KDM2A - KDM2A
Lysin specifická demetyláza 2A (KDM2A) také známý jako F-box a opakující se protein bohatý na leucin 11 (FBXL11) je enzym že u lidí je kódován KDM2A gen.[5][6][7] KDM2A je členem nadrodiny rodiny alfa-ketoglutarát-dependentní hydroxylázy, což jsou nehemové proteiny obsahující železo.
Funkce
Tento gen kóduje člena F-box protein rodina, která se vyznačuje přibližně 40 aminokyselinovým motivem, F-boxem. Proteiny F-boxu tvoří jednu ze čtyř podjednotek ubikvitinová proteinová ligáza komplex volal SCF (SKP1-cullin-F-box), které fungují v fosforylace -závislý ubikvitinace. F-box proteiny jsou rozděleny do 3 tříd: Fbws obsahující WD-40 domény, Fbls obsahující opakování bohaté na leucin a Fbxs obsahující buď různé moduly interakce protein-protein nebo žádné rozpoznatelné motivy. Protein kódovaný tímto genem patří do třídy Fbls a kromě F-boxu obsahuje alespoň 6 vysoce degenerovaných repetic bohatých na leucin.[7]
FBXL11 / KDM2A je a histon H3 lysin 36 demethyláza enzym. Enzymatická aktivita FBXL11 / KDM2A závisí na konzervované doméně JmjC v N-konec proteinu, který koordinuje železo a alfaketoglutarát katalyzovat demetylace mechanismem založeným na hydroxylaci.[8] Nedávno bylo prokázáno, že doména vázající DNA ZF-CxxC v rámci FBXL11 / KDM2A má schopnost interagovat s nemetylovanou DNA a tato doména cílí na FBXL11 / KDM2A do ostrovních oblastí CpG genomu, kde specificky odstraňuje methylaci histonu H3 lysinu 36. .[9] Tento mechanismus slouží k vytvoření a chromatin prostředí na ostrovech CpG, které zdůrazňuje tyto regulační prvky a odlišuje je od neregulačních oblastí ve velkých komplexních genomech savců. Ve studii na myších hepatocytech bylo prokázáno, že tento gen reguluje jaterní glukoneogenezi.[10]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000173120 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000054611 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ Nagase T, Ishikawa K, Suyama M, Kikuno R, Hirosawa M, Miyajima N, Tanaka A, Kotani H, Nomura N, Ohara O (červenec 1999). „Predikce kódujících sekvencí neidentifikovaných lidských genů. XIII. Kompletní sekvence 100 nových cDNA klonů z mozku, které kódují velké proteiny in vitro“. DNA Res. 6 (1): 63–70. doi:10.1093 / dnares / 6.1.63. PMID 10231032.
- ^ Winston JT, Koepp DM, Zhu C, Elledge SJ, Harper JW (prosinec 1999). "Rodina savčích proteinů F-boxu". Curr Biol. 9 (20): 1180–2. doi:10.1016 / S0960-9822 (00) 80021-4. PMID 10531037. S2CID 14341845.
- ^ A b „Entrez Gene: FBXL11 F-box a leucin bohatý na opakující se protein 11“.
- ^ Tsukada Y, Fang J, Erdjument-Bromage H, Warren ME, Borchers CH, Tempst P, Zhang Y (únor 2006). "Demonstrace histonu rodinou proteinů obsahujících doménu JmjC". Příroda. 439 (7078): 811–6. doi:10.1038 / nature04433. PMID 16362057. S2CID 4415889.
- ^ Blackledge NP, Zhou JC, Tolstorukov MY, Farcas AM, Park PJ, Klose RJ (duben 2010). "Ostrovy CpG přijímají histon H3 lysin 36 demethylázu". Molekulární buňka. 38 (2): 179–90. doi:10.1016 / j.molcel.2010.04.009. PMC 3098377. PMID 20417597.
- ^ Pan D, Mao C, Zou T, Yao AY, Cooper MP, Boyartchuk V, Wang YX (2012). „Histon demethyláza Jhdm1a reguluje jaterní glukoneogenezi“. Genetika PLOS. 8 (6): e1002761. doi:10.1371 / journal.pgen.1002761. PMC 3375226. PMID 22719268.
Další čtení
- Nakajima D, Okazaki N, Yamakawa H, Kikuno R, Ohara O, Nagase T (2003). „Konstrukce klonů cDNA připravených na expresi pro geny KIAA: ruční kurace 330 klonů cDNA KIAA“. DNA Res. 9 (3): 99–106. doi:10.1093 / dnares / 9.3.99. PMID 12168954.
- Cenciarelli C, Chiaur DS, Guardavaccaro D, Parks W, Vidal M, Pagano M (1999). "Identifikace rodiny lidských proteinů F-boxu". Curr. Biol. 9 (20): 1177–9. doi:10.1016 / S0960-9822 (00) 80020-2. PMID 10531035. S2CID 7467493.
- Ilyin GP, Rialland M, Pigeon C, Guguen-Guillouzo C (2001). „cDNA klonování a analýza exprese nových členů savčí rodiny proteinů F-box“. Genomika. 67 (1): 40–7. doi:10.1006 / geno.2000.6211. PMID 10945468.
- Hattori A, Okumura K, Nagase T, Kikuno R, Hirosawa M, Ohara O (2001). "Charakterizace dlouhých klonů cDNA z lidské dospělé sleziny". DNA Res. 7 (6): 357–66. doi:10.1093 / dnares / 7.6.357. PMID 11214971.
- Watanabe N, Arai H, Nishihara Y, Taniguchi M, Watanabe N, Hunter T, Osada H (2004). „M-fázové kinázy indukují fosfo-dependentní ubikvitinaci somatické Wee1 pomocí SCFbeta-TrCP“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101 (13): 4419–24. doi:10.1073 / pnas.0307700101. PMC 384762. PMID 15070733.
- Colland F, Jacq X, Trouplin V, Mougin C, Groizeleau C, Hamburger A, Meil A, Wojcik J, Legrain P, Gauthier JM (2004). "Funkční proteomické mapování lidské signální dráhy". Genome Res. 14 (7): 1324–32. doi:10,1101 / gr. 2334104. PMC 442148. PMID 15231748.
- Andersen JS, Lam YW, Leung AK, Ong SE, Lyon CE, Lamond AI, Mann M (2005). "Dynamika nukleolárního proteomu". Příroda. 433 (7021): 77–83. doi:10.1038 / nature03207. PMID 15635413. S2CID 4344740.
- Tsukada Y, Fang J, Erdjument-Bromage H, Warren ME, Borchers CH, Tempst P, Zhang Y (2006). "Demonstrace histonu rodinou proteinů obsahujících doménu JmjC". Příroda. 439 (7078): 811–6. doi:10.1038 / nature04433. PMID 16362057. S2CID 4415889.
- Olsen JV, Blagoev B, Gnad F, Macek B, Kumar C, Mortensen P, Mann M (2006). „Globální, in vivo a místně specifická dynamika fosforylace v signálních sítích“. Buňka. 127 (3): 635–48. doi:10.1016 / j.cell.2006.09.026. PMID 17081983. S2CID 7827573.
![]() | Tento článek o gen na lidský chromozom 11 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to. |