Seznam sekvenovaných rostlinných genomů - List of sequenced plant genomes

Tento seznam sekvenovaných rostlinných genomů obsahuje druhy rostlin, o nichž je známo, že mají veřejně dostupné kompletní sekvence genomu, které byly shromážděny, anotovány a publikovány. Nejsou zahrnuty nesestavené genomy ani sekvence pouze pro organely. Pro všechna království viz seznam sekvenovaných genomů.

Viz také Seznam sekvenovaných genomů řas.

Mechorosty

Organismus kmenDivizeRelevantnostVelikost genomuPočet předpokládaných genůOrganizaceRok dokončeníStav sestavení
Physcomitrella patens ssp. patens str. Gransden 2004MechorostyRané divergující suchozemská rostlina2008[1]
Marchantia polymorphaMechorostyRané divergující suchozemská rostlina225,8 Mb19,1382017[2]
Ceratodon purpureusMechorostyRané divergující suchozemská rostlina
Anthoceros angustusMechorostyRané divergující suchozemská rostlina

Vyšší rostliny (cévnaté rostliny)

Organismus kmenDivizeRelevantnostVelikost genomuPočet předpokládaných genůOrganizaceRok dokončeníStav sestavení
Selaginella moellendorffiiLycopodiophytaModelový organismus2011[3][4]

Kapradiny

Organismus kmenDivizeRelevantnostVelikost genomuPočet předpokládaných genůOrganizaceRok dokončeníStav sestavení
Azolla filiculoidesPolypodiophytaKapradina0,75 GB20,2012018[5]
Salvinia cucullataPolypodiophytaKapradina0,26 Gb19,9142018[5]

Gymnospermy

Organismus kmenDivizeRelevantnostVelikost genomuPočet předpokládaných genůPočet chromozomůOrganizaceRok dokončeníStav sestavení
Picea abies (Norský smrk)PinalesDřevo, tonewood, okrasné jako vánoční strom19,6 GB26,359[6]12Umeå Plant Science Center / SciLifeLab, Švédsko2013[7]
Picea glauca (Bílý smrk)PinalesDřevo, Celulóza20,8 GB14,462[6]12Institucionální spolupráce2013[8][9]
Pinus taeda (Loblolly borovice)PinalesDřevo20,15 GB9,024[6]122014[10][11][12]Velikost lešení N50: 66,9 kbp
Pinus lambertiana (Borovice cukrová)PinalesDřevo; s největšími genomy mezi borovicemi;

největší druh borovice

31 GB13,936122016[6]61,5násobné pokrytí sekvence, použité platformy:

Hiseq 2000, Hiseq 2500, GAIIx, MiSeq

Ginkgo bilobaGinkgoales11,75 GB41,8402016[13]Velikost lešení N50: 48,2 kbp
Pseudotsuga menziesiiPinales16 GB54,830132017[14]Velikost lešení N50: 340,7 kbp
Gnetum monatumGnetales4,07 GB27,4912018[15]
Larix sibiricaPinales12,34 Gbp2019[16]lešení N50 6440 bp
Abies albaPinales18,16 GB94,2052019[17]lešení N50 14,051 bp

Krytosemenné rostliny

Amborellales

Organismus kmenRodinaRelevantnostVelikost genomuPočet předpokládaných genůOrganizaceRok dokončeníStav sestavení
Amborella trichopodaAmborellaceaeBazální krytosemenná rostlina2013[18][19]

Eudicots

Proteales
Organismus kmenRodinaRelevantnostVelikost genomuPočet předpokládaných genůOrganizaceRok dokončeníStav sestavení
Nelumbo nucifera (posvátný lotos)NelumbonaceaeBazální eudikot929 Mbp2013[20]contig N50 38,8 kbp a lešení N50 3,4 Mbp
Pryskyřníky
Organismus kmenRodinaRelevantnostVelikost genomuPočet předpokládaných genůOrganizaceRok dokončeníStav sestavení
Aquilegia coeruleaRanunculaceaeBazální eudikotNepublikovaný[21]
Trochodendrales
Organismus kmenRodinaRelevantnostVelikost genomuPočet předpokládaných genůOrganizaceRok dokončeníStav sestavení
Trochodendron aralioides (Strom kola)TrochodendralesBazální eudikot se sekundárním xylem bez cévních prvků1,614 GB35,328Univerzita v Kuang-si2019[22]19 lešení odpovídajících 19 chromozomům
Caryophyllales
Organismus kmenRodinaRelevantnostVelikost genomuPočet předpokládaných genůOrganizaceRok dokončeníStav sestavení
Beta vulgaris (cukrovka)ChenopodiaceaePlodina714–758 Mbp27,4212013[23]
Chenopodium quinoaChenopodiaceaePlodina1,39–1,50 GB44,7762017[24]3 486 lešení, lešení N50 3,84 Mb, 90% shromážděného genomu je obsaženo ve 439 lešení[24]
Amaranthus hypocondriacusAmaranthaceaePlodina403,9 Mb23,8472016[25]16 velkých lešení od 16,9 do 38,1 Mb. N50 a L50 sestavy byly 24,4 Mb, respektive 7.[26]
Carnegiea giganteaCactaceaeDivoká rostlina1,40 GB28,2922017[27]57 409 lešení, lešení N50 o 61,5 kb[27]
Suaeda aralocaspicaAmaranthaceaeProvede kompletní C.4 fotosyntéza v jednotlivých buňkách (SCC4)467 Mb29,604ABLife Inc.2019[28]4033 lešení, lešení N50 o délce 1,83 Mb
Simmondsia chinensis (jojoba)SimmondsiaceaePlodina olejnatá887 Mb23,4902020[29]994 lešení, lešení N50 o délce 5,2 Mb
Rosidy
Organismus kmenRodinaRelevantnostVelikost genomuPočet předpokládaných genůPočet chromozomůOrganizaceRok dokončeníStav sestavení
Sclerocarya birrea

(Marula)

AnacardiaceaePoužívá se k jídlu18,3972018[30][31]
Betula pendula (stříbrná Bříza)BetulaceaeBoreální lesní strom, model lesní biotechnologie435 Mbp[32]28,39914University of Helsinki2017[32]454 / Illumina / PacBio. Velikost sestavy 435 Mbp. Contig N50: 48 209 bp, lešení N50: 239 796 bp. 89% sestavy mapováno na 14 pseudomolekul. Dále bylo sekvenováno 150 jedinců z břízy.
Betula nana (trpasličí bříza)BetulaceaeArktický keř450 MbpQMUL / SBCS2013[33]
Aethionema arabicumBrassicaceaeSrovnávací analýza genomů brukvovité2013[34]
Arabidopsis lyrata ssp. lyrata kmen MN47BrassicaceaeModelová rostlina206,7 Mbp32,670[35]82011[35]8,3X pokrytí sekvence, analyzováno na kapilárních sekvenátorech ABI 3730XL
Arabidopsis thaliana Ekotyp: ColumbiaBrassicaceaeModelová rostlina135 Mbp27,655[36]5AGI2000[37]
Barbarea vulgaris

Typ G.

BrassicaceaeModelová rostlina pro specializované metabolity a obranyschopnost rostlin167,7 Mbp25,35082017[38]66,5 X pokrytí s technologií Illumina GA II
Brassica rapa ssp. pekinensis (čínské zelí) přistoupení Chiifu-401-42BrassicaceaeRozmanité plodiny a modelový organismus485 Mbp41 174 (prošlo triplikací genomu)10Konsorcium pro projekt sekvenování genomu Brassica rapa2011[39]72násobné pokrytí spárovaných krátkých čtecích sekvencí generovaných technologií Illumina GA II
Brassica napus (Řepka olejná nebo řepka olejná) Evropský kultivar zimních olejnin „Darmor-bzh'BrassicaceaePlodiny1130 Mbp101,04019Institucionální spolupráce2014[40]454 GS-FLX + titan (Roche, Basilej, Švýcarsko) a Sangerovo sekvenování. Oprava a vyplnění mezery se použilo HiSeq sekvence 79 GB Illumina (San Diego, CA).
Capsella rubeolaBrassicaceaeBlízký příbuzný Arabidopsis thaliana130 Mbp26,521JGI2013?[41] 2013[42]
Cardamine hirsuta (hairy bittercress) kmen ‚Oxford 'BrassicaceaeModelový systém pro studium evoluce vývoje rostlin198 Mbp29,4588Institut Maxe Plancka pro výzkum šlechtění rostlin, Köln, Německo2016[43]Strategie sekvenování brokovnic kombinující párovaná koncová čtení (197 × pokrytí sestavené sekvence) a čtení párových párů (66 × sestavená) z Illumina HiSeq (celkem 52 Gbp hrubých čtení).
Eruca sativa (salátová raketa)BrassicaceaePoužívá se k jídlu851 Mbp45,438University of Reading2020[44]Illumina MiSeq a HiSeq2500. Sekvenování a sestavení párů bez párů konce PCR a párů dlouhých párů. Sekvenování transkriptomů Illumina HiSeq (párovaná koncová čtení 125/150 bp).
Erysimum cheiranthoides (červík obecný) kmen 'Elbtalaue'BrassicaceaeModelový závod pro studium obranné chemie, včetně srdeční glykosidy175 Mbp29,9478Boyce Thompson Institute, Ithaca, NY2020[45][46]39,5 Gb sekvence PacBio (průměrná délka 10 603 bp), jednoproudové sekvenování Illumina MiSeq (párovaný konec 2 x 250 bp), lešení Phase Genomics Hi-C, sekvenování transkriptomů PacBio a Illumina
Eutrema salsugineumBrassicaceaePříbuzný arabidopsis s vysokou tolerancí solí240 Mbp26,351JGI2013[47]
Eutrema parvulumBrassicaceaeSrovnávací analýza genomů brukvovité2013[34]
Leavenworthia alabamicaBrassicaceaeSrovnávací analýza genomů brukvovité2013[34]
Sisymbrium irioBrassicaceaeSrovnávací analýza genomů brukvovité2013[34]
Thellungiella parvulaBrassicaceaePříbuzný arabidopsis s vysokou tolerancí solí2011[48]
Cannabis sativa (konopí)CannabaceaeProdukce konopí a marihuanyca 820 Mbp30 074 na základě transkriptomového sestavení a shlukování2011[49]Illumina / 454

lešení N50 16,2 Kbp

Carica papája (papája)CaricaceaeOvocná plodina372 Mbp28,6292008[50]contig N50 11kbp

lešení N50

1 Mb / s

celkové pokrytí ~ 3x (Sanger)

Mapováno 92,1% unigenů

Ukotveno 235 Mb / s (z toho 161 Mb / s také orientováno)

Casuarina equisetifolia

(Australská borovice)

Casuarinaceaebonsai předmět300 Mbp29,8272018[51]
Kalanchoë fedtschenkoi Raym.-Hamet a H. PerrierKalanchoeCrassulaceaeMolekulárně genetický model pro obligátní druhy CAM u eudikot256 Mbp30,964342017[52]~ 70 × spárované konce čtení a ~ 37 × spárované páry generované pomocí platformy Illumina MiSeq.
Rhodiola crenulata (Tibetská léčivá bylina)CrassulaceaePoužívá se pro léky a jídlo344,5 Mb35,5172017[53]
Citrullus lanatus (vodní meloun)CucurbitaceaeRostlinná plodinacca 425 Mbp23,440BGI2012[54]Illumina

pokrytí 108,6x

contig N50 26,38 kbp

Lešení N50 2,38 Mbp

pokrytý genomem 83,2%

~ 97% EST mapovaných

Cucumis melo (Muškátový oříšek) DHL92CucurbitaceaeRostlinná plodina450 Mbp27,4272012[55]454

13,5násobné pokrytí

Contig N50: 18,1 kb / s

lešení N50: 4 677 Mbp

WGS

Cucumis sativus (okurka) „Čínská dlouhá“ inbrední linie 9930CucurbitaceaeRostlinná plodina350 Mbp (hloubka Kmer) 367 Mbp (průtoková cytometrie)26,6822009[56]contig N50 19.8kbp

lešení N50 1140kbp

celkové pokrytí ~ 72,2 (Sanger + Ilumina)

Mapováno 96,8% unigenů

Ukotveno 72,8% genomu

Cucurbita argyrosperma

(Stříbro semeno goud)

CucurbitaceaeRostlinná plodina228,8 Mbp28,29820Národní autonomní univerzita v Mexiku2019[57]contig N50 463 kbp

lešení N50 620 kbp

celkové pokrytí ~ 151x (PacBio + Illumina)

Siraitia grosvenorii

(Ovoce mnicha)

CucurbitaceaeČínská medicína / sladidlo456,5 Mbp30,565Anhui zemědělská univerzita2018[58]
Hevea brasiliensis (gumovník)Euphorbiaceaeekonomicky nejdůležitější člen rodu Hevea2013[59]
Jatropha curcas PalawanEuphorbiaceaeplodina na bionaftu2011[60]
Manihot esculenta (Maniok)EuphorbiaceaeHumanitární význam~ 760 Mb30,666JGI2012[61]
Ricinus communis (Skočec obecný)EuphorbiaceaePlodina olejnatá320 Mbp31,237JCVI2010[62]Pokrytí Sanger ~ 4,6x kontig N50 21,1 kbp lešení N50 496,5kbp
Ammopiptanthus nanusFabaceaeJediný rod vždyzeleného širokolistého keře889 Mb37,1882018[63]
Cajanus cajan (Hrach holub) var. AshaFabaceaeModelová luštěniny2012[64][65]
Arachis duranensis (A genom diploid divoký arašíd) přistoupení V14167FabaceaeDivoký předek arašídů, olejniny a luštěnin2016[66]Pokrytí Illumina 154x, konfigurace N50 22 kbp, lešení N50 948 kbp
Arachis ipaensis (B genomu diploidní divoké arašídy) přistoupení K30076FabaceaeDivoký předek arašídů, olejnin a luštěnin2016[66]Pokrytí Illumina 163x, konfigurace N50 23 kbp, lešení N50 5343 kbp
Cicer arietinum (cizrna)Fabaceaeplnicí2013[67]
Cicer arietinum L. (cizrna)Fabaceae2013[68]
Dalbergia odorifera (voňavé palisandr)FabaceaeVýrobky ze dřeva (jádrové dřevo) a lidová medicína653 Mb30,31010Čínská lesnická akademie2020[69]Contig N50: 5,92 MB

Lešení N50: 56,1 6 MB

Faidherbia albida

(Apple-Ring Acacia)

FabaceaeVýznam v Sahelu pro chov včel28,9792018[70][30]
Glycin max (sója) var. Williams 82FabaceaeBílkoviny a olejniny1115 Mbp46,4302010[71]Contig N50: 189,4 kb / s

Lešení N50: 47,8 Mb / s

Krytí nebezpečnosti ~ 8x

WGS

Sestaveno 955,1 Mbp

Lablab purpureus

(Hyacint Bean)

FabaceaePlodina pro lidskou spotřebu20,9462018[30][72]
Lotus japonicus (Trojlístek ptačí)FabaceaeModelová luštěniny2008[73]
Medicago truncatula (Barrel Medic)FabaceaeModelová luštěniny2011[74]
Phaseolus vulgaris (fazole obecná)FabaceaeModel fazole520 Mbp31,638JGI2013?[75]
Vigna subterranea

(Bambara podzemnice olejná)

Fabaceaepodobně jako arašídy31,7072018[76][30]
Castanea mollissima (Čínský kaštan)Fagaceaepěstovaná matice785,53 Mb36,479Pekingská zemědělská univerzita2019[77]Illumina: ∼42,7 ×

PacBio: ∼87 ×

Contig N50: 944 000 bp

Carya illinoinensis

Pekanový ořech

Junglandaceaeobčerstvení v různých receptech651,31 Mb2019[78]
Juglans regia (Perský ořech)Junglandaceaepěstovaná matice540 MbČínská lesnická akademie2020[79]
Juglans sigillata (Železný ořech)Junglandaceaepěstovaná matice536,50 MbNanjingská lesnická univerzita2020[80]Illumina + Nanopore + bionano

lešení N50: 16,43 Mb, konfigurace N50: 4,34 Mb

Linum usitatissimum (len)LinaceaeOříznutí~ 350 Mbp43,384BGI et al.2012[81]
Bombax ceiba

(bavlněný strom z červeného hedvábí)

Malvaceaekapsle s bílým vláknem jako bavlna895 Mb2018[82]
Durio zibethinus (Durian)MalvaceaeTropické ovocné stromy~ 738 Mbp2017[83]
Gossypium raimondiiMalvaceaeJeden z předpokládaných předků druhů tetraploidní bavlny2013?[84]
Theobroma cacao (kakaovník)MalvaceaeOchucující plodina2010[85][86]
Theobroma cacao (kakaovník) životopis. Matina 1-6MalvaceaeNejčastěji pěstovaný typ kakaa2013[87]
Theobroma cacao (200 přístupů)Malvaceaehistorie domestikace kakaa2018[88]
Azadirachta indica (neem)MeliaceaeZdroj počtu terpenoidů, včetně biopesticidu azadirachtinu, používaný v tradiční medicíně364 Mbp~20000Laboratoře GANIT2012[89] a 2011[90]Illumina GAIIx, lešení N50 452028bp, data transkriptomu z Shoot, Root, Leaf, Flower a Seed
Moringa oleifera

(Křen)

Moringaceaetradiční bylinná medicína18,4512018[91][30]
Eucalyptus grandis (Růžová guma)MyrtaceaeVlákna a dřevo691,43 Mb2011[92]
Eucalyptus pauciflora (Sněhová guma)MyrtaceaeVlákna a dřevo594,87 MbANU2020[93]Nanopore + Illumina; Contig N50: 3,23 Mb
C. cathayensis

(Čínský hickory)

Rosaceaeovocná plodina706,43 Mb2019[78]
Eriobotrya japonica (Mišpule)RosaceaeOvocný strom760,1 Mb45,743Šanghajská akademie zemědělských věd2020[94]Illumina + Nanopore + Hi-C

17 chromozomů, lešení N50: 39,7 Mb

Fragaria vesca (lesní jahoda)RosaceaeOvocná plodina240 Mbp34,8092011[95]lešení N50: 1,3 Mbp

454 / Illumina / pevná látka

39x pokrytí

WGS

Malus domestica (jablko) "Golden Delicious"RosaceaeOvocná plodina~ 742,3 Mbp57,3862010[96]contig N50 13,4 (kbp ??)

lešení N50 1542,7 (kbp ??)

celkové pokrytí ~ 16,9x (Sanger + 454)

71,2% ukotven

Prunus amygdalus (mandle)RosaceaeOvocná plodina2013?[97]
Prunus avium (sladká třešeň) životopis. StellaRosaceaeOvocná plodina2013?[97]
Prunus mume (Čínská švestka nebo japonská meruňka)RosaceaeOvocná plodina2012[98]
Prunus persica (broskev)RosaceaeOvocná plodina265 Mbp27,8522013[99]Krytí nebezpečí: 8,47x

WGS

mapováno přibližně 99% EST

215,9 Mbp v pseudomolekulách

Pyrus bretschneideri (ya hruška nebo čínská bílá hruška) životopis. DangshansuliRosaceaeOvocná plodina2012[100]
Pyrus communis (Evropská hruška) životopis. Doyenne du ComiceRosaceaeOvocná plodina2013?[97]
Rubus occidentalis

(Černá malina)

RosaceaeOvocná plodina290 Mbp2018[101]
Citrus clementina (Clementine)RutaceaeOvocná plodina2013?[102]
Citrus sinensis (Sladká oranžová)RutaceaeOvocná plodina2013?,[102] 2013[103]
Populus trichocarpa (topol)SalicaceaeUsazování uhlíku, modelový strom, dřevo510 Mbp (cytogenetická) 485 Mbp (pokrytí)73013 [fytozom]2006[104]Lešení N50: 19,5 Mbp

Contig N50: 552,8 Kbp [fytozom]

WGS

> = 95% cDNA nalezeno

Populus pruinosa

(pouštní strom)

Salicaceaezemědělství a chov479,3 Mbp35,1312017[105]
Acer truncatum (javor fialový)SapindaceaeStrom produkující kyselinu nervovou633,28 Mb28,4382020[106]kontig N50 = 773,17 Kb; lešení N50 = 46,36 Mb
Acer yangbienseSapindaceaeDruhy rostlin s extrémně malou populací110 GB28,320132019[107]lešení N50 = 45 Mb
Dimocarpus longan (Longan)SapindaceaeOvocná plodina471,88 Mb2017[108]
Xanthoceras sorbifolium Bunge (Yellowhorn)SapindaceaeOvocná plodina504,2 Mb24,6722019[109][110]
Aquilaria sinensis (Agarové dřevo)ThymelaeaceaeVoňavé dřevo726,5 Mb29,2032020[111]Illumina + nanopore + Hi-C, lešení N50: 88,78 Mb
Vitis vinifera (hroznový) genotyp PN40024Vitaceaeovocná plodina2007[112]
Asteridy
Organismus kmenRodinaRelevantnostVelikost genomuPočet předpokládaných genůOrganizaceRok dokončeníStav sestavení
Asclepias syriaca, (obyčejný druh mléka)ApocynaceaeVyzařuje mléčný latex420 Mbp14,474Oregonská státní univerzita2019[113]80,4 × hloubka

N50 = 3 415 bp

Erigeron breviscapus (Čínská bylinná blecha)Asteraceaečínská medicína37,5052017[114]
Helianthus annuus (slunečnice)AsteraceaeOlejová plodina3,6 GB52,232INRA a Databáze genomu slunečnice[115]2017[116]N50 kontig: 13,7 kb
Lactuca sativa (listový salát)AsteraceaeRostlinná plodina2,5 GB38,9192017[117]N50 kontig: 12 kb; Lešení N50: 476 kb
Handroanthus impetiginosus, Bignoniaceae

(Pink Ipê)

BignoniaceaeSpolečný strom503,7 Mb31,6682017[118]
Diospyros oleifera Cheng (tomel nebo kaki)EbenaceaeOvocný strom849,53 Mb28,580Zhejiang University & Čínská lesnická akademie2019[119] & 2020[120]Dva genomy, oba na chromozomové škále a přiřazené k 15 pseudochromozómům
Salvia miltiorrhiza Bunge

(Čínský červený šalvěj)

LamiaceaeTCM léčba CHOPN641 Mb34,5982015[121]
Callicarpa americana (Americká kráska)LamiaceaeOkrasné keře a odpuzující hmyz506 Mb32,164Michiganská státní univerzita2020[122]17 pseudomolekul Contig N50: 7,5 Mb Scaffold N50: a 29,0 Mb
Mentha X piperita (Máta peprná)LamiaceaeOlejová plodina353 Mb35,597Oregonská státní univerzita2017[123]
Tectona grandis

(T.eak)

LamiaceaeTrvanlivost a odolnost proti vodě31,1682019[124]
Utricularia gibba (hrbolatý měchýř)Lentibulariaceaemodelový systém pro studium vývoje velikosti genomu; masožravá rostlina81,87 Mb28,494LANGEBIO, CINVESTAV2013[125]Lešení N50: 80,839 Kb
Camptotheca acuminata Decne

(Čínský šťastný strom)

Nyssaceaechemická léčiva pro léčbu rakoviny403 Mb31,8252017[126]
Davidia involucrata Baill (holubí strom)NyssaceaeŽijící fosilie1169 Mb42,5542020[127]
Mimulus guttatusPhrymaceaemodelový systém pro studium ekologické a evoluční genetikyca 430 Mbp26,718JGI2013?[128]Lešení N50 = 1,1 Mbp

Contig N50 = 45,5 kb / s

Primula vulgaris (Společný prvosenka)PrimulaceaePoužívá se k vaření474 Mb2018[129]
Solanum lycopersicum (rajče) životopis. Heinz 1706SolanaceaePotravinářská plodinaca 900 Mbp34,727SGN2011[130] 2012[131]Sanger / 454 / Illumina / Solid

Pseudomolekuly překlenující 91 lešení (760 Mb / s, z nichž bylo orientováno 594 Mb / s)

mapovatelné přes 98% EST

Solanum aethiopicum (Etiopský lilek)SolanaceaePotravinářská plodina1,02 Gbp34,906BGI2019[132]Illumina

lešení N50: 516 100 bp

kontig N50: 25 200 bp

Coverage109 × pokrytí

Solanum pimpinellifolium (Ríbezle rajče)Solanaceaenejbližší divoký ve vztahu k rajčatům2012[131]Illumina

Contig N50: 5100 bp

~ 40x pokrytí

Solanum tuberosum (Brambor)SolanaceaePotravinářská plodina726 Mbp[133]39,031Konsorcium pro sekvenování genomu brambor (PGSC)2011[134][135]Sanger / 454 / Illumina

79,2násobné pokrytí

kontig N50: 31 429 bp

lešení N50: 1 318 511 bp

Solanum commersonii (Commander's Nighthade)SolanaceaeDivoký bramborový příbuzný838 Mbp kmer (840 Mbp)37,662UNINA, UMN, UNIVR, Sequentia Biotech, CGR2015[136]Illumina

105x pokrytí

Contig N50: 6 506 bp

lešení N50: 44 298 bp

Cuscuta campestris

(polní dodder)

Solanaceaemodelový systém pro parazitické rostliny556 Mbp kmer (581 Mbp)44,303RWTH Aachen University, Výzkumné centrum Jülich, UiT Arktická univerzita v Norsku, Helmholtz Zentrum München, Technická univerzita v Mnichově, Vídeňská univerzita2018[137]lešení N50 = 1,38 Mbp
Cuscuta australis (Jižní dodder)Solanaceaemodelový systém pro parazitické rostliny265 Mbp

kmer (273 Mbp)

19,671Botanický ústav v Kunmingu, Čínská akademie věd2018[138]lešení N50 = 5,95 Mbp

contig N50 = 3,63 Mbp

Nicotiana benthamianaSolanaceaeBlízký příbuzný tabákuca 3 Gbp2012[139]Illumina

63x pokrytí

Contig N50: 16 480 bp

lešení N50: 89 778 bp

Nalezeno> 93% unigenů

Nicotiana sylvestris (Rostlina tabáku)Solanaceaemodelový systém pro studium terpenoidní Výroba2,636 GbpPhilip Morris International2013[140]94x pokrytí

lešení N50: 79,7 kbp

194kbp superscaffoldů pomocí fyzické mapy Nicotiana

Nicotiana tomentosiformisSolanaceaePředek tabáku2,682 GBPhilip Morris International2013[140]146násobné pokrytí

lešení N50: 82,6 kb

166kbp superscaffoldů pomocí fyzické mapy Nicotiana

Capsicum annuum (Pepř)

(a) cv. CM334 (b) cv. Zunla-1

SolanaceaePotravinářská plodina~ 3,48 Gbp(a) 34 903

(b) 35 336

a) 2014[141]

b) 2014[142]

N50 kontig: (a) 30,0 kb (b) 55,4 kb

Lešení N50: (a) 2,47 Mb (b) 1,23 Mb

Capsicum annuum var. glabriusculum (Chiltepin)SolanaceaePředek pěstovaného pepře~ 3,48 Gbp34,4762014[142]N50 kontig: 52,2 kb

Lešení N50: 0,45 Mb

Petunia hybridaSolanaceaeEkonomicky důležitá květina2011[143]

Monocots

Trávy
Organismus kmenRodinaRelevantnostVelikost genomuPočet předpokládaných genůOrganizaceRok dokončeníStav sestavení
Setaria italica (Proso liška)PoaceaeModel C4 metabolismus2012[144]
Aegilops tauschii (Tauschova kozí tráva)Poaceaepředek D-genomu chlebové pšenicecca 4,36 Gb39,6222017[145]shromáždění pseudomolekul
Brachypodium distachyon (fialový falešný brome)PoaceaeJednoděložný model2010[146]
Coix lacryma-jobi L. (Jobovy slzy)PoaceaeOříznutí a použití v medicíně a zdobení1,619 GB39,6292019[147]
Dichanthelium oligosanthes (Hellerova růžová tráva)PoaceaeTráva C3 úzce souvisí s druhy C4960 MbDDPSC2016[148]
Eragrostis curvulaPoaceaedobré pro dobytek43,31 Mb56,4692019[149]
Hordeum vulgare (ječmen)PoaceaeModel ekologické adopceIBSC2012,[150] 2017[151]
Oryza brachyantha (divoká rýže)PoaceaeNemocný divoký příbuzný rýže2013[152]
Oryza glaberrima (Africká rýže) var CG14PoaceaeZápadoafrický druh rýže2010[153]
Oryza rufipogon (červená rýže)PoaceaePředchůdce Oryza sativa406 Mb37,071SIBS2012[154]Illumina HiSeq2000

100x pokrytí

Oryza sativa (dlouhozrnná rýže) ssp indicaPoaceaePlodiny a modelové obiloviny430 Mb[155]Mezinárodní projekt sekvenování genomu rýže (IRGSP)2002[156]
Oryza sativa (Rýže s krátkým zrnem) ssp japonicaPoaceaePlodiny a modelové obiloviny430 MbMezinárodní projekt sekvenování genomu rýže (IRGSP)2002[157]
Panicum virgatum (switchgrass)Poaceaebiopalivo2013?[158]
Phyllostachys edulis (moso bambus)PoaceaeBambusový textilní průmysl79,90 Mb25,2252013[159] 2018[160]
Čirok bicolor genotyp BTx623PoaceaeOříznutícca 730 Mb34,4962009[161]Contig N50: 195,4 kb / s

lešení N50: 62,4 Mb / s

Sanger, 8,5x pokrytí

WGS

Triticum aestivum (chlebová pšenice)Poaceae20% celosvětové výživy14,5 GB107,891IWGSC2018[162]shromáždění pseudomolekul
Triticum urartuPoaceaeProgenitor A-genomu chlebové pšenicecca 4,94 GBBGI2013[163]Neopakující se sekvence sestavena

Illumina WGS

Zea mays (kukuřice) ssp může B73PoaceaeObilnina2,3 Gb39,656[164]2009[165]contig N50 40kbp

lešení N50: 76kbp

Sanger, 4-6x pokrytí na BAC

Pennisetum glaucum (perlové proso)PoaceaeSubsaharské a sahelské druhy prosa~ 1,79 GB38,5792017[166]Sekvenování WGS a bakteriálního umělého chromozomu (BAC)
Ostatní netrávy
Organismus kmenRodinaRelevantnostVelikost genomuPočet předpokládaných genůPočet chromozomůOrganizaceRok dokončeníStav sestavení
Ananas bracteatus přistoupení CB5BromeliaceaePříbuzný divokého ananasu382 Mbp27,024252015[167]100 × pokrytí pomocí párovaných čtení Illumina knihoven s různými velikostmi vložek.
Ananas comosus (L.) Merr. (Ananas), odrůdy F153 a MD2BromeliaceaeEkonomicky nejcennější plodina s metabolizmem kyseliny crassulacean (CAM)382 Mb27,024252015[167]400 × Illumina čte, 2 × Moleculo syntetická dlouhá čtení, 1 × 454 čtení, 5 × PacBio jediná molekula dlouhá čtení a 9400 BAC.
Musa acuminata (Banán)MusaceaeA-genom moderních kultivarů banánů523 Mbp36,5422012[168]N50 kontig: 43,1 kb

Lešení N50: 1,3 Mb

Musa balbisiana (Divoký banán)MusaceaeB-genom moderních kultivarů banánů438 Mbp36,6382013[169]N50 kontig: 7,9 kb
Calamus simplicifolius
Arecaceaepůvodem z tropických a subtropických oblastí1,98 GB51,2352018[170]
Cocos nucifera (Kokosová palma)Arecaceaepoužívá se v potravinách a kosmetice419,67 GB2017[171]
Daemonorops jenkinsianaArecaceaepůvodem z tropických a subtropických oblastí.1,61 GB52,3422018[170]
Phoenix dactylifera (Datlovník)ArecaceaeDřevnatá plodina ve vyprahlých oblastech658 Mbp28,8002011[172]N50 kontig: 6,4 kb
Elaeis guineensis (Africká palma olejná)ArecaceaeOlejnatá plodina~ 1800 Mbp34,8002013[173]Lešení N50: 1,27 Mb
Spirodela polyrhiza (Okřehek větší)AraceaeVodní rostlina158 Mbp19,6232014[174]Lešení N50: 3,76 Mb
Phalaenopsis equestris (Schauer) Rchb.f. (Můra orchidej)OrchidaceaeChovatelský rodič mnoha moderních kultivarů a hybridů orchidejí můry.

Rostlina s metabolismus kyseliny crassulacean (VAČKA).

1600 Mbp29,4312014[175]Lešení N50: 359 115 kB

Tiskové zprávy oznamující řazení

Nesplnění kritérií prvního odstavce tohoto článku v tom, že jsou téměř úplné sekvence s vysokou kvalitou, publikované, shromážděné a veřejně dostupné. Tento seznam zahrnuje druhy, u nichž jsou sekvence oznamovány v tiskových zprávách nebo na webových stránkách, ale nikoli v publikaci bohaté na data v recenzovaném časopise recenzovaném s DOI.

Viz také

externí odkazy

Reference

  1. ^ Rensing SA, Lang D, Zimmer AD, Terry A, Salamov A, Shapiro H a kol. (Leden 2008). „Genom Physcomitrella odhaluje evoluční pohledy na dobytí půdy rostlinami“. Věda. 319 (5859): 64–9. Bibcode:2008Sci ... 319 ... 64R. doi:10.1126 / science.1150646. hdl:11858 / 00-001M-0000-0012-3787-A. PMID  18079367.
  2. ^ Bowman JL, Kohchi T, Yamato KT, Jenkins J, Shu S, Ishizaki K a kol. (Říjen 2017). „Pohledy na evoluci suchozemských rostlin získané z genomu Marchantia polymorpha“. Buňka. 171 (2): 287–304.e15. doi:10.1016 / j.cell.2017.09.030. PMID  28985561.
  3. ^ Banks JA, Nishiyama T, Hasebe M, Bowman JL, Gribskov M, dePamphilis C a kol. (Květen 2011). „Genom Selaginella identifikuje genetické změny spojené s vývojem cévnatých rostlin“. Věda. 332 (6032): 960–3. Bibcode:2011Sci ... 332..960B. doi:10.1126 / science.1203810. PMC  3166216. PMID  21551031.
  4. ^ "Phytozome". JGI MycoCosm.
  5. ^ A b Li FW, Brouwer P, Carretero-Paulet L, Cheng S, de Vries J, Delaux PM a kol. (Červenec 2018). „Genomy kapradin objasňují evoluci suchozemských rostlin a symbiózy sinic“. Přírodní rostliny. 4 (7): 460–472. doi:10.1038 / s41477-018-0188-8. PMC  6786969. PMID  29967517.
  6. ^ A b C d Stevens KA, Wegrzyn JL, Zimin A, Puiu D, Crepeau M, Cardeno C a kol. (Prosinec 2016). "Pořadí megagenomu cukrové borovice". Genetika. 204 (4): 1613–1626. doi:10.1534 / genetika.116.193227. PMC  5161289. PMID  27794028.
  7. ^ Nystedt B, Street NR, Wetterbom A, Zuccolo A, Lin YC, Scofield DG a kol. (Květen 2013). „Sekvence genomu smrku norského a vývoj genomu jehličnanu“. Příroda. 497 (7451): 579–84. Bibcode:2013Natur.497..579N. doi:10.1038 / příroda12211. PMID  23698360.
  8. ^ Birol I, Raymond A, Jackman SD, Pleasance S, Coope R, Taylor GA a kol. (Červen 2013). „Sestavení 20 Gb smrku bílého (Picea glauca) genomu z celogenomových sekvenčních dat brokovnice“. Bioinformatika. 29 (12): 1492–7. doi:10.1093 / bioinformatika / btt178. PMC  3673215. PMID  23698863.
  9. ^ Warren RL, Keeling CI, Yuen MM, Raymond A, Taylor GA, Vandervalk BP a kol. (Červenec 2015). "Vylepšené genomové seskupení smrku bílého (Picea glauca) a anotace velkých genových rodin terpenoidního metabolismu jehličnanů a obranného metabolismu fenolů". The Plant Journal. 83 (2): 189–212. doi:10.1111 / tpj.12886. PMID  26017574. S2CID  2642832.
  10. ^ Neale DB, Wegrzyn JL, Stevens KA, Zimin AV, Puiu D, Crepeau MW a kol. (Březen 2014). „Dekódování masivního genomu borovice loblolové pomocí haploidní DNA a nových montážních strategií“. Genome Biology. 15 (3): R59. doi:10.1186 / gb-2014-15-3-r59. PMC  4053751. PMID  24647006.
  11. ^ Zimin A, Stevens KA, Crepeau MW, Holtz-Morris A, Koriabine M, Marçais G, Puiu D, Roberts M, Wegrzyn JL, de Jong PJ, Neale DB, Salzberg SL, Yorke JA, Langley CH (březen 2014). „Sekvenování a shromáždění genomu borovice loblolly o velikosti 22 gb“. Genetika. 196 (3): 875–90. doi:10.1534 / genetika.113.159715. PMC  3948813. PMID  24653210.
  12. ^ Wegrzyn JL, Liechty JD, Stevens KA, Wu LS, Loopstra CA, Vasquez-Gross HA a kol. (Březen 2014). „Jedinečné rysy megagenomu borovice loblolly (Pinus taeda L.) odhalené prostřednictvím anotace sekvence“. Genetika. 196 (3): 891–909. doi:10.1534 / genetika.113.159996. PMC  3948814. PMID  24653211.
  13. ^ Guan R, Zhao Y, Zhang H, Fan G, Liu X, Zhou W a kol. (Listopad 2016). „Návrh genomu živé fosilie Ginkgo biloba“. GigaScience. 5 (1): 49. doi:10.1186 / s13742-016-0154-1. PMC  5118899. PMID  27871309.
  14. ^ Neale DB, McGuire PE, Wheeler NC, Stevens KA, Crepeau MW, Cardeno C a kol. (Září 2017). „Sekvence genomu Douglasovy jedle odhaluje specializaci fotosyntetického přístroje v Pinaceae“. G3. 7 (9): 3157–3167. doi:10,1534 / g3,117,300078. PMID  28751502.
  15. ^ Wan T, Liu ZM, Li LF, Leitch AR, Leitch IJ, Lohaus R a kol. (Únor 2018). „Genom pro gnetofyty a časný vývoj semenných rostlin“. Přírodní rostliny. 4 (2): 82–89. doi:10.1038 / s41477-017-0097-2. PMID  29379155.
  16. ^ Kuzmin DA, Feranchuk SI, Sharov VV, Cybin AN, Makolov SV, Putintseva YA a kol. (Únor 2019). „Postupný postup shromažďování velkého genomu: případ modřínu sibiřského (Larix sibirica Ledeb)“. BMC bioinformatika. 20 (Suppl 1): 37. doi:10,1186 / s12859-018-2570-r. PMC  6362582. PMID  30717661.
  17. ^ Mosca E, Cruz F, Gómez-Garrido J, Bianco L, Rellstab C, Brodbeck S a kol. (Červenec 2019). „Abies alba Mill.): Genomický zdroj generovaný komunitou“. G3. 9 (7): 2039–2049. doi:10,1534 / g3,119,400083. PMID  31217262.
  18. ^ Amborella Genome Project (prosinec 2013). „Amborella genom a vývoj kvetoucích rostlin“. Věda. 342 (6165): 1241089. doi:10.1126 / science.1241089. PMID  24357323. S2CID  202600898.
  19. ^ "Amborella Genome Database". Penn State University. Archivovány od originál dne 28. 06. 2013.
  20. ^ Ming R, VanBuren R, Liu Y, Yang M, Han Y, Li LT a kol. (Květen 2013). „Genom dlouho žijícího posvátného lotosu (Nelumbo nucifera Gaertn.)“. Genome Biology. 14 (5): R41. doi:10.1186 / gb-2013-14-5-r41. PMC  4053705. PMID  23663246.
  21. ^ "Aquilegia caerulea". Phytozome v9.1. Archivovány od originál dne 2015-02-20. Citováno 2013-07-10.
  22. ^ Strijk JS, Hinsinger DD, Zhang F, Cao K (listopad 2019). „Trochodendron aralioides, první koncept genomu na úrovni chromozomů v Trochodendrales a cenný zdroj pro výzkum bazálního eudikotu“. GigaScience. 8 (11). doi:10.1093 / gigascience / giz136. PMC  6859433. PMID  31738437.
  23. ^ Dohm JC, Minoche AE, Holtgräwe D, Capella-Gutiérrez S, Zakrzewski F, Tafer H a kol. (Leden 2014). „Genom nedávno udomácněné rostlinné cukrové řepy (Beta vulgaris)“. Příroda. 505 (7484): 546–9. Bibcode:2014Natur.505..546D. doi:10.1038 / příroda12817. PMID  24352233.
  24. ^ A b Jarvis DE, Ho YS, Lightfoot DJ, Schmöckel SM, Li B, Borm TJ a kol. (Únor 2017). „Genom Chenopodium quinoa“. Příroda. 542 (7641): 307–312. Bibcode:2017Natur.542..307J. doi:10.1038 / nature21370. PMID  28178233.
  25. ^ Clouse JW, Adhikary D, Page JT, Ramaraj T, Deyholos MK, Udall JA, Fairbanks DJ, Jellen EN, Maughan PJ (březen 2016). „Amarantový genom: shromáždění genomu, transkriptomu a fyzické mapy“. Rostlinný genom. 9 (1): 0. doi:10,3835 / plantgenome2015.07.0062. PMID  27898770.
  26. ^ "Phytozome". phytozome.jgi.doe.gov. Citováno 2017-06-21.
  27. ^ A b Copetti D, Búrquez A, Bustamante E, Charboneau JLM, Childs KL, Eguiarte LE a kol. (Listopad 2017). „Rozsáhlá diskordance genového stromu a hemiplasie formovaly genomy severoamerických sloupovitých kaktusů“. Proc Natl Acad Sci U S A. 114 (45): 12003–12008. doi:10.1073 / pnas.1706367114. PMC  5692538. PMID  29078296.
  28. ^ Wang L, Ma G, Wang H, Cheng C, Mu S, Quan W a kol. (Září 2019). „Návrh genomového shromáždění halofytu Suaeda aralocaspica, rostliny, která provádí fotosyntézu C4 v jednotlivých buňkách“. GigaScience. 8 (9). doi:10.1093 / gigascience / giz116. PMC  6741815. PMID  31513708.
  29. ^ Sturtevant D, Lu S, Zhou ZW, Shen Y, Wang S, Song JM a kol. (Březen 2020). „Simmondsia chinensis): Taxonomicky izolovaný druh, který řídí akumulaci esteru vosku v semenech“. Vědecké zálohy. 6 (11): eaay3240. doi:10.1126 / sciadv.aay3240. PMC  7065883. PMID  32195345.
  30. ^ A b C d E Chang Y, Liu H, Liu M, Liao X, Sahu SK, Fu Y a kol. (Březen 2019). „Návrh genomů pěti zemědělsky důležitých afrických osiřelých plodin“. GigaScience. 8 (3). doi:10.1093 / gigascience / giy152. PMC  6405277. PMID  30535374.
  31. ^ Chang Y, Liu H, Liu M, Liao X, Sahu SK, Fu Y a kol. (2018). "Genomická data Maruly (Sclerocarya birrea)". Datová sada GigaDB. Databáze GigaScience. doi:10.5524/101057.
  32. ^ A b Salojärvi J, Smolander OP a kol. (Květen 2017). „Sekvenování genomu a populační genomové analýzy poskytují pohled do adaptivní krajiny břízy stříbrné“. Genetika přírody. 49 (6): 904–912. doi:10,1038 / ng.3862. PMID  28481341.
  33. ^ Wang N, Thomson M, Bodles WJ, Crawford RM, Hunt HV, Featherstone AW, Pellicer J, Buggs RJ (červen 2013). "Sekvence genomu břízy trpasličí (Betula nana) a mezidruhových markerů RAD". Molekulární ekologie. 22 (11): 3098–111. doi:10.1111 / mec.12131. PMID  23167599.
  34. ^ A b C d Haudry A, Platts AE, Vello E, Hoen DR, Leclercq M, Williamson RJ, et al. (Srpen 2013). „Atlas více než 90 000 konzervovaných nekódujících sekvencí poskytuje vhled do regulačních oblastí s kruhovým křížem“. Genetika přírody. 45 (8): 891–8. doi:10,1038 / ng.2684. PMID  23817568.
  35. ^ A b Hu TT, Pattyn P, Bakker EG, Cao J, Cheng JF, Clark RM a kol. (Květen 2011). „Sekvence genomu Arabidopsis lyrata a základ rychlé změny velikosti genomu“. Genetika přírody. 43 (5): 476–81. doi:10,1038 / ng.807. PMC  3083492. PMID  21478890.
  36. ^ „Aktualizovaná poznámka k genomu Col-0 (oficiální vydání Araport11) Aktualizováno červen 2016 | Araport“. www.araport.org. Citováno 2019-03-18.
  37. ^ Arabidopsis Genome Initiative (prosinec 2000). „Analýza genomové sekvence kvetoucí rostliny Arabidopsis thaliana“. Příroda. 408 (6814): 796–815. Bibcode:2000Natur.408..796T. doi:10.1038/35048692. PMID  11130711.
  38. ^ Byrne SL, Erthmann PØ, Agerbirk N, Bak S, Hauser TP, Nagy I, Paina C, Asp T (leden 2017). „Sekvence genomu Barbarea vulgaris usnadňuje studium ekologické biochemie“. Vědecké zprávy. 7: 40728. Bibcode:2017NatSR ... 740728B. doi:10.1038 / srep40728. PMC  5240624. PMID  28094805.
  39. ^ Wang X, Wang H, Wang J, Sun R, Wu J, Liu S a kol. (Srpen 2011). „Genom mezopolyploidního druhu plodiny Brassica rapa“. Genetika přírody. 43 (10): 1035–9. doi:10,1038 / ng. 919. PMID  21873998.
  40. ^ Chalhoub B, Denoeud F, Liu S, Parkin IA, Tang H, Wang X a kol. (Srpen 2014). "Genetika rostlin. Včasná evoluce alopolyploidů v genomu olejnatých semen po neolitu Brassica napus". Věda. 345 (6199): 950–3. Bibcode:2014Sci ... 345..950C. doi:10.1126 / science.1253435. PMID  25146293. Shrnutí ležel – IRNA.
  41. ^ "Capsella rubeola". Phytozome v9.1. Archivovány od originál dne 2015-04-26. Citováno 2013-07-09.
  42. ^ Slotte T, Hazzouri KM, Ågren JA, Koenig D, Maumus F, Guo YL a kol. (Červenec 2013). „Genom Capella rubeoly a genomické důsledky rychlého vývoje systému páření“. Genetika přírody. 45 (7): 831–5. doi:10,1038 / ng.2669. PMID  23749190.
  43. ^ Gan X, Hay A, Kwantes M, Haberer G, Hallab A, Ioio RD a kol. (Říjen 2016). „Genamin Cardamine hirsuta nabízí pohled na vývoj morfologické rozmanitosti“. Přírodní rostliny. 2 (11): 16167. doi:10.1038 / nplants.2016.167. PMID  27797353.
  44. ^ Bell, Luke; Chadwick, Martin; Puranik, Manik; Tudor, Richard; Methven, Lisa; Kennedy, Sue; Wagstaff, Carol (2020). „Genom a transkriptom Eruca sativa: Cílená analýza metabolismu síry a biosyntézy glukosinolátu před a po sklizni“. Hranice ve vědě o rostlinách. 11. doi:10.3389 / fpls.2020.525102. ISSN  1664-462X.
  45. ^ „Místo genomu Erysimum“. www.erysimum.org. 17. září 2019.
  46. ^ Züst, Tobias; Strickler, Susan R; Powell, Adrian F; Mabry, Makenzie E; An, Hong; Mirzaei, Mahdieh; York, Thomas; Holland, Cynthia K; Kumar, Pavan; Erb, Matthias; Petschenka, Georg; Gómez, José-María; Perfectti, Francsco; Müller, Caroline; Pires, J Chris; Mueller, Lukas; Jander, Georg (07.04.2020). „Nezávislý vývoj rodové a nové obrany v rodu toxických rostlin (Erysimum, Brassicaceae)“. eLife. 9: e51712. doi:10,7554 / eLife.51712. ISSN  2050-084X. PMC  7180059. PMID  32252891.
  47. ^ Yang R, Jarvis DE, Chen H, Beilstein MA, Grimwood J, Jenkins J, Shu S, Prochnik S, Xin M, Ma C, Schmutz J, Wing RA, Mitchell-Olds T, Schumaker KS, Wang X (2013). „Referenční genom halofytické rostliny Eutrema salsugineum“. Hranice ve vědě o rostlinách. 4: 46. doi:10.3389 / fpls.2013.00046. PMC  3604812. PMID  23518688.
  48. ^ Dassanayake M, Oh DH, Haas JS, Hernandez A, Hong H, Ali S a kol. (Srpen 2011). „Genom extremofilního crucifera Thellungiella parvula“. Genetika přírody. 43 (9): 913–8. doi:10,1038 / ng.889. PMC  3586812. PMID  21822265.
  49. ^ van Bakel H, Stout JM, Cote AG, Tallon CM, Sharpe AG, Hughes TR, Page JE (říjen 2011). „Návrh genomu a transkriptomu Cannabis sativa“. Genome Biology. 12 (10): R102. doi:10.1186 / gb-2011-12-10-r102. PMC  3359589. PMID  22014239.
  50. ^ Ming R, Hou S, Feng Y, Yu Q, Dionne-Laporte A, Saw JH a kol. (Duben 2008). „Návrhový genom transgenního tropického ovocného stromu papája (Carica papaya Linnaeus)“. Příroda. 452 (7190): 991–6. Bibcode:2008 Natur.452..991M. doi:10.1038 / nature06856. PMC  2836516. PMID  18432245.
  51. ^ Ye G, Zhang H, Chen B, Nie S, Liu H, Gao W a kol. (Únor 2019). „Sestavení genomu de novo stresově odolných lesních druhů Casuarina equisetifolia poskytuje pohled na sekundární růst“. The Plant Journal. 97 (4): 779–794. doi:10.1111 / tpj.14159. PMID  30427081.
  52. ^ Yang X, Hu R, Yin H, Jenkins J, Shu S, Tang H a kol. (Prosinec 2017). „Kalanchoëův genom poskytuje pohled na konvergentní evoluci a stavební kameny metabolismu kyseliny crassulacean“. Příroda komunikace. 8 (1): 1899. Bibcode:2017NatCo ... 8,1899Y. doi:10.1038 / s41467-017-01491-7. PMC  5711932. PMID  29196618.
  53. ^ Fu Y, Li L, Hao S, Guan R, Fan G, Shi C a kol. (Červen 2017). „Návrh sekvence genomu tibetské léčivé byliny Rhodiola crenulata“. GigaScience. 6 (6): 1–5. doi:10.1093 / gigascience / gix033. PMC  5530320. PMID  28475810.
  54. ^ Guo S, Zhang J, Sun H, Salse J, Lucas WJ, Zhang H a kol. (Leden 2013). „Návrh genomu melounu (Citrullus lanatus) a resekvenování 20 různých přístupů“. Genetika přírody. 45 (1): 51–8. doi:10,1038 / ng.2470. hdl:2434/619399. PMID  23179023.
  55. ^ Garcia-Mas J, Benjak A, Sanseverino W, Bourgeois M, Mir G, González VM a kol. (Červenec 2012). „Genom melounu (Cucumis melo L.)“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 109 (29): 11872–7. Bibcode:2012PNAS..10911872G. doi:10.1073 / pnas.1205415109. PMC  3406823. PMID  22753475.
  56. ^ Huang S, Li R, Zhang Z, Li L, Gu X, Fan W a kol. (Prosinec 2009). „Genom okurky, Cucumis sativus L“. Genetika přírody. 41 (12): 1275–81. doi:10,1038 / ng.475. PMID  19881527.
  57. ^ Barrera-Redondo J, Ibarra-Laclette E, Vázquez-Lobo A, Gutiérrez-Guerrero YT, Sánchez de la Vega G, Piñero D a kol. (Duben 2019). „Genom Cucurbita argyrosperma (tykev stříbrná) odhaluje rychlejší rychlost proteinu kódujícího gen a dlouhý nekódující obrat RNA a nefunkčnost v Cucurbitě“. Molekulární rostlina. 12 (4): 506–520. doi:10.1016 / j.molp.2018.12.023. PMID  30630074.
  58. ^ Xia M, Han X, He H, Yu R, Zhen G, Jia X a kol. (Červen 2018). „Vylepšené sestavení genomu de novo a analýza čínského dýně Siraitia grosvenorii, také známého jako ovoce mnicha nebo luo-han-guo“. GigaScience. 7 (6). doi:10.1093 / gigascience / giy067. PMC  6007378. PMID  29893829.
  59. ^ Rahman AY, Usharraj AO, Misra BB, Thottathil GP, Jayasekaran K, Feng Y a kol. (Únor 2013). „Návrh sekvence genomu gumovníkového stromu Hevea brasiliensis“. BMC Genomics. 14: 75. doi:10.1186/1471-2164-14-75. PMC  3575267. PMID  23375136.
  60. ^ Sato S, Hirakawa H, Isobe S, Fukai E, Watanabe A, Kato M a kol. (Únor 2011). „Sekvenční analýza genomu stromu nesoucího olej, Jatropha curcas L“. Výzkum DNA. 18 (1): 65–76. doi:10.1093 / dnares / dsq030. PMC  3041505. PMID  21149391.
  61. ^ Prochnik a kol. (2012), J. Tropical Plant Biology
  62. ^ Chan AP, Crabtree J, Zhao Q, Lorenzi H, Orvis J, Puiu D a kol. (Září 2010). "Návrh sekvence genomu druhu Ricinus communis". Přírodní biotechnologie. 28 (9): 951–6. doi:10.1038 / nbt.1674. PMC  2945230. PMID  20729833.
  63. ^ Gao F, Wang X, Li X, Xu M, Li H, Abla M a kol. (Červenec 2018). „Dlouhé čtení a de novo genomové shromáždění Ammopiptanthus nanus, pouštní keř“. GigaScience. 7 (7). doi:10.1093 / gigascience / giy074. PMC  6048559. PMID  29917074.
  64. ^ Singh NK, Gupta DK, Jayaswal PK, Mahato AK, Dutta S, Singh S a kol. (2012). „První návrh sekvence genomu holuba“. Journal of Plant Biochemistry and Biotechnology. 21 (1): 98–112. doi:10.1007 / s13562-011-0088-8. PMC  3886394. PMID  24431589.
  65. ^ Varshney RK, Chen W, Li Y, Bharti AK, Saxena RK, Schlueter JA a kol. (Listopad 2011). „Návrh sekvence genomu holubů (Cajanus cajan), osamělé luštěniny plodin farmářů chudých na zdroje“. Přírodní biotechnologie. 30 (1): 83–9. doi:10.1038 / nbt.2022. PMID  22057054.
  66. ^ A b Bertioli DJ, Cannon SB, Froenicke L, Huang G, Farmer AD, Cannon EK a kol. (Duben 2016). „Sekvence genomu Arachis duranensis a Arachis ipaensis, diploidní předkové kultivovaných arašídů“. Genetika přírody. 48 (4): 438–46. doi:10,1038 / ng. 3517. PMID  26901068.
  67. ^ Varshney RK, Song C, Saxena RK, Azam S, Yu S, Sharpe AG a kol. (Březen 2013). „Návrh sekvence genomu cizrny (Cicer arietinum) poskytuje zdroj pro zlepšení vlastností“ (PDF). Přírodní biotechnologie. 31 (3): 240–6. doi:10.1038 / nbt.2491. PMID  23354103.
  68. ^ Jain M, Misra G, Patel RK, Priya P, Jhanwar S, Khan AW a kol. (Červen 2013). "Návrh sekvence genomu pulzové cizrny (Cicer arietinum L.)". The Plant Journal. 74 (5): 715–29. doi:10.1111 / tpj.12173. PMID  23489434.
  69. ^ Hong Z, Li J, Liu X, Lian J, Zhang N, Yang Z a kol. (Srpen 2020). „Konceptový genom na úrovni chromozomu Dalbergia odorifera“. GigaScience. 9 (8). doi:10.1093 / gigascience / giaa084. PMC  7433187. PMID  32808664.
  70. ^ „Datová sada GigaDB - DOI 10.5524 / 101054 - genomická data akátu Apple-Ring (Faidherbia albida)“. gigadb.org. Citováno 2019-06-19.
  71. ^ Schmutz J, Cannon SB, Schlueter J, Ma J, Mitros T, Nelson W a kol. (Leden 2010). "Sekvence genomu paleopolyploidní sóji". Příroda. 463 (7278): 178–83. Bibcode:2010Natur.463..178S. doi:10.1038 / nature08670. PMID  20075913.
  72. ^ Chang Y, Liu H, Liu M, Liao X, Sahu SK, Fu Y a kol. (2018). "Genomická data hyacintové fazole (Lablab purpureus)". Datová sada GigaDB. Databáze GigaScience. doi:10.5524/101056.
  73. ^ Sato S, Nakamura Y, Kaneko T, Asamizu E, Kato T, Nakao M a kol. (Srpen 2008). "Genomová struktura luštěniny, Lotus japonicus". Výzkum DNA. 15 (4): 227–39. doi:10.1093 / dnares / dsn008. PMC  2575887. PMID  18511435.
  74. ^ Young ND, Debellé F, Oldroyd GE, Geurts R, Cannon SB, Udvardi MK a kol. (Listopad 2011). „Genom Medicago poskytuje pohled do vývoje rhizobiální symbiózy“. Příroda. 480 (7378): 520–4. Bibcode:2011 Natur.480..520Y. doi:10.1038 / příroda10625. PMC  3272368. PMID  22089132.
  75. ^ „Phaseolus vulgaris v1.0“. Phytozome v9.1. Archivovány od originál dne 2015-04-15. Citováno 2013-07-09.
  76. ^ „Datová sada GigaDB - DOI 10.5524 / 101055 - genomická data podzemnice bambarské (Vigna subterranea)“. gigadb.org. Citováno 2019-06-19.
  77. ^ Xing Y, Liu Y, Zhang Q, Nie X, Sun Y, Zhang Z a kol. (Září 2019). "Hybrid de novo genomové shromáždění čínského kaštanu (Castanea mollissima)". GigaScience. 8 (9). doi:10.1093 / gigascience / giz112. PMC  6741814. PMID  31513707.
  78. ^ A b Huang Y, Xiao L, Zhang Z, Zhang R, Wang Z, Huang C a kol. (Květen 2019). „Genomy pekanového ořechu a čínského ořechu poskytují pohled na evoluci Carya a výživu ořechů“. GigaScience. 8 (5). doi:10.1093 / gigascience / giz036. PMC  6497033. PMID  31049561.
  79. ^ Zhang J, Zhang W, Ji F, Qiu J, Song X, Bu D a kol. (Leden 2020). „Vysoce kvalitní sestava genomu ořechu odhaluje rozsáhlé odchylky genové exprese po duplikaci celého genomu“. Plant Biotechnology Journal. n / a (n / a). doi:10,1111 / pbi.13350. PMID  32004401.
  80. ^ Ning DL, Wu T, Xiao LJ, Ma T, Fang WL, Dong RQ, Cao FL (únor 2020). „Sestavení genomu Juglans sigillata na chromozomální úrovni pomocí Nanopore, BioNano a Hi-C analýzy“. GigaScience. 9 (2). doi:10.1093 / gigascience / giaa006. PMC  7043058. PMID  32101299.
  81. ^ Wang Z, Hobson N, Galindo L, Zhu S, Shi D, McDill J a kol. (Listopad 2012). „Genom lnu (Linum usitatissimum) shromážděný de novo z krátké sekvence brokovnice zní“. The Plant Journal. 72 (3): 461–73. doi:10.1111 / j.1365-313X.2012.05093.x. PMID  22757964.
  82. ^ Gao Y, Wang H, Liu C, Chu H, Dai D, Song S a kol. (Květen 2018). „Sestavení genomu de novo z bavlny červeného hedvábí (Bombax ceiba)“. GigaScience. 7 (5). doi:10.1093 / gigascience / giy051. PMC  5967522. PMID  29757382.
  83. ^ Teh BT, Lim K, Yong CH, Ng CC, Rao SR, Rajasegaran V, et al. (Listopad 2017). „Návrhový genom tropického ovoce durian (Durio zibethinus)“. Genetika přírody. 49 (11): 1633–1641. doi:10.1038 / ng.3972. PMID  28991254.
  84. ^ „Gossypium raimondii v2.1“. Phytozome v9.1. Archivovány od originál dne 2015-02-18. Citováno 2013-07-10.
  85. ^ Argout X, Salse J, Aury JM, Guiltinan MJ, Droc G, Gouzy J a kol. (Únor 2011). „Genom Theobroma cacao“. Genetika přírody. 43 (2): 101–8. doi:10,1038 / ng. 736. PMID  21186351.
  86. ^ Pennisi E (září 2010). „Vědecké publikování. Vědci v oblasti genomiky rozrušili publicitu soupeřů“. Věda. 329 (5999): 1585. Bibcode:2010Sci ... 329.1585P. doi:10.1126 / science.329.5999.1585. PMID  20929817.
  87. ^ Motamayor JC, Mockaitis K, Schmutz J, Haiminen N, Livingstone D, Cornejo O a kol. (Červen 2013). "The genome sequence of the most widely cultivated cacao type and its use to identify candidate genes regulating pod color". Genome Biology. 14 (6): r53. doi:10.1186/gb-2013-14-6-r53. PMC  4053823. PMID  23731509.
  88. ^ Cornejo OE, Yee MC, Dominguez V, Andrews M, Sockell A, Strandberg E, et al. (2018-10-16). "Theobroma cacao L., provide insights into its domestication process". Communications Biology. 1 (1): 167. doi:10.1038/s42003-018-0168-6. PMC  6191438. PMID  30345393.
  89. ^ Krishnan NM, Pattnaik S, Jain P, Gaur P, Choudhary R, Vaidyanathan S, et al. (Září 2012). "A draft of the genome and four transcriptomes of a medicinal and pesticidal angiosperm Azadirachta indica". BMC Genomics. 13: 464. doi:10.1186/1471-2164-13-464. PMC  3507787. PMID  22958331.
  90. ^ Krishnan NM, Pattnaik S, Deepak SA, Hariharan AK, Gaur P, Chaudhary R, Jain P, Vaidyanathan S, Bharath Krishna PG, Panda B (25 December 2011). "De novo sequencing and assembly ofAzadirachta indica fruit transcriptome" (PDF). Současná věda. 101 (12): 1553–61.
  91. ^ Chang Y, Liu H, Liu M, Liao X, Sahu SK, Fu Y, et al. (2018). "Genomic data of the Horseradish Tree (Moringa oleifera)". GigaDB Dataset. Databáze GigaScience. doi:10.5524/101058.
  92. ^ Myburg AA, Grattapaglia D, Tuskan GA, Hellsten U, Hayes RD, Grimwood J, et al. (June 2014). "The genome of Eucalyptus grandis". Příroda. 510 (7505): 356–62. Bibcode:2014Natur.510..356M. doi:10.1038/nature13308. PMID  24919147.
  93. ^ Wang W, Das A, Kainer D, Schalamun M, Morales-Suarez A, Schwessinger B, Lanfear R (January 2020). "The draft nuclear genome assembly of Eucalyptus pauciflora: a pipeline for comparing de novo assemblies". GigaScience. 9 (1). doi:10.1093/gigascience/giz160. PMC  6939829. PMID  31895413.
  94. ^ Jiang S, An H, Xu F, Zhang X (March 2020). "Chromosome-level genome assembly and annotation of the loquat (Eriobotrya japonica) genome". GigaScience. 9 (3). doi:10.1093/gigascience/giaa015. PMC  7059265. PMID  32141509.
  95. ^ Shulaev V, Sargent DJ, Crowhurst RN, Mockler TC, Folkerts O, Delcher AL, et al. (Únor 2011). "The genome of woodland strawberry (Fragaria vesca)". Genetika přírody. 43 (2): 109–16. doi:10.1038/ng.740. PMC  3326587. PMID  21186353.
  96. ^ Velasco R, Zharkikh A, Affourtit J, Dhingra A, Cestaro A, Kalyanaraman A, et al. (Říjen 2010). "The genome of the domesticated apple (Malus × domestica Borkh.)". Genetika přírody. 42 (10): 833–9. doi:10.1038/ng.654. PMID  20802477.
  97. ^ A b C "Four Rosaceae Genomes Released". Gramene: A Resource for Comparative Plant Genomics. 11 June 2013.
  98. ^ Zhang Q, Chen W, Sun L, Zhao F, Huang B, Yang W, et al. (2012). "The genome of Prunus mume". Příroda komunikace. 3: 1318. Bibcode:2012NatCo...3.1318Z. doi:10.1038/ncomms2290. PMC  3535359. PMID  23271652.
  99. ^ Verde I, Abbott AG, Scalabrin S, Jung S, Shu S, Marroni F, et al. (Květen 2013). "The high-quality draft genome of peach (Prunus persica) identifies unique patterns of genetic diversity, domestication and genome evolution". Genetika přírody. 45 (5): 487–94. doi:10.1038/ng.2586. hdl:2434/218547. PMID  23525075.
  100. ^ Wu J, Wang Z, Shi Z, Zhang S, Ming R, Zhu S, et al. (Únor 2013). "The genome of the pear (Pyrus bretschneideri Rehd.)". Výzkum genomu. 23 (2): 396–408. doi:10.1101/gr.144311.112. PMC  3561880. PMID  23149293.
  101. ^ VanBuren R, Wai CM, Colle M, Wang J, Sullivan S, Bushakra JM, et al. (Srpen 2018). "A near complete, chromosome-scale assembly of the black raspberry (Rubus occidentalis) genome". GigaScience. 7 (8). doi:10.1093/gigascience/giy094. PMC  6131213. PMID  30107523.
  102. ^ A b "Citrus clementina". Phytozome v9.1. Archivovány od originál on 2015-02-19. Citováno 2013-07-10.
  103. ^ Xu Q, Chen LL, Ruan X, Chen D, Zhu A, Chen C, et al. (Leden 2013). "The draft genome of sweet orange (Citrus sinensis)". Genetika přírody. 45 (1): 59–66. doi:10.1038/ng.2472. PMID  23179022.
  104. ^ Tuskan GA, Difazio S, Jansson S, Bohlmann J, Grigoriev I, Hellsten U, et al. (Září 2006). "The genome of black cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray)". Věda. 313 (5793): 1596–604. Bibcode:2006Sci...313.1596T. doi:10.1126/science.1128691. PMID  16973872.
  105. ^ Yang W, Wang K, Zhang J, Ma J, Liu J, Ma T (September 2017). "The draft genome sequence of a desert tree Populus pruinosa". GigaScience. 6 (9): 1–7. doi:10.1093/gigascience/gix075. PMC  5603765. PMID  28938721.
  106. ^ Ma Q, Sun T, Li S, Wen J, Zhu L, Yin T, et al. (Srpen 2020). "The Acer truncatum genome provides insights into the nervonic acid biosynthesis". The Plant Journal. n / a (n / a). doi:10.1111/tpj.14954. PMID  32772482.
  107. ^ Yang J, Wariss HM, Tao L, Zhang R, Yun Q, Hollingsworth P, et al. (July 2019). "De novo genome assembly of the endangered Acer yangbiense, a plant species with extremely small populations endemic to Yunnan Province, China". GigaScience. 8 (7). doi:10.1093/gigascience/giz085. PMC  6629541. PMID  31307060.
  108. ^ Lin Y, Min J, Lai R, Wu Z, Chen Y, Yu L, et al. (Květen 2017). "Genome-wide sequencing of longan (Dimocarpus longan Lour.) provides insights into molecular basis of its polyphenol-rich characteristics". GigaScience. 6 (5): 1–14. doi:10.1093/gigascience/gix023. PMC  5467034. PMID  28368449.
  109. ^ Bi Q, Zhao Y, Du W, Lu Y, Gui L, Zheng Z, et al. (Červen 2019). "Pseudomolecule-level assembly of the Chinese oil tree yellowhorn (Xanthoceras sorbifolium) genome". GigaScience. 8 (6). doi:10.1093/gigascience/giz070. PMC  6593361. PMID  31241154.
  110. ^ Liang Q, Li H, Li S, Yuan F, Sun J, Duan Q, et al. (Červen 2019). "The genome assembly and annotation of yellowhorn (Xanthoceras sorbifolium Bunge)". GigaScience. 8 (6). doi:10.1093/gigascience/giz071. PMC  6593362. PMID  31241155.
  111. ^ Ding X, Mei W, Lin Q, Wang H, Wang J, Peng S, et al. (Březen 2020). "Genome sequence of the agarwood tree Aquilaria sinensis (Lour.) Spreng: the first chromosome-level draft genome in the Thymelaeceae family". GigaScience. 9 (3). doi:10.1093/gigascience/giaa013. PMC  7050300. PMID  32118265.
  112. ^ Jaillon O, Aury JM, Noel B, Policriti A, Clepet C, Casagrande A a kol. (Září 2007). „Sekvence genomu vinné révy naznačuje rodovou hexaploidizaci u hlavních krytosemenných rostlin“. Příroda. 449 (7161): 463–7. Bibcode:2007Natur.449..463J. doi:10.1038 / nature06148. PMID  17721507.
  113. ^ Weitemier K, Straub SC, Fishbein M, Bailey CD, Cronn RC, Liston A (2019-09-20). "A draft genome and transcriptome of common milkweed (Asclepias syriaca) as resources for evolutionary, ecological, and molecular studies in milkweeds and Apocynaceae". PeerJ. 7: e7649. doi:10.7717/peerj.7649. ISSN  2167-8359. PMC  6756140. PMID  31579586.
  114. ^ Yang J, Zhang G, Zhang J, Liu H, Chen W, Wang X, et al. (Červen 2017). "Hybrid de novo genome assembly of the Chinese herbal fleabane Erigeron breviscapus". GigaScience. 6 (6): 1–7. doi:10.1093/gigascience/gix028. PMC  5449645. PMID  28431028.
  115. ^ "The Sunflower Genome Database".
  116. ^ Badouin H, Gouzy J, Grassa CJ, Murat F, Staton SE, Cottret L, et al. (2017). "The sunflower genome provides insights into oil metabolism, flowering and Asterid evolution". Příroda. 546 (7656): 148–152. Bibcode:2017Natur.546..148B. doi:10.1038/nature22380. PMID  28538728.
  117. ^ Reyes-Chin-Wo S, Wang Z, Yang X, Kozik A, Arikit S, Song C, et al. (2017). "Genome assembly with in vitro proximity ligation data and whole-genome triplication in lettuce". Příroda komunikace. 8: 14953. Bibcode:2017NatCo...814953R. doi:10.1038/ncomms14953. PMC  5394340. PMID  28401891.
  118. ^ Silva-Junior OB, Grattapaglia D, Novaes E, Collevatti RG (January 2018). "Genome assembly of the Pink Ipê (Handroanthus impetiginosus, Bignoniaceae), a highly valued, ecologically keystone Neotropical timber forest tree". GigaScience. 7 (1): 1–16. doi:10.1093/gigascience/gix125. PMC  5905499. PMID  29253216.
  119. ^ Zhu QG, Xu Y, Yang Y, Guan CF, Zhang QY, Huang JW, et al. (2019-12-18). "Diospyros oleifera Cheng) genome provides new insights into the inheritance of astringency and ancestral evolution". Výzkum zahradnictví. 6 (1): 138. doi:10.1038/s41438-019-0227-2. PMC  6917749. PMID  31871686.
  120. ^ Suo Y, Sun P, Cheng H, Han W, Diao S, Li H, et al. (Leden 2020). "A high-quality chromosomal genome assembly of Diospyros oleiferaCheng". GigaScience. 9 (1). doi:10.1093/gigascience/giz164. PMC  6964648. PMID  31944244.
  121. ^ Zhang G, Tian Y, Zhang J, Shu L, Yang S, Wang W, et al. (2015-12-01). "Hybrid de novo genome assembly of the Chinese herbal plant danshen (Salvia miltiorrhiza Bunge)". GigaScience. 4 (1): 62. doi:10.1186/s13742-015-0104-3. PMC  4678694. PMID  26673920.
  122. ^ Hamilton JP, Godden GT, Lanier E, Bhat WW, Kinser TJ, Vaillancourt B, et al. (Září 2020). "Generation of a chromosome-scale genome assembly of the insect-repellent terpenoid-producing Lamiaceae species, Callicarpa americana". GigaScience. 9 (9). doi:10.1093/gigascience/giaa093. PMID  32893861.
  123. ^ Vining KJ, Johnson SR, Ahkami A, Lange I, Parrish AN, Trapp SC, et al. (Únor 2017). "Draft Genome Sequence of Mentha longifolia and Development of Resources for Mint Cultivar Improvement". Molekulární rostlina. 10 (2): 323–339. doi:10.1016/j.molp.2016.10.018. PMID  27867107.
  124. ^ Zhao D, Hamilton JP, Bhat WW, Johnson SR, Godden GT, Kinser TJ, et al. (Březen 2019). "A chromosomal-scale genome assembly of Tectona grandis reveals the importance of tandem gene duplication and enables discovery of genes in natural product biosynthetic pathways". GigaScience. 8 (3). doi:10.1093/gigascience/giz005. PMC  6394206. PMID  30698701.
  125. ^ Ibarra-Laclette E, Lyons E, Hernández-Guzmán G, Pérez-Torres CA, Carretero-Paulet L, Chang TH, et al. (June 2013). "Architecture and evolution of a minute plant genome". Příroda. 498 (7452): 94–8. Bibcode:2013Natur.498...94I. doi:10.1038/nature12132. PMC  4972453. PMID  23665961.
  126. ^ Zhao D, Hamilton JP, Pham GM, Crisovan E, Wiegert-Rininger K, Vaillancourt B, et al. (Září 2017). "De novo genome assembly of Camptotheca acuminata, a natural source of the anti-cancer compound camptothecin". GigaScience. 6 (9): 1–7. doi:10.1093/gigascience/gix065. PMC  5737489. PMID  28922823.
  127. ^ Chen Y, Ma T, Zhang L, Kang M, Zhang Z, Zheng Z, et al. (Leden 2020). "Genomic analyses of a "living fossil": The endangered dove-tree". Zdroje molekulární ekologie. n / a (n / a). doi:10.1111/1755-0998.13138. PMID  31970919.
  128. ^ "Mimulus guttatus". Phytozome v9.1. Archivovány od originál dne 16. února 2015.
  129. ^ Cocker JM, Wright J, Li J, Swarbreck D, Dyer S, Caccamo M, Gilmartin PM (December 2018). "Primula vulgaris (primrose) genome assembly, annotation and gene expression, with comparative genomics on the heterostyly supergene". Vědecké zprávy. 8 (1): 17942. Bibcode:2018NatSR...817942C. doi:10.1038/s41598-018-36304-4. PMC  6299000. PMID  30560928.
  130. ^ "Details for species Solanum lycopersicum". Sol Genomics Network.
  131. ^ A b Tomato Genome Consortium (May 2012). "The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution". Příroda. 485 (7400): 635–41. Bibcode:2012Natur.485..635T. doi:10.1038/nature11119. PMC  3378239. PMID  22660326.
  132. ^ Song B, Song Y, Fu Y, Kizito EB, Kamenya SN, Kabod PN, et al. (2019-10-01). „Návrh sekvence genomu Solanum aethiopicum poskytuje pohled na odolnost vůči chorobám, toleranci vůči suchu a vývoj genomu“. GigaScience. 8 (10). doi:10.1093 / gigascience / giz115. PMC  6771550. PMID  31574156.
  133. ^ "Spud DB". solanaceae.plantbiology.msu.edu. Citováno 2019-03-20.
  134. ^ Xu X, Pan S, Cheng S, Zhang B, Mu D, Ni P, et al. (Červenec 2011). "Genome sequence and analysis of the tuber crop potato". Příroda. 475 (7355): 189–95. doi:10.1038/nature10158. PMID  21743474.
  135. ^ Hardigan MA, Crisovan E, Hamilton JP, Kim J, Laimbeer P, Leisner CP, et al. (February 2016). "Genome Reduction Uncovers a Large Dispensable Genome and Adaptive Role for Copy Number Variation in Asexually Propagated Solanum tuberosum". Rostlinná buňka. 28 (2): 388–405. doi:10.1105/tpc.15.00538. PMC  4790865. PMID  26772996.
  136. ^ Aversano R, Contaldi F, Ercolano MR, Grosso V, Iorizzo M, Tatino F, et al. (April 2015). "The Solanum commersonii Genome Sequence Provides Insights into Adaptation to Stress Conditions and Genome Evolution of Wild Potato Relatives". Rostlinná buňka. 27 (4): 954–68. doi:10.1105/tpc.114.135954. PMC  4558694. PMID  25873387.
  137. ^ Vogel A, Schwacke R, Denton AK, Usadel B, Hollmann J, Fischer K, Bolger A, Schmidt MH, Bolger ME, Gundlach H, Mayer KF, Weiss-Schneeweiss H, Temsch EM, Krause K (June 2018). "Footprints of parasitism in the genome of the parasitic flowering plant Cuscuta campestris". Příroda komunikace. 9 (1): 2515. Bibcode:2018NatCo...9.2515V. doi:10.1038/s41467-018-04344-z. PMC  6023873. PMID  29955043.
  138. ^ Sun G, Xu Y, Liu H, Sun T, Zhang J, Hettenhausen C, et al. (Červenec 2018). "Large-scale gene losses underlie the genome evolution of parasitic plant Cuscuta australis". Příroda komunikace. 9 (1): 2683. Bibcode:2018NatCo...9.2683S. doi:10.1038/s41467-018-04721-8. PMC  6041341. PMID  29992948.
  139. ^ Bombarely A, Rosli HG, Vrebalov J, Moffett P, Mueller LA, Martin GB (December 2012). "A draft genome sequence of Nicotiana benthamiana to enhance molecular plant-microbe biology research". Molekulární interakce rostlin a mikrobů. 25 (12): 1523–30. doi:10.1094/MPMI-06-12-0148-TA. PMID  22876960.
  140. ^ A b Sierro N, Battey JN, Ouadi S, Bovet L, Goepfert S, Bakaher N, et al. (June 2013). "Reference genomes and transcriptomes of Nicotiana sylvestris and Nicotiana tomentosiformis". Genome Biology. 14 (6): R60. doi:10.1186/gb-2013-14-6-r60. PMC  3707018. PMID  23773524.
  141. ^ Kim S, Park M, Yeom SI, Kim YM, Lee JM, Lee HA, et al. (March 2014). "Genome sequence of the hot pepper provides insights into the evolution of pungency in Capsicum species". Genetika přírody. 46 (3): 270–8. doi:10.1038/ng.2877. PMID  24441736.
  142. ^ A b Qin C, Yu C, Shen Y, Fang X, Chen L, Min J, et al. (Duben 2014). "Whole-genome sequencing of cultivated and wild peppers provides insights into Capsicum domestication and specialization". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 111 (14): 5135–40. Bibcode:2014PNAS..111.5135Q. doi:10.1073/pnas.1400975111. PMC  3986200. PMID  24591624.
  143. ^ "The Petunia Platform". Archivovány od originál on 9 January 2011.
  144. ^ Bennetzen JL, Schmutz J, Wang H, Percifield R, Hawkins J, Pontaroli AC, et al. (Květen 2012). "Reference genome sequence of the model plant Setaria". Přírodní biotechnologie. 30 (6): 555–61. doi:10.1038/nbt.2196. PMID  22580951.
  145. ^ Luo MC, Gu YQ, Puiu D, Wang H, Twardziok SO, Deal KR, et al. (Listopad 2017). "Genome sequence of the progenitor of the wheat D genome Aegilops tauschii". Příroda. 551 (7443): 498–502. Bibcode:2017Natur.551..498L. doi:10.1038/nature24486. PMID  29143815.
  146. ^ The International Brachypodium Initiative (February 2010). "Genome sequencing and analysis of the model grass Brachypodium distachyon". Příroda. 463 (7282): 763–8. Bibcode:2010Natur.463..763T. doi:10.1038/nature08747. PMID  20148030.
  147. ^ Guo C, Wang Y, Yang A, He J, Xiao C, Lv S, et al. (Únor 2020). "The Coix Genome Provides Insights into Panicoideae Evolution and Papery Hull Domestication". Molekulární rostlina. 13 (2): 309–320. doi:10.1016/j.molp.2019.11.008. PMID  31778843.
  148. ^ Studer AJ, Schnable JC, Weissmann S, Kolbe AR, McKain MR, Shao Y, Cousins AB, Kellogg EA, Brutnell TP (October 2016). "3 panicoid grass species Dichanthelium oligosanthes". Genome Biology. 17 (1): 223. doi:10.1186/s13059-016-1080-3. PMC  5084476. PMID  27793170.
  149. ^ Carballo J, Santos BA, Zappacosta D, Garbus I, Selva JP, Gallo CA, et al. (July 2019). "A high-quality genome of Eragrostis curvula grass provides insights into Poaceae evolution and supports new strategies to enhance forage quality". Vědecké zprávy. 9 (1): 10250. doi:10.1038/s41598-019-46610-0. PMC  6629639. PMID  31308395.
  150. ^ Mayer KF, Waugh R, Brown JW, Schulman A, Langridge P, Platzer M, et al. (Listopad 2012). "A physical, genetic and functional sequence assembly of the barley genome" (PDF). Příroda. 491 (7426): 711–6. Bibcode:2012Natur.491..711T. doi:10.1038/nature11543. PMID  23075845.
  151. ^ Mascher M, Gundlach H, Himmelbach A, Beier S, Twardziok SO, Wicker T, et al. (Duben 2017). "A chromosome conformation capture ordered sequence of the barley genome". Příroda. 544 (7651): 427–433. Bibcode:2017Natur.544..427M. doi:10.1038/nature22043. PMID  28447635.
  152. ^ Chen J, Huang Q, Gao D, Wang J, Lang Y, Liu T, et al. (2013). "Whole-genome sequencing of Oryza brachyantha reveals mechanisms underlying Oryza genome evolution". Příroda komunikace. 4: 1595. Bibcode:2013NatCo...4.1595C. doi:10.1038/ncomms2596. PMC  3615480. PMID  23481403.
  153. ^ Hurwitz BL, Kudrna D, Yu Y, Sebastian A, Zuccolo A, Jackson SA, et al. (September 2010). "Rice structural variation: a comparative analysis of structural variation between rice and three of its closest relatives in the genus Oryza". The Plant Journal. 63 (6): 990–1003. doi:10.1111/j.1365-313X.2010.04293.x. PMID  20626650. S2CID  8637330.
  154. ^ Huang X, Kurata N, Wei X, Wang ZX, Wang A, Zhao Q, et al. (Říjen 2012). "A map of rice genome variation reveals the origin of cultivated rice". Příroda. 490 (7421): 497–501. Bibcode:2012Natur.490..497H. doi:10.1038/nature11532. PMID  23034647.
  155. ^ Eckardt NA (November 2000). "Sequencing the rice genome". Rostlinná buňka. 12 (11): 2011–7. doi:10.1105/tpc.12.11.2011. PMC  526008. PMID  11090205.
  156. ^ Yu J, Hu S, Wang J, Wong GK, Li S, Liu B, et al. (Duben 2002). "A draft sequence of the rice genome (Oryza sativa L. ssp. indica)". Věda. 296 (5565): 79–92. Bibcode:2002Sci...296...79Y. doi:10.1126/science.1068037. PMID  11935017.
  157. ^ Goff SA, Ricke D, Lan TH, Presting G, Wang R, Dunn M, et al. (Duben 2002). "A draft sequence of the rice genome (Oryza sativa L. ssp. japonica)". Věda. 296 (5565): 92–100. Bibcode:2002Sci...296...92G. doi:10.1126 / science.1068275. PMID  11935018. S2CID  2960202.
  158. ^ "Panicum virgatum". Phytozome v9.1. Archivovány od originál on 2015-02-19. Citováno 2013-07-10.
  159. ^ Peng Z, Lu Y, Li L, Zhao Q, Feng Q, Gao Z, et al. (Duben 2013). "The draft genome of the fast-growing non-timber forest species moso bamboo (Phyllostachys heterocycla)". Genetika přírody. 45 (4): 456–61, 461e1-2. doi:10.1038/ng.2569. PMID  23435089.
  160. ^ Zhao H, Gao Z, Wang L, Wang J, Wang S, Fei B, et al. (Říjen 2018). "Chromosome-level reference genome and alternative splicing atlas of moso bamboo (Phyllostachys edulis)". GigaScience. 7 (10). doi:10.1093/gigascience/giy115. PMC  6204424. PMID  30202850.
  161. ^ Paterson AH, Bowers JE, Bruggmann R, Dubchak I, Grimwood J, Gundlach H, et al. (Leden 2009). "The Sorghum bicolor genome and the diversification of grasses" (PDF). Příroda. 457 (7229): 551–6. Bibcode:2009Natur.457..551P. doi:10.1038/nature07723. PMID  19189423. Archivovány od originál (PDF) dne 2012-02-27. Citováno 2015-08-29.
  162. ^ Appels R, et al. (International Wheat Genome Sequencing Consortium (IWGSC)) (August 2018). "Shifting the limits in wheat research and breeding using a fully annotated reference genome". Věda. 361 (6403): 705. doi:10.1126/science.aar7191. hdl:10261/169166. PMID  30115783.
  163. ^ Ling HQ, Zhao S, Liu D, Wang J, Sun H, Zhang C, et al. (Duben 2013). "Draft genome of the wheat A-genome progenitor Triticum urartu". Příroda. 496 (7443): 87–90. Bibcode:2013Natur.496...87L. doi:10.1038/nature11997. PMID  23535596.
  164. ^ "Maize Sequence". Gramene.
  165. ^ Schnable PS, Ware D, Fulton RS, Stein JC, Wei F, Pasternak S, et al. (Listopad 2009). "The B73 maize genome: complexity, diversity, and dynamics". Věda. 326 (5956): 1112–5. Bibcode:2009Sci ... 326.1112S. doi:10.1126 / science.1178534. PMID  19965430.
  166. ^ Varshney RK, Shi C, Thudi M, Mariac C, et al. (Září 2017). "Pearl millet genome sequence provides a resource to improve agronomic traits in arid environments". Přírodní biotechnologie. 35 (10): 969–976. doi:10.1038/nbt.3943. PMC  6871012. PMID  28922347.
  167. ^ A b Ming R, VanBuren R, Wai CM, Tang H, Schatz MC, Bowers JE, et al. (Prosinec 2015). "The pineapple genome and the evolution of CAM photosynthesis". Genetika přírody. 47 (12): 1435–42. doi:10.1038/ng.3435. PMC  4867222. PMID  26523774.
  168. ^ D'Hont A, Denoeud F, Aury JM, Baurens FC, Carreel F, Garsmeur O, et al. (August 2012). "The banana (Musa acuminata) genome and the evolution of monocotyledonous plants". Příroda. 488 (7410): 213–7. Bibcode:2012Natur.488..213D. doi:10.1038/nature11241. PMID  22801500.
  169. ^ Davey MW, Gudimella R, Harikrishna JA, Sin LW, Khalid N, Keulemans J (October 2013). "A draft Musa balbisiana genome sequence for molecular genetics in polyploid, inter- and intra-specific Musa hybrids". BMC Genomics. 14: 683. doi:10.1186/1471-2164-14-683. PMC  3852598. PMID  24094114.
  170. ^ A b Zhao H, Wang S, Wang J, Chen C, Hao S, Chen L, et al. (Září 2018). "The chromosome-level genome assemblies of two rattans (Calamus simplicifolius and Daemonorops jenkinsiana)". GigaScience. 7 (9). doi:10.1093/gigascience/giy097. PMC  6117794. PMID  30101322.
  171. ^ Xiao Y, Xu P, Fan H, Baudouin L, Xia W, Bocs S, et al. (Listopad 2017). "The genome draft of coconut (Cocos nucifera)". GigaScience. 6 (11): 1–11. doi:10.1093/gigascience/gix095. PMC  5714197. PMID  29048487.
  172. ^ Al-Dous EK, George B, Al-Mahmoud ME, Al-Jaber MY, Wang H, Salameh YM, et al. (Květen 2011). "De novo genome sequencing and comparative genomics of date palm (Phoenix dactylifera)". Přírodní biotechnologie. 29 (6): 521–7. doi:10.1038/nbt.1860. PMID  21623354.
  173. ^ Singh R, Ong-Abdullah M, Low ET, Manaf MA, Rosli R, Nookiah R, et al. (August 2013). "Oil palm genome sequence reveals divergence of interfertile species in Old and New worlds". Příroda. 500 (7462): 335–9. Bibcode:2013Natur.500..335S. doi:10.1038/nature12309. PMC  3929164. PMID  23883927.
  174. ^ Wang W, Haberer G, Gundlach H, Gläßer C, Nussbaumer T, Luo MC, et al. (2014). "The Spirodela polyrhiza genome reveals insights into its neotenous reduction fast growth and aquatic lifestyle". Příroda komunikace. 5: 3311. Bibcode:2014NatCo...5.3311W. doi:10.1038/ncomms4311. PMC  3948053. PMID  24548928.
  175. ^ Cai J, Liu X, Vanneste K, Proost S, Tsai WC, Liu KW, et al. (Leden 2015). "The genome sequence of the orchid Phalaenopsis equestris". Genetika přírody. 47 (1): 65–72. doi:10.1038/ng.3149. PMID  25420146.
  176. ^ A b Islam MS, Saito JA, Emdad EM, Ahmed B, Islam MM, Halim A, et al. (Leden 2017). "Comparative genomics of two jute species and insight into fibre biogenesis". Přírodní rostliny. 3 (2): 16223. doi:10.1038/nplants.2016.223. PMID  28134914.
  177. ^ Sarkar D, Mahato AK, Satya P, Kundu A, Singh S, Jayaswal PK, et al. (Červen 2017). "Corchorus olitorius cv. JRO-524 (Navin)". Genomická data. 12: 151–154. doi:10.1016/j.gdata.2017.05.007. PMC  5432662. PMID  28540183.
  178. ^ "Welcome to the British Ash Tree Genome Project". The British Ash Tree Genome Project. The School of Biological & Chemical Sciences.
  179. ^ Heap T (2013-06-16). "Ash genome reveals fungus resistance". BBC novinky.