Hydroxylázy závislé na alfa-ketoglutarátu - Alpha-ketoglutarate-dependent hydroxylases

Hydroxylázy závislé na alfa-ketoglutarátu jsou nehemové, obsahující železo enzymy které spotřebovávají kyslík a alfa-ketoglutarát (αKG, také známý jako 2-oxoglutarát nebo 2OG) jako ko-substráty. Katalyzují širokou škálu okysličovacích reakcí. Patří mezi ně hydroxylační reakce, demetylace, expanze kruhů, uzávěry kruhů a desaturace.[1][2] Funkčně jsou αKG-dependentní hydroxylázy srovnatelné s cytochrom P450 enzymy, které využívají kyslík a redukční ekvivalenty k okysličování substrátů současně s tvorbou vody.[3]

Biologická funkce

Hydrolázy závislé na αKG mají různé role.[4][5] V mikroorganismech, jako jsou bakterie, jsou αKG-dependentní dioxygenázy zapojeny do mnoha biosyntetických drah.[6][7][8] V rostlinách jsou αKG-dependentní dioxygenázy zapojeny do mnoha různých reakcí v metabolismu rostlin.[9] Patří mezi ně biosyntéza flavonoidů,[10] a biosyntézy ethylenu.[11] U savců a lidí má αKG-dependentní dioxygenáza funkční role v biosyntéze (např. Biosyntéza kolagenu[12] a biosyntéza L-karnitinu[13]), posttranslační modifikace (např. hydroxylace proteinu[14]), epigenetické předpisy (např. histon a DNA demetylace[15]), stejně jako senzory energetický metabolismus.[16]

Mnoho aKG-závislých dioxygenáz také katalyzuje nespojený obrat, při kterém oxidační dekarboxylace αKG na sukcinát a oxid uhličitý probíhá v nepřítomnosti substrátu. Katalytická aktivita mnoha aKG závislých dioxygenáz závisí na redukčních činidlech (zejména na askorbátu), ačkoli přesné role nejsou známy.[17][18]

Katalytický mechanismus

αKG-závislé dioxygenázy katalyzují oxidační reakce začleněním jediného atomu kyslíku z molekulárního kyslíku (O2) do jejich substrátů. Tato přeměna je spojena s oxidací kosubstrátu αKG na sukcinát a oxid uhličitý.[1][2] S označením O2 jako substrát se jedna značka objeví v sukcinátu a jedna v hydroxylovaném substrátu:[19][20][21]

R3CH + Ó2 + −Ó2CC (O) CH2CH2CO2− → R.3CÓH + CO2 + −ÓÓCCH2CH2CO2−

První krok zahrnuje vazbu αKG a substrátu na aktivní místo. αKG souřadnice jako bidentátní ligand k Fe (II), zatímco substrát je držen nekovalentními silami v těsné blízkosti. Následně se molekulární kyslík váže end-on na Fe cis ke dvěma dárcům αKG. Nekoordinovaný konec superoxidového ligandu útočí na keto uhlík a vyvolává uvolňování CO2 a vytvoření Fe (IV) -oxo meziprodukt. Toto Fe = O centrum potom okysličuje substrát pomocí mechanismus odskoku kyslíku.[1][2]

Alternativní mechanismy nedokázaly získat podporu.[22]

Konsenzuální katalytický mechanismus αKG závislé dioxygenázové nadrodiny.

Struktura

Protein

Všechny dioxygenázy závislé na αKG obsahují konzervované látky dvouvláknová β-šroubovice (DSBH, také známý jako cupin) záhyb, který je tvořen dvěma β-listy.[23][24]

Metalofaktor

Aktivní místo obsahuje vysoce konzervovaný motiv triády aminokyselinových zbytků 2-His-1-karboxylátu (HXD / E ... H), ve kterém je katalyticky esenciální Fe (II) držen dvěma histidinovými zbytky a jednou kyselinou aspartovou / zbytek kyseliny glutamové. Pak2O triáda se váže na jednu stranu centra Fe, přičemž na osmistěnu jsou k dispozici tři labilní místa pro vazbu αKG a O2.[1][2] Podobný obličejový motiv vázání Fe, který však obsahuje pole jeho-jeho-jeho, se nachází v cystein dioxygenáza.

Vazba substrátu a kosubstrátu

Vazba αKG a substrátu byla analyzována rentgenovou krystalografií, výpočty molekulární dynamiky a NMR spektroskopií. Vazba ketoglutarátu byla pozorována pomocí inhibitorů enzymů.[25]

Některé aKG-dependentní dioxygenázy váží svůj substrát prostřednictvím mechanismu indukovaného přizpůsobení. Například po vazbě na substrát pro člověka byly pozorovány významné strukturální změny proteinů izoforma prolylhydroxylázy 2 (PHD2),[26][27][28] aKG-dependentní dioxygenáza, která se podílí na snímání kyslíku,[29] a isopenicilin N syntáza (IPNS), mikrobiální aKG-dependentní dioxygenáza.[30]

Zjednodušené zobrazení aktivního webu izoforma prolylhydroxylázy 2 (PHD2), lidská aKG-dependentní dioxygenáza. Fe (II) je koordinován dvěma imidazoly a jedním karboxylátem poskytovaným proteinem. Další ligandy na železu, které jsou přechodně obsazeny αKG a O2, jsou kvůli jasnosti vynechány.

Inhibitory

Vzhledem k důležitým biologickým rolím, které aKG-dependentní dioxygenáza hraje, bylo vyvinuto mnoho aKG-dependentních dioxygenázových inhibitorů. Inhibitory, které se pravidelně používaly k cílení na aKG-závislou dioxygenázu, zahrnují N-oxalylglycin (NOG), pyridin-2,4-dikarboxylová kyselina (2,4-PDCA), 5-karboxy-8-hydroxychinolin, FG-2216 a FG-4592, které byly navrženy tak, aby napodobovaly ko-substrát αKG a konkurovaly vazba αKG na aktivní místo enzymu Fe (II).[31][32] I když jsou silnými inhibitory aKG-dependentní dioxygenázy, postrádají selektivitu, a proto jsou někdy označovány jako takzvané „širokospektrální“ inhibitory.[33] Byly také vyvinuty inhibitory, které konkurují substrátu, jako jsou inhibitory na bázi peptidylu, které cílí na člověka doména prolylhydroxylázy 2 (PHD2)[34] a Mildronate, molekula léčiva, která se běžně používá v Rusku a ve východní Evropě gama-butyrobetain-dioxygenáza.[35][36][37]

Běžné inhibitory αKG-dependentních dioxygenáz. Soutěží s kosubstrátem αKG o vazbu na aktivní místo Fe (II).

Testy

Bylo vyvinuto mnoho testů ke studiu aKG-závislých dioxygenáz, aby bylo možné získat informace, jako je kinetika enzymu, inhibice enzymu a vazba ligandu. Spektroskopie nukleární magnetické rezonance (NMR) je široce používána ke studiu dioxygenáz závislých na αKG.[38] Byly například vyvinuty testy ke studiu vazby ligandů,[39][40][41] kinetika enzymů,[42] způsoby inhibice[43] stejně jako proteinová konformační změna.[44] Hmotnostní spektrometrie je také široce používána. Může být použit k charakterizaci kinetiky enzymů,[45] řídit vývoj inhibitorů enzymů,[46] studujte vazbu ligandu a kovu[47] a také analyzovat konformační změny proteinů.[48] Byly také použity testy využívající spektrofotometrii,[49] například ty, které měří oxidaci 2OG,[50] tvorba sukcinátu jako vedlejšího produktu[51] nebo tvorba produktu.[52] Další biofyzikální techniky včetně (ale bez omezení) na izotermickou titrační kalorimetrii (ITC)[53] a elektronová paramagnetická rezonance (EPR).[54] Radioaktivní testy, které používají 14Byly také vyvinuty a použity značené substráty C.[55] Vzhledem k tomu, že dioxygenázy závislé na αKG vyžadují pro svou katalytickou aktivitu kyslík, byl také použit test spotřeby kyslíku.[56]

Další čtení

  • Martinez, Salette; Hausinger, Robert P. (2015-08-21). „Katalytické mechanizmy Fe (II) - a 2-oxoglutarát-dependentních oxygenáz“. The Journal of Biological Chemistry. 290 (34): 20702–20711. doi:10,1074 / jbc.R115,648691. ISSN  0021-9258. PMC  4543632. PMID  26152721.
  • Hegg EL, Que L Jr (prosinec 1997). „2-His-1-karboxylátová triáda obličeje - objevující se strukturní motiv v mononukleárních nehemových železných (II) enzymech“. Eur. J. Biochem. 250 (3): 625–629. doi:10.1111 / j.1432-1033.1997.t01-1-00625.x. PMID  9461283..
  • Myllylä R, Tuderman L, Kivirikko KI (listopad 1977). „Mechanismus reakce prolylhydroxylázy. 2. Kinetická analýza reakční sekvence“. Eur. J. Biochem. 80 (2): 349–357. doi:10.1111 / j.1432-1033.1977.tb11889.x. PMID  200425.
  • Valegård K, Terwisscha van Scheltinga AC, Dubus A, Ranghino G, Oster LM, Hajdu J, Andersson I (leden 2004). „Strukturní základ tvorby cefalosporinu v mononukleárním železnatém enzymu“ (PDF). Nat. Struct. Mol. Biol. 11 (1): 95–101. doi:10.1038 / nsmb712. PMID  14718929. S2CID  1205987.
  • Cena JC, Barr EW, Tirupati B, Bollinger JM Jr, Krebs C (červen 2003). „První přímá charakterizace vysoce valentního meziproduktu železa v reakci na alfa-ketoglutarát-dependentní dioxygenáze: FeIV komplex s vysokou rotací v taurin / alfa-ketoglutarát-dioxygenáze (TauD) z Escherichia coli“. Biochemie. 42 (24): 7497–7508. doi:10.1021 / bi030011f. PMID  12809506.
  • Proshlyakov DA, Henshaw TF, Monterosso GR, Ryle MJ, Hausinger RP (únor 2004). „Přímá detekce meziproduktů kyslíku v nehemovém Fe enzymu taurin / alfa-ketoglutarát dioxygenáza“. J. Am. Chem. Soc. 126 (4): 1022–1023. doi:10.1021 / ja039113j. PMID  14746461.
  • Hewitson KS, Granatino N, Welford RW, McDonough MA, Schofield CJ (duben 2005). „Oxidace 2-oxoglutarát oxygenázami: nehemové systémy železa při katalýze a signalizaci“. Phil. Trans. R. Soc. A. 363 (1829): 807–828. Bibcode:2005RSPTA.363..807H. doi:10.1098 / rsta.2004.1540. PMID  15901537. S2CID  8568103.
  • Wick CR, Lanig H, Jäger CM, Burzlaff N, Clark T (listopad 2012). „Structural Insight into the Prolyl Hydroxylase PHD2: A Molecular Dynamics and DFT Study“. Eur. J. Inorg. Chem. 2012 (31): 4973–4985. doi:10.1002 / ejic.201200391.

Reference

  1. ^ A b C d Flashman E, Schofield CJ (únor 2007). „Nejuniverzálnější ze všech reaktivních meziproduktů?“. Nat. Chem. Biol. 3 (2): 86–87. doi:10.1038 / nchembio0207-86. PMID  17235343.
  2. ^ A b C d Hausinger RP (leden – únor 2004). „Fe (II) / α-ketoglutarát-dependentní hydroxylázy a příbuzné enzymy“. Krit. Biochem. Mol. Biol. 39 (1): 21–68. doi:10.1080/10409230490440541. PMID  15121720. S2CID  85784668.
  3. ^ Solomon EI, Decker A, Lehnert N (duben 2003). „Nehemové železné enzymy: kontrastuje s hemovou katalýzou“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 100 (7): 3589–3594. doi:10.1073 / pnas.0336792100. PMC  152966. PMID  12598659.
  4. ^ Prescott AG, Lloyd MD (srpen 2000). „Železo (II) a 2-oxokyseliny závislé dioxygenázy a jejich role v metabolismu“. Nat. Prod. Rep. 17 (4): 367–383. doi:10.1039 / A902197C. PMID  11014338.
  5. ^ Loenarz C, Schofield CJ (leden 2011). „Fyziologické a biochemické aspekty hydroxylací a demetylací katalyzovaných lidskými 2-oxoglutarátovými oxygenázami“. Trends Biochem. Sci. 36 (1): 7–18. doi:10.1016 / j.tibs.2010.07.002. PMID  20728359.
  6. ^ Scotti JS, Leung IK, Ge W, Bentley MA, Paps J, Kramer HB, Lee J, Aik W, Choi H, Paulsen SM, Bowman LA, Loik ND, Horita S, Ho CH, Kershaw NJ, Tang CM, Claridge TD , Preston GM, McDonough MA, Schofield CJ (září 2014). „Snímání lidského kyslíku může mít původ v prokaryotickém elongačním faktoru Tu prolyl-hydroxylaci“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 111 (37): 13331–13336. Bibcode:2014PNAS..11113331S. doi:10.1073 / pnas.1409916111. PMC  4169948. PMID  25197067.
  7. ^ Clifton IJ, Doan LX, Sleeman MC, Topf M, Suzuki H, Wilmouth RC, Schofield CJ (červen 2003). "Krystalová struktura karbapenem syntázy (CarC)". J. Biol. Chem. 278 (23): 20843–20850. doi:10,1074 / jbc.M213054200. PMID  12611886. S2CID  9662423.
  8. ^ Kershaw NJ, Caines ME, Sleeman MC, Schofield CJ (září 2005). „Enzymologie biosyntézy klavamu a karbapenemu“. Chem. Commun. (34): 4251–4263. doi:10.1039 / b505964j. PMID  16113715.
  9. ^ Farrow SC, Facchini PJ (říjen 2014). "Funkční rozmanitost 2-oxoglutarát / Fe (II) závislých dioxygenáz v metabolismu rostlin". Přední. Plant Sci. 5: 524. doi:10.3389 / fpls.2014.00524. PMC  4191161. PMID  25346740.
  10. ^ Cheng AX, Han XJ, Wu YF, Lou HX (leden 2014). „Funkce a katalýza 2-oxoglutarát-dependentních oxygenáz účastnících se biosyntézy rostlinných flavonoidů“. Int. J. Mol. Sci. 15 (1): 1080–1095. doi:10,3390 / ijms15011080. PMC  3907857. PMID  24434621.
  11. ^ Zhang Z, Ren JS, Clifton IJ, Schofield CJ (říjen 2004). "Krystalová struktura a mechanické důsledky oxidázy 1-aminocyklopropan-1-karboxylové kyseliny - enzymu tvořícího ethylen". Chem. Biol. 11 (10): 1383–1394. doi:10.1016 / j.chembiol.2004.08.012. PMID  15489165.
  12. ^ Myllyharju J (březen 2003). „Prolyl 4-hydroxylázy, klíčové enzymy biosyntézy kolagenu“. Matrix Biol. 22 (1): 15–24. doi:10.1016 / S0945-053X (03) 00006-4. PMID  12714038.
  13. ^ Leung IK, Krojer TJ, Kochan GT, Henry L, von Delft F, Claridge TD, Oppermann U, McDonough MA, Schofield CJ (prosinec 2010). „Strukturální a mechanistické studie na γ-butyrobetain-hydroxyláze“. Chem. Biol. 17 (12): 1316–1324. doi:10.1016 / j.chembiol.2010.09.016. PMID  21168767.
  14. ^ Markolovic, Suzana; Wilkins, Sarah E .; Schofield, Christopher J. (2015-08-21). "Hydroxylace proteinů katalyzovaná 2-oxoglutarát-dependentními oxygenázami". The Journal of Biological Chemistry. 290 (34): 20712–20722. doi:10,1074 / jbc.R115,662627. ISSN  1083-351X. PMC  4543633. PMID  26152730.
  15. ^ Walport LJ, Hopkinson RJ, Schofield CJ (prosinec 2012). "Mechanismy lidských histonů a demetyláz nukleových kyselin". Curr. Opin. Chem. Biol. 16 (5–6): 525–534. doi:10.1016 / j.cbpa.2012.09.015. PMID  23063108.
  16. ^ Salminen, A; Kauppinen, A; Kaarniranta, K (2015). „Dioxygenázy závislé na 2-oxoglutarátu jsou senzory energetického metabolismu, dostupnosti kyslíku a homeostázy železa: potenciální role v regulaci procesu stárnutí.“ Cell Mol Life Sci. 72 (20): 3897–914. doi:10.1007 / s00018-015-1978-z. PMID  26118662. S2CID  14310267.
  17. ^ Myllylä R, Majamaa K, Günzler V, Hanauske-Abel HM, Kivirikko KI (květen 1984). „Askorbát se spotřebovává stechiometricky v nespojených reakcích katalyzovaných prolyl 4-hydroxylázou a lysyl hydroxylázou“. J. Biol. Chem. 259 (9): 5403–5405. PMID  6325436.
  18. ^ Flashman E, Davies SL, Yeoh KK, Schofield CJ (březen 2010). „Zkoumání závislosti hypoxií indukovatelných faktorových hydroxyláz (faktor inhibujících HIF a doménu prolylhydroxylázy 2) na askorbátu a jiných redukčních činidlech“ (PDF). Biochem. J. 427 (1): 135–142. doi:10.1042 / BJ20091609. PMID  20055761.
  19. ^ Welford RW, Kirkpatrick JM, McNeill LA, Puri M, Oldham NJ, Schofield CJ (září 2005). "Inkorporace kyslíku do sukcinátového vedlejšího produktu železa (II) a 2-oxoglutarátem závislých oxygenáz z bakterií, rostlin a lidí". FEBS Lett. 579 (23): 5170–5174. doi:10.1016 / j.febslet.2005.08.033. hdl:10536 / DRO / DU: 30019701. PMID  16153644. S2CID  11295236.
  20. ^ Grzyska PK, Appelman EH, Hausinger RP, Proshlyakov DA (březen 2010). „Vhled do mechanismu dioxygenázy železa rozlišením kroků následujících po druhu FeIV = HO“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 107 (9): 3982–3987. doi:10.1073 / pnas.0911565107. PMC  2840172. PMID  20147623.
  21. ^ Menon, Binuraj R. K .; Richmond, Daniel; Menon, Navya (2020-10-15). „Halogenázy pro inženýrství biosyntetických drah: na cestě k novým cestám k přírodním i nepřirozeným“. Recenze katalýzy: 1–59. doi:10.1080/01614940.2020.1823788. ISSN  0161-4940.
  22. ^ Tarhonskaya H, Szöllössi A, Leung IK, Bush JT, Henry L, Chowdhury R, ​​Iqbal A, Claridge TD, Schofield CJ, Flashman E (duben 2014). „Studie na deacetoxycefalosporin C syntáze podporují konsensuální mechanismus pro 2-oxoglutarát závislé oxygenázy“. Biochemie. 53 (15): 2483–2493. doi:10.1021 / bi500086p. PMID  24684493.
  23. ^ McDonough MA, Loenarz C, Chowdhury R, ​​Clifton IJ, Schofield CJ (prosinec 2010). "Strukturální studie na lidských 2-oxoglutarát závislých oxygenázách". Curr. Opin. Struct. Biol. 20 (6): 659–672. doi:10.1016 / j.sbi.2010.08.006. PMID  20888218.
  24. ^ Clifton IJ, McDonough MA, Ehrismann D, Kershaw NJ, Granatino N, Schofield CJ (duben 2006). "Strukturální studie na 2-oxoglutarát oxygenázách a příbuzných dvouvláknových složkách beta-šroubovice". J. Inorg. Biochem. 100 (4): 644–669. doi:10.1016 / j.jinorgbio.2006.01.024. PMID  16513174.
  25. ^ Ty, Z .; Omura, S .; Ikeda, H .; Cane, D.E .; Jogl, G. (2007). „Krystalová struktura nehemové dioxygenázy železa PtlH v biosyntéze pentalenolaktonu“. J. Biol. Chem. 282 (2): 36552–60. doi:10,1074 / jbc.M706358200. PMC  3010413. PMID  17942405.
  26. ^ McDonough MA, Li V, Flashman E, Chowdhury R, ​​Mohr C, Liénard BM, Zondlo J, Oldham NJ, Clifton IJ, Lewis J, McNeill LA, Kurzeja RJ, Hewitson KS, Yang E, Jordan S, Syed RS, Schofield CJ (Červen 2006). "Buněčné snímání kyslíku: Krystalová struktura hypoxií indukovatelného faktoru prolylhydroxylázy (PHD2)". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 103 (26): 9814–9819. Bibcode:2006PNAS..103,9814M. doi:10.1073 / pnas.0601283103. PMC  1502536. PMID  16782814.
  27. ^ Chowdhury R, ​​McDonough MA, Mecinović J, Loenarz C, Flashman E, Hewitson KS, Domene C, Schofield CJ (červenec 2009). "Strukturální základ pro vazbu hypoxií indukovatelného faktoru na prolylhydroxylázy snímající kyslík". Struktura. 17 (7): 981–989. doi:10.1016 / j.str.2009.06.002. PMID  19604478.
  28. ^ Chowdhury R, ​​Leung IK, Tian YM, Abboud MI, Ge W, Domene C, Cantrelle FX, Landrieu I, Hardy AP, Pugh CW, Ratcliffe PJ, Claridge TD, Schofield CJ (srpen 2016). "Strukturální základ pro selektivitu domén degradace kyslíku HIF prolylhydroxyláz". Nat. Commun. 7: 12673. Bibcode:2016NatCo ... 712673C. doi:10.1038 / ncomms12673. PMC  5007464. PMID  27561929.
  29. ^ William C, Nicholls L, Ratcliffe P, Pugh C, Maxwell P (2004). „Prolylhydroxylázové enzymy, které fungují jako senzory kyslíku regulující destrukci hypoxií indukovatelného faktoru α“. Advan. Enzyme Regul. 44: 75–92. doi:10.1016 / j.advenzreg.2003.11.017. PMID  15581484.
  30. ^ Roach PL, Clifton IJ, Hensgens CM, Shibata N, Schofield CJ, Hajdu J, Baldwin JE (červen 1997). "Struktura isopenicilin N syntázy v komplexu se substrátem a mechanismus tvorby penicilinu". Příroda. 387 (6635): 827–830. doi:10.1038/42990. PMID  9194566. S2CID  205032251.
  31. ^ Rose NR, McDonough MA, King ON, Kawamura A, Schofield CJ (srpen 2011). "Inhibice 2-oxoglutarát-dependentních oxygenáz". Chem. Soc. Rev. 40 (8): 4364–4397. doi:10.1039 / c0cs00203h. PMID  21390379.
  32. ^ Yeh TL, Leissing TM, Abboud MI, Thinnes CC, Atasoylu O, Holt-Martyn JP, Zhang D, Tumber A, Lippl K, Lohans CT, Leung IK, Morcrette H, Clifton IJ, Claridge TD, Kawamura A, Flashman E, Lu X, Ratcliffe PJ, Chowdhury R, ​​Pugh CW, Schofield CJ (září 2017). "Molekulární a buněčné mechanismy inhibitorů prolylhydroxylázy HIF v klinických studiích". Chem. Sci. 8 (11): 7651–7668. doi:10.1039 / C7SC02103H. PMC  5802278. PMID  29435217.
  33. ^ Hopkinson RJ, Tumber A, Yapp C, Chowdhury R, ​​Aik W, Che KH, Li XS, Kristensen JB, King ON, Chan MC, Yeoh KK, Choi H, Walport LJ, Thinnes CC, Bush JT, Lejeune C, Rydzik AM , Rose NR, Bagg EA, McDonough MA, Krojer T, Yue WW, Ng SS, Olsen L, Brennan PE, Oppermann U, Muller-Knapp S, Klose RJ, Ratcliffe PJ, Schofield CJ, Kawamura A (srpen 2013). „5-Karboxy-8-hydroxychinolin je inhibitor širokého spektra 2-oxoglutarátové oxygenázy, který způsobuje translokaci železa“. Chem. Sci. 4 (8): 3110–3117. doi:10.1039 / C3SC51122G. PMC  4678600. PMID  26682036.
  34. ^ Kwon HS, Choi YK, Kim JW, Park YK, Yang EG, Ahn DR (červenec 2011). "Inhibice prolylhydroxylázové domény (PHD) substrátovými analogovými peptidy". Bioorg. Med. Chem. Lett. 21 (14): 4325–4328. doi:10.1016 / j.bmcl.2011.05.050. PMID  21665470.
  35. ^ Sesti C, Simkhovich BZ, Kalvinsh I, Kloner RA (březen 2006). „Mildronát, nový inhibitor oxidace mastných kyselin a antianginózní látka, snižuje velikost infarktu myokardu bez ovlivnění hemodynamiky“. Journal of Cardiovascular Pharmacology. 47 (3): 493–9. doi:10.1097 / 01.fjc.0000211732.76668.d2 (neaktivní 10. 9. 2020). PMID  16633095.CS1 maint: DOI neaktivní od září 2020 (odkaz)
  36. ^ Liepinsh E, Vilskersts R, Loca D, Kirjanova O, Pugovichs O, Kalvinsh I, Dambrova M (prosinec 2006). „Mildronát, inhibitor biosyntézy karnitinu, indukuje zvýšení obsahu gama-butyrobetainu a kardioprotekci u izolovaného srdečního infarktu krysy“. Journal of Cardiovascular Pharmacology. 48 (6): 314–9. doi:10.1097 / 01.fjc.0000250077.07702.23. PMID  17204911. S2CID  1812127.
  37. ^ Hayashi Y, Kirimoto T, Asaka N, Nakano M, Tajima K, Miyake H, Matsuura N (květen 2000). „Příznivé účinky MET-88, inhibitoru gama-butyrobetain-hydroxylázy u potkanů ​​se srdečním selháním po infarktu myokardu“. European Journal of Pharmacology. 395 (3): 217–24. doi:10.1016 / S0014-2999 (00) 00098-4. PMID  10812052.
  38. ^ Mbenza NM, Vadakkedath PG, McGillivray DJ, Leung IK (prosinec 2017). „NMR studie nehemových Fe (II) a 2-oxoglutarát-dependentních oxygenáz“. J. Inorg. Biochem. 177: 384–394. doi:10.1016 / j.jinorgbio.2017.08.032. PMID  28893416.
  39. ^ Leung IK, Demetriades M, Hardy AP, Lejeune C, Smart TJ, Szöllössi A, Kawamura A, Schofield CJ, Claridge TD (leden 2013). „Reporter ligand NMR screening method for 2-oxoglutarate oxygenase inhibitor“. J. Med. Chem. 56 (2): 547–555. doi:10,1021 / jm301583m. PMC  4673903. PMID  23234607.
  40. ^ Leung IK, Flashman E, Yeoh KK, Schofield CJ, Claridge TD (leden 2010). "Využití relaxace vody NMR rozpouštědlem ke zkoumání interakcí vazeb metaloenzymu-ligandu". J. Med. Chem. 53 (2): 867–875. doi:10.1021 / jm901537q. PMID  20025281.
  41. ^ Khan A, Leśniak RK, Brem J, Rydzik AM, Choi H, Leung IK, McDonough MA, Schofield CJ, Claridge TD (únor 2017). "Vývoj a aplikace ligandových NMR screeningových testů na y-butyrobetaine hydroxylázu". Med. Chem. Commun. 7 (5): 873–880. doi:10.1039 / C6MD00004E.
  42. ^ Hopkinson RJ, Hamed RB, Rose NR, Claridge TD, Schofield CJ (březen 2010). "Monitorování aktivity 2-oxoglutarátem závislých histonových demethyláz pomocí NMR spektroskopie: přímé pozorování formaldehydu". ChemBioChem. 11 (4): 506–510. doi:10.1002 / cbic.200900713. PMID  20095001. S2CID  42994868.
  43. ^ Poppe L, Tegley CM, Li V, Lewis J, Zondlo J, Yang E, Kurzeja RJ, Syed R (listopad 2009). "Různé způsoby vazby inhibitoru na prolylhydroxylázu kombinovaným použitím rentgenové krystalografie a NMR spektroskopie paramagnetických komplexů". J. Am. Chem. Soc. 131 (46): 16654–16655. doi:10.1021 / ja907933p. PMID  19886658.
  44. ^ Bleijlevens B, Shivarattan T, Flashman E, Yang Y, Simpson PJ, Koivisto P, Sedgwick B, Schofield CJ, Matthews SJ (září 2008). „Dynamické stavy enzymu pro opravu DNA AlkB regulují uvolňování produktu“. EMBO Rep. 9 (9): 872–877. doi:10.1038 / embor.2008.120. PMC  2529343. PMID  18617893.
  45. ^ Flashman E, Bagg EA, Chowdhury R, ​​Mecinović J, Loenarz C, McDonough MA, Hewitson KS, Schofield CJ (únor 2008). „Kinetické zdůvodnění selektivity vůči substrátovým degradačním substrátům závislým na N a C-konci kyslíku zprostředkované smyčkovou oblastí hypoxií indukovatelného faktoru prolylhydroxyláz“. J. Biol. Chem. 283 (7): 3808–3815. doi:10,1074 / jbc.M707411200. PMID  18063574. S2CID  34893579.
  46. ^ Demetriades M, Leung IK, Chowdhury R, ​​Chan MC, McDonough MA, Yeoh KK, Tian YM, Claridge TD, Ratcliffe PJ, Woon EC, Schofield CJ (červenec 2012). „Dynamická kombinatorická chemie využívající boronové kyseliny / boronátové estery vede k účinným inhibitorům oxygenázy“. Angew. Chem. Int. Vyd. 51 (27): 6672–6675. doi:10,1002 / anie.201202000. PMID  22639232.
  47. ^ Mecinović J, Chowdhury R, ​​Liénard BM, Flashman E, Buck MR, Oldham NJ, Schofield CJ (duben 2008). „Studie ESI-MS na doméně prolylhydroxylázy 2 odhalily nové vazebné místo pro kov“. ChemMedChem. 3 (4): 569–572. doi:10,1002 / cmdc.200700233. PMID  18058781.
  48. ^ Stubbs CJ, Loenarz C, Mecinović J, Yeoh KK, Hindley N, Liénard BM, Sobott F, Schofield CJ, Flashman E (květen 2009). "Aplikace metody proteolýzy / hmotnostní spektrometrie pro zkoumání účinků inhibitorů na strukturu hydroxylázy". J. Med. Chem. 52 (9): 2799–2805. doi:10.1021 / jm900285r. PMID  19364117.
  49. ^ Proshlyakov DA, McCracken J, Hausinger RP (duben 2016). „Spektroskopické analýzy 2-oxoglutarát-dependentních oxygenáz: TauD jako případová studie“. J. Biol. Inorg. Chem. 22 (2–3): 367–379. doi:10.1007 / s00775-016-1406-3. PMC  5352539. PMID  27812832.
  50. ^ McNeill LA, Bethge L, Hewitson KS, Schofield CJ (leden 2005). „Test založený na fluorescenci pro 2-oxoglutarát-dependentní oxygenázy“. Anální. Biochem. 336 (1): 125–131. doi:10.1016 / j.ab.2004.09.019. PMID  15582567.
  51. ^ Luo L, Pappalardi MB, Tummino PJ, Copeland RA, Fraser ME, Grzyska PK, Hausinger RP (červen 2006). „Test na Fe (II) / 2-oxoglutarát-dependentní dioxygenázy pomocí enzymově vázané detekce tvorby sukcinátu“. Anální. Biochem. 353 (1): 69–74. doi:10.1016 / j.ab.2006.03.033. PMID  16643838.
  52. ^ Rydzik AM, Leung IK, Kochan GT, Thalhammer A, Oppermann U, Claridge TD, Schofield CJ (červenec 2012). „Vývoj a aplikace fluorescenčního testu založeného na detekci fluoridů pro γ-butyrobetain-hydroxylázu“. ChemBioChem. 13 (11): 1559–1563. doi:10.1002 / cbic.201200256. PMID  22730246. S2CID  13956474.
  53. ^ Huang CW, Liu HC, Shen CP, Chen YT, Lee SJ, Lloyd MD, Lee HJ (květen 2016). „Různé katalytické role ligandů vázajících kov v lidské 4-hydroxyfenylpyruvát dioxygenáze“ (PDF). Biochem. J. 473 (9): 1179–1189. doi:10.1042 / BCJ20160146. PMID  26936969.
  54. ^ Flagg SC, Martin CB, Taabazuing CY, Holmes BE, Knapp MJ (srpen 2012). "Screening chelatačních inhibitorů HIF-prolylhydroxylázové domény 2 (PHD2) a faktoru inhibujícího HIF (FIH)". J. Inorg. Biochem. 113: 25–30. doi:10.1016 / j.jinorgbio.2012.03.002. PMC  3525482. PMID  22687491.
  55. ^ Cunliffe CJ, Franklin TJ, Gaskell RM (prosinec 1986). "Stanovení prolyl-4-hydroxylázy chromatografickým stanovením [14C] kyseliny jantarové na iontoměničových miniko sloupcích". Biochem. J. 240 (2): 617–619. doi:10.1042 / bj2400617. PMC  1147460. PMID  3028379.
  56. ^ Ehrismann D, Flashman E, Genn DN, Mathioudakis N, Hewitson KS, Ratcliffe PJ, Schofield CJ (leden 2007). „Studie aktivity hypoxií indukovatelných faktorů hydroxyláz pomocí testu spotřeby kyslíku“. Biochem. J. 401 (1): 227–234. doi:10.1042 / BJ20061151. PMC  1698668. PMID  16952279.