Seznam sekvenovaných genomů hub - List of sequenced fungi genomes - Wikipedia
Tento seznam sekvenovaných genomů hub obsahuje všechny druhy hub, o nichž je známo, že mají veřejně dostupné úplné sekvence genomu, které byly shromážděny, anotovány a publikovány; nejsou zahrnuty koncepty genomu ani sekvence pouze pro organely.
Ascomycota
Dothideomycety
- Aureobasidium pullulans, A. melanogenum, A. subglaciale a A. namibie, polyextremotolerantní (2014[1])
- Hortaea werneckii, extrémně halotolerantní (2013[2] 2017[3])
- Leptosphaeria maculans, rostlinný patogen (2011[4])
- Macrophomina phaseolina, rostlinný patogen (2012[5])
- Mycosphaerella fijiensis, rostlinný patogen (2007[6])
- Mycosphaerella graminicola IPO323, pšeničný patogen (2008[7])
- Phaeosphaeria nodorum SN15, pšeničný patogen (2005[8])
- Pyrenophora tritici-repentis Pt-1C-BFP, pšeničný patogen (2007[9])
Eurotiomycetes
- Ajellomyces capsulata několik kmenů, Darlingova choroba (2009, nepubl.[10])
- Ajellomyces dermatitidis několik kmenů (2009, nepubl.[11])
- Arthroderma benhamiae CBS 112371, kožní infekce (2010, nepubl.[12])
- Arthroderma gypseum CBS 118893, noha sportovce (2008[13])
- Arthroderma otae CBS 113480, noha sportovce (2008[13])
- Aspergillus aculeatus ATCC16872, průmyslové použití (2010[14])
- Aspergillus carbonarius POLOŽKA 5010, potravinový patogen (2009[15])
- Aspergillus clavatus Kmen: NRRL1 (2008[16])
- Aspergillus fumigatus Kmen: A1163, lidský patogen (2008[16])
- Aspergillus fumigatus Kmen: Af293, lidský patogen (2005[17])
- Aspergillus kawachii IFO 4308, potravinářský průmysl (2011[18])
- Aspergillus nidulans Kmen: FGSC A4, modelový organismus (2005[19])
- Aspergillus niger Kmen: ATCC 1015 (DOE Společný institut pro genom )
- Aspergillus niger Kmen: CBS 513,88, průmyslové použití (2007[20])
- Aspergillus oryzae Kmen: RIB40, průmyslové použití (2005[21])
- Aspergillus terreus NIH 2624, producent statinů a patogen (2005, nepubl.[22])
- Coccidioides immitis, lidský patogen, Údolní horečka (2009[23])
- Coccidioides posadasii C735 delta SOWgp, lidský patogen, Údolní horečka (2009[23])
- Neosartorya fischeri Kmen: NRRL181 (2008[16])
- Paracoccidioides brasiliensis, několik kmenů, lidský patogen (2007[24]
- Penicillium chrysogenum Kmen: Wisconsin54-1255, průmyslové použití (2008[25])
- Penicillium digitatum Kmen PHI26 (2012[26])
- Penicillium digitatum Kmen Pd1 (2012[26]
- Talaromyces marneffei, lidský patogen (2011[27]
- Uncinocarpus reesii (2009[23])
Leotiomycety
- Blumeria graminis ffsp hordei Kmen: DH14, rostlinný patogen (2010)
- Botrytis cinerea (Botryotinia fuckeliana) Kmen: B05.10 a T4, rostlinný patogen (2011[28])
- Glarea lozoyensis (2012[29])
- Sclerotinia sclerotiorum Kmen: 1980 (2011[28])
- Ascoconene sarcoides Kmen: NRRL50072 (2012[30])
Pezizomycety
- Cladobotryum protrusum (2019[31])
- Hlíza melanosporum Mel28, Périgord černý lanýž (2010[32])
Saccharomycetes
- Ashbya gossypii Kmen: ATCC 10895, rostlinný patogen (2004[33])
- Candida albicans Kmen: SC5314, lidský patogen (2004[34])
- Candida albicans Kmen: WO-1, lidský patogen (2009[35])
- Candida dubliniensis CD36, lidský patogen (2009[36])
- Candida glabrata Kmen: CBS138, lidský patogen (2004[37])
- Candida guilliermondii, lidský patogen (2009[35])
- Candida lusitaniae, lidský patogen (2009[35])
- Candida parapsilosis, lidský patogen (2009[35])
- Candida orthopsilosis ' ', lidský patogen (2012[38])
- Candida tropicalis, lidský patogen (2009[35])
- Debaryomyces hansenii Kmen: CBS767, průmyslové použití (2004[37])
- Debaryomyces hansenii Kmen: MTCC 234, odolný vůči solím (2012[39])
- Dekkera bruxellensis Kmen: CBS2499, vinné kvasnice (2012[40])
- Hansenula polymorpha NCYC 495 leu1.1, průmyslové použití (2010[41])
- Kluyveromyces aestuarii ATCC 18862 (2010, nepubl.[42])
- Kluyveromyces lactis Kmen: CLIB210, průmyslové použití (2004[37])
- Kluyveromyces wickerhamii UCD 54-210 (2010, nepubl.[43])
- Lachancea kluyveri (Saccharomyces kluyveri ) NRRL Y-12651, rostlinný patogen (2009[44])
- Lodderomyces elongisporus, lidský patogen (2009[35])
- Naumovozyma castellii Kmen: AS 2.2404, CBS 4309 (Saccharomyces castellii; 2003,[45] 2011[46])
- Naumovozyma dairenensis Kmen: CBS 421 (2011[46])
- Saccharomyces bayanus (2003,[45][47] 2011[48])
- Saccharomyces arboricolus (2013,[49])
- Saccharomyces cerevisiae Kmen: JAY291, průmyslový / model (2009[50])
- Saccharomyces cerevisiae Kmen: S288C, průmyslový / model (1996[51])
- Saccharomyces cerevisiae Kmen: Sigma1278b, průmyslový / model (2010[52])
- Saccharomyces kudriavzevii (2003[45][48])
- Saccharomyces mikatae (2003,[45][47] 2011[48])
- Saccharomyces paradoxus (2003[47] 2009[53])
- Saccharomyces pastorianus Weihenstephan 34/70, průmyslové, pivo (2009[54])
- Scheffersomyces stipitis (Pichia stipitis) CBS 6054, degradátor ligninu / xylózy (2007[55])
- Spathaspora passalidarum NRRL Y-27907, model fermentoru xylózy (2010[56])
- Tetrapisispora phaffii van der Walt Y 89, CBS 4417 (2011[46])
- Torulaspora delbrueckii Kmen: Wallerstein 129, CBS 1146 (2011[46])
- Vanderwaltozyma polyspora DSM 70294 (2007[57])
- Yarrowia lipolytica Kmen: CLIB99, průmyslové použití (2004[37])
- Zygosaccharomyces rouxii kmen CBS732, spoiler potravin (2009[58])
Schizosaccharomycetes
- Schizosaccharomyces japonicus yFS275, model invazivního růstu (2006[59])
- Schizosaccharomyces pombe Kmen: 972 h, model eukaryote (2002[60])
Sordariomycetes
- Colletotrichum graminicola, kukuřičný patogen (2012[61])
- Colletotrichum higginsianum, Arabidopsis thaliana patogen (2012[61])
- Chaetomium cochliodes Kmen: CCM F-232, půdní houba (2016[62])
- Chaetomium globosum Kmen: CBS 148,51, půdní houba (2005[63])
- Chaetomium thermophilum Kmen: CBS 144,50, půdní houba (2011[64])
- Fusarium oxysporum F. sp. lycopersici 4287, lidský / rostlinný patogen (2010[65])
- Gibberella moniliformis 7600, rostlinný patogen (2010[65])
- Gibberella zeae PH-1, rostlinný patogen (2008[66])
- Gaeumannomyces graminis tritici R3-111a-1 (2010, nepubl.[67])
- Grosmannia clavigera kw1407, rostlinný patogen (2011[68])
- Magnaporthe grisea, rostlinný patogen (20054[69])
- Metarhizium acridum CQMa 102 a
- Metarhizium anisopliae ARSEF 23, patogeny hmyzu (2011[70])
- Neurospora crassa, model eukaryote (2003[71])
- Neurospora tetrasperma FGSC 2508 mat A, model (2010[72])
- Nectria haematococca MPVI, degradátor plastů / škůdců / ligninu (2009[73])
- Podospora anserina : S mat + [74]
- Sporotrichum termophile termofilní degradátor celulózy (2010[75])
- Thielavia terrestris, model termofilní / průmyslové (2010[76])
- Trichoderma atroviride, průmyslový / půda, (2010[77])
- Trichoderma reesei QM6a, degradující biomasu (2008[78])
- Trichoderma virens Gv29-8, průmyslový / patogen (2007[79])
- Verticillium albo-atrum VaMs.102, rostlinný patogen (2008, nepubl.[80])
Basidiomycota
Agaricomycetes
- Agaricus bisporus var. Bisporus Kmen: H97, Champignon (2009[81])
- Agrocybe aegerita, houba topol nebo mečový pás (2018[82]) )
- Auricularia delicata (2012[83])
- Auricularia heimuer, Čínská Auricularia (2019[84])
- Coniophora puteana (2012[83])
- Coprinopsis cinerea (Coprinus cinereus), modelový organismus pro mnohobuněčné houby (2010[85])
- Dichomitus squalens (2012[83])
- Fibroporia radiculosa Kmen: TFFH 294 (2012[86])
- Fomitiporia mediterranea (2012[83])
- Fomitopsis pinicola (2012[83])
- Gloeophyllum trabeum (2012[83])
- Hebeloma cylindrosporum http://genome.jgi.doe.gov/Hebcy2/Hebcy2.home.html
- Heterobasidion annosum, rostlinný patogen (2009[87])
- Laccaria bicolor Kmen: S238N-H82, mycorrhiza (2008[88])
- Lentinula edodes, Shiitake houba (2016[89])
- Moniliophthora perniciosa, Nemoc čarodějnic z kakao (2008[90])
- Phanerochaete chrysosporium Kmen: RP78, mykoremediace (2004[91])
- Piriformospora indica endofyt (2011[92])
- Pleurotus ostreatus, průmyslový / degradátor ligninu (2010[93])
- Pleurotus tuber-regium, Houba bílá hniloba (2018[94])
- Postia placenta, degradátor celulózy (2008[78][95])
- Punctularia strigosozonata (2012[83])
- Komuna Schizophyllum, houba (2010[96])
- Serpula lacrymans, rostlinný patogen (2011[97])
- Stereum hirsutum (2012[83])
- Trametes versicolor (2012[83])
- Wolfiporia cocos (2012[83])
Pucciniomycetes (dříve Urediniomycetes )
- Melampsora laricis-populina, patogen populární (2008[98])
- Puccinia graminis F. sp. tritici, rostlinný patogen (2011[99][100][101])
- Puccinia triticina 1-1 BBBD závod 1, patogen pšenice ([101])
- Rhodotorula graminis kmen WP1, rostlinný symbiont (2010[102])
- Sporobolomyces roseus, spojené s rostlinami ([103])
Tremellomycetes
- Cryptococcus (Filobasidiella) neoformans JEC21, lidský patogen (2005,[104] ostatní kmeny nepublikovat[105])
- Dacryopinax sp. (2012[83])
- Tremella mesenterica (2012[83])
Ustilaginomycetes
- Malassezia globosa CBS 7966, spojené s lupy (2007[106])
- Malassezia restricta CBS 7877, spojené s lupy (2007[106])
- Sporisorium rellianum, rostlinný patogen (2010[107])
- Ustilago maydis, rostlinný patogen (2006[108])
Wallemiomycetes
- Wallemia ichthyophaga, povinná halofil (2013[109])
- Wallemia sebi, xerophile (2012[110])
Chytridiomycota
Chytridiomycota zahrnuje houby se spórami, které mají bičíky (zoospory ) a jsou sesterskou skupinou pokročilejších suchozemských hub, kterým chybí bičíky. Několik druhů chytridů je patogenů, ale jejich genomy ještě nebyly sekvenovány.
- Batrachochytrium dendrobatidis JEL423, obojživelník patogen (2006[111])
- Batrachochytrium dendrobatidis JAM81, obojživelník patogen (2006[112])
- Spizellomyces punctatus DAOM BR117 (2009[113])
- Gonapodya prolifera JEL478 (Monoblepharidomycetes ) (2011[114])
- Chytriomyces '' sp. MP 71
- Entophlycits helioformis JEL805
- Gaertneriomyces semiglobifer Barr43
- Globomyces pollinis-pini
- Rhizoclomsatium globosum
Blastocladiomycota
- Allomyces macrogynus ATCC 38327 (Blastocladiomycota ) (2009[113])
- Catenaria anguillulae PL171 (Blastocladiomycota )[115]
Neocallimastigomycota
- Piromyces sp. E2 (Neocallimastigomycota ) (2011[116])
- Anaeromyces sp. S4
- Neocallimastix sp. G1
- Orpinomyces sp. C1A
Microsporidia
- Encephalitozoon cuniculi, lidský patogen (2001[117])
- Encephalitozoon intestinalis ATCC 50506, lidský patogen (2010[118])
- Enterocytozoon bieneusi, lidský patogen zejména v souvislosti s infekcí HIV (~ 60% genomu 2009,[119] 2010[120])
- Nosema ceranae, patogen včel včel (2009[121])
- Octosporea bayeri OER 3-3, Dafnie patogen (2009[122])
Mucoromycota
Mucoromycotina
- Absidia padenii
- Absidia repens
- Backusella circina
- Circinella umbellata
- Cokeromyces recurvatus
- Cunninghamella echinulata
- Dichotomocladium elegans
- Fennellomyces sp.
- Gilbertella persicaria var. persicaria
- Gongronella butleri
- Hesseltinella vesiculosa
- Lichtheimia corymbifera
- Lichtheimia hyalospora
- Mucor circinelloides
- Mucor cordense
- Mucor indicus
- Mucor heterogamus
- Mycotypha africana
- Parasitella parasitica
- Phascolomyces articulosus
- Phycomyces blakesleeanus
- Phycomyces nitens
- Pilaira anomala
- Pilobolus umbonatus
- Radiomyces spectabilis
- Rhizopus delemar
- Rhizopus oryzae, lidský patogen (mucormycosis ) (2009[123])
- Rhizopus microsporus
- Saksenaea vasiformis
- Spinellus fuiger
- Sporodiniella umbellata
- Syncephalastrum racemosum
- Thamnidium elegans
- Umbelopsis isabellina
- Umbelopsis ramanniana
- Zychaea mexicana
Glomeromycotina
Mortierellomycotina
- Mortierella alpina Kmen: ATCC 32222, komerční zdroj kyseliny arachidonové (2011[124])
- Lobosporangium transversale
- Mortierella elongata
- Mortierella humilis
- Mortierella multidivaricata
- Mortierella verticillata
Zoopagomycota
Kickxellomycotina
- Coemansia reversa
- Coemansia spiralis
- Kickxella alabastrina
- Linderina pennicpora
- Martensiomyces pterosporus
- Ramicandelaber brevisporus
- Smittium culicis
- Smittium mucronatum
- Zancudomyces culisetae
Entomophthoromycotina
Zoopagomycotina
- Syncephalis fuscata
- Syncephalis plumigaleata
- Syncephalis pseudoplumigaleata
- Piptocephalis cylindrospora
Viz také
- Seznam sekvenovaných zvířecích genomů
- Seznam sekvenovaných archaeal genomů
- Seznam sekvenovaných bakteriálních genomů
- Seznam sekvenovaných eukaryotických genomů
- Seznam sekvenovaných rostlinných genomů
externí odkazy
- Plísňová genomová iniciativa (včetně návrhových genomů)
- Dotaz UniProt (kompletní proteom a houby)
Reference
- ^ Gostinčar C, Ohm RA, Kogej T, Sonjak S, Turk M, Zajc J a kol. (Červenec 2014). „Sekvenování genomu čtyř odrůd Aureobasidium pullulans: biotechnologický potenciál, tolerance vůči stresu a popis nových druhů“. BMC Genomics. 15 (1): 549. doi:10.1186/1471-2164-15-549. PMC 4227064. PMID 24984952.
- ^ Lenassi M, Gostinčar C, Jackman S, Turk M, Sadowski I, Nislow C a kol. (2013). "Celá duplikace genomu a obohacení transportérů kationů kovů odhaleno sekvenováním genomu de novo extrémně halotolerantních černých kvasinek Hortaea werneckii". PLOS ONE. 8 (8): e71328. Bibcode:2013PLoSO ... 871328L. doi:10.1371 / journal.pone.0071328. PMC 3744574. PMID 23977017.
- ^ Nislow, Corey; Stajich, Jason E .; Gostinčar, Cene; Lenassi, Metka; Cimerman, Nina Gunde; Plemenitaš, Ana; Formby, Sean; Neira, Mauricio; Flibotte, Stephane (01.07.2017). „Pohled na nedávnou duplikaci genomu halofilních kvasinek Hortaea werneckii: Kombinace vylepšeného genomu s genovou expresí a strukturou chromatinu“. G3: Geny, genomy, genetika. 7 (7): 2015–2022. doi:10,1534 / g3,117,040691. ISSN 2160-1836. PMC 5499112. PMID 28500048.
- ^ Rouxel T, Grandaubert J, Hane JK, Hoede C, van de Wouw AP, Couloux A a kol. (Únor 2011). „Diverzifikace efektorů v kompartmentech genomu Leptosphaeria maculans ovlivněných mutacemi bodových repetice“. Příroda komunikace. 2 (2): 202. Bibcode:2011NatCo ... 2..202R. doi:10.1038 / ncomms1189. PMC 3105345. PMID 21326234.
- ^ Islam MS, Haque MS, Islam MM, Emdad EM, Halim A, Hossen QM a kol. (Září 2012). „Nástroje k zabíjení: genom jedné z nejničivějších rostlinných patogenních hub Macrophomina phaseolina“. BMC Genomics. 13 (1): 493. doi:10.1186/1471-2164-13-493. PMC 3477038. PMID 22992219.
- ^ „Home - Pseudocercospora (Mycosphaerella) fijiensis v2.0“. genome.jgi-psf.org. Citováno 24. listopadu 2018.
- ^ Goodwin SB, M'barek SB, Dhillon B, Wittenberg AH, Crane CF, Hane JK a kol. (Červen 2011). „Hotový genom plísňového patogenu Mycosphaerella graminicola odhaluje dispenzní strukturu, plasticitu chromozomů a tajnou patogenezi“. PLoS Genetics. 7 (6): e1002070. doi:10.1371 / journal.pgen.1002070. PMC 3111534. PMID 21695235.
- ^ Hane JK, Lowe RG, Solomon PS, Tan KC, Schoch CL, Spatafora JW a kol. (Listopad 2007). "Interakce rostlin Dothideomycete osvětlené sekvenováním genomu a EST analýzou pšeničného patogenu Stagonospora nodorum". Rostlinná buňka. 19 (11): 3347–68. doi:10.1105 / tpc.107.052829. PMC 2174895. PMID 18024570.
- ^ Tým, diArk. "diArk - seznam druhů". www.diark.org. Citováno 24. listopadu 2018.
- ^ „JGI GOLD | Projekt“.
- ^ „JGI GOLD | Projekt“.
- ^ http://genomesonline.org/cgi-bin/GOLD/bin/GOLDCards.cgi?goldstamp=Gc01529
- ^ A b Martinez DA, Oliver BG, Gräser Y, Goldberg JM, Li W, Martinez-Rossi NM a kol. (2012). „Srovnávací analýza genomu Trichophyton rubrum a příbuzných dermatofytů odhaluje kandidátské geny zapojené do infekce“. mBio. 3 (5): e00259-12. doi:10,1 128 / mBio.00259-12. PMC 3445971. PMID 22951933.
- ^ „Home - Aspergillus aculeatus ATCC16872 v1.1“. genome.jgi-psf.org. Citováno 24. listopadu 2018.
- ^ „Home - Aspergillus carbonarius ITEM 5010 v3“. genome.jgi-psf.org. Citováno 24. listopadu 2018.
- ^ A b C Fedorova ND, Khaldi N, Joardar VS, Maiti R, Amedeo P, Anderson MJ a kol. (Duben 2008). "Genomic Islands v patogenní vláknité houbě Aspergillus fumigatus". PLoS Genetics. 4 (4): e1000046. doi:10.1371 / journal.pgen.1000046. PMC 2289846. PMID 18404212.
- ^ Nierman WC, Pain A, Anderson MJ, Wortman JR, Kim HS, Arroyo J a kol. (Prosinec 2005). "Genomická sekvence patogenní a alergenní vláknité houby Aspergillus fumigatus". Příroda. 438 (7071): 1151–6. Bibcode:2005 Natur.438.1151N. doi:10.1038 / nature04332. PMID 16372009.
- ^ Futagami T, Mori K, Yamashita A, Wada S, Kajiwara Y, Takashita H a kol. (Listopad 2011). "Sekvence genomu bílé plísně koji Aspergillus kawachii IFO 4308, používaná k vaření japonského destilovaného lihu shochu". Eukaryotická buňka. 10 (11): 1586–7. doi:10.1128 / EC.05224-11. PMC 3209066. PMID 22045919.
- ^ Galagan JE, Calvo SE, Cuomo C, Ma LJ, Wortman JR, Batzoglou S a kol. (Prosinec 2005). "Sekvenování Aspergillus nidulans a srovnávací analýza s A. fumigatus a A. oryzae". Příroda. 438 (7071): 1105–15. Bibcode:2005 Natur.438.1105G. doi:10.1038 / příroda04341. PMID 16372000.
- ^ Pel HJ, de Winde JH, Archer DB, Dyer PS, Hofmann G, Schaap PJ, et al. (Únor 2007). "Sekvenování genomu a analýza univerzální továrny na buňky Aspergillus niger CBS 513.88". Přírodní biotechnologie. 25 (2): 221–31. doi:10.1038 / nbt1282. PMID 17259976.
- ^ Machida M, Asai K, Sano M, Tanaka T, Kumagai T, Terai G a kol. (Prosinec 2005). "Sekvenování genomu a analýza Aspergillus oryzae" (PDF). Příroda. 438 (7071): 1157–61. Bibcode:2005 Natur.438.1157M. doi:10.1038 / nature04300. PMID 16372010.
- ^ "DiArk | seznam druhů".
- ^ A b C Sharpton TJ, Stajich JE, Rounsley SD, Gardner MJ, Wortman JR, Jordar VS a kol. (Říjen 2009). „Srovnávací genomové analýzy lidských plísňových patogenů Coccidioides a jejich příbuzných“. Výzkum genomu. 19 (10): 1722–31. doi:10.1101 / gr.087551.108. PMC 2765278. PMID 19717792.
- ^ Desjardins CA, Champion MD, Holder JW, Muszewska A, Goldberg J, Bailão AM, et al. (Říjen 2011). „Srovnávací genomová analýza lidských plísňových patogenů způsobujících parakokcidioidomykózu“. PLoS Genetics. 7 (10): e1002345. doi:10.1371 / journal.pgen.1002345. PMC 3203195. PMID 22046142.
- ^ van den Berg MA, Albang R, Albermann K, Badger JH, Daran JM, Driessen AJ a kol. (Říjen 2008). "Sekvenování genomu a analýza vláknité houby Penicillium chrysogenum" (PDF). Přírodní biotechnologie. 26 (10): 1161–8. doi:10.1038 / nbt.1498. PMID 18820685.
- ^ A b Marcet-Houben M, Ballester AR, de la Fuente B, Harries E, Marcos JF, González-Candelas L, Gabaldón T (listopad 2012). „Sekvence genomu nekrotrofní houby Penicillium digitatum, hlavní posklizňový patogen citrusů“. BMC Genomics. 13: 646. doi:10.1186/1471-2164-13-646. PMC 3532085. PMID 23171342.
- ^ Woo PC, Lau SK, Liu B, Cai JJ, Chong KT, Tse H a kol. (Prosinec 2011). "Návrh sekvence genomu Penicillium marneffei kmene PM1". Eukaryotická buňka. 10 (12): 1740–1. doi:10.1128 / EC.05255-11. PMC 3232717. PMID 22131218.
- ^ A b Amselem J, Cuomo CA, van Kan JA, Viaud M, Benito EP, Couloux A a kol. (Srpen 2011). „Genomická analýza nekrotrofních houbových patogenů Sclerotinia sclerotiorum a Botrytis cinerea“. PLoS Genetics. 7 (8): e1002230. doi:10.1371 / journal.pgen.1002230. PMC 3158057. PMID 21876677.
- ^ Youssar L, Grüning BA, Erxleben A, Günther S, Hüttel W (únor 2012). „Sekvence genomu houby Glarea lozoyensis: první sekvence genomu druhu z čeledi Helotiaceae“. Eukaryotická buňka. 11 (2): 250. doi:10.1128 / EC.05302-11. PMC 3272893. PMID 22302591.
- ^ Gianoulis TA, Griffin MA, Spakowicz DJ, Dunican BF, Alpha CJ, Sboner A a kol. (2012). "Genomická analýza uhlovodíků produkujících, celulolytických, endofytických hub Ascocoryne sarcoides". PLoS Genetics. 8 (3): e1002558. doi:10.1371 / journal.pgen.1002558. PMC 3291568. PMID 22396667.
- ^ Sossah FL, Liu Z, Yang C, Okorley BA, Sun L, Fu Y, Li Y (únor 2019). „Cladobotryum protrusum poskytuje pohledy na vývoj a patogenní mechanismy patogenu pavučinového onemocnění na pěstovaných houbách“. Geny. 10 (2): 124. doi:10,3390 / geny10020124. PMC 6409746. PMID 30744046.
- ^ Martin F, Kohler A, Murat C, Balestrini R, Coutinho PM, Jaillon O a kol. (Duben 2010). „Périgordský černý lanýžový genom odhaluje evoluční původ a mechanismy symbiózy“. Příroda. 464 (7291): 1033–8. Bibcode:2010Natur.464.1033M. doi:10.1038 / nature08867. PMID 20348908.
- ^ Dietrich FS, Voegeli S, Brachat S, Lerch A, Gates K, Steiner S a kol. (Duben 2004). „Genom Ashbya gossypii jako nástroj pro mapování starodávného genomu Saccharomyces cerevisiae“. Věda. 304 (5668): 304–7. Bibcode:2004Sci ... 304..304D. doi:10.1126 / science.1095781. PMID 15001715.
- ^ Jones T, Federspiel NA, Chibana H, Dungan J, Kalman S, Magee BB a kol. (Květen 2004). „Sekvence diploidního genomu Candida albicans“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 101 (19): 7329–34. Bibcode:2004PNAS..101,7329J. doi:10.1073 / pnas.0401648101. PMC 409918. PMID 15123810.
- ^ A b C d E F Butler G, Rasmussen MD, Lin MF, Santos MA, Sakthikumar S, Munro CA a kol. (Červen 2009). „Vývoj patogenity a sexuální reprodukce v osmi genomech Candida“. Příroda. 459 (7247): 657–62. Bibcode:2009 Natur.459..657B. doi:10.1038 / nature08064. PMC 2834264. PMID 19465905.
- ^ Stránka projektu EBI
- ^ A b C d Dujon B, Sherman D, Fischer G, Durrens P, Casaregola S, Lafontaine I a kol. (Červenec 2004). "Vývoj genomu v kvasinkách". Příroda. 430 (6995): 35–44. Bibcode:2004 Natur.430 ... 35D. doi:10.1038 / nature02579. PMID 15229592.
- ^ Riccombeni A, Vidanes G, Proux-Wéra E, Wolfe KH, Butler G (2012). "Posloupnost a analýza genomu patogenní kvasinky Candida orthopilosis". PLOS ONE. 7 (4): e35750. Bibcode:2012PLoSO ... 735750R. doi:10,1371 / journal.pone.0035750. PMC 3338533. PMID 22563396.
- ^ Kumar S, Randhawa A, Ganesan K, Raghava GP, Mondal AK (červenec 2012). "Návrh sekvence genomu kvasinek odolných vůči solím Debaryomyces hansenii var. Hansenii MTCC 234". Eukaryotická buňka. 11 (7): 961–2. doi:10.1128 / EC.00137-12. PMC 3416502. PMID 22744717.
- ^ Piškur J, Ling Z, Marcet-Houben M, Ishchuk OP, Aerts A, LaButti K a kol. (Červenec 2012). „Genom vinných kvasnic Dekkera bruxellensis poskytuje nástroj k prozkoumání jeho vlastností souvisejících s potravinami“. International Journal of Food Microbiology. 157 (2): 202–9. doi:10.1016 / j.ijfoodmicro.2012.05.008. PMID 22663979.
- ^ „Home - Ogataea polymorpha NCYC 495 leu1.1 v2.0“. genome.jgi-psf.org. Citováno 24. listopadu 2018.
- ^ http://genomesonline.org/cgi-bin/GOLD/bin/GOLDCards.cgi?goldstamp=Gc01520
- ^ http://genomesonline.org/cgi-bin/GOLD/bin/GOLDCards.cgi?goldstamp=Gc01521
- ^ Souciet JL, Dujon B, Gaillardin C, Johnston M, Baret PV, Cliften P a kol. (Říjen 2009). "Srovnávací genomika protoploidních Saccharomycetaceae". Výzkum genomu. 19 (10): 1696–709. doi:10.1101 / gr.091546.109. PMC 2765284. PMID 19525356.
- ^ A b C d Cliften P, Sudarsanam P, Desikan A, Fulton L, Fulton B, Majors J a kol. (Červenec 2003). "Nalezení funkčních znaků v genomech Saccharomyces pomocí fylogenetické stopy". Věda. 301 (5629): 71–6. Bibcode:2003Sci ... 301 ... 71C. doi:10.1126 / science.1084337. PMID 12775844.
- ^ A b C d Gordon JL, Armisén D, Proux-Wéra E, ÓhÉigeartaigh SS, Byrne KP, Wolfe KH (prosinec 2011). „Evoluční eroze kvasinkových pohlavních chromozomů při nehodách spojovacího typu“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 108 (50): 20024–9. Bibcode:2011PNAS..10820024G. doi:10.1073 / pnas.1112808108. PMC 3250169. PMID 22123960.
- ^ A b C Kellis M, Patterson N, Endrizzi M, Birren B, Lander ES (květen 2003). "Sekvenování a srovnání druhů kvasinek za účelem identifikace genů a regulačních prvků". Příroda. 423 (6937): 241–54. Bibcode:2003 Natur.423..241K. doi:10.1038 / nature01644. PMID 12748633.
- ^ A b C Scannell DR, Zill OA, Rokas A, Payen C, Dunham MJ, Eisen MB a kol. (Červen 2011). „Awesome Power of Yeast Evolutionary Genetics: New Genome Sequences and Strain Resources for the Saccharomyces sensu stricto Genus“. G3. 1 (1): 11–25. doi:10,1534 / g3,1111 000273. PMC 3276118. PMID 22384314.
- ^ Liti G, Nguyen Ba AN, Blythe M, Müller CA, Bergström A, Cubillos FA a kol. (Leden 2013). „Vysoce kvalitní sekvenování de novo a sestavení genomu Saccharomyces arboricolus“. BMC Genomics. 14 (1): 69. doi:10.1186/1471-2164-14-69. PMC 3599269. PMID 23368932.
- ^ Argueso JL, Carazzolle MF, Mieczkowski PA, Duarte FM, Netto OV, Missawa SK a kol. (Prosinec 2009). "Struktura genomu kmene Saccharomyces cerevisiae široce používaného při výrobě bioethanolu". Výzkum genomu. 19 (12): 2258–70. doi:10.1101 / gr.091777.109. PMC 2792172. PMID 19812109.
- ^ Goffeau A, Barrell BG, Bussey H, Davis RW, Dujon B, Feldmann H a kol. (Říjen 1996). "Život s 6000 geny". Věda. 274 (5287): 546, 563–7. Bibcode:1996Sci ... 274..546G. doi:10.1126 / science.274.5287.546. PMID 8849441.
- ^ Dowell RD, Ryan O, Jansen A, Cheung D, Agarwala S, Danford T a kol. (Duben 2010). „Genotyp k fenotypu: komplexní problém“. Věda. 328 (5977): 469. Bibcode:2010Sci ... 328..469D. doi:10.1126 / science.1189015. PMC 4412269. PMID 20413493.
- ^ Liti G, Carter DM, Moses AM, Warringer J, Parts L, James SA a kol. (Březen 2009). „Populační genomika domácích a divokých kvasinek“. Příroda. 458 (7236): 337–41. Bibcode:2009 Natur.458..337L. doi:10.1038 / nature07743. PMC 2659681. PMID 19212322.
- ^ Nakao Y, Kanamori T, Itoh T, Kodama Y, Rainieri S, Nakamura N a kol. (Duben 2009). "Sekvence genomu ležáku na vaření kvasinek, mezidruhový hybrid". Výzkum DNA. 16 (2): 115–29. doi:10.1093 / dnares / dsp003. PMC 2673734. PMID 19261625.
- ^ Jeffries TW, Grigoriev IV, Grimwood J, Laplaza JM, Aerts A, Salamov A, et al. (Březen 2007). "Sekvence genomu lignocelulózy-biokonverze a xylózy fermentující kvasinky Pichia stipitis". Přírodní biotechnologie. 25 (3): 319–26. doi:10.1038 / nbt1290. PMID 17334359.
- ^ „Home - Spathaspora passalidarum NRRL Y-27907 v2.0“. genome.jgi-psf.org. Citováno 24. listopadu 2018.
- ^ Scannell DR, Frank AC, Conant GC, Byrne KP, Woolfit M, Wolfe KH (květen 2007). „Nezávislé třídění tisíců duplikovaných genových párů u dvou druhů kvasinek pocházejících z duplikace celého genomu“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 104 (20): 8397–402. Bibcode:2007PNAS..104,8397S. doi:10.1073 / pnas.0608218104. PMC 1895961. PMID 17494770.
- ^ Stránka projektu EBI
- ^ Rhind N, Chen Z, Yassour M, Thompson DA, Haas BJ, Habib N a kol. (Květen 2011). "Srovnávací funkční genomika štěpných kvasinek". Věda. 332 (6032): 930–6. Bibcode:2011Sci ... 332..930R. doi:10.1126 / science.1203357. PMC 3131103. PMID 21511999.
- ^ Wood V, Gwilliam R, Rajandream MA, Lyne M, Lyne R, Stewart A, et al. (Únor 2002). "Sekvence genomu Schizosaccharomyces pombe". Příroda. 415 (6874): 871–80. doi:10.1038 / příroda724. PMID 11859360.
- ^ A b O'Connell RJ, Thon MR, Hacquard S, Amyotte SG, Kleemann J, Torres MF a kol. (Září 2012). „Přechody životního stylu u rostlin patogenních hub Colletotrichum dešifrovaných analýzou genomu a transkriptomu“. Genetika přírody. 44 (9): 1060–5. doi:10,1038 / ng.2372. PMID 22885923.
- ^ Zámocký M, Tafer H, Chovanová K, Lopandic K, Kamlárová A, Obinger C (září 2016). „Sekvence genomu vláknité půdní houby Chaetomium cochliodes odhaluje hojnost genů pro hemové enzymy ze všech superrodin peroxidázy a katalázy“. BMC Genomics. 17 (1): 763. doi:10.1186 / s12864-016-3111-6. PMC 5041501. PMID 27681232.
- ^ „Projekt genomu Chaetomium globosum“. broadinstitute.org. 15. května 2015. Citováno 24. listopadu 2018.
- ^ Amlacher S, Sarges P, Flemming D, van Noort V, Kunze R, Devos DP a kol. (Červenec 2011). „Pohled na strukturu a sestavení komplexu jaderných pórů využitím genomu eukaryotického termofila“. Buňka. 146 (2): 277–89. doi:10.1016 / j.cell.2011.06.039. PMID 21784248.
- ^ A b Ma LJ, van der Does HC, Borkovich KA, Coleman JJ, Daboussi MJ, Di Pietro A a kol. (Březen 2010). „Srovnávací genomika odhaluje chromozomy mobilní patogenity ve Fusariu“. Příroda. 464 (7287): 367–73. Bibcode:2010 Natur.464..367M. doi:10.1038 / nature08850. PMC 3048781. PMID 20237561.
- ^ Stránka projektu EBI
- ^ http://genomesonline.org/cgi-bin/GOLD/bin/GOLDCards.cgi?goldstamp=Gc01519
- ^ „Genom houby modré skvrny se vyvinul, aby obešel obranu stromu v epidemii borovice horské: výzkum UBC“. ubc.ca. 24. ledna 2011. Citováno 24. listopadu 2018.
- ^ Dean RA, Talbot NJ, Ebbole DJ, Farman ML, Mitchell TK, Orbach MJ a kol. (Duben 2005). „Sekvence genomu houby vysoké rýže Magnaporthe grisea“. Příroda. 434 (7036): 980–6. Bibcode:2005 Natur.434..980D. doi:10.1038 / nature03449. PMID 15846337.
- ^ Gao Q, Jin K, Ying SH, Zhang Y, Xiao G, Shang Y a kol. (Leden 2011). "Sekvenování genomu a srovnávací transkriptomika modelových entomopatogenních hub Metarhizium anisopliae a M. acridum". PLoS Genetics. 7 (1): e1001264. doi:10.1371 / journal.pgen.1001264. PMC 3017113. PMID 21253567.
- ^ Galagan JE, Calvo SE, Borkovich KA, Selker EU, Read ND, Jaffe D a kol. (Duben 2003). „Sekvence genomu vláknité houby Neurospora crassa“. Příroda. 422 (6934): 859–68. Bibcode:2003 Natur.422..859G. doi:10.1038 / nature01554. PMID 12712197.
- ^ „Home - Neurospora tetrasperma FGSC 2508 mat A v2.0“. genome.jgi-psf.org. Citováno 24. listopadu 2018.
- ^ Coleman JJ, Rounsley SD, Rodriguez-Carres M, Kuo A, Wasmann CC, Grimwood J a kol. (Srpen 2009). „Genom Nectria haematococca: příspěvek nadpočetných chromozomů k genové expanzi“. PLoS Genetics. 5 (8): e1000618. doi:10.1371 / journal.pgen.1000618. PMC 2725324. PMID 19714214.
- ^ Espagne E, Lespinet O, Malagnac F, Da Silva C, Jaillon O, Porcel BM a kol. (2008). "Sekvence genomu modelové houby ascomycete Podospora anserina". Genome Biology. 9 (5): R77. doi:10.1186 / gb-2008-9-5-r77. PMC 2441463. PMID 18460219.
- ^ "Home - Myceliophthora thermophila (Sporotrichum thermophile) v2.0". genome.jgi-psf.org. Citováno 24. listopadu 2018.
- ^ „Home - Thielavia terrestris v2.0“. genome.jgi-psf.org. Citováno 24. listopadu 2018.
- ^ „Home - Trichoderma atroviride v2.0“. genome.jgi-psf.org. Citováno 24. listopadu 2018.
- ^ A b Martinez D, Berka RM, Henrissat B, Saloheimo M, Arvas M, Baker SE a kol. (Květen 2008). "Sekvenování genomu a analýza houby degradující biomasu Trichoderma reesei (syn. Hypocrea jecorina)". Přírodní biotechnologie. 26 (5): 553–60. doi:10.1038 / nbt1403. PMID 18454138.
- ^ „Home - Trichoderma virens Gv29-8 v2.0“. genome.jgi-psf.org. Citováno 24. listopadu 2018.
- ^ Tým, diArk. "diArk - seznam druhů". www.diark.org. Citováno 24. listopadu 2018.
- ^ „Home - Agaricus bisporus var bisporus (H97) v2.0“. genome.jgi-psf.org. Citováno 24. listopadu 2018.
- ^ Gupta DK, Rühl M, Mishra B, Kleofas V, Hofrichter M, Herzog R a kol. (Leden 2018). „Sekvence genomu komerčně pěstované houby Agrocybe aegerita odhaluje konzervovaný repertoár genů souvisejících s plodem a všestranný soubor enzymů degradujících biopolymer“. BMC Genomics. 19 (1): 48. doi:10.1186 / s12864-017-4430-r. PMC 5769442. PMID 29334897.
- ^ A b C d E F G h i j k l Floudas D, Binder M, Riley R, Barry K, Blanchette RA, Henrissat B a kol. (Červen 2012). „Paleozoický původ enzymatického rozkladu ligninu rekonstruovaného z 31 fungálních genomů“. Věda. 336 (6089): 1715–9. Bibcode:2012Sci ... 336.1715F. doi:10.1126 / science.1221748. hdl:10261/60626. PMID 22745431.
- ^ Yuan Y, Wu F, Si J, Zhao YF, Dai YC (leden 2019). „Celá sekvence genomu Auricularia heimuer (Basidiomycota, houby), třetí nejdůležitější celosvětově pěstované houby“. Genomika. 111 (1): 50–58. doi:10.1016 / j.ygeno.2017.12.013. PMID 29288711.
- ^ Stajich JE, Wilke SK, Ahrén D, Au CH, Birren BW, Borodovsky M a kol. (Červen 2010). „Pohledy na vývoj mnohobuněčných hub ze shromážděných chromozomů houby Coprinopsis cinerea (Coprinus cinereus)“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 107 (26): 11889–94. Bibcode:2010PNAS..10711889S. doi:10.1073 / pnas.1003391107. PMC 2900686. PMID 20547848.
- ^ Tang JD, Perkins AD, Sonstegard TS, Schroeder SG, Burgess SC, Diehl SV (duben 2012). "Krátké sekvenování pro genomickou analýzu houby hnědé hniloby Fibroporia radiculosa". Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 78 (7): 2272–81. doi:10.1128 / AEM.06745-11. PMC 3302605. PMID 22247176.
- ^ „Home - Heterobasidion annosum v2.0“. genome.jgi-psf.org. Citováno 24. listopadu 2018.
- ^ Martin F, Aerts A, Ahrén D, Brun A, Danchin EG, Duchaussoy F a kol. (Březen 2008). „Genom Laccaria bicolor poskytuje pohled na mykorhizní symbiózu“. Příroda. 452 (7183): 88–92. Bibcode:2008Natur.452 ... 88M. doi:10.1038 / nature06556. PMID 18322534.
- ^ Shim D, Park SG, Kim K, Bae W, Lee GW, Ha BS a kol. (Duben 2016). "Celý genom de novo sekvenování a genomová anotace světové populární pěstované jedlé houby, Lentinula edodes". Journal of Biotechnology. 223: 24–5. doi:10.1016 / j.jbiotec.2016.02.032. PMID 26924240.
- ^ Mondego JM, Carazzolle MF, Costa GG, Formighieri EF, Parizzi LP, Rincones J a kol. (Listopad 2008). „Průzkum genomu Moniliophthora perniciosa poskytuje nový pohled na čarodějnickou metlou z kakaa“. BMC Genomics. 9: 548. doi:10.1186/1471-2164-9-548. PMC 2644716. PMID 19019209.
- ^ Martinez D, Larrondo LF, Putnam N, Gelpke MD, Huang K, Chapman J a kol. (Červen 2004). "Genomová sekvence houby degradující lignocelulózu Phanerochaete chrysosporium kmen RP78". Přírodní biotechnologie. 22 (6): 695–700. doi:10.1038 / nbt967. PMID 15122302.
- ^ Zuccaro A, Lahrmann U, Güldener U, Langen G, Pfiffi S, Biedenkopf D a kol. (Říjen 2011). „Strategie endofytického života dekódované analýzou genomu a transkriptomu vzájemného kořenového symbiontu Piriformospora indica“. PLoS patogeny. 7 (10): e1002290. doi:10.1371 / journal.ppat.1002290. PMC 3192844. PMID 22022265.
- ^ „Home - Pleurotus ostreatus PC15 v2.0“. genome.jgi-psf.org. Citováno 24. listopadu 2018.
- ^ Lam KL, Si K, Wu X, Tang S, Sun X, Kwan HS, Cheung PC (říjen 2018). „Diploidní genom jediného druhu divokého typu tvořícího sklerotia rodu Pleurotus - Pleurotus tuber-regium - poskytuje pohled na mechanismus jeho přeměny biomasy z lignocelulózových substrátů.“ Journal of Biotechnology. 283: 22–27. doi:10.1016 / j.jbiotec.2018.07.009. PMID 30003974.
- ^ „Home - Postia placenta MAD 698-R v1.0“. genome.jgi-psf.org. Citováno 24. listopadu 2018.
- ^ Ohm RA, de Jong JF, Lugones LG, Aerts A, Kothe E, Stajich JE a kol. (Září 2010). „Sekvence genomu modelové houby Schizophyllum commune“. Přírodní biotechnologie. 28 (9): 957–63. doi:10.1038 / nbt.1643. PMID 20622885.
- ^ Eastwood DC, Floudas D, Binder M, Majcherczyk A, Schneider P, Aerts A, et al. (Srpen 2011). „Strojní zařízení na rozkládání buněčné stěny je základem funkční rozmanitosti lesních hub“. Věda (Vložený rukopis). 333 (6043): 762–5. Bibcode:2011Sci ... 333..762E. doi:10.1126 / science.1205411. PMID 21764756.
- ^ "Home - Melampsora larici-populina v1.0". genome.jgi.doe.gov. Citováno 24. listopadu 2018.
- ^ Duplessis S, Cuomo CA, Lin YC, Aerts A, Tisserant E, Veneault-Fourrey C a kol. (Květen 2011). „Povinná biotrofie odhalená genomickou analýzou rezavých hub“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 108 (22): 9166–71. Bibcode:2011PNAS..108.9166D. doi:10.1073 / pnas.1019315108. PMC 3107277. PMID 21536894.
- ^ Lewis CM, Persoons A, Bebber DP, Kigathi RN, Maintz J, Findlay K a kol. (08.02.2018). „Potenciál znovuobjevení rzi pšeničných stonků ve Velké Británii“. Komunikační biologie. 1 (1): 13. doi:10.1038 / s42003-018-0013-r. PMC 6053080. PMID 30271900.
- ^ A b [1] Široký institut
- ^ "Home - Rhodotorula graminis kmen WP1 v1.1". genome.jgi-psf.org. Citováno 24. listopadu 2018.
- ^ „Položka JGI“. jgi-psf.gov. Citováno 24. listopadu 2018.
- ^ Loftus BJ, Fung E, Roncaglia P, Rowley D, Amedeo P, Bruno D a kol. (Únor 2005). „Genom bazidiomycetických kvasinek a lidského patogenu Cryptococcus neoformans“. Věda. 307 (5713): 1321–4. Bibcode:2005Sci ... 307.1321L. doi:10.1126 / science.1103773. PMC 3520129. PMID 15653466.
- ^ „JGI GOLD | Projekt“.
- ^ A b Xu J, Saunders CW, Hu P, Grant RA, Boekhout T, Kuramae EE a kol. (Listopad 2007). „Genomy Malassezia spojené s lupy odhalují konvergentní a divergentní rysy virulence sdílené s rostlinnými a lidskými houbovými patogeny“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 104 (47): 18730–5. Bibcode:2007PNAS..10418730X. doi:10.1073 / pnas.0706756104. PMC 2141845. PMID 18000048.
- ^ Schirawski J, Mannhaupt G, Münch K, Brefort T, Schipper K, Doehlemann G a kol. (Prosinec 2010). "Determinanty patogenity u plesnivých hub odhalené srovnáním genomu". Věda. 330 (6010): 1546–8. Bibcode:2010Sci ... 330.1546S. doi:10.1126 / science.1195330. PMID 21148393.
- ^ Kämper J, Kahmann R, Bölker M, Ma LJ, Brefort T, Saville BJ a kol. (Listopad 2006). „Pohledy z genomu biotrofické houbové patogeny rostlin Ustilago maydis“. Příroda. 444 (7115): 97–101. Bibcode:2006 Natur.444 ... 97 tis. doi:10.1038 / nature05248. PMID 17080091.
- ^ Zajc J, Liu Y, Dai W, Yang Z, Hu J, Gostinčar C, Gunde-Cimerman N (září 2013). „Sekvenování genomu a transkriptomu halofilní houby Wallemia ichthyophaga: přítomné a nepřítomné haloadaptace“. BMC Genomics. 14: 617. doi:10.1186/1471-2164-14-617. PMC 3849046. PMID 24034603.
- ^ Padamsee M, Kumar TK, Riley R, Binder M, Boyd A, Calvo AM a kol. (Březen 2012). „Genom xerotolerantní formy Wallemia sebi odhaluje adaptace na osmotický stres a naznačuje kryptickou sexuální reprodukci“. Plísňová genetika a biologie (Vložený rukopis). 49 (3): 217–26. doi:10.1016 / j.fgb.2012.01.007. PMID 22326418.
- ^ „Projekt genomu Batrachochytrium“. broadinstitute.org. 25. srpna 2016. Citováno 24. listopadu 2018.
- ^ "Home - Batrachochytrium dendrobatidis JAM81 v1.0". genome.jgi.doe.gov. Citováno 24. listopadu 2018.
- ^ A b „Aktualizace pro naše uživatele webu Mikrobiální eukaryoty“. broadinstitute.org. 29. února 2016. Citováno 24. listopadu 2018.
- ^ „Home - Gonapodya prolifera v1.0“. genome.jgi.doe.gov. Citováno 24. listopadu 2018.
- ^ „Home - Catenaria anguillulae PL171 v1.0“. genome.jgi.doe.gov. Citováno 24. listopadu 2018.
- ^ „Home - Piromyces sp. E2 v1.0“. genome.jgi-psf.org. Citováno 24. listopadu 2018.
- ^ Katinka MD, Duprat S, Cornillot E, Méténier G, Thomarat F, Prensier G a kol. (Listopad 2001). "Sekvence genomu a genové zhutnění parazita eukaryota Encephalitozoon cuniculi". Příroda. 414 (6862): 450–3. Bibcode:2001 Natur.414..450K. doi:10.1038/35106579. PMID 11719806.
- ^ Corradi N, Pombert JF, Farinelli L, Didier ES, Keeling PJ (září 2010). „Kompletní sekvence nejmenšího známého jaderného genomu z mikrosporidianu Encephalitozoon intestinalis“. Příroda komunikace. 1 (6): 77. Bibcode:2010NatCo ... 1 ... 77C. doi:10.1038 / ncomms1082. PMC 4355639. PMID 20865802.
- ^ Akiyoshi DE, Morrison HG, Lei S, Feng X, Zhang Q, Corradi N a kol. (Leden 2009). „Genomický průzkum nekultivovatelného oportunistického lidského patogenu, Enterocytozoon bieneusi“. PLoS patogeny. 5 (1): e1000261. doi:10.1371 / journal.ppat.1000261. PMC 2607024. PMID 19132089.
- ^ Keeling PJ, Corradi N, Morrison HG, Haag KL, Ebert D, Weiss LM a kol. (Červenec 2010). „Redukovaný genom parazitického mikrosporidia Enterocytozoon bieneusi postrádá geny pro základní metabolismus uhlíku“. Biologie genomu a evoluce. 2: 304–9. doi:10.1093 / gbe / evq022. PMC 2942035. PMID 20624735.
- ^ Cornman RS, Chen YP, Schatz MC, Street C, Zhao Y, Desany B a kol. (Červen 2009). „Genomické analýzy mikrosporidiánů Nosema ceranae, naléhavého patogenu včel. PLoS patogeny. 5 (6): e1000466. doi:10.1371 / journal.ppat.1000466. PMC 2685015. PMID 19503607.
- ^ Corradi N, Haag KL, Pombert JF, Ebert D, Keeling PJ (2009). „Návrh sekvence genomu patogenu Daphnia Octosporea bayeri: pohledy na obsah genů ve velkém mikrosporidiánovém genomu a model interakcí hostitel-parazit“. Genome Biology. 10 (10): R106. doi:10.1186 / gb-2009-10-10-r106. PMC 2784321. PMID 19807911.
- ^ Ma LJ, Ibrahim AS, Skory C, Grabherr MG, Burger G, Butler M a kol. (Červenec 2009). „Genomická analýza houby bazální linie Rhizopus oryzae odhaluje duplikaci celého genomu“. PLoS Genetics. 5 (7): e1000549. doi:10.1371 / journal.pgen.1000549. PMC 2699053. PMID 19578406.
- ^ Wang L, Chen W, Feng Y, Ren Y, Gu Z, Chen H a kol. (2011). "Genomová charakterizace olejnaté houby Mortierella alpina". PLOS ONE. 6 (12): e28319. Bibcode:2011PLoSO ... 628319W. doi:10.1371 / journal.pone.0028319. PMC 3234268. PMID 22174787.