Seznam omických témat v biologii - List of omics topics in biology

Inspirováno podmínkami genom a genomika, jinými slovy popsat kompletní biologický datové sady, většinou sady biomolekuly pocházející z jednoho organismus, byly vytvořeny s příponou -ome a -omics. Některé z těchto výrazů spolu souvisejí v a hierarchický móda. Například genom obsahuje ORFeome, což vede k přepis, který je přeložen do proteom. Jiné termíny se překrývají a odkazují na strukturu a / nebo funkci podmnožiny proteinů (např. glycome, kinom ).

Omicist je vědec, který studuje omeomiku a katalogizuje všechna podpole „omics“.[1]

Omics.org je Wiki, která shromažďuje a abecedně uvádí všechny známé „omes“ a „omics“.[2]

Seznam témat

-omeObor studia
(-omics)		SbírkaNadřazený předmětPoznámky
AlergenomAlergenomika[3]Proteomika alergenů
BibliomeBibliomicsVědecké bibliografické údaje
TrialomeLékLidské intervenční pokusy data z registry klinických hodnocení doplněno o výsledky zkoušek a odkazy na výsledné publikace
ConnectomeConnectomicsStrukturální a funkční mozek konektivita v různých časoprostorových stupnicíchNeurovědy
CytomeCytomikaBuněčný systémy organismusCytologie
EditomeÚpravy RNA stránky
EmbryomeEmbryomikaBuněčné linie embryonálních buněk, exprimované geny a antigeny přítomné během vývojeEmbryologie
ProstředíProstředíGenové faktory prostředí (prostředí)
EpigenomEpigenomikaEpigenetické modifikaceMolekulární genetikaEpigenomika je studium kompletní sady epigenetických modifikací na genetickém materiálu buňky, souhrnně označované jako epigenom
Exposome (2005)ExposomikaJednotlivec environmentální expozice, včetně v prenatální životní prostředíMolekulární genetikaNavrhovaný termín a obor studia účinků faktorů prostředí na choroby („živit "součást"příroda vs. živit ").[4]
Exposome (2009)Složený pracovní expozice a problémy zdraví při práciPracovní bezpečnost a zdravíNavrhovatelé tohoto termínu si byli vědomi předchozího termínu, jak byl použit výše, ale navrhli použít tento termín na nové pole.[5][6]
ExomeExomikaExons v genomuMolekulární genetika
FoodomeFoodomicsJídlo a Výživa problémy související s bioaktivitou, kvalitou, bezpečností a sledovatelností potravin prostřednictvím aplikace a integrace pokročilých technologií omics s cílem zlepšit pohodu, zdraví a důvěru spotřebitelů.VýživaTermín byl poprvé definován v roce 2009[7]
GenomGenomika
(Klasická genetika )		Geny
(DNA sekvence /Chromozomy )		Genetika„Genom“ označuje soubor všech genů v organismu. „Genom“ však vznikl desítky let předtím, než se zjistilo, že většina DNA je „nekódování „„ a není součástí genu; tedy „genom“ původně odkazoval na celou sbírku DNA v organismu. Dnes se používají obě definice, v závislosti na kontextu.[8]
GlycomeGlycomicsGlycanyGlykobiologie
HologenomeHologenomikaGenomy členů komunity (tj. holobionty )Metagenomika
InterferomeInterferomikaInterferonyImunologieTaké databáze se stejným názvem.[3]
InteractomeInteractomicsVšechny interakceTermín „interaktomika“ se obecně nepoužívá. Místo toho jsou interatomy považovány za studium biologie systémů.[9][10]
IonomeIonomikaAnorganické biomolekulyMolekulární biologie
KinomeKinomikaKinázyMolekulární biologieProteiny, které přidávají fosfátovou skupinu
LipidomLipidomika[11]LipidyBiochemie
MechanomeMechanikaMechanické systémy v organismu
MetabolomeMetabolomikaMetabolityVšechny produkty biologické reakce (včetně meziproduktů)
MetagenomMetagenomikaGenetický materiál nalezený ve vzorku prostředíMolekulární biologiePředpokládá se, že genetický materiál obsahuje DNA z mnoha organismů, a tedy z více genomů, a proto zahrnuje předponu meta-.
MetallomeMetallomicsKovy a metaloidy
MikrobiommikrobiomikaShromažďování mikroorganismů v jiném organismu, jako je zvířeMikrobiologie
ObesidomeObezidomikaProteiny související s obezitouProteomikaVytvořeno Pardo et al., 2012.[4]
ORFeomeORFeomicsOtevřete čtecí rámce (ORF)Molekulární genetika
OrganomeOrganomicsInterakce orgánůMobilní signalizace Signalizace buněk a Tkáňové inženýrstvíStudium přeslechů mezi orgány pomocí fyziologicky relevantních in-vitro modelů
ParvomeParvomicsSekundární metabolityBiochemieVytvořil Mark Martin a představil Julian Davies v roce 2008, s odkazem na latinský parvus pro „malý“ a popis „humungózního mikrobiálního světa malých (vylučovaných) molekul velké strukturální rozmanitosti“.[12] Viz také [13]
FarmakogenetikaFarmakogenetikaSNP a jejich vliv na farmakokinetika a farmakodynamikaFarmakogenomika
Genomika
FarmakogenomFarmakogenomikaVliv změn na genom na farmakologiiFarmakogenetika
Genomika
FenoménFenomikaFenotypyGenetika
FyziomeFyziomikaFyziologie organismu
FytochemomFytochemomikaFytochemikálieTermín vytvořil Del Castillo et al., 2013, Food Research International, [5]. Fytochemomika je komplexní koncept zaměřený na zvýšení znalostí o bioaktivitě fytochemikálií, která má rostoucí význam v zemědělských, potravinářských, lékařských a kosmetických vědách
ProteomeProteomikaProteinyMolekulární biologie
RegulomeRegulomikaTranskripční faktory a další molekuly zapojené do regulace genové expreseMolekulární biologie
VýzkumnéVýzkumné oblasti pokryté jednotlivým výzkumným pracovníkem nebo institucíVýzkumVytvořil Ivan Erill na zasedání EBM 2011[14]
SecretomeSecretomicsVylučované proteinyProteomikaPodskupina proteom skládající se z proteinů aktivně vyvážených z buněk.[15]
ŘečSpeecheomicsVlivy na osvojování jazykaVytvořeno projektem Human Speechome[16]
SynthetomeSada umělých genů v organismu[17][kruhový odkaz ]
PřepisTranskriptomikaVšechny molekuly RNA včetně mRNA, rRNA, tRNA a další ncRNAMolekulární biologie
ToponomeToponomieStruktura buněk a tkáníMolekulární biologie
VolatilomeVolatilomicskompletní sbírka těkavých metabolitůBiomarkery

Hierarchie témat

V zájmu jasnosti jsou některá témata uvedena více než jednou.

Reference

  1. ^ Yadav SP. (2007). „Celistvost v příponě -omics, -omes a slovo Om“. J Biomol Tech. 18 (5): 277. PMC  2392988. PMID  18166670.
  2. ^ [1]
  3. ^ Yagami T, Haishima Y, Tsuchiya T, Tomitaka-Yagami A, Kano H, Matsunaga K .; Haishima; Tsuchiya; Tomitaka-Yagami; Kano; Matsunaga (2004). "Proteomická analýza domnělých latexových alergenů". Int Arch Allergy Immunol. 135 (1): 3–11. doi:10.1159/000080036. PMID  15286439.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  4. ^ Wild CP (2005). „Doplnění genomu o„ exponom “: výzva měření expozice životního prostředí v molekulární epidemiologii“. Cancer Epidemiol. Biomarkery Předchozí. 14 (8): 1847–50. doi:10.1158 / 1055-9965.EPI-05-0456. PMID  16103423.
  5. ^ Faisandier, Laurie; De Gaudemaris, Régis; Bicout, Dominique J. (2009). „Síť s problémy v oblasti zdraví při práci: Exposome“. arXiv:0907.3410 [stat.ME ].
  6. ^ Faisandier, Laurie; Bonneterre, Vincent; De Gaudemaris, Régis; Bicout, Dominique J. (2009). „Síťový přístup k dohledu nad expozicí zdraví při práci“. arXiv:0907.3355 [stat.ME ].
  7. ^ Cifuentes, A. (2009). "Analýza potravin a Foodomics". Journal of Chromatography A. 1216 (43): 7109. doi:10.1016 / j.chroma.2009.09.018. hdl:10261/154212. PMID  19765718.
  8. ^ "genom, n". Oxfordský anglický slovník. Březen 2008.[mrtvý odkaz ]
  9. ^ [2] Archivováno 2. prosince 2008, v Wayback Machine
  10. ^ Hlavní stránka - Interactomics Archivováno 6. července 2008 na adrese Wayback Machine
  11. ^ Subramaniam S, Fahy E, Gupta S, Sud M, Byrnes RW, Cotter D, Dinasarapu AR, Maurya MR (2011). „Bioinformatika a systémová biologie lipidomu“. Chemické recenze. 111 (10): 6452–6490. doi:10.1021 / cr200295k. PMC  3383319. PMID  21939287.
  12. ^ Schaechter M (2014-05-15). „Termínů v biologii: Parvome“. Zvažované malé věci. Citováno 2020-04-21.
  13. ^ Davies J, Ryan KS (2012). „Představujeme parvome: bioaktivní sloučeniny v mikrobiálním světě“. ACS Chemická biologie. 7 (2): 252–259. doi:10.1021 / cb200337h.
  14. ^ (2011) „15. PROGRAM EBM“ Archivováno 2016-01-26 na Wayback Machine Setkání evoluční biologie v Marseille '.' Citováno 14. prosince 2011.
  15. ^ Dov Greenbaum; Nicholas M. Luscombe; Ronald Jansen; et al. (2001). „Vzájemný vztah různých typů genomických dat, od proteomu po sekretom:„ Přechod na funkci “. Výzkum genomu. 11 (9): 1463–1468. doi:10,1101 / gr. 207401. PMID  11544189.
  16. ^ Článek BBC o projektu Speechome
  17. ^ Synthetome
  18. ^ Carlson, Scott M .; Gozani, nebo (10.10.2014). „Rozvíjející se technologie mapující methylome bílkovin“. Journal of Molecular Biology. 426 (20): 3350–3362. doi:10.1016 / j.jmb.2014.04.024. ISSN  1089-8638. PMC  4177301. PMID  24805349.
  19. ^ Huser, V .; Cimino, J. J. (2012). „Přesnost a negativní prediktivní hodnota odkazů mezi ClinicalTrials.gov a PubMed“. Sborník AMIA výroční sympozium. 2012: 400–408. PMC  3540528. PMID  23304310.
  20. ^ Bouhifd, Mounir; Andersen, Melvin E .; Baghdikian, Christina; Boekelheide, Kim; Crofton, Kevin M .; Fornace, Albert J .; Kleensang, Andre; Li, Henghong; Livi, Carolina (01.01.2015). „Projekt lidského toxomu“. ALTEX. 32 (2): 112–124. doi:10,1473 / altex.1502091. ISSN  1868-596X. PMC  4778566. PMID  25742299.
  21. ^ DeFelipe, Javier (26.11.2010). „Od Connectome k Synaptome: Epický milostný příběh“. Věda. 330 (6008): 1198–1201. Bibcode:2010Sci ... 330.1198D. doi:10.1126 / science.1193378. ISSN  0036-8075. PMID  21109663.
  22. ^ Kopell, Nancy J .; Gritton, Howard J .; Whittington, Miles A .; Kramer, Mark A. (2014-09-17). „Beyond the connectome: the dynome“. Neuron. 83 (6): 1319–1328. doi:10.1016 / j.neuron.2014.08.016. ISSN  1097-4199. PMC  4169213. PMID  25233314.
  23. ^ Dimitrov, DS (květen - červen 2010). „Terapeutické protilátky, vakcíny a protilátkové protilátky“. mAb. 2 (3): 347–56. doi:10,4161 / mabs.2.3.11779. PMC  2881260. PMID  20400863.