Retroposed c-src pre-mRNA stále obsahoval jediný intron a v rámci RSV se nyní označuje jako gen v-src.

Reference

  1. ^ Nilsson, M. A .; Churakov, G .; Sommer, M .; Tran, N.V .; Zemann, A .; Brosius, J. R .; Schmitz, J. R. (2010). „Sledování evoluce vačnatce pomocí archaických genomických retroposonových vložek“. PLOS Biology. 8 (7): e1000436. doi:10.1371 / journal.pbio.1000436. PMC  2910653. PMID  20668664.
  2. ^ Temin HM (1989). "Retrony v bakteriích". Příroda. 339 (6222): 254–5. Bibcode:1989 Natur.339..254T. doi:10.1038 / 339254a0. PMID  2471077.
  3. ^ Makałowski W, Toda Y (2007). "Modulace hostitelských genů savčími transponovatelnými prvky". In Volff JN, Schmid M (eds.). Evoluce genů a proteinů. Genome Dynamics (3. vyd.). Basilej: S. Karger. str. 166. doi:10.1159/000107610. ISBN  978-3-8055-8341-1. OCLC  729848415. PMID  18753791.
  4. ^ Makałowski W, Gotea V, Pande A, Makałowska I (2019). Anisimova M (ed.). „Transponovatelné prvky: klasifikace, identifikace a jejich použití jako nástroje pro srovnávací genomiku“. Metody v molekulární biologii. Clifton, N.J. 1910: 185–86. doi:10.1007/978-1-4939-9074-0_6. ISBN  978-3-8055-8341-1. OCLC  145014779. PMID  31278665.
  5. ^ Emerson JJ, Kaessmann H, Betrán E, Long M (leden 2004). "Rozsáhlý přenos genů na savčím chromozomu X". Věda. 303 (5657): 537–40. Bibcode:2004Sci ... 303..537E. doi:10.1126 / science.1090042. PMID  14739461.