Tymin-DNA glykosyláza - Thymine-DNA glycosylase
G / T nesoulad specifická tyminová DNA glykosyláza je enzym že u lidí je kódován TDG gen.[5][6][7] Několik bakteriálních proteinů má s tímto proteinem silnou sekvenční homologii.[8]
Funkce
Protein kódovaný tímto genem patří do TDG / hrnek DNA glykosyláza rodina. Thymin-DNA glykosyláza (TDG) odstraňuje tyminové části z nesouladu G / T hydrolýzou vazby uhlík-dusík mezi kostrou cukru a fosfátu DNA a nesprávně spárovaným thyminem. S nižší aktivitou tento enzym také odstraňuje tymin z chybného párování C / T a T / T. TDG může také odstranit uracil a 5-bromouracil z chybného párování s guaninem. TDG knockout myší modely nevykazovaly žádné zvýšení frekvence párování, což naznačuje, že jiné enzymy, jako je funkční homolog MBD4, mohou poskytovat funkční redundanci. Tento gen může mít a pseudogen v rameni p chromozomu 12.[7]
V roce 2011 byla navíc udávána lidská thyminová DNA glykosyláza (hTDG), která účinně vylučuje 5-formylcytosin (5fC) a 5-karboxylcytosin (5caC), klíčové produkty oxidace 5-methylcytosinu v genomové DNA.[9] Později byla zveřejněna krystalová struktura hTDG katalytické domény v komplexu s duplexní DNA obsahující 5caC, která podporuje roli TDG v savčí demetylaci 5-methylcytosinu.[10]
Interakce
Ukázalo se, že glykosyláza thymin-DNA komunikovat s:
- CREB-vazebný protein,[11]
- Estrogenový receptor alfa,[12]
- Promyelocytární leukemický protein,[13]
- SUMO3,[14] a
- Malý modifikátor související s ubikvitinem 1.[14][15]
Interaktivní mapa cest
Kliknutím na geny, proteiny a metabolity níže můžete odkazovat na příslušné články.[§ 1]
Aktivita fluorouracilu (5-FU) Upravit
- ^ Interaktivní mapu cest lze upravit na WikiPathways: „FluoropyrimidinActivity_WP1601“.
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000139372 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000047347 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ Neddermann P, Gallinari P, Lettieri T, Schmid D, Truong O, Hsuan JJ, Wiebauer K, Jiricny J (srpen 1996). "Klonování a exprese lidské G / T neshody specifické tymin-DNA glykosylázy". J Biol Chem. 271 (22): 12767–74. doi:10.1074 / jbc.271.22.12767. PMID 8662714.
- ^ Sard L, Tornielli S, Gallinari P, Minoletti F, Jiricny J, Lettieri T, Pierotti MA, Sozzi G, Radice P (prosinec 1997). "Chromozomální lokalizace a molekulární analýza sekvencí souvisejících s geny TDG". Genomika. 44 (2): 222–6. doi:10.1006 / geno.1997.4843. PMID 9299239.
- ^ A b „Entrez Gene: TDG thymin-DNA glycosylase“.
- ^ Gallinari P, Jiricny J (říjen 1996). "Nová třída uracil-DNA glykosyláz souvisejících s lidským tymin-DNA glykosylázou". Příroda. 383 (6602): 735–8. doi:10.1038 / 383735a0. PMID 8878487. S2CID 4235485.
- ^ He YF, Li BZ, Li Z, Liu P, Wang Y, Tang Q, Ding J, Jia Y, Chen Z, Li L, Sun Y, Li X, Dai Q, Song CX, Zhang K, He C, Xu GL (Září 2011). "Tet zprostředkovaná tvorba 5-karboxylcytosinu a jeho excize TDG v DNA savců". Věda. 333 (6047): 1303–7. doi:10.1126 / science.1210944. PMC 3462231. PMID 21817016.
- ^ Zhang L, Lu X, Lu J, Liang H, Dai Q, Xu GL, Luo C, Jiang H, He C (únor 2012). „Tyminová DNA glykosyláza specificky rozpoznává 5-karboxylcytosinem modifikovanou DNA“. Přírodní chemická biologie. 8 (4): 328–30. doi:10.1038 / nchembio.914. PMC 3307914. PMID 22327402.
- ^ Tini M, Benecke A, Um SJ, Torchia J, Evans RM, Chambon P (únor 2002). "Sdružení CBP / p300 acetylázy a tyminové DNA glykosylázy spojuje opravu a transkripci DNA". Mol. Buňka. 9 (2): 265–77. doi:10.1016 / S1097-2765 (02) 00453-7. PMID 11864601.
- ^ Chen D, Lucey MJ, Phoenix F, Lopez-Garcia J, Hart SM, Losson R, Buluwela L, Coombes RC, Chambon P, Schär P, Ali S (říjen 2003). „T: G nesoulad-specifická thymin-DNA glykosyláza potencuje transkripci genů regulovaných estrogenem přímou interakcí s estrogenovým receptorem alfa“. J. Biol. Chem. 278 (40): 38586–92. doi:10,1074 / jbc.M304286200. PMID 12874288.
- ^ Takahashi H, Hatakeyama S, Saitoh H, Nakayama KI (únor 2005). „Pro jeho modifikaci a kolokalizaci s proteinem promyelocytické leukémie je nutná nekovalentní vazebná aktivita tyminové DNA glykosylázy (TDG) na SUMO-1.“. J. Biol. Chem. 280 (7): 5611–21. doi:10,1074 / jbc.M408130200. PMID 15569683.
- ^ A b Hardeland U, Steinacher R, Jiricny J, Schär P (březen 2002). „Modifikace glykosylázy lidského thyminu-DNA proteiny podobnými ubikvitinu usnadňuje enzymatický obrat“. EMBO J.. 21 (6): 1456–64. doi:10.1093 / emboj / 21.6.1456. PMC 125358. PMID 11889051.
- ^ Minty A, Dumont X, Kaghad M, Caput D (listopad 2000). "Kovalentní modifikace p73alpha pomocí SUMO-1. Dvouhybridní screening s p73 identifikuje nové proteiny interagující s SUMO-1 a motiv interakce SUMO-1". J. Biol. Chem. 275 (46): 36316–23. doi:10,1074 / jbc.M004293200. PMID 10961991.
Další čtení
- Lindahl T (1982). "DNA opravné enzymy". Annu. Biochem. 51: 61–87. doi:10.1146 / annurev.bi.51.070182.000425. PMID 6287922.
- Hardeland U, Bentele M, Lettieri T a kol. (2001). "Tyminová DNA glykosyláza". Oprava základní excize. Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. Pokrok ve výzkumu nukleových kyselin a molekulární biologie. 68. str. 235–53. doi:10.1016 / S0079-6603 (01) 68103-0. ISBN 978-0-12-540068-8. PMID 11554300.
- Chevray PM, Nathans D (1992). "Klonování proteinových interakcí v kvasinkách: identifikace savčích proteinů, které reagují s leucinovým zipem z června". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 89 (13): 5789–93. doi:10.1073 / pnas.89.13.5789. PMC 402103. PMID 1631061.
- Neddermann P, Jiricny J (1994). „Efektivní odstranění uracilu z párů G.U nesprávným párováním specifické tyminové DNA glykosylázy z buněk HeLa“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 91 (5): 1642–6. doi:10.1073 / pnas.91.5.1642. PMC 43219. PMID 8127859.
- Neddermann P, Jiricny J (1993). "Čištění neshodově specifické thymin-DNA glykosylázy z buněk HeLa". J. Biol. Chem. 268 (28): 21218–24. PMID 8407958.
- Barrett TE, Savva R, Panayotou G a kol. (1998). "Krystalová struktura G: T / U nesouladu specifické glykosylázy DNA: rozpoznání nesouladu pomocí interakcí komplementárních řetězců". Buňka. 92 (1): 117–29. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 80904-6. PMID 9489705. S2CID 9136303.
- Missero C, Pirro MT, Simeone S a kol. (2001). „DNA glykosyláza T: G nesoulad specifická tyminová DNA glykosyláza potlačuje transkripci aktivovanou transkripcí štítné žlázy faktorem 1“. J. Biol. Chem. 276 (36): 33569–75. doi:10,1074 / jbc.M104963200. PMID 11438542.
- Tini M, Benecke A, Um SJ a kol. (2002). "Sdružení CBP / p300 acetylázy a tyminové DNA glykosylázy spojuje opravu a transkripci DNA". Mol. Buňka. 9 (2): 265–77. doi:10.1016 / S1097-2765 (02) 00453-7. PMID 11864601.
- Hardeland U, Steinacher R, Jiricny J, Schär P (2002). „Modifikace glykosylázy lidského thyminu-DNA proteiny podobnými ubikvitinu usnadňuje enzymatický obrat“. EMBO J.. 21 (6): 1456–64. doi:10.1093 / emboj / 21.6.1456. PMC 125358. PMID 11889051.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Abu M, Waters TR (2003). „Hlavní úlohou lidské thymin-DNA glykosylázy je odstranění thyminu produkovaného deaminací 5-methylcytosinu a nikoli odstranění ethenocytosinu.“. J. Biol. Chem. 278 (10): 8739–44. doi:10,1074 / jbc.M211084200. PMID 12493755.
- Shimizu Y, Iwai S, Hanaoka F, Sugasawa K (2003). „Protein Xeroderma pigmentosum skupiny C interaguje fyzicky a funkčně s glycerolem DNA thyminu“. EMBO J.. 22 (1): 164–73. doi:10.1093 / emboj / cdg016. PMC 140069. PMID 12505994.
- Chen D, Lucey MJ, Phoenix F a kol. (2003). „T: G nesoulad-specifická thymin-DNA glykosyláza potencuje transkripci genů regulovaných estrogenem přímou interakcí s estrogenovým receptorem alfa“. J. Biol. Chem. 278 (40): 38586–92. doi:10,1074 / jbc.M304286200. PMID 12874288.
- Lehner B, Semple JI, Brown SE a kol. (2004). „Analýza vysoce výkonného kvasinkového dvouhybridního systému a jeho použití k predikci funkce intracelulárních proteinů kódovaných v humánní oblasti MHC třídy III“. Genomika. 83 (1): 153–67. doi:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID 14667819.
- Brandenberger R, Wei H, Zhang S a kol. (2005). „Charakterizace transkriptomu objasňuje signalizační sítě, které řídí růst a diferenciaci lidských ES buněk“. Nat. Biotechnol. 22 (6): 707–16. doi:10.1038 / nbt971. PMID 15146197. S2CID 27764390.
- Krześniak M, Butkiewicz D, Samojedny A a kol. (2005). „Polymorfismy v genech TDG a MGMT - epidemiologická a funkční studie u pacientů s rakovinou plic z Polska“. Ann. Hučení. Genet. 68 (Pt 4): 300–12. doi:10.1046 / j.1529-8817.2004.00079.x. PMID 15225156. S2CID 35293833.
- He YF, Li BZ, Li Z, Liu P, Wang Y, Tang Q, Ding J, Jia Y, Chen Z, Li L, Sun Y, Li X, Dai Q, Song CX, Zhang K, He C, Xu GL (Září 2011). "Tet zprostředkovaná tvorba 5-karboxylcytosinu a jeho excize TDG v savčí DNA". Věda. 333 (6047): 1303–7. doi:10.1126 / science.1210944. PMC 3462231. PMID 21817016.
- Zhang L, Lu X, Lu J, Liang H, Dai Q, Xu GL, Luo C, Jiang H, He C (únor 2012). „Tyminová DNA glykosyláza specificky rozpoznává 5-karboxylcytosinem modifikovanou DNA“. Přírodní chemická biologie. 8 (4): 328–30. doi:10.1038 / nchembio.914. PMC 3307914. PMID 22327402.
- Xu J, Cortellino S, Tricarico R, Chang WC, Scher G, Devarajan K, Slifker M, Moore R, Bassi MR, Caretti E, Clapper M, Cooper H, Bellacosa A (září 2017). „Tyminová DNA glykosyláza (TDG) se podílí na patogenezi střevních nádorů se sníženou expresí APC“. Cílový cíl. 8 (52): 89988–89997. doi:10,18632 / oncotarget.21219. PMC 5685726. PMID 29163805.
Galerie PDB | |
|---|---|
|
