Subtiláza - Subtilase

Rodina subtilázy
PDB 1cse EBI.jpg
Struktura komplexu vytvořeného mezi subtilisinem Carlsbergem a eglinem c, inhibitorem elastázy z pijavice Hirudo medicalis.[1]
Identifikátory
SymbolPeptidáza_S8
PfamPF00082
InterProIPR000209
STRÁNKAPDOC00125
MEROPSS8
SCOP21cse / Rozsah / SUPFAM
CDDcd00306
Membranome546

Subtilázy plocha rodina z subtilisin -jako serinové proteázy. Zdá se, že se nezávisle a konvergentně vyvinuli Asp /Ser /Jeho katalytická triáda, jako v trypsin serinové proteázy. Struktura proteinů v této rodině ukazuje, že mají alfa / beta záhyb obsahující 7vláknovou paralelu beta list.

Rodina subtilisinu je druhá největší rodina serinových proteáz charakterizovaná doposud. V současné době je známo více než 200 subtiláz, z nichž je více než 170 s kompletní aminokyselinovou sekvencí.[2] Subtiláza je velmi rozšířená a vyskytuje se v eubakteriích, archebakteriích, eukaryotech a virech.[3] Drtivá většina rodiny jsou endopeptidázy, ačkoli tam je exopeptidáza, tripeptidyl peptidáza.[3][4] Byly stanoveny struktury pro několik členů rodiny subtilisinů, které ukazují, že subtilisiny využívají stejnou katalytickou triádu jako chymotrypsiny i když se zbytky vyskytují v jiném pořadí (His / Asp / Ser v chymotrypsinu a Asp / His / Ser v subtilisinu); jinak struktury vykazují podobnost s žádnými jinými proteiny.[3][4] Některé subtilisiny jsou mozaikové proteiny, zatímco jiné obsahují N- a C-terminální rozšíření, která nevykazují žádnou sekvenční podobnost s jakýmkoli jiným známým proteinem.[3] Na základě sekvenční homologie bylo navrženo dělení na šest rodin.[2]

Endopeptidázy zpracovávající proproteiny kexin, furin a příbuzné enzymy tvoří odlišnou podrodinu známou jako podrodina kexinů (S8B). Ty přednostně štěpí C-terminálně na spárované bazické aminokyseliny. Členy této podrodiny lze identifikovat podle jemně odlišných motivů kolem aktivního místa.[3][4] Členové rodiny kexinů spolu s endopeptidázami R, T a K z kvasinek Tritirachium a peptidázou degradující kutikuly z Metarhizia vyžadují aktivaci thiolem. To lze připsat přítomnosti Cys-173 v blízkosti aktivního histidinu.[4] Je znám pouze 1 virový člen rodiny subtilisinů, 56-kDa proteáza z herpes viru 1, který infikuje sumce kanálu.[3]

Sedolisiny (serinkarboxylové peptidázy) jsou proteolytické enzymy, jejichž složení se podobá složení subtilisinu; jsou však podstatně větší, přičemž zralé katalytické domény obsahují přibližně 375 aminokyselin. Charakteristickými rysy těchto enzymů jsou jedinečná katalytická triáda, Ser / Glu / Asp, stejně jako přítomnost zbytku kyseliny asparagové v oxyaniontové díře. Krystalová struktura s vysokým rozlišením byla nyní vyřešena pro sedolisin z Pseudomonas sp. 101, stejně jako pro kumamolisin z termofilní bakterie, Bacillus novo sp. MN-32. Mutace v lidském genu vedou k smrtelnému neurodegenerativnímu onemocnění.[5]

Lidské proteiny obsahující tuto doménu

FURIN; MBTPS1; PCSK1; PCSK2; PCSK4; PCSK5; PCSK6; PCSK7;PCSK9; TPP2;

Reference

  1. ^ Bode W, Papamokos E, Musil D (srpen 1987). „Rentgenová krystalová struktura komplexu vytvořeného mezi subtilisinem Carlsbergem a eglinem c, inhibitorem elastázy z pijavice Hirudo medicinis. Strukturní analýza, struktura subtilisinu a geometrie rozhraní“. Eur. J. Biochem. 166 (3): 673–92. doi:10.1111 / j.1432-1033.1987.tb13566.x. PMID  3301348.
  2. ^ A b Siezen RJ, Leunissen JA (1997). „Subtilázy: nadčeleď serinproteáz podobných subtilisinu“. Protein Sci. 6 (3): 501–523. doi:10.1002 / pro.5560060301. PMC  2143677. PMID  9070434.
  3. ^ A b C d E F Rawlings ND, Barrett AJ (1994). "Rodiny serinových peptidáz". Pervitin Enzymol. Metody v enzymologii. 244: 19–61. doi:10.1016/0076-6879(94)44004-2. ISBN  9780121821456. PMC  7133253. PMID  7845208.
  4. ^ A b C d Rawlings ND, Barrett AJ (1993). "Evoluční rodiny peptidáz". Biochem. J. 290: 205–218. doi:10.1042 / bj2900205. PMC  1132403. PMID  8439290.
  5. ^ Wlodawer A, Oda K, Li M, Gustchina A, Dunn BM, Oyama H (2003). "Strukturální a enzymatické vlastnosti rodiny sedolisinů serin-karboxylových peptidáz". Acta Biochim. Pol. 50 (1): 81–102. doi:10.18388 / abp.2003_3716. PMID  12673349.

externí odkazy

Tento článek včlení text od public domain Pfam a InterPro: IPR000209