Dekarboxyláza urporfyrinogenu III - Uroporphyrinogen III decarboxylase
Dekarboxyláza urporfyrinogenu III (uroporphyrinogen dekarboxylázanebo UROD) je enzym (ES 4.1.1.37 ), který je u lidí kódován UROD gen.[5]
Funkce
Dekarboxyláza uroporfyrinogenu III je homodimerní enzym (PDB: 1URO), Který katalyzuje pátý krok heme biosyntéza, což odpovídá eliminaci karboxyl skupiny ze čtyř acetát boční řetězy uroporphyrinogen III poddat se koproporfyrinogen III:
Klinický význam
Je známo, že mutace a nedostatek tohoto enzymu způsobují familiární porphyria cutanea tarda a hepatoerytropoetická porfyrie.[5]
Mechanismus
Předpokládá se, že při nízkých koncentracích substrátu probíhá reakce uspořádanou cestou s postupným odstraňováním CO2 z kruhů D, A, B a C, zatímco při vyšších hladinách substrátu / enzymu se zdá být účinná náhodná cesta. Enzym funguje jako dimer v roztoku a oba enzymy z člověka a tabáku byly krystalizovány a vyřešeny při dobrých rozlišeních.
UroD je považován za neobvyklou dekarboxylázu, protože na rozdíl od velké většiny dekarboxyláz provádí dekarboxylace bez zásahu jakýchkoli kofaktorů. Jeho mechanismus byl nedávno navržen tak, aby postupoval protonací substrátu pomocí arginin zbytek.[6] Zpráva z roku 2008 prokázala, že nekatalyzovaná rychlost reakce UroD je 10−19 s−1, takže při pH 10 je rychlost zrychlení UroD ve vztahu k nekatalyzované rychlosti, tj. katalytické schopnosti, největší pro jakýkoli známý enzym, 6 x 1024 M−1.[7]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000126088 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000028684 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ A b „Entrez Gene: UROD uroporphyrinogen dekarboxyláza“.
- ^ Silva PJ, Ramos MJ (2005). „Hustotně-funkční studie mechanismů pro dekarboxylaci bez kofaktorů prováděnou dekarboxylázou uroporphyrinogenu III“. J Phys Chem B. 109 (38): 18195–200. doi:10.1021 / jp051792s.
- ^ Lewis CA, Wolfenden R (listopad 2008). „Dekarboxylace uroporfyrinogenu jako měřítko pro katalytickou zdatnost enzymů“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 105 (45): 17328–33. doi:10.1073 / pnas.0809838105. PMC 2582308. PMID 18988736.
Další čtení
- Starší GH, Lee GB, Tovey JA (1978). "Snížená aktivita jaterní uroporfyrinogen dekarboxylázy ve sporadické porphyria cutanea tarda". N. Engl. J. Med. 299 (6): 274–8. doi:10.1056 / NEJM197808102990603. PMID 661926.
- de Verneuil H, Bourgeois F, de Rooij F a kol. (1992). „Charakterizace nové mutace (R292G) a delece na lokusu lidské uroporphyrinogen dekarboxylázy u dvou pacientů s hepatoerytropoetickou porfyrií“. Hučení. Genet. 89 (5): 548–52. doi:10.1007 / bf00219182. hdl:1765/58484. PMID 1634232.
- Romana M, Grandchamp B, Dubart A a kol. (1991). "Identifikace nové mutace odpovědné za hepatoerytropoetickou porfyrii". Eur. J. Clin. Investovat. 21 (2): 225–9. doi:10.1111 / j.1365-2362.1991.tb01814.x. PMID 1905636.
- Garey JR, Harrison LM, Franklin KF a kol. (1990). „Uroporphyrinogen dekarboxyláza: mutace místa sestřihu způsobuje deleci exonu 6 ve více rodinách s porphyria cutanea tarda“. J. Clin. Investovat. 86 (5): 1416–22. doi:10.1172 / JCI114856. PMC 296884. PMID 2243121.
- Garey JR, Hansen JL, Harrison LM a kol. (1989). „Bodová mutace v kódující oblasti uroporfyrinogen dekarboxylázy spojená s familiární porphyria cutanea tarda“. Krev. 73 (4): 892–5. PMID 2920211.
- Roméo PH, Raich N, Dubart A a kol. (1986). "Molekulární klonování a nukleotidová sekvence úplné cDNA lidské uroporfyrinogen dekarboxylázy". J. Biol. Chem. 261 (21): 9825–31. PMID 3015909.
- Dubart A, Mattei MG, Raich N a kol. (1986). „Přiřazení lidské uroporfyrinogen dekarboxylázy (URO-D) k pásu p34 chromozomu 1“. Hučení. Genet. 73 (3): 277–9. doi:10.1007 / BF00401245. PMID 3460962.
- Romana M, Dubart A, Beaupain D a kol. (1987). "Struktura genu pro lidskou uroporfyrinogen dekarboxylázu". Nucleic Acids Res. 15 (18): 7343–56. doi:10.1093 / nar / 15.18.7343. PMC 306252. PMID 3658695.
- de Verneuil H, Grandchamp B, Beaumont C a kol. (1986). "Uroporphyrinogen dekarboxyláza strukturní mutant (Gly281 ---- Glu) v případě porfyrie". Věda. 234 (4777): 732–4. doi:10.1126 / science.3775362. PMID 3775362.
- Roberts AG, Elder GH, De Salamanca RE a kol. (1995). „Mutace (G281E) lidského genu pro dekarboxylázu uroporfyrinogenu způsobuje jak hepatoerytropoetickou porfyrii, tak zjevnou familiární porfyrii cutanea tarda: biochemické a genetické studie na španělských pacientech“. J. Invest. Dermatol. 104 (4): 500–2. doi:10.1111 / 1523-1747.ep12605953. PMID 7706766.
- Maruyama K, Sugano S (1994). „Oligo-capping: jednoduchá metoda k nahrazení struktury cap eukaryotických mRNA oligoribonukleotidy“. Gen. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
- Meguro K, Fujita H, Ishida N a kol. (1994). "Molekulární defekty uroporphyrinogen dekarboxylázy u pacienta s mírnou hepatoerytropoetickou porfyrií". J. Invest. Dermatol. 102 (5): 681–5. doi:10.1111 / 1523-1747.ep12374134. PMID 8176248.
- Moran-Jimenez MJ, Ged C, Romana M a kol. (1996). „Uroporphyrinogen dekarboxyláza: kompletní lidská genová sekvence a molekulární studie tří rodin s hepatoerytropoetickou porfyrií“. Dopoledne. J. Hum. Genet. 58 (4): 712–21. PMC 1914669. PMID 8644733.
- McManus JF, Begley CG, Sassa S, Ratnaike S (1996). "Pět nových mutací v genu uroporphyrinogen dekarboxylázy identifikovaných v rodinách s kožní porfyrií". Krev. 88 (9): 3589–600. PMID 8896428.
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K a kol. (1997). "Konstrukce a charakterizace knihovny cDNA obohacené o celou délku a 5'-end". Gen. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.
- Whitby FG, Phillips JD, Kushner JP, Hill CP (1998). "Krystalová struktura lidské uroporphyrinogen dekarboxylázy". EMBO J.. 17 (9): 2463–71. doi:10.1093 / emboj / 17.9.2463. PMC 1170588. PMID 9564029.
- Mendez M, Sorkin L, Rossetti MV a kol. (1998). „Familiární porphyria cutanea tarda: charakterizace sedmi nových mutací dekarboxylázy uroporphyrinogenu a frekvence běžných alel hemochromatózy“. Dopoledne. J. Hum. Genet. 63 (5): 1363–75. doi:10.1086/302119. PMC 1377546. PMID 9792863.
- Wang H, Long Q, Marty SD a kol. (1998). "Model zebrafish pro hepatoerytropoetickou porfyrii". Nat. Genet. 20 (3): 239–43. doi:10.1038/3041. PMID 9806541.
- McManus JF, Begley CG, Sassa S, Ratnaike S (1999). „Tři nové mutace v genu uroporphyrinogen dekarboxylázy v familiární porphyria cutanea tarda. Stručná mutace č. 237. Online“. Hučení. Mutat. 13 (5): 412–413. doi:10.1002 / (SICI) 1098-1004 (1999) 13: 5 <412 :: AID-HUMU13> 3.0.CO; 2-N. PMID 10338097.
- Christiansen L, Ged C, Hombrados I a kol. (1999). „Screening mutací v genu uroporphyrinogen dekarboxylázy pomocí denaturační gradientové gelové elektroforézy. Identifikace a charakterizace šesti nových mutací spojených s familiárním PCT“. Hučení. Mutat. 14 (3): 222–32. doi:10.1002 / (SICI) 1098-1004 (1999) 14: 3 <222 :: AID-HUMU5> 3.0.CO; 2-V. PMID 10477430.
externí odkazy
- Přehled všech strukturálních informací dostupných v PDB pro UniProt: P06132 (Uroporphyrinogen dekarboxyláza) na PDBe-KB.
Galerie PDB | |
|---|---|
|
