Seznam sekvenovaných protistických genomů - List of sequenced protist genomes - Wikipedia
Tento seznam sekvenovaných protistických genomů obsahuje všechny protist druhy, o nichž je známo, že mají veřejně dostupné úplné sekvence genomu, které byly shromážděny, anotovány a publikovány; nejsou zahrnuty koncepty genomu ani sekvence pouze pro organely.
Alveolata
Alveolata jsou skupina protistů, která zahrnuje Ciliophora, Apicomplexa a Dinoflagellata. Členové této skupiny se zvláště zajímají o vědu jako o příčinu vážných nemocí lidí a hospodářských zvířat.
| Organismus | Typ | Relevantnost | Velikost genomu | Počet předpokládaných genů | Organizace | Rok dokončení | Stav sestavení | Odkazy |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Babesia bovis | Apicomplexan | Skot patogen | 8,2 Mb | 3,671 | 2007[1] | |||
| Breviolum minutim (Symbiodinium minuta; klade B1) | Dinoflagellate | Korálový symbiont | 1,5 GB | 47,014 | Okinawa Institute of Science and Technology | 2013[2] | Návrh | OIST Marine Genomics[3] |
| Cladocopium goreaui (Symbiodinium goreaui; Clade C1) | Dinoflagellate | Korálový symbiont | 1,19 GB | 35,913 | Reef Future Genomics (ReFuGe) 2020 / University of Queensland | 2018[4] | Návrh | REFUGe 2020[5] |
| Cladocopium C92 kmen Y103 (Symbiodinium sp. clade C; předpokládaný typ C92) | Dinoflagellate | Foraminiferan symbiont | Neznámé (velikost sestavy 0,70 Gb) | 65,832 | Okinawa Institute of Science and Technology | 2018[6] | Návrh | OIST Marine Genomics[3] |
| Cryptosporidium hominis Kmen: TU502 | Apicomplexan | Lidský patogen | 10,4 Mb | 3,994[7] | Virginia Commonwealth University | 2004[7] | ||
| Cryptosporidium parvum Izolát C- nebo genotyp 2 | Apicomplexan | Lidský patogen | 16,5 Mb | 3,807[8] | UCSF a University of Minnesota | 2004[8] | ||
| Eimeria tenella Houghtonův kmen | Apicomplexan | Střevní parazit slepice domácí | 55-60 Mb[9] | Wellcome Trust Sanger Institute[10] | K dispozici ke stažení;[10] 2007 pro Chr 1[11] | |||
| Fugacium kawagutii CS156 = CCMP2468 (Symbiodinium kawagutii; clade F1) | Dinoflagellate | Korálový symbiont? | 1,07 GB | 26,609 | Reef Future Genomics (ReFuGe) 2020 / University of Queensland | 2018[4] | Návrh | REFUGe 2020[5] |
| Fugacium kawagutii CCMP2468 (Symbiodinium kawagutii; clade F1) | Dinoflagellate | Korálový symbiont? | 1,18 GB | 36,850 | University of Connecticut / Xiamen University | 2015[12] | Návrh | S. kawagutii genomový projekt[13] |
| Neospora caninum | Apicomplexan | Patogen pro skot a psy | 62 Mb[14] | Wellcome Trust Sanger Institute[15] | K dispozici ke stažení[15] | |||
| Paramecium tetraurelia | Ciliate | Modelový organismus | 72 Mb | 39,642[16] | Genoskop | 2006[16] | ||
| Polarella glacialis CCMP1383 | Dinoflagellate | Psychrofil, Antarktida | 3,02 Gb (diploidní), 1,48 Gbp (haploidní) | 58,232 | University of Queensland | 2020[17] | Návrh | UQ eSpace[18] |
| Polarella glacialis CCMP2088 | Dinoflagellate | Psychrofil, Arktida | 2,65 Gb (diploidní), 1,30 Gbp (haploidní) | 51,713 | University of Queensland | 2020[17] | Návrh | UQ eSpace[18] |
| Plasmodium berghei Kmen: Anka | Apicomplexan | Králičí malárie | 18,5 Mb[19] | 4,900;[19] 11654 (UniProt) | ||||
| Plasmodium chabaudi | Apicomplexan | Malárie hlodavců | 19,8 Mb[20] | 5,000[20] | ||||
| Plasmodium falciparum Klon: 3D7 | Apicomplexan | Lidský patogen (malárie ) | 22,9 Mb | 5,268[21] | Konsorcium projektu genomu malárie | 2002[21] | ||
| Plasmodium knowlesi | Apicomplexan | Primát patogen (malárie) | 23,5 Mb | 5,188[22] | 2008[22] | |||
| Plasmodium vivax | Apicomplexan | Lidský patogen (malárie) | 26,8 Mb | 5,433[23] | 2008[23] | |||
| Plasmodium yoelii yoelii Kmen: 17XNL | Apicomplexan | Patogen hlodavců (malárie) | 23,1 Mb | 5,878[24] | TIGR a NMRC | 2002[24] | ||
| Symbiodinium microadriaticum (klade A) | Dinoflagellate | Korálový symbiont | 1,1 GB | 49,109 | Univerzita vědy a technologie krále Abdulláha | 2016[25] | Návrh | Reef Genomics[26] |
| Symbiodinium A3 kmen Y106 (Symbiodinium sp. klade A3) | Dinoflagellate | symbiont | Neznámé (velikost sestavy 0,77 Gb) | 69,018 | Okinawa Institute of Science and Technology | 2018[6] | Návrh | OIST Marine Genomics[3] |
| Tetrahymena thermophila | Ciliate | Modelový organismus | 104 Mb | 27,000[27] | 2006[27] | |||
| Theileria annulata Ankarský klon C9 | Apicomplexan | Skot patogen | 8,3 Mb | 3,792 | Sanger | 2005[28] | ||
| Theileria parva Kmen: Muguga | Apicomplexan | Skotový patogen (Africká horečka na východním pobřeží ) | 8,3 Mb | 4,035[29] | TIGR a Mezinárodní institut pro výzkum hospodářských zvířat | 2005[29] | ||
| Toxoplasma gondii GT1, ME49, VEG kmeny | Apicomplexan | Savčí patogen | 63 Mb (RefSeq) | 8 100 (UniProt) - 9 000 (EuPathDB) | J. Craig Venter Inst., TIGR, UPenn. | 2008[30] |
Amébozoa
Amébozoa jsou skupina pohyblivých améboid protisti, členové této skupiny se pohybují nebo krmí pomocí dočasných projekcí, tzv pseudopody. Nejznámějším členem této skupiny je slizová forma který byl studován po staletí; mezi další členy patří Archamoebae, Tubulinea a Flabellinea. Některé améby způsobují onemocnění.
| Organismus | Typ | Relevantnost | Velikost genomu | Počet předpokládaných genů | Organizace | Rok dokončení |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Dictyostelium discoideum Kmen: AX4 | Slizová forma | Modelový organismus | 34 Mb | 12,500[31] | Konsorcium z University of Cologne, Baylor College of Medicine a Sanger Center | 2005[31] |
| Entamoeba histolytica HM1: IMSS | Parazitický prvok | Lidský patogen (amébová úplavice ) | 23,8 Mb | 9,938[32] | TIGR, Sanger Institute a London School of Hygiene and Tropical Medicine | 2005[32] |
| Polysphondylium pallidum Kmen: PN500 | Slizová forma | Modelový organismus | 12,939,[33] 12 350 (UniProt) | Leibnizův institut pro věkový výzkum | 2009[33] |
Chromista
The Chromista jsou skupina protistů, která obsahuje řasy phyla Heterokontophyta (stramenopiles ), Haptophyta a Kryptophyta. Členové této skupiny jsou většinou studováni kvůli evolučnímu zájmu.
| Organismus | Typ | Relevantnost | Velikost genomu | Počet předpokládaných genů | Organizace | Rok dokončení |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Albugo laibachii | Oomycete | Parazit Arabidopsis, biotrof | 37 Mb[34] | 13,032[34] | 2011[34] | |
| Aureococcus anophagefferens Kmen: CCMP1984 | Pelagofyt | Společný institut pro genom DOE | 2011[35] | |||
| Bigelowiella natans | Chlorarachniofyt | Modelový organismus | nukleomorf: 0.331 Mb jaderná: 95 Mb | nukleomorf: 373[36] jaderná energie:> 21 000[37] | nukleomorf: Hall Institute Australia, Univ. Melbourne, Univ. před naším letopočtem jaderná: Dalhousie University, Halifax, Nové Skotsko, Kanada | 2006,[36] 2012[37] |
| Chroomonas mesostigmatica CCMP1168 | Kryptophyta | 2012[38] | ||||
| Kryptomonas paramecium | Kryptophyta | 2010[39] | ||||
| Emiliania huxleyi CCMP1516 | Coccolithophore (fytoplankton ) | 141,7 Mb[40] | 30,569[40] | Společný genomový institut | 2013[40] | |
| Emiliania huxleyi RCC1217 | Coccolithophore (fytoplankton ) | K dispozici ke stažení[41] | ||||
| Fragilariopsis cylindrus | Diatom | 61,1 Mb[42] | 21,066[42] | Společný genomový institut | 2017[42] | |
| Guillardia theta | Kryptomonad | Modelový organismus | 0.551 Mb (nukleomorf pouze genom) 87 Mb (jaderný genom) | nukleomorf: 465[43] 513 598 (UniProt) jaderná energie:> 21 000[37] | nukleomorph: Canadian Institute of Advanced Research, Philipps-University Marburg a University of British Columbia jaderná: Dalhousie University, Halifax, Nové Skotsko, Kanada | 2001,[43] 2012[37] |
| Hemiselmis andersenii CCMP7644 | Kryptomonad | Modelový organismus | 0.572 Mb (nukleomorf pouze genom) | 472,[44] 502 (UniProt) | Kanadský institut pokročilého výzkumu | 2007[44] |
| Hyaloperonospora arabidopsidis | Oomycete | obligátní biotrof, Arabidopsis patogen | WUGSC | 2010[45] | ||
| Nannochloropis gaditana Kmen: CCMP526 | Eustigmatofyt | Produkce lipidů, biotechnologické aplikace | Institut bioinformatiky ve Virginii | 2012[46] | ||
| Phaeodactylum tricornutum Kmen: CCAP1055 / 1 | Diatom | 27,4 Mb | 10,402 | Společný genomový institut | 2008[47] | |
| Phytophthora infestans Kmen: T30-4 | Oomycete | Velký hladomor Irska patogen | Široký institut | 2009[48] | ||
| Phytophthora ramorum | Oomycete | Náhlá dubová smrt patogen | 65 Mb (7x) | 15,743 | Společný genomový institut et al. | 2006[49] |
| Phytophthora sojae | Oomycete | Sójové boby patogen | 95 Mb (9x) | 19,027 | Společný genomový institut et al. | 2006[49] |
| Multisérie Pseudo-nitzschia | Diatom | Společný genomový institut | ||||
| Plasmodiophora brassicae | Plasmodiophorid | Clubroot nemoc patogen | 25,5 Mb | 9,730 | SLU Uppsala et al. | 2015[50] |
| Pythium ultimum | Oomycete | všudypřítomný rostlinný patogen | 42,8 Mb | 15,290 | Michiganská státní univerzita et al. | 2010[51] |
| Thalassiosira pseudonana Kmen: CCMP 1335 | Diatom | 34,5 Mb | 11,242[52] | Společný institut pro genom a University of Washington | 2004[52] |
Excavata
Excavata je skupina příbuzných svobodných živých a symbiotických protistů; zahrnuje Metamonada, Loukozoa, Euglenozoa a Percolozoa. Jsou zkoumány pro jejich roli v lidských nemocech.
| Organismus | Typ | Relevantnost | Velikost genomu | Počet předpokládaných genů | Organizace | Rok dokončení |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Giardia enterica (G. duodenalis montáž B) | Parazitický prvok | Lidský patogen (Giardiáza ) | 11,7 Mb | 4,470[53] | multicentrická spolupráce | 2009[53] |
| Giardia duodenalis ATCC 50803 (Giardia duodenalis montáž A) | Parazitický prvok | Lidský patogen (Giardiáza ) | 11,7 Mb | 6,470,[54] 7153 (UniProt) | Karolinska Institutet, Marine Biological Laboratory | 2007[54] |
| Leishmania braziliensis MHOM / BR / 75M2904 | Parazitický prvok | Lidský patogen (Leishmanióza ) | 33 Mb | 8,314[55] | Sanger Institute, Universidade de São Paulo, Imperial College | 2007[55] |
| Leishmania infantum JPCM5 | Parazitický prvok | Lidský patogen (Viscerální leishmanióza ) | 33 Mb | 8,195[55] | Sanger Institute, Imperial College a University of Glasgow | 2007[55] |
| Leishmania major Kmen: Friedlin | Parazitický prvok | Lidský patogen (Kožní leishmanióza ) | 32,8 Mb | 8,272[56] | Sanger Institute a Institut biomedicínského výzkumu v Seattlu | 2005[56] |
| Naegleria gruberi | améboflagelát | Odchylovaly se od ostatních eukaryot před více než 1 miliardou let | 41 Mb[57] | 15,727[57] | 2010[57] | |
| Trichomonas vaginalis | Parazitický prvok | Lidský patogen (Trichomoniasis ) | 160 Mb | 59,681[58] | TIGR | 2007[58] |
| Trypanosoma brucei Kmen: TREU927 / 4 GUTat10.1 | Parazitický prvok | Lidský patogen (Spavá nemoc ) | 26 Mb | 9,068[59] | Sanger Institute a TIGR | 2005[59] |
| Trypanosoma cruzi Kmen: CL Brener TC3 | Parazitický prvok | Lidský patogen (Chagasova choroba ) | 34 Mb | 22,570[60] | TIGR, Seattle Biomedical Research Institute a Uppsala University | 2005[60] |
Opisthokonts, bazální
Opisthokonts jsou skupina eukaryot, která zahrnuje obě zvířata a houby stejně jako bazální skupiny, které nejsou do těchto skupin zařazeny. Tyto bazální opisthokonty jsou rozumně kategorizovány jako protisti a zahrnují choanoflagellates, což jsou sesterská nebo téměř sesterská skupina zvířat.
| Organismus | Typ | Relevantnost | Velikost genomu | Počet předpokládaných genů | Organizace | Rok dokončení |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Monosiga brevicollis | Choanoflagellate | blízký příbuzný metazoanů | 41,6 Mb | 9,200[61] | Společný genomový institut | 2007[61] |
Viz také
- Seznam sekvenovaných bakteriálních genomů
- Seznam sekvenovaných zvířecích genomů
- Seznam sekvenovaných eukaryotických genomů
- Seznam sekvenovaných genomů hub
- Seznam sekvenovaných rostlinných genomů
- Seznam sekvenovaných genomů řas
Reference
- ^ Brayton KA, Lau AO, Herndon DR, Hannick L, Kappmeyer LS, Berens SJ a kol. (Říjen 2007). "Sekvence genomu Babesia bovis a srovnávací analýza hemikomproteinu apicomplexan". PLOS patogeny. 3 (10): 1401–13. doi:10.1371 / journal.ppat.0030148. PMC 2034396. PMID 17953480.
- ^ Shoguchi E, Shinzato C, Kawashima T, Gyoja F, Mungpakdee S, Koyanagi R a kol. (Srpen 2013). „Návrh sestavy jaderného genomu Symbiodinium minutum odhaluje genovou strukturu dinoflagelátu“. Aktuální biologie. 23 (15): 1399–408. doi:10.1016 / j.cub.2013.05.062. PMID 23850284.
- ^ A b C „OIST Marine Genomics“. Marinegenomics.oist.jp. Citováno 2018-08-22.
- ^ A b Liu H, Stephens TG, González-Pech RA, Beltran VH, Lapeyre B, Bongaerts P a kol. (2018). „Genomy Symbiodinium odhalují adaptivní vývoj funkcí souvisejících se symbiózou coral-dinoflagellate“. Komunikační biologie. 1: 95. doi:10.1038 / s42003-018-0098-3. PMC 6123633. PMID 30271976.
- ^ A b „Datový web ReFuGe 2020“. útočiště2020.reefgenomics.org. Citováno 2018-09-07.
- ^ A b Shoguchi E, Beedessee G, Tada I, Hisata K, Kawashima T, Takeuchi T a kol. (Červen 2018). „Dva divergentní genomy Symbiodinium odhalují zachování genového klastru pro biosyntézu opalovacích krémů a nedávno ztracené geny“. BMC Genomics. 19 (1): 458. doi:10.1186 / s12864-018-4857-9. PMC 6001144. PMID 29898658.
- ^ A b Xu P, Widmer G, Wang Y, Ozaki LS, Alves JM, Serrano MG a kol. (Říjen 2004). „Genom Cryptosporidium hominis“. Příroda. 431 (7012): 1107–12. Bibcode:2004 Natur.431.1107X. doi:10.1038 / nature02977. PMID 15510150.
- ^ A b Abrahamsen MS, Templeton TJ, Enomoto S, Abrahante JE, Zhu G, Lancto CA a kol. (Duben 2004). "Complete genome sequence of the apicomplexan, Cryptosporidium parvum". Věda. 304 (5669): 441–5. Bibcode:2004Sci ... 304..441A. doi:10.1126 / science.1094786. PMID 15044751. S2CID 26434820.
- ^ genedb
- ^ A b Sanger
- ^ Ling KH, Rajandream MA, Rivailler P, Ivens A, Yap SJ, Madeira AM a kol. (Březen 2007). „Sekvenování a analýza chromozomu 1 Eimeria tenella odhaluje jedinečnou segmentovou organizaci“. Výzkum genomu. 17 (3): 311–9. doi:10,1101 / gr. 5823007. PMC 1800922. PMID 17284678.
- ^ Lin S, Cheng S, Song B, Zhong X, Lin X, Li W a kol. (Listopad 2015). „Genom Symbiodinium kawagutii osvětluje expresi genu dinoflagelátu a korálovou symbiózu“. Věda. 350 (6261): 691–4. Bibcode:2015Sci ... 350..691L. doi:10.1126 / science.aad0408. PMID 26542574.
- ^ "S. kawagutii datový web ". web.malab.cn/symka_new. Citováno 2018-08-22.
- ^ genedb
- ^ A b Sanger
- ^ A b Aury JM, Jaillon O, Duret L, Noel B, Jubin C, Porcel BM a kol. (Listopad 2006). „Globální trendy duplikací celého genomu odhalil nálevník Paramecium tetraurelia“. Příroda. 444 (7116): 171–8. Bibcode:2006 Natur.444..171A. doi:10.1038 / nature05230. PMID 17086204.
- ^ A b Stephens TG, González-Pech RA, Cheng Y, Mohamed AR, Burt DW, Bhattacharya D a kol. (2020). „Genomy dinoflagelátu Polarella glacialis kódovat tandemově opakované geny pro jeden exon s adaptivními funkcemi ". Biologie BMC. 18 (1): 56. doi:10.1186 / s12915-020-00782-8. PMC 7245778. PMID 32448240.
- ^ A b Stephens, Timothy; Ragan, Mark; Bhattacharya, Debashish; Chan, Cheong Xin (2020). "Polarella datový web ". doi:10.14264 / uql.2020.222. Citovat deník vyžaduje
| deník =(Pomoc) - ^ A b Vstup do souboru
- ^ A b Vstup do souboru
- ^ A b Gardner MJ, hala N, Fung E, White O, Berriman M, Hyman RW a kol. (Říjen 2002). "Sekvence genomu parazita lidské malárie Plasmodium falciparum". Příroda. 419 (6906): 498–511. Bibcode:2002 Natur.419..498G. doi:10.1038 / nature01097. PMC 3836256. PMID 12368864.
- ^ A b Pain A, Böhme U, Berry AE, Mungall K, Finn RD, Jackson AP a kol. (Říjen 2008). „Genom parazita opic a lidské malárie Plasmodium knowlesi“. Příroda. 455 (7214): 799–803. Bibcode:2008 Natur.455..799P. doi:10.1038 / nature07306. PMC 2656934. PMID 18843368.
- ^ A b Carlton JM, Adams JH, Silva JC, Bidwell SL, Lorenzi H, Caler E a kol. (Říjen 2008). „Srovnávací genomika zanedbávaného parazita lidské malárie Plasmodium vivax“. Příroda. 455 (7214): 757–63. Bibcode:2008 Natur.455..757C. doi:10.1038 / nature07327. PMC 2651158. PMID 18843361.
- ^ A b Carlton JM, Angiuoli SV, Suh BB, Kooij TW, Pertea M, Silva JC a kol. (Říjen 2002). "Sekvence genomu a srovnávací analýza modelového parazita hlodavce s malárií Plasmodium yoelii yoelii". Příroda. 419 (6906): 512–9. Bibcode:2002 Natur.419..512C. doi:10.1038 / nature01099. PMID 12368865.
- ^ Aranda M, Li Y, Liew YJ, Baumgarten S, Simakov O, Wilson MC a kol. (Prosinec 2016). „Genomy korálových dinoflagelátových symbiontů zdůrazňují evoluční adaptace vedoucí k symbiotickému životnímu stylu“. Vědecké zprávy. 6: 39734. Bibcode:2016NatSR ... 639734A. doi:10.1038 / srep39734. PMC 5177918. PMID 28004835.
- ^ „Reef Genomics Data Site“. smic.reefgenomics.org. Citováno 2018-08-22.
- ^ A b Eisen JA, Coyne RS, Wu M, Wu D, Thiagarajan M, Wortman JR a kol. (Září 2006). „Makronukleární genomová sekvence nálevníku Tetrahymena thermophila, modelový eukaryot“. PLOS Biology. 4 (9): e286. doi:10.1371 / journal.pbio.0040286. PMC 1557398. PMID 16933976.
- ^ Pain A, Renauld H, Berriman M, Murphy L, Yeats CA, Weir W a kol. (Červenec 2005). „Genom parazita transformujícího hostitelské buňky Theileria annulata ve srovnání s T. parva“. Věda. 309 (5731): 131–3. Bibcode:2005Sci ... 309..131P. doi:10.1126 / science.1110418. PMID 15994557.
- ^ A b Gardner MJ, Bishop R, Shah T, de Villiers EP, Carlton JM, Hall N, et al. (Červenec 2005). „Genomová sekvence Theileria parva, hovězího patogenu, který transformuje lymfocyty“. Věda. 309 (5731): 134–7. Bibcode:2005Sci ... 309..134G. doi:10.1126 / science.1110439. PMID 15994558.
- ^ NCBI genom T. gondii ME49
- ^ A b Eichinger L, Pachebat JA, Glöckner G, Rajandream MA, Sucgang R, Berriman M a kol. (Květen 2005). „Genom sociální améby Dictyostelium discoideum“. Příroda. 435 (7038): 43–57. Bibcode:2005 Natur.435 ... 43E. doi:10.1038 / nature03481. PMC 1352341. PMID 15875012.
- ^ A b Loftus B, Anderson I, Davies R, Alsmark UC, Samuelson J, Amedeo P a kol. (Únor 2005). „Genom protistického parazita Entamoeba histolytica“ (PDF). Příroda. 433 (7028): 865–8. Bibcode:2005 Natur.433..865L. doi:10.1038 / nature03291. PMID 15729342. S2CID 14231289.
- ^ A b Přistoupení k NCBI
- ^ A b C Kemen E, Gardiner A, Schultz-Larsen T, Kemen AC, Balmuth AL, Robert-Seilaniantz A a kol. (Červenec 2011). Ausubel FM (ed.). „Zisk a ztráta genu během evoluce obligátního parazitismu v patogenu bílé rzi Arabidopsis thaliana“. PLOS Biology. 9 (7): e1001094. doi:10.1371 / journal.pbio.1001094. PMC 3130010. PMID 21750662.
- ^ Gobler CJ, Berry DL, Dyhrman ST, Wilhelm SW, Salamov A, Lobanov AV a kol. (Březen 2011). „Niche škodlivých řas Aureococcus anophagefferens odhalen prostřednictvím ekogenomiky“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 108 (11): 4352–7. Bibcode:2011PNAS..108.4352G. doi:10.1073 / pnas.1016106108. PMC 3060233. PMID 21368207.
- ^ A b Gilson PR, Su V, Slamovits CH, Reith ME, Keeling PJ, McFadden GI (červen 2006). „Kompletní nukleotidová sekvence chloromachniofytového nukleomorfu: nejmenší jádro přírody“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 103 (25): 9566–71. Bibcode:2006PNAS..103,9566G. doi:10.1073 / pnas.0600707103. PMC 1480447. PMID 16760254.
- ^ A b C d Curtis BA, Tanifuji G, Burki F, Gruber A, Irimia M, Maruyama S, et al. (Prosinec 2012). "Řasové genomy odhalují evoluční mozaicismus a osud nukleomorfů". Příroda. 492 (7427): 59–65. Bibcode:2012Natur.492 ... 59C. doi:10.1038 / příroda11681. PMID 23201678.
- ^ Moore CE, Curtis B, Mills T, Tanifuji G, Archibald JM (2012). „Sekvence nukleomorfního genomu kryptofytové řasy Chroomonas mesostigmatica CCMP1168 odhaluje genovou ztrátu specifickou pro linii a složitost genomu“. Biologie genomu a evoluce. 4 (11): 1162–75. doi:10.1093 / gbe / evs090. PMC 3514955. PMID 23042551.
- ^ Tanifuji G, Onodera NT, Wheeler TJ, Dlutek M, Donaher N, Archibald JM (2012). „Kompletní sekvence nukleomorfního genomu nefotosyntetické řasy Cryptomonas paramecium odhaluje základní nukleomorfní genovou sadu“. Biologie genomu a evoluce. 3: 44–54. doi:10.1093 / gbe / evq082. PMC 3017389. PMID 21147880.
- ^ A b C Přečtěte si BA, Kegel J, Klute MJ, Kuo A, Lefebvre SC, Maumus F a kol. (Červenec 2013). „Pan genom fytoplanktonu Emiliania podporuje jeho globální distribuci“. Příroda. 499 (7457): 209–13. Bibcode:2013Natur.499..209.. doi:10.1038 / příroda12221. PMID 23760476.
- ^ Vstup
- ^ A b C Mock T, Otillar RP, Strauss J, McMullan M, Paajanen P, Schmutz J a kol. (Leden 2017). "Evoluční genomika studeného adaptovaného rozsivky Fragilariopsis cylindrus". Příroda. 541 (7638): 536–540. Bibcode:2017Natur.541..536M. doi:10.1038 / příroda20803. PMID 28092920.
- ^ A b Douglas S, Zauner S, Fraunholz M, Beaton M, Penny S, Deng LT a kol. (Duben 2001). „Vysoce redukovaný genom zotročeného jádra řas“. Příroda. 410 (6832): 1091–6. Bibcode:2001 Natur.410.1091D. doi:10.1038/35074092. PMID 11323671.
- ^ A b Lane CE, van den Heuvel K, Kozera C, Curtis BA, Parsons BJ, Bowman S, Archibald JM (prosinec 2007). „Nukleomorfní genom Hemiselmis andersenii odhaluje úplnou ztrátu a zhutnění intronu jako hnací sílu struktury a funkce proteinu“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 104 (50): 19908–13. Bibcode:2007PNAS..10419908L. doi:10.1073 / pnas.0707419104. PMC 2148396. PMID 18077423.
- ^ Baxter L, Tripathy S, Ishaque N, Boot N, Cabral A, Kemen E a kol. (Prosinec 2010). „Podpisy adaptace na obligátní biotrofii v genomu Hyaloperonospora arabidopsidis“. Věda. 330 (6010): 1549–1551. Bibcode:2010Sci ... 330.1549B. doi:10.1126 / science.1195203. PMC 3971456. PMID 21148394.
- ^ Radakovits R, Jinkerson RE, Fuerstenberg SI, Tae H, Settlage RE, Boore JL, Posewitz MC (únor 2012). "Návrh sekvence genomu a genetická transformace olejnaté řasy Nannochloropis gaditana". Příroda komunikace. 3 (2): 686. Bibcode:2012NatCo ... 3..686R. doi:10.1038 / ncomms1688. PMC 3293424. PMID 22353717.
- ^ Bowler C, Allen AE, Badger JH, Grimwood J, Jabbari K, Kuo A a kol. (Listopad 2008). „Genom Phaeodactylum odhaluje evoluční historii genomů rozsivky“. Příroda. 456 (7219): 239–44. Bibcode:2008Natur.456..239B. doi:10.1038 / nature07410. PMID 18923393.
- ^ Haas BJ, Kamoun S, Zody MC, Jiang RH, Handsaker RE, Cano LM a kol. (Září 2009). "Sekvence genomu a analýza irského patogenu bramborového hladomoru Phytophthora infestans" (PDF). Příroda. 461 (7262): 393–8. Bibcode:2009 Natur.461..393H. doi:10.1038 / nature08358. PMID 19741609. S2CID 4385549.
- ^ A b Tyler BM, Tripathy S, Zhang X, Dehal P, Jiang RH, Aerts A a kol. (Září 2006). „Sekvence genomu Phytophthora odhalují evoluční původ a mechanismy patogeneze“. Věda. 313 (5791): 1261–6. Bibcode:2006Sci ... 313.1261T. doi:10.1126 / science.1128796. PMID 16946064. S2CID 21287860.
- ^ Schwelm A, Fogelqvist J, Knaust A, Jülke S, Lilja T, Bonilla-Rosso G a kol. (Červen 2015). „Genom Plasmodiophora brassicae odhaluje poznatky o jeho životním cyklu a původu chitinových syntáz“. Vědecké zprávy. 5: 11153. Bibcode:2015NatSR ... 511153S. doi:10.1038 / srep11153. PMC 4471660. PMID 26084520.
- ^ Carbone A, Siu A, Patel R (září 2010). „Pediatrická atopická dermatitida: přehled lékařské péče“. Annals of Pharmacotherapy. 44 (9): 1448–58. doi:10,1345 / aph. 1P098. PMID 20628042. S2CID 44649671.
- ^ A b Armbrust EV, Berges JA, Bowler C, Green BR, Martinez D, Putnam NH a kol. (Říjen 2004). „Genom rozsivky Thalassiosira pseudonana: ekologie, evoluce a metabolismus“. Věda. 306 (5693): 79–86. Bibcode:2004Sci ... 306 ... 79A. CiteSeerX 10.1.1.690.4884. doi:10.1126 / science.1101156. PMID 15459382. S2CID 8593895.
- ^ A b Franzén O, Jerlström-Hultqvist J, Castro E, Sherwood E, Ankarklev J, Reiner DS a kol. (Srpen 2009). Petri W (ed.). „Návrh sekvenování genomu seskupení Giardia intestinalis B izolát GS: je lidská giardiáza způsobena dvěma různými druhy?“. PLOS patogeny. 5 (8): e1000560. doi:10.1371 / journal.ppat.1000560. PMC 2723961. PMID 19696920.
- ^ A b Morrison HG, McArthur AG, Gillin FD, Aley SB, Adam RD, Olsen GJ a kol. (Září 2007). „Genomický minimalismus u raných divergujících intestinálních parazitů Giardia lamblia“. Věda. 317 (5846): 1921–6. Bibcode:2007Sci ... 317.1921M. doi:10.1126 / science.1143837. PMID 17901334. S2CID 29299317.
- ^ A b C d Peacock CS, Seeger K, Harris D, Murphy L, Ruiz JC, Quail MA a kol. (Červenec 2007). „Srovnávací genomová analýza tří druhů Leishmania, které způsobují různá onemocnění člověka“. Genetika přírody. 39 (7): 839–47. doi:10.1038 / ng2053. PMC 2592530. PMID 17572675.
- ^ A b Ivens AC, Peacock CS, Worthey EA, Murphy L, Aggarwal G, Berriman M a kol. (Červenec 2005). „Genom parazita kinetoplastidů, Leishmania major“. Věda. 309 (5733): 436–42. Bibcode:2005Sci ... 309..436I. doi:10.1126 / science.1112680. PMC 1470643. PMID 16020728.
- ^ A b C Fritz-Laylin LK, Prochnik SE, Ginger ML, Dacks JB, Carpenter ML, Field MC a kol. (Březen 2010). „Genom Naegleria gruberi osvětluje ranou eukaryotickou všestrannost“. Buňka. 140 (5): 631–42. doi:10.1016 / j.cell.2010.01.032. PMID 20211133. S2CID 13901186.
- ^ A b Carlton JM, Hirt RP, Silva JC, Delcher AL, Schatz M, Zhao Q a kol. (Leden 2007). „Návrh sekvence genomu sexuálně přenosného patogenu Trichomonas vaginalis“. Věda. 315 (5809): 207–12. Bibcode:2007Sci ... 315..207C. doi:10.1126 / science.1132894. PMC 2080659. PMID 17218520.
- ^ A b Berriman M, Ghedin E, Hertz-Fowler C, Blandin G, Renauld H, Bartholomeu DC a kol. (Červenec 2005). „Genom afrického trypanosomu Trypanosoma brucei“. Věda. 309 (5733): 416–22. Bibcode:2005Sci ... 309..416B. doi:10.1126 / science.1112642. PMID 16020726. S2CID 18649858.
- ^ A b El-Sayed NM, Myler PJ, Bartholomeu DC, Nilsson D, Aggarwal G, Tran AN a kol. (Červenec 2005). „Sekvence genomu Trypanosoma cruzi, etiologického agenta Chagasovy choroby“. Věda. 309 (5733): 409–15. Bibcode:2005Sci ... 309..409E. doi:10.1126 / science.1112631. PMID 16020725. S2CID 3830267.
- ^ A b King N, Westbrook MJ, Young SL, Kuo A, Abedin M, Chapman J a kol. (Únor 2008). „Genom choanoflagellate Monosiga brevicollis a původ metazoanů“. Příroda. 451 (7180): 783–8. Bibcode:2008Natur.451..783K. doi:10.1038 / nature06617. PMC 2562698. PMID 18273011.