TopFIND - TopFIND - Wikipedia

TopFIND
Obsah
PopisTopFIND je Termini Órozzuřený strrotein Fpomazání Jádoporučeno Database, centrální zdroj protein data integrovaná se znalostmi o protein konce, proteolytické zpracování proteázy, terminální modifikace aminokyselin a odvozené funkční implikace vytvořené kombinací příspěvků komunity s UniProt a MEROPS databáze.
Typy dat
zajat		Anotace proteinu
OrganismyH. sapiens, M. musculus, A. thaliana, S. cerevisiae, E. coli
Kontakt
Výzkumné centrumUniversity of British Columbia (UBC), Kanada
LaboratořChristopher celkově
AutořiPhilipp F. Lange
Primární citaceTopFIND 2.0 - propojení proteinových konců s proteolytickým zpracováním a modifikacemi, které mění funkci proteinu[1]
Datum vydání2011
Přístup
Datový formátVlastní soubor oddělený čárkami, SQL, XML.
webová stránkaclipserve.klip.ubc.ca/ topfind
Smíšený
LicenceCreative Commons Attribution-NoDerivs
Kurátorská politikaAno - manuální a automatické. Pravidla pro automatickou anotaci generovanou kurátory databáze a výpočetními algoritmy.

TopFIND je Termini Órozzuřený strrotein Fpomazání Jádoporučeno Database (TopFIND) je integrovaný znalostní databáze soustředěný na protein konce, jejich formace proteázy a funkční důsledky. Obsahuje informace o zpracování a stavu zpracování proteinů a jejich funkčních důsledcích odvozené z výzkumné literatury, příspěvků vědecké komunity a biologických databáze.[2]

Pozadí

Mezi nejzákladnější vlastnosti a protein jsou N- a C-konce definující začátek a konec polypeptidový řetězec. I když jsou geneticky kódovány, izoformy proteinových konců jsou také často generovány během překlad, po kterém jsou konce vysoce dynamické a na svých koncích jsou často ořezávány velkým množstvím exopeptidáz. Novotvary mohou být také generovány endopeptidázami po přesné a omezené proteolýze, nazývané zpracování. Nezbytné pro zrání mnoha bílkovin může dojít také ke zpracování později, což často vede k dramatickým funkčním důsledkům. Aberantní proteolýza může způsobit širokou škálu onemocnění, jako je artritida[3] nebo rakovina.[4] Proto proteolytická tvorba pleiotrofních stabilních forem proteinů, univerzální náchylnost proteinů k proteolýze a její nevratnost odlišuje proteolýzu od mnoha vysoce studovaných posttranslačních modifikací. Proteázy jsou v proteázové síti pevně propojeny[5][6] a jejich aberantní aktivita při onemocnění může vést k diagnostickým fragmentovým profilům s charakteristickými proteinovými konci.[7] Po proteolýze lze nově vytvořené proteinové konce dále modifikovat,[8] proces, který ovlivňuje funkci a stabilitu bílkovin.[9]

Obsah databáze znalostí

TopFIND je zdroj pro komplexní pokrytí proteinových N- a C-konců objevených všemi dostupnými metodami in silico, in vitro i in vivo. Využívá stávající znalosti plynulou integrací dat z UniProt a MEROPS a poskytuje přístup k novým datům z předkládání komunit a manuálního kurátorství literatury. Poskytuje úpravy protein konce, jako je acetylace a citrulinace, snadno dostupné a prohledatelné a poskytuje prostředky k identifikaci a analýze rozsahu a distribuce terminálních modifikací napříč proteinem. Od svého vzniku byl TopFIND rozšířen na další druhy.[1]

Přístup k datům

Data jsou uživateli předkládána se silným důrazem na vztah ke kurátorským podkladovým informacím a podkladovým důkazům, které vedly k pozorování konce, jeho modifikaci nebo proteolytickému štěpení. Stručně řečeno protein jsou uvedeny informace o jejich doménové struktuře, proteinových koncích, modifikacích terminů a proteolytickém zpracování jiných proteinů a jinými proteiny. Všechny informace jsou doprovázeny metadata jako je původní zdroj, metoda identifikace, měření spolehlivosti nebo související publikace. Hodnocení polohové křížové korelace spojuje místa konců a štěpení s proteinovými rysy (jako jsou varianty aminokyselin) a doménami, aby jedinečným způsobem zvýraznila potenciální účinky a závislosti. Také síťový pohled na všechny proteiny ukazující jejich funkční závislost jako proteáza, Podklad nebo inhibitor proteázy svázaný s proteinové interakce je poskytována pro snadné vyhodnocení efektů v celé síti. Výkonný, ale uživatelsky přívětivý filtrační mechanismus umožňuje filtrování prezentovaných dat na základě parametrů, jako je použitá metodika, relevance in vivo, spolehlivost nebo zdroj dat (např. Omezeno na jedinou laboratoř nebo publikaci). To poskytuje prostředky k hodnocení fyziologicky relevantních údajů a k odvození funkčních informací a hypotéz relevantních pro vědeckého pracovníka. V pozdější verzi byly přidány nástroje pro hodnocení proteolytických drah v experimentálních datech.[10]

Viz také

Reference

  1. ^ A b Lange, P. F .; Huesgen, P. F .; Celkově C. M. (2011). „TopFIND 2.0 - propojení proteinových konců s proteolytickým zpracováním a modifikacemi, které mění funkci proteinu“. Výzkum nukleových kyselin. 40 (Problém s databází): D351 – D361. doi:10.1093 / nar / gkr1025. PMC  3244998. PMID  22102574.
  2. ^ Lange, P. F .; Celkově C. M. (2011). "TopFIND, znalostní databáze spojující proteinové konce s funkcí". Přírodní metody. 8 (9): 703–704. doi:10.1038 / nmeth.1669. PMID  21822272. S2CID  7195106.
  3. ^ Cox JH, Starr AE, Kappelhoff R, Yan R, Roberts CR, celkově CM (prosinec 2010). „Nedostatek matricové metaloproteinázy 8 u myší zhoršuje zánětlivou artritidu opožděnou apoptózou neutrofilů a sníženou expresí kaspázy 11“. Artritida a revmatismus. 62 (12): 3645–3655. doi:10,1002 / článek 27757. PMID  21120997.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  4. ^ Celkově CM, Kleifeld O (březen 2006). „Mikroprostředí nádoru - názor: validace metaloproteináz matrice jako lékových cílů a anti-cílů pro léčbu rakoviny“. Nature Reviews Cancer. 6 (3): 227–239. doi:10.1038 / nrc1821. PMID  16498445. S2CID  21114447.
  5. ^ Nikolaus Fortelny, Jennifer H. Cox, Reinhild Kappelhoff, Amanda E. Starr, Philipp F. Lange, Paul Pavlidis & Christopher M. Celkově (2014). „Síťové analýzy odhalují všudypřítomnou funkční regulaci mezi proteázami v lidské proteázové síti“. PLOS Biology. 12 (5): e1001869. doi:10.1371 / journal.pbio.1001869. PMC  4035269. PMID  24865846.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  6. ^ Nikolaus Fortelny, Georgina S. Butler, Christopher M. Celkově & Paul Pavlidis (2017). „Předpovědi interakcí s proteázovými inhibitory: lekce o složitosti interakcí protein-protein“. Molekulární a buněčná proteomika. 16 (6): 1038–1051. doi:10,1074 / mcp.M116.065706. PMC  5461536. PMID  28385878.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  7. ^ Pitter F. Huesgen, Philipp F. Lange & Christopher M. Celkově (2014). "Soubory proteinových konců a specifické proteolytické podpisy jako kandidátské biomarkery nemoci". Proteomika: Klinické aplikace. 8 (5–6): 338–350. doi:10.1002 / prca.201300104. PMID  24497460. S2CID  24591183.
  8. ^ Philipp F. Lange & Christopher M. Celkově (2013). „Proteinové ocasy: když konce vyprávějí příběhy o proteolýze a funkci“. Aktuální názor na chemickou biologii. 17 (1): 73–82. doi:10.1016 / j.cbpa.2012.11.025. PMID  23298954.
  9. ^ Philipp F. Lange, Pitter F. Huesgen, Karen Nguyen & Christopher M. Celkově (2014). „Anotace N konců pro projekt lidského proteomu: N konců a stav Nalpha-acetylace odlišují stabilní štěpené druhy proteinů od zbytků degradace v proteomu lidských erytrocytů“. Journal of Proteome Research. 13 (4): 2028–2044. doi:10.1021 / pr401191w. PMC  3979129. PMID  24555563.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  10. ^ Nikolaus Fortelny, Sharon Yang, Paul Pavlidis, Philipp F. Lange & Christopher M. Celkově (2015). „Proteome TopFIND 3.0 with TopFINDer and PathFINDer: database and analysis tools for the associated of protein termini to pre- and post-translational events“. Výzkum nukleových kyselin. 43 (Problém s databází): D290 – D297. doi:10.1093 / nar / gku1012. PMC  4383881. PMID  25332401.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)

externí odkazy