KDM2A - KDM2A

KDM2A
Protein FBXL11 PDB 2yu1.png
Dostupné struktury
PDBHledání ortologu: PDBe RCSB
Identifikátory
AliasyKDM2A, CXXC8, FBL11, FBL7, FBXL11, JHDM1A, LILINA, lysin demethyláza 2A
Externí IDOMIM: 605657 MGI: 1354736 HomoloGene: 56564 Genové karty: KDM2A
Umístění genu (člověk)
Chromozom 11 (lidský)
Chr.Chromozom 11 (lidský)[1]
Chromozom 11 (lidský)
Genomické umístění pro KDM2A
Genomické umístění pro KDM2A
Kapela11q13.2Start67,119,263 bp[1]
Konec67,258,082 bp[1]
Exprese RNA vzor
PBB GE FBXL11 208989 s na fs.png

PBB GE FBXL11 208987 s na fs.png

PBB GE FBXL11 208988 na fs.png
Další údaje o referenčních výrazech
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

22992

225876

Ensembl

ENSG00000173120

ENSMUSG00000054611

UniProt

Q9Y2K7

P59997

RefSeq (mRNA)

NM_001256405
NM_012308

NM_001001984

RefSeq (protein)

NP_001243334
NP_036440

NP_001001984

Místo (UCSC)Chr 11: 67,12 - 67,26 MbChr 19: 4,31 - 4,4 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

Lysin specifická demetyláza 2A (KDM2A) také známý jako F-box a opakující se protein bohatý na leucin 11 (FBXL11) je enzym že u lidí je kódován KDM2A gen.[5][6][7] KDM2A je členem nadrodiny rodiny alfa-ketoglutarát-dependentní hydroxylázy, což jsou nehemové proteiny obsahující železo.

Funkce

Tento gen kóduje člena F-box protein rodina, která se vyznačuje přibližně 40 aminokyselinovým motivem, F-boxem. Proteiny F-boxu tvoří jednu ze čtyř podjednotek ubikvitinová proteinová ligáza komplex volal SCF (SKP1-cullin-F-box), které fungují v fosforylace -závislý ubikvitinace. F-box proteiny jsou rozděleny do 3 tříd: Fbws obsahující WD-40 domény, Fbls obsahující opakování bohaté na leucin a Fbxs obsahující buď různé moduly interakce protein-protein nebo žádné rozpoznatelné motivy. Protein kódovaný tímto genem patří do třídy Fbls a kromě F-boxu obsahuje alespoň 6 vysoce degenerovaných repetic bohatých na leucin.[7]

FBXL11 / KDM2A je a histon H3 lysin 36 demethyláza enzym. Enzymatická aktivita FBXL11 / KDM2A závisí na konzervované doméně JmjC v N-konec proteinu, který koordinuje železo a alfaketoglutarát katalyzovat demetylace mechanismem založeným na hydroxylaci.[8] Nedávno bylo prokázáno, že doména vázající DNA ZF-CxxC v rámci FBXL11 / KDM2A má schopnost interagovat s nemetylovanou DNA a tato doména cílí na FBXL11 / KDM2A do ostrovních oblastí CpG genomu, kde specificky odstraňuje methylaci histonu H3 lysinu 36. .[9] Tento mechanismus slouží k vytvoření a chromatin prostředí na ostrovech CpG, které zdůrazňuje tyto regulační prvky a odlišuje je od neregulačních oblastí ve velkých komplexních genomech savců. Ve studii na myších hepatocytech bylo prokázáno, že tento gen reguluje jaterní glukoneogenezi.[10]

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000173120 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000054611 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ Nagase T, Ishikawa K, Suyama M, Kikuno R, Hirosawa M, Miyajima N, Tanaka A, Kotani H, Nomura N, Ohara O (červenec 1999). „Predikce kódujících sekvencí neidentifikovaných lidských genů. XIII. Kompletní sekvence 100 nových cDNA klonů z mozku, které kódují velké proteiny in vitro“. DNA Res. 6 (1): 63–70. doi:10.1093 / dnares / 6.1.63. PMID  10231032.
  6. ^ Winston JT, Koepp DM, Zhu C, Elledge SJ, Harper JW (prosinec 1999). "Rodina savčích proteinů F-boxu". Curr Biol. 9 (20): 1180–2. doi:10.1016 / S0960-9822 (00) 80021-4. PMID  10531037. S2CID  14341845.
  7. ^ A b „Entrez Gene: FBXL11 F-box a leucin bohatý na opakující se protein 11“.
  8. ^ Tsukada Y, Fang J, Erdjument-Bromage H, Warren ME, Borchers CH, Tempst P, Zhang Y (únor 2006). "Demonstrace histonu rodinou proteinů obsahujících doménu JmjC". Příroda. 439 (7078): 811–6. doi:10.1038 / nature04433. PMID  16362057. S2CID  4415889.
  9. ^ Blackledge NP, Zhou JC, Tolstorukov MY, Farcas AM, Park PJ, Klose RJ (duben 2010). "Ostrovy CpG přijímají histon H3 lysin 36 demethylázu". Molekulární buňka. 38 (2): 179–90. doi:10.1016 / j.molcel.2010.04.009. PMC  3098377. PMID  20417597.
  10. ^ Pan D, Mao C, Zou T, Yao AY, Cooper MP, Boyartchuk V, Wang YX (2012). „Histon demethyláza Jhdm1a reguluje jaterní glukoneogenezi“. Genetika PLOS. 8 (6): e1002761. doi:10.1371 / journal.pgen.1002761. PMC  3375226. PMID  22719268.

Další čtení