Klastr excelence Frankfurtské makromolekulární komplexy - Cluster of Excellence Frankfurt Macromolecular Complexes

The Cluster of Excellence Frankfurt „Makromolekulární komplexy“ (CEF) byla založena v roce 2006 společností Goethe University Frankfurt společně s Biofyzikální ústav Maxe Plancka a Max Planck Institute for Brain Research v kontextu Iniciativa německých univerzit. Financování Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) endet v říjnu 2019. CEF vyrostl z dlouholetého společného výzkumu na membránové proteiny a RNA molekul a posílil výzkumné úsilí v těchto oblastech náborem dalších vědců do Frankfurtu nad Mohanem. CEF spojila výzkumné aktivity až 45 výzkumných skupin, z nichž většina byla založena na kampusu Riedberg v roce Frankfurt / Main. CEF založila Buchmann Institute for Molecular Life Sciences (BMLS).

Cíle

Vědci CEF se rozhodli prozkoumat strukturu a funkci velkých makromolekulárních komplexů, zejména membránových proteinů a jejich sestav, komplexů zapojených do signální transdukce a kontrola kvality a komplexy RNA-protein.

Výzkum

V CEF byly stanoveny důležité struktury makromolekulárních komplexů. Příklady důležitých membránových komplexů zahrnují atomové struktury komplex I a ATP syntáza z mitochondriální dýchací řetězec a transportér spojený se zpracováním antigenu (TAP). Výzkum v oblasti RNA struktura a funkce vedly k definici regulačních principů snímání teploty riboswitche, vztah struktury a funkce RNA polymeráza I, funkce mikroRNA a mechanismy rRNA zrání a následné procesy během ribozomální biogeneze a recyklace. Například vědci CEF identifikovali receptory ubikvitin řetězy na proteazom, dešifrovali roli lineárních ubikvitinových řetězců a popsali regulaci makromolekul mitofagie, xenofágie a ER-fagy. Vymezili roli sumoylace v ribozom kontrolu kvality a charakterizoval proces kontroly genetické kvality v roce 2006 oocyty. Úsilí v těchto třech oblastech výzkumu bylo doprovázeno přístupy k navrhování nebo přeprogramování makromolekulárních komplexů a novými metodami vyvinutými k rozšíření již tak silné odbornosti. Vědci CEF stanovili a rozšířili principy optogenetika stejně jako biochemické metody regulace světla. Také vyvinuli biofyzikální techniky pro strukturní a funkční charakterizaci makromolekul. Příklad zahrnuje světelně přepínatelné molekuly určené pro aplikace v buňkách a časově rozlišené techniky ke studiu skládání RNA. Fluorescenční mikroskopie na světelném listu pro sledování vývoje a LILBID hmotnostní spektrometrie pro analýzu komplexů membrán byla vylepšena. PELDOR-EPR byl vyvinut k rozlišení umožňujícímu měření v buňkách. Cluster podporoval vědeckou výměnu prostřednictvím řady programů i prostřednictvím workshopů, mezinárodních konferencí a přednáškových sérií. Jako „Metoda rok “ve všech oblastech vědy a techniky interdisciplinárním výzkumným časopisem Přírodní metody v letech 2010 a 2014.[1][2]

Pět výzkumných oblastí CEF zahrnovalo: (A) Strukturu, mechanismy a dynamiku komplexů v membráně, (B) Složení a dynamiku makromolekulárních komplexů při kontrole a signalizaci kvality, (C) Dynamika komplexů ribonukleová kyselina-protein, ( D) Návrh makromolekulárních komplexů a (E) Metody studia makromolekulárních komplexů.

CEF Research Area A - Struktura, mechanismy a dynamika komplexů v membráně

Biologické membrány mají velmi důležitou roli v životních procesech, protože vše, co buňka potřebuje k životu, růstu a reakci, musí buď projít, nebo podle nich jednat. buněčné dýchání a fotosyntéza děje se v membránách, každý smyslový stimul a zpracování informací v mozku je zprostředkováno jimi. Tuto řadu různých akcí provádí velké množství různých membránové proteiny. V přeplněných podmínkách buněčné membrány se většina membránových proteinů sdružuje do složitých dynamických sestav, aby plnily své různé úkoly. Z tohoto důvodu, a protože jsou uloženy v lipidové dvojvrstvě membrány, je většina membránových proteinů obtížně studovatelná a jejich funkce jsou často neřešitelné. Vědci CEF provedli průkopnickou práci, aby překonali některé z těchto výzev, a významně přispěli k objasnění struktury, mechanismů a regulace řady důležitých velkých komplexů, včetně dýchací komplex I.,[3][4]rotační ATPázy,[5][6][7][8] superkomplex I1III2IV1[9],[10] cytochrom cbb3 oxidáza,[11]cytochrom bd oxidáza,[12] sulfid: chinon oxidoreduktáza,[13]fungální TOM jádrový komplex,[14]bakteriální systém absorpce K + s dvojitým pórem KtrAB,[15]antiporter CaiT nezávislý na karnitinu / butyrobetainu,[16] symain betain / Na + BetP,[17]multielékový efluxní transportér AcrB[18][19]a chaperon a editace komplexu TAPBPR – MHC I.[20]a komplex obsahující lidský peptid MHC-I.[21] Rozpoznání antigenu peptidu na TAP bylo vyřešeno DNP-zesílenou NMR spektroskopií v pevné fázi.[22] Konformační vazba a transinhibice v transportéru lidského antigenu orthologu TmrAB byla vyřešena pomocí dipolární EPR spektroskopie.[23]Pokrok ve stanovení 3D struktury membránových proteinů pomocí Rentgenová krystalografie a kryoelektronová mikroskopie vytvořila rostoucí poptávku a příležitost pro hloubkové mechanistické studie metodami magnetické rezonance. Kvůli výzvám, které jsou vlastní membránovým proteinům, se pokrok spoléhá na dostupnost technik v čele vývoje metod. Zejména NMR v pevné fázi (MAS) umožňuje překlenutí propasti mezi „statickými“ strukturami a biochemickými daty sondováním membránových proteinů přímo v prostředí dvouvrstvy. Takové experimenty jsou náročné a průlomů bylo možné dosáhnout pouze díky dostupnosti dynamické jaderné polarizace pro zvýšení citlivosti a velmi vysokých magnetických polí pro spektrální rozlišení. Vědci z CEF byli schopni poskytnout nový pohled na katalytický mechanismus transportérů ABC. Na základě 31P-MAS-NMR v reálném čase zjistili, že jde o homodimerní lipid A flippase MsbA je kromě hydrolýzy ATP schopen katalyzovat reakci podobnou reverzní adenylátkináze.[24]Cyklus hydrolýzy ATP v ABC transportér LmrA byl sondován pomocí místně řízeného spinového značení a pulzní spektroskopie elektron-elektronová dvojitá rezonance (PELDOR / DEER).[25]Sekundární víceúčelové efluxní čerpadlo EmrE z E-coli byl rozsáhle studován pomocí NMR v polovodičovém stavu se zvýšenou 31P a DNP.[26]Také řada fotoreceptory jako mikrobiální rhodopsiny se účastní transmembránových transportních procesů. Například byly učiněny zásadní příspěvky ke strukturálnímu a funkčnímu popisu proteorhodopsinu, pentamerní protonové pumpy poháněné světlem skupinami v CEF[27][28].[29]Vyvinuli se vědci CEF hmotnostní spektrometrie přístupy zvláště vhodné pro velké membránové proteinové komplexy. Laserem indukovaná hmotnostní spektrometrie s kapalným paprskem / iontovou desorpcí iontů (LILBID) umožňuje hromadnou analýzu komplexů celých membránových proteinů 1 MDa nebo více.[30] Tým vědců CEF vyřešil mechanismus subtypové selektivity člověka bradykininové receptory pro jejich peptidové agonisty integrací DNP-enhanced polovodičová nukleární magnetická rezonance s pokročilým molekulárním modelováním a dokováním[31]

CEF Research Area B - Složení a dynamika makromolekulárních komplexů v řízení kvality a signalizaci

Charakterizace funkce a strukturního složení signalizačních komplexů řídících programy kontroly kvality buněk byla jedním z hlavních témat výzkumu CEF. Názor, že proteiny fungují jako jednotlivé entity, byl nahrazen konceptem naznačujícím, že pro přenos signálu v buňce je nezbytná dynamická reorganizace multimerních rozpustných komplexů označených jako signalosomy. Regulace aktivity těchto komplexů je dosažena jejich dynamickým složením i posttranslační úpravy (PTM) bílkovin. Domény, které tyto modifikace rozpoznávají, hrají rozhodující roli ve schopnosti buňky reagovat na změny v jejich mikroprostředí. Značného pokroku bylo dosaženo v CEF při charakterizaci několika signálních drah a jejich regulaci pomocí PTM včetně ubikvitylace, fosforylace a acetylace. Výzkum se v CEF zaměřil zejména na mechanismy kontroly kvality bílkovin, které jsou základem pro autofagické a ubikvitinové / proteazomální dráhy, dva buněčné systémy používané k degradaci vadných nebo nadbytečných proteinů, komplexů a organel. Dalším ohniskem výzkumu CEF byla kontrola genetické kvality v oocyty a epiteliální kmenové buňky podle p53 bílkoviny a regulace a kinázy.

Výzkum autofagie

Během selektivního autofagie náklad je specificky zaměřen na degradaci a byly popsány odlišné receptory nákladu, které regulují selektivitu. Tento proces usnadňují autofágové receptory, které specificky rozpoznávají a váží svůj náklad a dodávají ho do fagoforu. U lidí existuje šest různých LC3 /GABARAP bílkoviny, které hrají ústřední roli spojením rodících se autofagozom membrány a receptory autofagie s nákladem pro usnadnění pohlcení, někdy zprostředkované nebo podporované dalšími adaptačními proteiny.[32]Vědci z CEF prokázali, že proteiny GABARAP se podílejí nejen na autofagii, ale také na degradaci závislé na ubikvitinu TIAM1.[33]Bylo dosaženo průlomu v tom, jak buňky bojují s intracelulárními patogeny a jak se intracelulární bakterie snaží těmto protiopatřením vyhnout. Kináza Tbk1 byla identifikována jako důležitá pro zprostředkování na bázi optineurinu xenofágie k odstranění bakterií z infikovaných buněk.[34]Pomocí hmotnostní spektrometrie, globální analýza ubikvitinomu z Salmonella byly provedeny infikované buňky, což vědcům CEF umožnilo identifikovat specifické cíle bakterií ligázy které jsou vylučovány do buňky cytoplazma patogeny.[35]Vědci z CEF také odhalili molekulární mechanismus nového typu vázaného na fosforibosyl serin ubikvitinace efektorem SdeA patogenu Legionella, což je velmi odlišné od kanonického lysin - ubikvitinační mechanismus na bázi.[36][37]Dále ukázali, že další efektor Legionella bakterie, SidJ, se staví proti toxicitě SidE v buňkách kvasinek a savců.[38]Analýza hmotnostní spektrometrií odhalila, že SidJ je glutamyláza, která modifikuje katalytický glutamát v doméně mono-ADP ribosyltransferázy SdeA, čímž blokuje aktivitu ubikvitin ligázy SdeA. Dále zjistili, že proteiny typu retikulon působí jako receptory autofagie specifické pro ER a simulovali jejich účinek na zakřivení membrány.[39][40]

Ubikvitinace

Ubikvitinace hraje ústřední roli při značení proteinů, které mají být degradovány buď cestou autofagie, nebo cestou proteazom. Několik skupin CEF přispělo k pokroku v porozumění tomu, jak se signalizace ubikvitinu používá nejen jako signál degradace, ale také se podílí na několika dalších buněčných procesech[41][42] [43][44][45][46]

p63

Výzkum v oblasti TP63, také známý jako p63, ukázal, že tento protein hraje zásadní roli jak pro proliferaci a diferenciaci stratifikovaných epiteliálních tkání, tak pro dohled nad genetickou kvalitou v ženských zárodečných buňkách. Výzkumy vědců CEF ukázaly, že specifická izoforma p63 je vysoce exprimována v primordiálních oocytech, které jsou zastaveny v profáze meiózy I. Tato izoforma přijímá uzavřenou, neaktivní a pouze dimerní konformaci, ve které je interakce s DNA i transkripční aparát je významně snížen[47]Inhibice se dosáhne blokováním tetramerizačního rozhraní oligomerační domény šestivláknovým antiparalelním beta-listem.[48] Aktivace vyžaduje fosforylaci a sleduje pružinový, nevratný aktivační mechanismus.[49] Tyto objevy otevírají možnost vyvinout terapii pro zachování oocytů během chemoterapie což u žen s rakovinou obvykle vede k neplodnosti a předčasnému nástupu menopauza. Vědci z CEF také pomohli identifikovat molekulární mechanismus způsobující ankyloblepharon-ectodermal dysplasia-rozštěp rtu / patra, onemocnění charakterizované kožními erozemi, abnormalitami rozštěpu ústní dutiny a fúzovanými víčky, které je založeno na mutacích v doméně SAM nebo na C-konci z p63.[50]Komplexy zapojené do tumorigeneze byly studovány několika skupinami CEF, včetně leukemogenního fúzního proteinu AF4-MLL[51]a cytosolické komplexy obsahující RIP1, které jsou kritické pro zahájení a jemné doladění různých forem buněčná smrt, tj. apoptóza a nekroptóza[52][53]

SGC Frankfurt

Goethe University se stala členem Konsorcium pro strukturální genomiku (SGC) v roce 2017, mezinárodní konsorcium a partnerství veřejného a soukromého sektoru zaměřené na stanovení struktur důležitých proteinů a vývoj inhibitorů a sond pro biologické makromolekuly, které mají být použity při funkčních zkouškách. Univerzita Goethe se také stala domovským a referenčním centrem pro program darovaných sond SGC, díky kterému již malé molekuly již nejsou průmyslem dále sledovány jako lékové cíle volně dostupné výzkumníkům po celém světě[54]). Vyvinuli se vědci CEF inhibitory bromodomény které lze použít ke studiu funkce těchto vazebných domén modifikace acetyl-lysinu. Sada sond byla charakterizována a validována jako nástroje pro specifické bromodomény[55]

Interakce s rozpustnými doménami na membráně

CEF to ukázal receptor vaskulárního endoteliálního růstového faktoru -2 je třeba internalizovat a je regulován svým přidružením k ephrin Bs v endoteliálních buňkách.[56] Bylo také zjištěno, že EphrinB jsou nezbytné pro kontrolu hladin AMPA receptory na synaptické membráně.[57]Mechanismus inzerce na membránu proteinů kotvících na ocasu byl studován strukturální a biochemickou charakterizací interakce rozpustného proteinu Get3 s cytoplazmatickými doménami membránově vázaných receptorů Get1 a Get2.[58]

CEF Research Area C - Dynamika komplexů ribonukleová kyselina-protein

Mnoho objevů včetně identifikace více tříd nekódování RNA a regulační prvky RNA rozšířily perspektivu funkce RNA z pasivního nosiče informací na aktivní buněčnou složku. Jeho strukturální a funkční popis je nutný k pochopení molekulárních interakcí a dynamiky.

Strukturální popis prvků RNA a jejich dynamika

Kombinace analýzy struktur na bázi NMR s vysokým rozlišením[59][60]a časově rozlišené ligandem indukované refolding RNA uložením odlišných konformací do klecí [61]společně s pulzní elektronová paramagnetická rezonance metody (PELDOR) po základně specifickém spin-značení[62] [63][64]a ultrarychlá laserová spektroskopie dynamiky RNA [65][66]vedlo k popisu strukturální dynamiky několika RNA. Vědci CEF ukázali, že regulační mechanismus snímání adeninu riboswitch lidské patogenní bakterie Vibrio vulnificus se výrazně liší od dvoustavového přepínacího mechanismu v tom, že zahrnuje tři odlišné stabilní konformace. Tento translační riboswitch snímající adenin představoval první příklad teplotně kompenzovaného regulačního prvku RNA.[67]Složení a struktura HIV Komplex TAR RNA-ligand byl analyzován pomocí LILBID a NMR [68] ,[69]což vede k popisu složitosti peptidových vazebných míst v RNA. Navíc riboswitch detekující guaninaptamer doména Bacillus subtilis xpt-pbuX operon, Diels-Alderase ribozymy[70]teploměr na bázi RNA,[71]a N1–ribostamycin komplex[72]byly strukturně a funkčně analyzovány. Vědci CEF také ukázali, že pro guanin-sensing xpt-pbuX riboswitch B. subtilis, konformace přepisů plné délky je statická: naplňuje výhradně funkční stav off, ale nemůže přepnout do stavu on, bez ohledu na přítomnost nebo nepřítomnost ligandu. Pouze kombinovaná shoda rychlostí transkripce a vazby ligandu umožňuje transkripčním meziproduktům podstoupit konformační refolding závislý na ligandu[73](Steinert et al., 2017).

Složky podílející se na biogenezi ribozomů u eukaryot

Vědci CEF ve spolupráci s Institut Maxe Plancka pro biofyzikální chemii vizualizoval RNA polymeráza I (Pol I) v procesu aktivního přepisu ribozom geny v buněčném prostředí a vyřešil jeho strukturu s nukleovými kyselinami a bez nich při rozlišení 3,8 Å cryo-EM.[74]Jejich struktury vysvětlovaly regulaci transkripce prodloužení, při kterém jsou kontrakční a expandované konformace polymerázy asociovány s aktivním a neaktivním stavem.

Práce na základě spolupráce mezi několika skupinami CEF odhalila molekulární povahu Bowen-Conradiho syndrom prokázáním, že bodová mutace faktoru biogeneze ribozomu způsobující onemocnění Nep1 zhoršuje jeho nukleolární lokalizaci a vazbu RNA.[75] [76]Další studie ve spolupráci s Edinburg University analyzovala RNA helikázu Prp43 zesítěním RNA a analýzou cDNA (CRAC) a poskytla první pohledy na funkční role tohoto enzymu v biogenezi ribozomu[77]Vědci CEF také identifikovali faktory rostlinné specifické biogeneze ribozomu v A. thaliana se základní funkcí v rRNA zpracovává se[78]a ukázal, že 60S - je vyžadován faktor LSG1-2 spojený s biogenezí ribozomu 40S zrání v A. thaliana.[79]

Distribuce enzymů modifikujících RNA a molekul RNA

Dynamika RNP v nativním prostředí v eukaryotických buňkách byla vizualizována a kvantifikována pomocí mikroskopie s vysokým rozlišením.[80]Úprava RNA adenosin-in-inosin (A-to-I), která je katalyzována adenosindeamináza působí na enzymy RNA (ADAR), je důležitý při epitranskriptomické regulaci metabolismu RNA. Katepsin S. (CTSS) mRNA, která kóduje cysteinovou proteázu spojenou s angiogeneze a ateroskleróza, bylo prokázáno, že je vysoce editováno v člověku endoteliální buňky .[81]Editace A-to-I RNA řídí expresi katepsinu S u aterosklerózy tím, že umožňuje post-transkripční regulaci zprostředkovanou HuR.

export mRNA z jádro do cytoplazmy je vysoce regulovaný krok genová exprese. Vědci CEF hodnotili členy SR protein rodiny (SRSF1–7) za jejich potenciál působit jako adaptéry pro jaderný exportní faktor 1 (NXF1) a tím pár zpracování pre-mRNA export mRNA.[82]Zjistili, že> 1 000 endogenních mRNA vyžaduje pro export jader jednotlivé proteiny SR in vivo. K řešení tohoto mechanismu přepis celoevropské profily vázání RNA NXF1 a SRSF1–7 byly stanoveny paralelně UV zesítěním s individuálním nukleotidovým rozlišením a imunoprecipitací (iCLIP ). SRSF3 se ukázal jako nejúčinnější adaptér NXF1, který v posledních exonech uděluje sekvenční specificitu vazbě RNA prostřednictvím NXF1. Řada lidských onemocnění je charakterizována rozšířenou dysregulací Proteiny vázající RNA (RBP) a masivně pozměněny přepis vzory. Vědci CEF použili výpočetní metody ke studiu mechanismů posttranskripční regulace v transkriptomickém měřítku ve spolupráci s výzkumnými pracovníky na IMB Mainz.[83]

Nekódující RNA

Vědci CEF také zkoumali vliv nových | nekódujících RNA]], jako jsou dlouhé nekódující RNA (lncRNAs) a mikroRNA (miRNA), o buněčné funkci. miRNA regulují genovou expresi vazbou na cílové mRNA a zabraňují jejich translaci. Jeden z projektů CEF Focus uspěl v pozorování prostorově lokalizovaného dozrávání miRNA v neuronech v závislosti na aktivitě dendrity.[84]Bylo zjištěno, že místní zrání miRNA je spojeno s lokálním snížením syntézy proteinů, což ukazuje, že lokalizované zrání miRNA může modulovat expresi cílového genu s místní a časovou přesností. Bylo zjištěno, že LncRNA Meg3 kontroluje stárnutí endoteliálních buněk a její inhibice může sloužit jako potenciální terapeutická strategie k záchraně stárnutí zprostředkovaného poškození funkce endoteliálních buněk.[85] Bylo zjištěno, že LncRNA MALAT1 reguluje funkci endoteliálních buněk a růst cév.[86]a chrání před aterosklerózou regulací zánět.[87]

Oblast výzkumu CEF D - Návrh makromolekulárních komplexů

Hlavním zaměřením práce v CEF bylo vyvinout a používat metody a zkoumat bílkoviny které umožňují modulaci buněčných a molekulárních funkcí světlem. V oblasti optogenetika, ovládání membránový potenciál a intracelulární signalizace v neurony a dalších buněk je dosaženo expresí fotosenzorových proteinů, ve většině případů mikrobiálního původu, např. iontové kanály nebo pumpy, stejně jako enzymy aktivované světlem. Optochemické přístupy naopak využívají chemicky upravené molekuly k dosažení světelných efektů v biologické tkáni.

Optogenetika

Původ optogenetiky spočívá v práci skupiny Bamberg na MPI biofyziky ve Frankfurtu, který to ukázal channelrhodopsin-2 (ChR2) je kationtový kanál se světelnou bránou, který může depolarizovat buňky, ve kterých je exprimován.[88][89]Během CEF laboratoř v Bambergu pokračovala v práci v této oblasti a přispěla několika seminárními pracemi, např. o charakterizaci[90] [91][92] ale také na konstrukci ChR2 na optogenetické nástroje s různými vlastnostmi.[93]První využití ChR2 pro depolarizaci savčí buněk a generování prvního ChR2-transgenního zvířete proběhlo ve Frankfurtu. Laboratoř Gottschalk představila ChR2, světelné čerpadlo Cl — halorhodopsin a další rhodopsiny do nervového systému hlístice C. elegans, stimulovat jednotlivé neurony a korelovat jejich funkci s výstupem chování[94][95].[96]Kromě toho poté studovali synaptický přenos fotostimulace pomocí ChR2 a fotoaktivované adenylyl cykláza (PAC), v kombinaci s elektrofyziologie a elektronová mikroskopie[97],[98]a zavedl modifikované nebo nové optogenetické nástroje se změněnými vlastnostmi pro blokování synaptický přenos, nebo pro manipulaci s cyklický GMP[99][100].[101]Několik skupin CEF spojilo své síly nejen k rozluštění fotocyklu ChR2 v různých časových měřítcích[102]ale také poskytl ve spolupráci s Research Center Juelich strukturální pohledy na iontové vedení pomocí ChR2.[103]Také generovali několik mutantních verzí ChR2 se změněnou iontovou vodivostí (například se zvýšeným obsahem Ca2+-provoznost v "CatCh", Ca2+ transportující kanál rhodopsin) nebo kinetiku, což představuje velmi užitečné doplňky k optogenetické sadě nástrojů.[104]V roce 2015 představili vědci CEF první NMR studie, která vyřešila strukturní detaily retinálního kofaktoru ChR2. Tato studie byla možná jen proto, že DNP (hybridní metoda propojení EPR s NMR spektroskopie v pevné fázi ) vylepšil detekční citlivost 60krát, aby bylo možné detekovat metastabilní meziprodukty. Tímto způsobem byly poskytnuty první jednoznačné důkazy o exkluzivní all-trans retinální konformaci v temném stavu a mohl být identifikován nový fotointermediát. Studie ukázala, že polovodičová NMR s vylepšeným DNP je klíčovou metodou k překlenutí propasti mezi strukturní analýzou založenou na rentgenovém záření a funkčními studiemi směrem k vysoce rozlišenému molekulárnímu obrazu.[105]

Postupně se ukázalo, že rhodopsiny mají široké spektrum funkcí a distribuce a nacházejí se ve všech phyla života. S novými rodopsiny přišlo pozorování, že představují poměrně všestrannou rodinu proteinů při zachování strukturálního lešení sedmi transmembránové šroubovice s sítnicí chromofor vázán na konzervovaný lysin.[106]Vědci z CEF studovali strukturu i funkci mikrobiálních rodopsinů. Jedním z nich je proteorhodopsin, který se nachází v mořských mikrobech, což je nejhojnější fotoreceptor na sítnici na naší planetě. Varianty proteorhodopsinů vykazují vysokou úroveň adaptace na prostředí, protože jejich barvy jsou vyladěny na optimální vlnovou délku dostupného světla.[107][108][109][110][111]

Vědci CEF společně s kolegy z jiných německých univerzit vyvinuli nový přístup ke změně funkčních vlastností optogenetických nástrojů rhodopsinu, zejména modifikacemi chromoforu sítnice. Syntetické analogy sítnice byly zavedeny do ChR2 nebo jiných nástrojů rhodopsinu v C. elegans, Drosophila a lidské buňky, změnit citlivost na světlo, kinetiku fotocyklu a barevné spektrum optogenetických akčních členů.[112]Rovněž založili přísně světelně regulovanou guanylyl-cyklázu opsin CyclOp, který umožnil rychlé zvýšení cGMP vyvolané světlem.[113]Vědci CEF také použili optogenetické nástroje pro analýzu neurální obvody a jak řídí chování.[114][115][116]

Optochemické přístupy

Kontrolovat bílkoviny a nukleové kyseliny podle světla vědci CEF navrhli a použili řadu fotopřepínatelné postroje, ribonukleosidy a nukleové kyseliny, Aptamery RNA a „majáky“.[117][118][119][120][121]Rovněž vyvinuli přístup pro chemo-enzymatická syntéza pozičně specificky modifikované RNA pro biofyzikální studie včetně kontroly světla.[122] Dále byla realizována světelně aktivovatelná interakce DNA nanoarchitektur, světelně závislé konformační změny v nukleových kyselinách, světelně závislá RNA interference a světelně závislá transkripce.[123][124]Pro nukleové kyseliny bylo stanoveno spouštění světla selektivní na vlnovou délku[125] stejně jako trojrozměrné ovládání DNA hybridizace podle ortogonální dvoubarevný dvoufotonový uncaging.[126] Vědci CEF vyvinuli červeně posunutou klecovou skupinu pouze pro dva fotony pro trojrozměrný fotorelease.[127] Vyvinuli také minimální modul přepínatelný na světlo, který umožňuje tvorbu intermolekulární a konformačně dobře definované DNA G ‐ quadruplex struktura s fotopřepínatelným azobenzen zbytek jako součást struktury páteře.[128] Důležitý byl také vývoj indukovatelná fluorescenční sonda což umožnilo detekci prostorově lokalizovaného dozrávání miRNA v neuronech v závislosti na aktivitě dendrity.[129]Pomocí světla indukovatelné antimiRs Vědci CEF také zkoumali, zda je místně omezený cíl miRNA aktivita má terapeutický přínos v diabetik hojení ran a zjistili, že světlo může být použito k lokální aktivaci terapeuticky aktivních antimikrobiálních látek in vivo.[130]

Nové stavební principy pro DNA-nanoarchitektury byly založeny v CEF[131] [132][133]Také nová RNA riboswitche byly navrženy tak, aby mohly být spouštěny malými metabolity, exogenními molekulami nebo změnami teploty, stejně jako aptamery nebo samovolné štěpení ribozymy, které lze použít k řízení genové exprese in vivo.[134]Aby společnost CEF zpřístupnila makromolekuly pro manipulaci v nanoměřítku, vyvinula obecně použitelné metody pro organizaci makromolekulárních komplexů ve dvou dimenzích s velmi vysokou přesností, stejně jako malé syntetické vrátné a nové „světelné spínače“ pro řízení biomolekulárních interakcí a sestavování makromolekulárních komplexů[135] [136][137] [138][139] Byl vyvinut přístup k sestavení trojrozměrných proteinových sítí aktivací dvěma fotony.[140]Vědci CEF také dosáhli optické kontroly antigen translokace pomocí syntetických foto-podmíněných virových inhibitorů.[141]

Proteinové inženýrství

Vědci CEF využili podrobné strukturální znalosti o syntáza mastných kyselin (FAS) megakomplex pro konstrukci FAS pro biosyntéza z mastné kyseliny s krátkým řetězcem a polyketidy, vedený kombinovaným in vitro a in silico přístup .[142]Přeprogramovali řízení délky řetězce FAS z Saccharomyces cerevisiae k vytvoření pekařských kvasnic schopných produkovat mastné kyseliny s krátkým řetězcem. Byl použit racionální a minimálně invazivní přístup k proteinovému inženýrství, který ponechal molekulární mechanismy FAS beze změny a identifikoval pět mutací, díky nimž mohou pekařské kvasnice produkovat mastné kyseliny s krátkým řetězcem.[143] Pro přímou manipulaci s proteinovým fotocyklem spolupracovali skupiny CEF na modifikaci flavoprotein dodecin v jeho klíčové aminokyselině tryptofan se substituenty pečlivě vybranými pro jejich strukturální a elektronický vliv.[144]

CEF Research Area E - Metody pro studium makromolekulárních komplexů

Vývoj špičkových metodik, včetně elektronová paramagnetická rezonance (EPR), časově vyřešeno spektroskopie nukleární magnetické rezonance (NMR), pokročilé fluorescenční mikroskopie, stejně jako optogenetika a optochemická biologie pomohla při výzkumném úsilí CEF. Klastr také integroval nový vývoj v roce 2006 elektronová mikroskopie a tomografie stejně jako v mikroskopie s vysokým rozlišením do portfolia metod Riedberg Campus.

Kryoelektronová mikroskopie

Kryoelektronová mikroskopie, Přírodní metoda roku 2015[145] a způsob, za který byla v roce 2017 udělena Nobelova cena[146], byl značně zaměstnán několika skupinami CEF na MPI biofyziky stejně jako v Goethe University Buchmannův institut pro molekulární biologii.[147][148][149][150][151] Přímé detektory elektronů, na jejichž vývoji se podílel MPI biofyziky, překonaly všechna očekávání[152][153]S těmito detektory lze snímky zachytit s mnohem vyšším kontrastem než s CCD kamery dříve používané a vedly k úžasnému pokroku ve strukturní biologii. Investováním do této nové technologie dokázali členové CEF urychlit určování struktury a také řešit struktury makromolekulárních komplexů, které nebyly přístupné rentgenová krystalografie studie. Dalším zaměřením CEFs elektronových mikroskopů bylo odhalit makromolekulární organizaci živých buněk pomocí kryo-elektronová tomografie. Cryo-ET je jediná technika, která umožňuje získat obrazy molekulárního rozlišení intaktních buněk v kvazi-nativním prostředí. Takové tomogramy obsahují velké množství informací, protože jsou v podstatě trojrozměrnou mapou buněčného proteomu a zobrazují celou síť makromolekulárních interakcí. Těžba informací algoritmy využívat strukturální data z různých technik, identifikovat odlišné makromolekuly a výpočetně odpovídat strukturám atomového rozlišení v buněčných tomogramech, čímž překlenuje rozlišovací mezeru.[154]

Světelná mikroskopie

Cluster také silně podporuje nový vývoj v pokročilé světelné mikroskopii. Obzvláště důležitou technikou CEF přidanou do portfolia výzkumných technik ve Frankfurtu je fluorescenční mikroskopie na lehkém listu (LSFM)[155][156]). V LSFM se optické dělení v budícím procesu minimalizuje bělení fluoroforů a fototoxické účinky. Protože biologické vzorky LSFM přežijí dlouhodobé trojrozměrné zobrazování při vysokém časoprostorovém rozlišení, staly se tyto mikroskopy nástrojem volby v vývojová biologie. Dopad LSFM byl uznán v roce 2015, kdy časopis Přírodní metody jej zvolil „Metodou roku 2014“.[157] Vědci z CEF například použili LSFM k podrobnému zobrazení úplného embryonálního vývoje různých evolučních nesouvisejících druhů hmyzu a ke stanovení pravidel a samoorganizujících se vlastností postembryonálních vzorů dělení rostlinných orgánů.[158][159][160]Díky velkému množství dat vytvořených pomocí pokročilé světelné mikroskopie je automatická analýza obrazu nutností a CEF přispěl ke zlepšení zpracování dat a modelování dat pokročilé světelné mikroskopie.[161][162]Další nové techniky světelné mikroskopie používané vědci CEF zahrnují techniky, které poskytují citlivost jedné molekuly a prostorové rozlišení pod difrakčním limitem ke studiu strukturní organizace biomolekul v buňkách. Mezi softwarové nástroje vyvinuté vědci CEF patří například SuReSim, software vyvinutý ve spolupráci s Heidelberg University, který simuluje lokalizační data libovolných trojrozměrných struktur představovaných základními modely pravdy a umožňuje uživatelům systematicky zkoumat, jak mohou změny experimentálních parametrů ovlivnit potenciální výsledky zobrazování .[163] Pomocí nově vyvinutých technik byli vědci CEF schopni určit roli lineárního ubikvitin plášť kolem cytosolického patogenu Salmonella Typhimurium jako lokální signalizační platforma NF-κB a poskytla informace o funkci OTULINU v aktivaci NF-κB během bakteriální patogeneze.[164] Dalším příkladem je identifikace retikulon 3 (RTN3) jako specifický receptor pro degradaci ER tubuly.[165]Úzká kolaborativní týmová práce konsorcia umožnila řešit dva hlavní problémy v mikroskopii lokalizace živých buněk i v jedné molekule: efektivní dodávka fluoroforů přes buněčné membrány a sledování proteinů s vysokou hustotou pomocí ultra malých značek.[166][167] Společně nové nástroje poskytují další cesty ke specifické manipulaci a zachycení buněčných proteinů a současně k odečtu s vysokým rozlišením mikroskopií založenou na jedné molekule.

Spektroskopické metody

Široká škála spektroskopie metody pro biologické aplikace byly k dispozici v rámci CEF a vědci CEF dosáhli významného pokroku v dalším vývoji biomolekulárních NMR a EPR. Členové Centrum pro biomolekulární magnetickou rezonanci (BMRZ) zlepšila citlivost kapaliny a NMR v pevné fázi spektrometrem představovat dynamická nukleární polarizace (DNP). Together with researchers from the Ruská akademie věd, CEF scientists developed a high-power gyrotron source for DNP. The source operates at 260 GHz with an output power of 20 W, and is connected by a quasi-optical corrugated vlnovod to one liquid- and one solid-state 400 MHz NMR spectrometer. The microwave board, which detects the EPR signal and connects the high-power microwave source to the NMR probe, was constructed in collaboration with scientists from the Ukrajinská akademie věd. This unique device is based on a metallo-dielectric waveguide system, which guarantees ultra-low losses combined with a high degree of flexibility in terms of instrument design. CEF's scientists demonstrated a proton NMR signal enhancement in aqueous liquids by up to 80-fold at magnetic fields of 9. T,[168]thus exceeding theoretical predictions by more than a factor of 20. First applications to macromolecular complexes have been equally successful. They also recorded signal enhancements by a factor up to 40 under magic angle sample spinning (MAS) conditions at 100 K with proteorhodopsin re-constituted into lipid bilayers. By integrating DNP-enhanced solid-state NMR spectroscopy with advanced molecular modeling and docking, the mechanism of the subtype selectivity of human kinin G-protein-coupled receptors for their peptide agonists was resolved.[169]DNP-enhanced solid-state NMR spectroscopy enabled CEF scientists to determine the atomic-resolution backbone conformation of an antigenic peptide bound to the human ABC transporter TAP. Their NMR data also provided unparalleled insights into the nature of the interactions between the side chains of the antigen peptide and TAP. Their findings revealed a structural and chemical basis of substrate selection rules, which define the crucial function of this ABC transporter in human imunita a zdraví. This work was the first NMR study of a eukaryotic transporter protein complex and demonstrated the power of solid-state NMR in this field[170] They also demonstrated the power of DNP-enhanced solid-state NMR to bridge the gap between functional and structural data and models.[171]In parallel to the DNP developments, a pulsed electron–electron double resonance (PELDOR) spectrometer with a magnetic field of 6.4 T was constructed. A protein concentration of only 10 pMol is sufficient for a measurement at 40 K. With this instrument, CEF scientists were able to determine the dimeric struktura nekovalentní protein complexes. This method is also applicable to membrane proteins and spin-labelled RNA a DNA molekuly in vivo.[172] PELDOR spectroscopy proved to be a versatile tool for structural investigations of proteins, even in the cellular environment. In order to investigate for example the structural implications of the asymmetric nucleotide-binding domains and the trans-inhibition mechanism in TAP orthologs, spin-label pairs were introduced via double cysteine mutants at the nucleotide-binding domains and transmembrane domains in TmrAB (a functional homologue of the human antigen translocation complex TAP) and the conformational changes and the equilibrium populations followed using PELDOR spectroscopy.[173] This study defined the mechanistic basis for trans-inhibition, which operates by a reverse transition from the outward-facing state through an occluded conformation. The results uncovered the central role of reversible conformational equilibrium in the function and regulation of an ABC exporter and established a mechanistic framework for future investigations on other medically important transporters with imprinted asymmetry. The study also demonstrated for the first-time the feasibility to resolve equilibrium populations at multiple domains and their interdependence for global conformational changes in a large membrane protein complex.

Hmotnostní spektrometrie

Rodák hmotnostní spektrometrie has emerged as an important tool in strukturní biologie. Advantages of mass spectrometry compared to other methods like Rentgenová krystalografie nebo nukleární magnetická rezonance are for instance its lower limits of detection, its speed and its capability to deal with heterogeneous samples. CEF contributed to the development of laser-induced liquid bead ion desorption mass spectrometry (LILBID), a method developed at Goethe University that is especially suited to the analysis of large membrane protein complexes.[174] A challenge in native mass spectrometry is maintaining the features of the proteins of interest, such as oligomeric state, bound ligandy, or the conformation of the protein complex, during the transfer from the solution to the gas phase. This is an essential prerequisite to allow conclusions about the solution state protein complex, based on the gas phase measurements. Therefore, soft ionization techniques are required. While standard methods, such as nESI a matrix-assisted laser desorption/ionization (MALDI) reliably deliver valuable results for soluble proteins, they are not universally applicable to the more challenging matrices which are often required for membrane protein complexes. Generally an artificial membrane mimetic environment is required to maintain a membrane protein complex in its native state outside of the cellular environment[175].[176]With LILBID the analyt is transferred into the mass spectrometer in small droplets (30 or 50 µm diameter) of the sample solution produced by a piezo-driven droplet generator and is desorbed from the aqueous solution by irradiation with a mid-IR laser. This results in biomolecular ions with lower, more native-like charge states in comparison to nESI. At ultra-soft desorption conditions, even weakly interacting subunits of large protein complexes remain associated, so that the mass of the whole complex can be determined. At higher laser intensities, the complex dissociates by termolýza and subunit masses are recorded. A broad range of macromolecular complexes from CEF research areas A, C and D, including complex I, ATP syntáza, drug transporters with binding proteins, iontové kanály, proteorhodopsins and DNA/RNA complexes, have been analysed using LILBID.[177][178][179][180]

Časově rozlišená spektroskopie

Femtosekunda time-resolved spectroscopy was used by CEF scientists to study molecular dynamics and function. This method enables the observation of extremely fast chemical and biological reactions in real time involving a wide variety of molecules from small organic compounds to complex enzymes. Studies included molecular systems like optical switches, natural and non-natural photosynthetic model systems and membrane protein complexes. Fundamental processes in molecular physical chemistry were investigated, such as photoisomerization, energy and electron transfer and reaction dynamics at surfaces. Modern methods in quantum optics for the generation of appropriately shaped and tunable femtosecond pulses in the visible and infrared spectral range were employed and further developed. Examples of these studies include the investigation and deciphering of the dynamics of photoswitchable or photolabile compounds as basis for the design of photoresponsive biomacromolecules, of the primary reaction dynamics of channelrhodopsin-2 (ChR2) and of the conformational dynamics of antibiotic-binding aptamers: Photochromic spiropyrans are organic molecules that can be used for the triggering of biological reactions.[181][182][183][184][185]

Theoretical biophysics and bioinformatics

Method development in theoretical biophysics plays an increasingly important role in the study of macromolecular complexes and has made essential contributions to many studies in the other research areas of CEF. Bridging between fundamental physics, chemistry and biology, CEF scientists studied biomolecular processes over a broad resolution range, from quantum mechanics to chemical kinetics, from atomistic descriptions of physical processes and chemical reactions in molecular dynamics (MD) simulations to highly coarse-grained models of the non-equilibrium operation of molecular machines and network descriptions of protein interactions. Their goal is to develop detailed and quantitative descriptions of key biomolecular processes, including energy conversion, molecular transport, signal transduction, and enzymatic catalysis. Within CEF, they worked in close collaboration with experimental scientists who employ a wide variety of methods. Their computational and theoretical studies aided in the interpretation of increasingly complex measurements, and guided the design of future experiments.[186][187][188][189][190]The interdisciplinary field of bioinformatics opened new perspectives on molecular processes and cellular function. CEF scientists used custom-tailored code and pipelines for fast and efficient analysis[191]of omics data, with a primary focus on protein-RNA interactions and posttranscriptional regulation.[192] [193][194]They also develops algorithms to solve problems in molecular biology, ranging from atomic protein structure analysis to computational systems biology. Their tools leverage on graph theory, Petri nets and Boolean networks[195] [196]with broad applications within CEF. Their collaborations cover diverse topics from plant metabolomics,[197]to human signal transduction networks[198]and the dissection of the macromolecular complexome.[199][200]

Organizace

The CEF Assembly coordinated the research and elected the CEF Speaker and the CEF Board of Directors. The CEF Assembly consisted of the Principal Investigators, Adjunct Investigators, Senior Investigators as well as Associated Members. Speakers of CEF included Werner Müller-Esterl (Nov 2006-Jan 2009), Harald Schwalbe (Feb 2009 - Feb 2013) and Volker Dötsch (March 2013 - October 2019).[201][202]

Publikace

CEF scientists published more than 2600 original research publications (incl. 479 research papers in journals with an impact factor of ≥10) during the Cluster's lifetime. A full list can be found tady.

Honours and prizes awarded to CEF scientists

A full list can be found tady.

externí odkazy

Reference

  1. ^ Editorial (2010). "Method of the Year 2010". Přírodní metody. 8 (1): 1. doi:10.1038/nmeth.f.321.
  2. ^ Editoral (2014). "Light-sheet fluorescence microscopy can image living samples in three dimensions with relatively low phototoxicity and at high speed". Přírodní metody. 12 (1): 1. doi:10.1038/nmeth.3251. PMID  25699311.
  3. ^ Hunte C, Zickermann V, Brandt U (2010). "Functional modules and structural basis of conformational coupling in mitochondrial complex I". Věda. 329 (5990): 448–51. Bibcode:2010Sci...329..448H. doi:10.1126/science.1191046. PMID  20595580. S2CID  11159551.
  4. ^ Zickermann V, Wirth C, Nasiri H, Siegmund K, Schwalbe H, Hunte C, Brandt U (2015). "Mechanistic insight from the crystal structure of mitochondrial complex I". Věda. 347 (6217): 44–49. Bibcode:2015Sci...347...44Z. doi:10.1126/science.1259859. PMID  25554780. S2CID  23582849.
  5. ^ Hahn A, Parey K, Bublitz M, Mills Deryck J, Zickermann V, Vonck J, Kühlbrandt W, Meier T (2016). "Structure of a complete ATP synthase dimer reveals the molecular basis of inner mitochondrial membrane morphology". Mol Cell. 63 (3): 445–56. doi:10.1016/j.molcel.2016.05.037. PMC  4980432. PMID  27373333.
  6. ^ Mühleip AW, Joos F, Wigge C, Frangakis AS, Kühlbrandt W, Davies KM (2016). "Helical arrays of U-shaped ATP synthase dimers form tubular cristae in ciliate mitochondria". Proc Natl Acad Sci USA. 113 (30): 8442–8447. doi:10.1073/pnas.1525430113. PMC  4968746. PMID  27402755.
  7. ^ Murphy BJ, Klusch N, Langer J, Mills DJ, Yildiz O, Kühlbrandt W (2019). "Rotary substates of mitochondrial ATP synthase reveal the basis of flexible F1-Fo coupling". Věda. 364 (6446): eaaw9128. Bibcode:2019Sci...364.9128M. doi:10.1126/science.aaw9128. PMID  31221832. S2CID  195188479.
  8. ^ Hahn A, Vonck J, Mills DJ, Meier T, Kühlbrandt W (2018). "Structure, mechanism, and regulation of the chloroplast ATP synthase". Věda. 360 (6389): 620. doi:10.1126/science.aat4318. PMC  7116070. PMID  29748256.
  9. ^ Davies KM, Strauss M, Daum B, Kief JH, Osiewacz HD, Rycovska A, Zickermann V, Kühlbrandt W (2011). "Macromolecular organization of ATP synthase and complex I in whole mitochondria". Proc Natl Acad Sci USA. 108 (34): 14121–14126. Bibcode:2011PNAS..10814121D. doi:10.1073/pnas.1103621108. PMC  3161574. PMID  21836051.
  10. ^ Davies KM, Blum TB, Kühlbrandt W (2018). "Conserved in situ arrangement of complex I and III2 in mitochondrial respiratory chain supercomplexes of mammals, yeast, and plants". Proc Natl Acad Sci USA. 115 (12): 3024–3029. doi:10.1073/pnas.1720702115. PMC  5866595. PMID  29519876.
  11. ^ Buschmann S, Warkentin E, Xie H, Langer JD, Ermler U, Michel H (2010). "The structure of cbb3 cytochrome oxidase provides insights into proton pumping". Věda. 329 (5989): 327–329. Bibcode:2010Sci...329..327B. doi:10.1126/science.1187303. PMID  20576851. S2CID  5083670.
  12. ^ Safarian S, Rajendran C, Müller H, Preu J, Langer JD, Ovchinnikov S, Hirose T, Kusumoto T, Sakamoto J, Michel H (2016). "Structure of a bd oxidase indicates similar mechanisms for membrane-integrated oxygen reductases". Věda. 352 (6285): 583–586. Bibcode:2016Sci...352..583S. doi:10.1126/science.aaf2477. PMC  5515584. PMID  27126043.
  13. ^ Marcia M, Ermler U, Peng GH, Michel H (2009). "The structure of Aquifex aeolicus sulfide:quinone oxidoreductase, a basis to understand sulfide detoxification and respiration". Proc Natl Acad Sci USA. 106 (24): 9625–9630. Bibcode:2009PNAS..106.9625M. doi:10.1073/pnas.0904165106. PMC  2689314. PMID  19487671.
  14. ^ Bausewein T, Mills DJ, Langer JD, Nitschke B, Nussberger S, Kühlbrandt W (2017). "Cryo-EM structure of the TOM core complex from Neurospora crassa". Buňka. 170 (4): 693–700.e7. doi:10.1016/j.cell.2017.07.012. PMID  28802041.
  15. ^ Diskowski M, Mehdipour AR, Wunnicke D, Mills DJ, Mikusevic V, Bärland N, Hoffmann J, Morgner N, Steinhoff HJ, Hummer G, Vonck J, Hänelt I (2017). "Helical jackknives control the gates of the double-pore K+ uptake system KtrAB". eLife. 6: e24303. doi:10.7554/eLife.24303. PMC  5449183. PMID  28504641.
  16. ^ Schulze S, Koster S, Geldmacher U, Terwisscha van Scheltinga AC, Kühlbrandt W (2010). "Structural basis of Na+-independent and cooperative substrate/product antiport in CaiT" (PDF). Příroda. 467 (7312): 233–6. Bibcode:2010Natur.467..233S. doi:10.1038/nature09310. PMID  20829798. S2CID  4341977.
  17. ^ Ressl S, Terwisscha van Scheltinga AC, Vonrhein C, Ott V, Ziegler C (2009). "Molecular basis of transport and regulation in the Na+/betaine symporter BetP" (PDF). Příroda. 458 (7234): 47–52. Bibcode:2009Natur.458...47R. doi:10.1038/nature07819. PMID  19262666. S2CID  205216142.
  18. ^ Eicher T, Seeger MA, Anselmi C, Zhou W, Brandstätter L, Verrey F, Diederichs K, Faraldo-Gómez JD, Pos KM (2014). "Coupling of remote alternating-access transport mechanisms for protons and substrates in the multidrug efflux pump AcrB". eLife. 3: e03145. doi:10.7554/eLife.03145.001. PMC  4359379. PMID  25248080.
  19. ^ Eicher T, Cha HJ, Seeger MA, Brandstatter L, El-Delik J, Bohnert JA, Kern WV, Verrey F, Grutter MG, Diederichs K, Pos KM (2012). "Transport of drugs by the multidrug transporter AcrB involves an access and a deep binding pocket that are separated by a switch-loop". Proc Natl Acad Sci USA. 109 (15): 5687–92. Bibcode:2012PNAS..109.5687E. doi:10.1073/pnas.1114944109. PMC  3326505. PMID  22451937.
  20. ^ Thomas C, Tampé R (2017). "Structure of the TAPBPR–MHC I complex defines the mechanism of peptide loading and editing". Věda. 358 (6366): 1060–1064. Bibcode:2017Sci...358.1060T. doi:10.1126/science.aao6001. PMID  29025996.
  21. ^ Blees A, Januliene D, Hofmann T, Koller N, Schmidt C, Trowitzsch S, Moeller A, Tampé R (2017). "Structure of the human MHC-I peptide-loading complex". Příroda. 551 (7681): 525–528. Bibcode:2017Natur.551..525B. doi:10.1038/nature24627. PMID  29107940. S2CID  4447406.
  22. ^ Lehnert E, Mao J, Mehdipour AR, Hummer G, Abele R, Glaubitz C, Tampé R (2016). "Antigenic peptide recognition on the human ABC transporter TAP resolved by DNP-enhanced solid-state NMR spectroscopy". J Am Chem Soc. 138 (42): 13967–13974. doi:10.1021/jacs.6b07426. PMID  27659210.
  23. ^ Barth K, Hank S, Spindler PE, Prisner TF, Tampé R, Joseph B (2018). "Conformational coupling and trans-inhibition in the human antigen transporter ortholog TmrAB resolved with dipolar EPR spectroscopy". J Am Chem Soc. 140 (13): 4527–4533. doi:10.1021/jacs.7b12409. PMID  29308886.
  24. ^ Kaur H, Lakatos-Karoly A, Vogel R, Nöll A, Tampé R, Glaubitz C (2016). "Coupled ATPase-adenylate kinase activity in ABC transporters". Nat Commun. 7: 13864. Bibcode:2016NatCo...713864K. doi:10.1038/ncomms13864. PMC  5192220. PMID  28004795.
  25. ^ Hellmich UA, Lyubenova S, Kaltenborn E, Doshi R, van Veen HW, Prisner TF, Glaubitz C (2012). "Probing the ATP hydrolysis cycle of the ABC multidrug transporter LmrA by pulsed EPR spectroscopy". J Am Chem Soc. 134 (13): 5857–62. doi:10.1021/ja211007t. PMID  22397466.
  26. ^ Ong YS, Lakatos A, Becker-Baldus J, Pos KM, Glaubitz C (2013). "Detecting substrates bound to the secondary multidrug efflux pump EmrE by DNP-enhanced solid-state NMR". J Am Chem Soc. 135 (42): 15754–62. doi:10.1021/Ja402605s. PMID  24047229.
  27. ^ Hempelmann F, Hölper S, Verhoefen MK, Woerner AC, Köhler T, Fiedler SA, Pfleger N, Wachtveitl J, Glaubitz C (2011). "The His75-Asp97 cluster in green proteorhodopsin". J Am Chem Soc. 133 (12): 4645–4654. doi:10.1021/ja111116a. PMID  21366243.
  28. ^ Reckel S, Gottstein D, Stehle J, Löhr F, Verhoefen MK, Takeda M, Silvers R, Kainosho M, Glaubitz C, Wachtveitl J, Bernhard F, Schwalbe H, Güntert P, Dötsch V (2011). "Solution NMR structure of proteorhodopsin". Angewandte Chemie International Edition. 50 (50): 11942–11946. doi:10.1002/anie.201105648. PMC  4234116. PMID  22034093.
  29. ^ Maciejko J, Kaur J, Becker-Baldus J, Glaubitz C (2019). "Photocycle-dependent conformational changes in the proteorhodopsin cross-protomer Asp-His-Trp triad revealed by DNP-enhanced MAS-NMR". Proc Natl Acad Sci USA. 116 (17): 8342–8349. doi:10.1073/pnas.1817665116. PMC  6486740. PMID  30948633.
  30. ^ Morgner N, Kleinschroth T, Barth HD, Ludwig B, Brutschy B (2007). "A novel approach to analyze membrane proteins by laser mass spectrometry: From protein subunits to the integral complex". J Am Soc Mass Spectr. 18 (8): 1429–1438. doi:10.1016/j.jasms.2007.04.013. PMID  17544294.
  31. ^ Joedicke L, Mao J, Kuenze G, Reinhart C, Kalavacherla T, Jonker HR, Richter C, Schwalbe H, Meiler J, Preu J, Michel H, Glaubitz C (2018). "The molecular basis of subtype selectivity of human kinin G-protein-coupled receptors". Nat Chem Biol. 14 (3): 284–290. doi:10.1038/nchembio.2551. PMID  29334381.
  32. ^ Dikic I, Elazar Z (2018). "Mechanism and medical implications of mammalian autophagy". Nat Rev Mol Cell Biol. 19 (6): 349–364. doi:10.1038/s41580-018-0003-4. PMID  29618831. S2CID  4594197.
  33. ^ Genau HM, Huber J, Baschieri F, Akutsu M, Dötsch V, Farhan H, Rogov V, Behrends C (2015). "CUL3-KBTBD6/KBTBD7 ubiquitin ligase cooperates with GABARAP proteins to spatially restrict TIAM1-RAC1 signaling". Mol Cell. 57 (6): 995–1010. doi:10.1016/j.molcel.2014.12.040. PMID  25684205.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  34. ^ Wild P, Farhan H, McEwan DG, Wagner S, Rogov VV, Brady NR, Richter B, Korac J, Waidmann O, Choudhary C, Dötsch V, Bumann D, Dikic I (2011). "Phosphorylation of the autophagy receptor optineurin restricts Salmonella growth". Věda. 333 (6039): 228–33. Bibcode:2011Sci...333..228W. doi:10.1126/science.1205405. PMC  3714538. PMID  21617041.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  35. ^ Fiskin E, Bionda T, Dikic I, Behrends C (2016). "Global analysis of host and bacterial ubiquitinome in response to Salmonella Typhimurium infection". Mol Cell. 62 (6): 967–981. doi:10.1016/j.molcel.2016.04.015. PMID  27211868.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  36. ^ Bhogaraju S, Kalayil S, Liu Y, Bonn F, Colby T, Matic I, Dikic I (2016). "Phosphoribosylation of ubiquitin promotes serine ubiquitination and impairs conventional ubiquitination". Buňka. 167 (6): 1636–1649.e13. doi:10.1016/j.cell.2016.11.019. PMID  27912065.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  37. ^ Kalayil S, Bhogaraju S, Bonn F, Shin D, Liu Y, Gan N, Basquin J, Grumati P, Luo Z-Q, Dikic I (2018). "nsights into catalysis and function of phosphoribosyl-linked serine ubiquitination". Příroda. 557 (7707): 734–738. Bibcode:2018Natur.557..734K. doi:10.1038/s41586-018-0145-8. PMC  5980784. PMID  29795347.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  38. ^ Bhogaraju S, Bonn F, Mukherjee R, Adams M, Pfleiderer MM, Galej WP, Matkovic V, Lopez-Mosqueda J, Kalayil S, Shin D, Dikic I (2019). "Inhibition of bacterial ubiquitin ligases by SidJ-calmodulin-catalysed glutamylation". Příroda. 572 (7769): 382–386. Bibcode:2019Natur.572..382B. doi:10.1038/s41586-019-1440-8. PMC  6715450. PMID  31330532.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  39. ^ Khaminets A, Heinrich T, Mari M, Grumati P, Huebner AK, Akutsu M, Liebmann L, Stolz A, Nietzsche S, Koch N, Mauthe M, Katona I, Qualmann B, Weis J, Reggiori F, Kurth I, Hübner CA, Dikic I (2015). "Regulation of endoplasmic reticulum turnover by selective autophagy". Příroda. 522 (7556): 354–8. Bibcode:2015Natur.522..354K. doi:10.1038/nature14498. PMID  26040720. S2CID  4449106.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  40. ^ Bhaskara RM, Grumati P, Garcia-Pardo J, Kalayil S, Covarrubias-Pinto A, Chen W, Kudryashev M, Dikic I, Hummer G (2019). "Curvature induction and membrane remodeling by FAM134B reticulon homology domain assist selective ER-phagy". Nat Commun. 10 (1): 2370. Bibcode:2019NatCo..10.2370B. doi:10.1038/s41467-019-10345-3. PMC  6542808. PMID  31147549.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  41. ^ Husnjak K, Elsasser S, Zhang NX, Chen X, Randles L, Shi Y, Hofmann K, Walters KJ, Finley D, Dikic I (2008). "Proteasome subunit Rpn13 is a novel ubiquitin receptor". Příroda. 453 (7194): 481–488. Bibcode:2008Natur.453..481H. doi:10.1038/nature06926. PMC  2839886. PMID  18497817.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  42. ^ Rahighi S, Ikeda F, Kawasaki M, Akutsu M, Suzuki N, Kato R, Kensche T, Uejima T, Bloor S, Komander D, Randow F, Wakatsuki S, Dikic I (2009). "Specific recognition of linear ubiquitin chains by NEMO is important for NF-κB activation". Buňka. 136 (6): 1098–1109. doi:10.1016/j.cell.2009.03.007. PMID  19303852. S2CID  3683855.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  43. ^ Ikeda F, Deribe YL, Skånland SS, Stieglitz B, Grabbe C, Franz-Wachtel M, van Wijk SJL, Goswami P, Nagy V, Terzic J, Tokunaga F, Androulidaki A, Nakagawa T, Pasparakis M, Iwai K, Sundberg JP, Schaefer L, Rittinger K, Macek B, Dikic I (2011). "SHARPIN forms a linear ubiquitin ligase complex regulating NF-kappa B activity and apoptosis". Příroda. 471 (7340): 637–641. Bibcode:2011Natur.471..637I. doi:10.1038/nature09814. PMC  3085511. PMID  21455181.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  44. ^ von Delbrück M, Kniss A, Rogov VV, Pluska L, Bagola K, Löhr F, Güntert P, Sommer T, Dötsch V (2016). "The CUE domain of Cue1 aligns growing ubiquitin chains with Ubc7 for rapid elongation". Mol Cell. 62 (6): 918–928. doi:10.1016/j.molcel.2016.04.031. PMID  27264873.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  45. ^ van Wijk SJL, Fricke F, Herhaus L, Gupta J, Hötte K, Pampaloni F, Grumati P, Kaulich M, Sou Y-s, Komatsu M, Greten FR, Fulda S, Heilemann M, Dikic I (2017). "Linear ubiquitination of cytosolic Salmonella Typhimurium activates NF-κB and restricts bacterial proliferation". Nat Microbiol. 2 (7): 17066. doi:10.1038/nmicrobiol.2017.66. PMID  28481361. S2CID  1329736.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  46. ^ Kniss A, Schuetz D, Kazemi S, Pluska L, Spindler PE, Rogov VV, Husnjak K, Dikic I, Güntert P, Sommer T, Prisner TF, Dötsch V (2018). "Chain assembly and disassembly processes differently affect the conformational space of ubiquitin chains". Struktura. 26 (2): 249–258.e4. doi:10.1016/j.str.2017.12.011. PMID  29358025.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  47. ^ Deutsch GB, Zielonka EM, Coutandin D, Weber TA, Schäfer B, Hannewald J, Luh LM, Durst FG, Ibrahim M, Hoffmann J, Niesen FH, Sentürk A, Kunkel H, Brutschy B, Schleiff E, Knapp S, Acker-Palmer A, Grez M, McKeon F, Dötsch V (2011). "DNA damage in oocytes induces a switch of the quality control factor TAp63a from dimer to tetramer". Buňka. 144 (4): 566–576. doi:10.1016/j.cell.2011.01.013. PMC  3087504. PMID  21335238.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  48. ^ Coutandin D, Osterburg C, Srivastav RK, Sumyk M, Kehrloesser S, Gebel J, Tuppi M, Hannewald J, Schafer B, Salah E, Mathea S, Müller-Kuller U, Doutch J, Grez M, Knapp S, Dötsch V (2016). "Quality control in oocytes by p63 is based on a spring-loaded activation mechanism on the molecular and cellular level". eLife. 5: e13909. doi:10.7554/eLife.13909. PMC  4876613. PMID  27021569.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  49. ^ Tuppi M, Kehrloesser S, Coutandin DW, Rossi V, Luh LM, Strubel A, Hötte K, Hoffmeister M, Schäfer B, De Oliveira T, Greten F, Stelzer EHK, Knapp S, De Felici M, Behrends C, Klinger FG, Dötsch V (2018). "Oocyte DNA damage quality control requires consecutive interplay of CHK2 and CK1 to activate p63". Nat Struct Mol Biol. 25 (3): 261–269. doi:10.1038/s41594-018-0035-7. PMID  29483652. S2CID  3685994.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  50. ^ Russo C, Osterburg C, Sirico A, Antonini D, Ambrosio R, Würz JM, Rinnenthal J, Ferniani M, Kehrloesser S, Schäfer B, Güntert P, Sinha S, Dötsch V, Missero (2018). "Protein aggregation of the p63 transcription factor underlies severe skin fragility in AEC syndrome". Proc Natl Acad Sci USA. 115 (5): E906–E915. doi:10.1073/pnas.1713773115. PMC  5798343. PMID  29339502.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  51. ^ Benedikt A, Baltruschat S, Scholz B, Bursen A, Arrey TN, Meyer B, Varagnolo L, Müller AM, Karas M, Dingermann T, Marschalek R (2011). "The leukemogenic AF4-MLL fusion protein causes P-TEFb kinase activation and altered epigenetic signatures". Leukémie. 25 (1): 135–44. doi:10.1038/leu.2010.249. PMID  21030982.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  52. ^ Schmidt N, Kowald L, Wijk S, Fulda S (2019). "Differential involvement of TAK1, RIPK1 and NF-kappaB signaling in Smac mimetic-induced cell death in breast cancer cells". Biol Chem. 400 (2): 171–180. doi:10.1515/hsz-2018-0324. PMID  30391931. S2CID  53241442.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  53. ^ Belz K, Schoeneberger H, Wehner S, Weigert A, Bonig H, Klingebiel T, Fichtner I, Fulda S (2014). "Smac mimetic and glucocorticoids synergize to induce apoptosis in childhood ALL by promoting ripoptosome assembly". Krev. 124 (2): 240–50. doi:10.1182/blood-2013-05-500918. PMID  24855207.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  54. ^ Müller S, Ackloo S, Arrowsmith CH, Bauser M, Baryza JL, Blagg J, Böttcher J, Bountra C, Brown PJ, Bunnage ME, Carter AJ, Damerell D, Dötsch V, Drewry DH, Edwards AM, Edwards J, Elkins JM, Fischer C, Frye SV, Gollner A, Grimshaw CE, Ijzerman A, Hanke T, Hartung IV, Hitchcock S, Howe T, Hughes TV, Laufer S, Li VMJ, Liras S, Marsden BD, Matsui H, Mathias J, O'Hagan RC, Owen DR, Pande V, Rauh D, Rosenberg SH, Roth BL, Schneider NS, Scholten C, Singh Saikatendu K, Simeonov A, Takizawa M, Tse C, Thompson PR, Treiber DK, Viana AYI, Wells CI, Willson TM, Zuercher WJ, Knapp S, Mueller-Fahrnow A (2018). "Donated chemical probes for open science". eLife. 7: e34311. doi:10.7554/eLife.34311. PMC  5910019. PMID  29676732.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  55. ^ Wu Q, Heidenreich D, Zhou S, Ackloo S, Krämer A, Nakka K, Lima-Fernandes E, Deblois G, Duan S, Vellanki RN, Li F, Vedadi M, Dilworth J, Lupien M, Brennan PE, Arrowsmith CH, Müller S, Fedorov O, Filippakopoulos P, Knapp S (2019). "A chemical toolbox for the study of bromodomains and epigenetic signaling". Nat Commun. 10 (10: 1915): 1915. Bibcode:2019NatCo..10.1915W. doi:10.1038/s41467-019-09672-2. PMC  6478789. PMID  31015424.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  56. ^ Sawamiphak S, Seidel S, Essmann CL, Wilkinson GA, Pitulescu ME, Acker T, Acker-Palmer A (2010). "Ephrin-B2 regulates VEGFR2 function in developmental and tumour angiogenesis". Příroda. 465 (7297): 487–91. Bibcode:2010Natur.465..487S. doi:10.1038/nature08995. PMID  20445540. S2CID  4423684.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  57. ^ Essmann CL, Martinez E, Geiger JC, Zimmer M, Traut MH, Stein V, Klein R, Acker-Palmer A (2008). "Serine phosphorylation of ephrinB2 regulates trafficking of synaptic AMPA receptors". Nat Neurosci. 11 (9): 1035–1043. doi:10.1038/nn.2171. PMID  19160501. S2CID  698572.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  58. ^ Stefer S, Reitz S, Wang F, Wild K, Pang YY, Schwarz D, Bomke J, Hein C, Löhr F, Bernhard F, Denic V, Dötsch V, Sinning I (2011). "Structural basis for tail-anchored membrane protein biogenesis by the Get3-receptor complex". Věda. 333 (6043): 758–62. Bibcode:2011Sci...333..758S. doi:10.1126/science.1207125. PMC  3601824. PMID  21719644.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  59. ^ Cherepanov AV, Glaubitz C, Schwalbe H (2010). "High-resolution studies of uniformly 13C,15N-labeled RNA by solid-state NMR spectroscopy". Angewandte Chemie International Edition. 49 (28): 4747–50. doi:10.1002/anie.200906885. PMID  20533472.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  60. ^ Schnieders R, Wolter AC, Richter C, Wöhnert J, Schwalbe H, Fürtig B (2019). "Novel (13) C-detected NMR experiments for the precise detection of RNA structure". Angewandte Chemie International Edition. 58 (27): 9140–9144. doi:10.1002/anie.201904057. PMC  6617721. PMID  31131949.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  61. ^ Buck J, Fürtig B, Noeske J, Wöhnert J, Schwalbe H (2007). "Time-resolved NMR methods resolving ligand-induced RNA folding at atomic resolution". Proc Natl Acad Sci USA. 104 (40): 15699–704. Bibcode:2007PNAS..10415699B. doi:10.1073/pnas.0703182104. PMC  2000436. PMID  17895388.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  62. ^ Krstic I, Frolow O, Sezer D, Endeward B, Weigand JE, Suess B, Engels JW, Prisner TF (2010). "PELDOR spectroscopy reveals preorganization of the neomycin-responsive riboswitch tertiary structure". J Am Chem Soc. 132 (5): 1454–5. doi:10.1021/ja9077914. PMID  20078041.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  63. ^ Schiemann O, Piton N, Plackmeyer J, Bode BE, Prisner TF, Engels JW (2007). "Spin labeling of oligonucleotides with the nitroxide TPA and use of PELDOR, a pulse EPR method, to measure intramolecular distances". Nat Protoc. 2 (4): 904–23. doi:10.1038/nprot.2007.97. PMID  17446891. S2CID  6442268.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  64. ^ Weinrich T, Jaumann EA, Scheffer U, Prisner TF, Göbel MW (2018). "A cytidine phosphoramidite with protected nitroxide spin label: synthesis of a full-length TAR RNA and investigation by in-line probing and EPR spectroscopy". Chemie. 24 (23): 6202–6207. doi:10.1002/chem.201800167. PMID  29485736.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  65. ^ Förster U, Grunewald C, Engels JW, Wachtveitl J (2010). "Ultrafast dynamics of 1-ethynylpyrene-modified RNA: a photophysical probe of intercalation". J Phys Chem B. 114 (35): 11638–45. doi:10.1021/jp103176q. PMID  20707369.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  66. ^ Gustmann H, Segler AJ, Gophane DB, Reuss AJ, Grünewald C, Braun M, Weigand JE, Sigurdsson ST, Wachtveitl J (2019). "Structure guided fluorescence labeling reveals a two-step binding mechanism of neomycin to its RNA aptamer". Nucleic Acids Res. 47 (1): 15–28. doi:10.1093/nar/gky1110. PMC  6326822. PMID  30462266.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  67. ^ Reining A, Nozinovic S, Schlepckow K, Buhr F, Fürtig B, Schwalbe H (2013). "Three-state mechanism couples ligand and temperature sensing in riboswitches". Příroda. 499 (7458): 355–9. Bibcode:2013Natur.499..355R. doi:10.1038/Nature12378. PMID  23842498. S2CID  4414719.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  68. ^ Ferner J, Suhartono M, Breitung S, Jonker HRA, Hennig M, Wöhnert J, Gobel M, Schwalbe H (2009). "Structures of HIV TAR RNA-ligand complexes reveal higher binding stoichiometries". ChemBioChem. 10 (9): 1490–1494. doi:10.1002/cbic.200900220. PMID  19444830. S2CID  44300779.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  69. ^ Morgner N, Barth HD, Brutschy B, Scheffer U, Breitung S, Gobel M (2008). "Binding sites of the viral RNA element TAR and of TAR mutants for various peptide ligands, probed with LILBID: A new laser mass spectrometry". J Am Soc Mass Spectr. 19 (11): 1600–1611. doi:10.1016/j.jasms.2008.07.001. PMID  18693035.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  70. ^ Manoharan V, Fürtig B, Jaschke A, Schwalbe H (2009). "Metal-induced folding of diels-alderase ribozymes studied by static and time-resolved NMR spectroscopy". J Am Chem Soc. 131 (17): 6261–6270. doi:10.1021/ja900244x. PMID  19354210.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  71. ^ Kortmann J, Sczodrok S, Rinnenthal J, Schwalbe H, Narberhaus F (2011). "Translation on demand by a simple RNA-based thermosensor". Nucleic Acids Res. 39 (7): 2855–2868. doi:10.1093/nar/gkq1252. PMC  3074152. PMID  21131278.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  72. ^ Duchardt-Ferner E, Weigand JE, Ohlenschlager O, Schtnidtke SR, Suess B, Wöhnert J (2010). "Highly modular structure and ligand binding by conformational capture in a minimalistic riboswitch". Angewandte Chemie International Edition. 49 (35): 6216–6219. doi:10.1002/anie.201001339. PMID  20632338.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  73. ^ Steinert H, Sochor F, Wacker A, Buck J, Helmling C, Hiller F, Keyhani S, Noeske J, Grimm SK, Rudolph MM, Keller H, Mooney RA, Landick R, Suess B, Fürtig B, Wöhnert J, Schwalbe H (2017). "Pausing guides RNA folding to populate transiently stable RNA structures for riboswitch-based transcription regulation". eLife. 6: e21297. doi:10.7554/eLife.21297. PMC  5459577. PMID  28541183.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  74. ^ Neyer S, Kunz M, Geiss C, Hantsche M, Hodirnau V-V, Seybert A, Engel C, Scheffer MP, Cramer P, Frangakis AS (2016). "Structure of RNA polymerase I transcribing ribosomal DNA genes". Příroda. 540 (7634): 607–610. Bibcode:2016Natur.540..607N. doi:10.1038/nature20561. PMID  27842382. S2CID  205252425.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  75. ^ Meyer B, Wurm JP, Kotter P, Leisegang MS, Schilling V, Buchhaupt M, Held M, Bahr U, Karas M, Heckel A, Bohnsack MT, Wöhnert J, Entian KD (2011). "The Bowen-Conradi syndrome protein Nep1 (Emg1) has a dual role in eukaryotic ribosome biogenesis, as an essential assembly factor and in the methylation of Psi 1191 in yeast 18S rRNA". Nucleic Acids Res. 39 (4): 1526–37. doi:10.1093/nar/gkq931. PMC  3045603. PMID  20972225.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  76. ^ Wurm JP, Meyer B, Bahr U, Held M, Frolow O, Kotter P, Engels JW, Heckel A, Karas M, Entian KD, Wöhnert J (2010). "The ribosome assembly factor Nep1 responsible for Bowen-Conradi syndrome is a pseudouridine-N1-specific methyltransferase". Nucleic Acids Res. 38 (7): 2387–98. doi:10.1093/nar/gkp1189. PMC  2853112. PMID  20047967.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  77. ^ Bohnsack MT, Martin R, Granneman S, Ruprecht M, Schleiff E, Tollervey D (2009). "Prp43 bound at different sites on the pre-rRNA performs distinct functions in ribosome synthesis". Mol Cell. 36 (4): 583–92. doi:10.1016/j.molcel.2009.09.039. PMC  2806949. PMID  19941819.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  78. ^ Palm D, Streit D, Shanmugam T, Weis BL, Ruprecht M, Simm S, Schleiff E (2018) Plant-specific ribosome biogenesis factors in Arabidopsis thaliana with essential function in rRNA processing. Nucleic Acids Res 47: 1880–1895. http://dx.doi.org/10.1093/nar/gky1261 (2019). "Plant-specific ribosome biogenesis factors in Arabidopsis thaliana with essential function in rRNA processing". Nucleic Acids Res. 47 (4): 1880–1895. doi:10.1093/nar/gky1261. PMC  6393314. PMID  30576513.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  79. ^ Weis BL, Missbach S, Marzi J, Bohnsack MT, Schleiff E (2014). "The 60S associated ribosome biogenesis factor LSG1-2 is required for 40S maturation in Arabidopsis thaliana". Rostlina J. 80 (6): 1043–56. doi:10.1111/tpj.12703. PMID  25319368.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  80. ^ Endesfelder U, Finan K, Holden SJ, Cook PR, Kapanidis AN, Heilemann M (2013). "Multiscale spatial organization of RNA polymerase in Escherichia coli". Biophys J. 105 (1): 172–181. Bibcode:2013BpJ...105..172E. doi:10.1016/j.bpj.2013.05.048. PMC  3699759. PMID  23823236.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  81. ^ Stellos K, Gatsiou A, Stamatelopoulos K, Perisic Matic L, John D, Lunella FF, Jae N, Rossbach O, Amrhein C, Sigala F, Boon RA, Furtig B, Manavski Y, You X, Uchida S, Keller T, Boeckel JN, Franco-Cereceda A, Maegdefessel L, Chen W, Schwalbe H, Bindereif A, Eriksson P, Hedin U, Zeiher AM, Dimmeler S (2016). "Adenosine-to-inosine RNA editing controls cathepsin S expression in atherosclerosis by enabling HuR-mediated post-transcriptional regulation". Nat Med. 22 (10): 1140–1150. doi:10.1038/nm.4172. PMID  27595325. S2CID  3397638.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  82. ^ Müller-McNicoll M, Botti V, Domingues AMD, Brandl H, Schwich OD, Steiner MC, Curk T, Poser I, Zarnack K, Neugebauer KM (2016). "SR proteins are NXF1 adaptors that link alternative RNA processing to mRNA export". Genes Dev. 30 (5): 553–66. doi:10.1101/gad.276477.115. PMC  4782049. PMID  26944680.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  83. ^ Braun S, Enculescu M, Setty ST, Cortes-Lopez M, de Almeida BP, Sutandy FXR, Schulz L, Busch A, Seiler M, Ebersberger S, Barbosa-Morais NL, Legewie S, König J, Zarnack K (2018). "Decoding a cancer-relevant splicing decision in the RON proto-oncogene using high-throughput mutagenesis". Nat Commun. 9 (1): 3315. Bibcode:2018NatCo...9.3315B. doi:10.1038/s41467-018-05748-7. PMC  6098099. PMID  30120239.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  84. ^ Sambandan S, Akbalik G, Kochen L, Rinne J, Kahlstatt J, Glock C, Tushev G, Alvarez-Castelao B, Heckel A, Schuman EM (2017). "Activity-dependent spatially localized miRNA maturation in neuronal dendrites". Věda. 355 (6325): 634–637. Bibcode:2017Sci...355..634S. doi:10.1126/science.aaf8995. PMID  28183980. S2CID  17159252.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  85. ^ Boon RA, Hofmann P, Michalik KM, Lozano-Vidal N, Berghauser D, Fischer A, Knau A, Jae N, Schurmann C, Dimmeler S (2016). „Dlouhá nekódující RNA Meg3 řídí stárnutí endoteliálních buněk a implikace funkce pro regenerační angiogenezi“. J Am Coll Cardiol. 68 (23): 2589–2591. doi:10.1016 / j.jacc.2016.09.949. PMID  27931619.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  86. ^ Michalik KM, You X, Manavski Y, Doddaballapur A, Zörnig M, Braun T, John D, Ponomareva Y, Chen W, Uchida S, Boon RA, Dimmeler S (2014). „Dlouhá nekódující RNA MALAT1 reguluje funkci endoteliálních buněk a růst cév“. Circ Res. 114 (9): 1389–1397. doi:10.1161 / circresaha.114.303265. PMID  24602777.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  87. ^ Cremer S, Michalik KM, Fischer A, Pfisterer L, Jaé N, Winter C, Boon RA, Muhly-Reinholz M, John D, Uchida S, Weber C, Poller W, Günther S, Braun T, Li DY, Maegdefessel L, Matic Perisic L, Hedin U, Soehnlein O, Zeiher A, Dimmeler S (2019). „Deficit hematopoézy u dlouhé nekódující RNA MALAT1 podporuje aterosklerózu a zánět plaků“. Oběh. 139 (10): 1320–1334. doi:10.1161 / oběhaha.117.029015. PMID  30586743. S2CID  58561771.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  88. ^ Nagel G, Szellas T, Huhn W, Kateriya S, Adeishvili N, Berthold P, Ollig D, Hegemann P, Bamberg E (2003). „Channelrhodopsin-2, přímo světelně řízený kation-selektivní membránový kanál“. Proc Natl Acad Sci USA. 100 (24): 13940–5. Bibcode:2003PNAS..10013940N. doi:10.1073 / pnas.1936192100. PMC  283525. PMID  14615590.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  89. ^ Boyden ES, Zhang F, Bamberg E, Nagel G, Deisseroth K (2005). "Milisekundový čas, geneticky cílená optická kontrola nervové aktivity". Nat Neurosci. 8 (9): 1263–1268. doi:10.1038 / nn1525. PMID  16116447. S2CID  6809511.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  90. ^ Feldbauer K, Zimmermann D, Pintschovius V, Spitz J, Bamann C, Bamberg E (2009). „Channelrhodopsin-2 je děravá protonová pumpa“. Proc Natl Acad Sci USA. 106 (30): 12317–12322. Bibcode:2009PNAS..10612317F. doi:10.1073 / pnas.0905852106. PMC  2718366. PMID  19590013.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  91. ^ Lorenz-Fonfria VA, Resler T, Krause N, Nack M, Gossing M, Fischer von Mollard G, Bamann C, Bamberg E, Schlesinger R, Heberle J (2013). „Přechodné změny protonace v kanálu rhodopsinu-2 a jejich význam pro hradlování kanálu“. Proc Natl Acad Sci USA. 110 (14): E1273-81. Bibcode:2013PNAS..110E1273L. doi:10.1073 / pnas.1219502110. PMC  3619329. PMID  23509282.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  92. ^ Neumann-Verhoefen MK, Neumann K, Bamann C, Radu I, Heberle J, Bamberg E, Wachtveitl J (2013). „Ultrarychlá infračervená spektroskopie na kanálu rhodopsinu-2 odhaluje účinný přenos energie z chromoforu sítnice na protein“. J Am Chem Soc. 135 (18): 6968–6976. doi:10.1021 / Ja400554y. PMID  23537405.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  93. ^ Kleinlogel S, Terpitz U, Legrum B, Gokbuget D, Boyden ES, Bamann C, Wood PG, Bamberg E (2011). „Strategie genové fúze pro stechiometrickou a ko-lokalizovanou expresi membránových proteinů se světelnou bránou“. Nat metody. 8 (12): 1083–1088. doi:10.1038 / nmeth.1766. PMID  22056675. S2CID  11567708.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  94. ^ Zhang F, Wang LP, Brauner M, Liewald JF, Kay K, Watzke N, Wood PG, Bamberg E, Nagel G, Gottschalk A, Deisseroth K (2007). "Multimodální rychlý optický dotaz neurálních obvodů". Příroda. 446 (7136): 633–9. Bibcode:2007Natur.446..633Z. doi:10.1038 / nature05744. PMID  17410168. S2CID  4415339.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  95. ^ Oranth A, Schultheis C, Tolstenkov O, Erbguth K, Nagpal J, Hain D, Brauner M, Wabnig S, Steuer Costa W, McWhirter RD, Zels S, Palumbos S, Miller Iii DM, Beets I, Gottschalk A (2018). „Senzace jídla moduluje pohyb pomocí dopaminové a neuropeptidové signalizace v distribuované neuronové síti“. Neuron. 100 (6): 1414–1428. doi:10.1016 / j.neuron.2018.10.024. PMID  30392795.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  96. ^ Stirman JN, Crane MM, Husson SJ, Wabnig S, Schultheis C, Gottschalk A, Lu H (2011). „Multimodální optická kontrola v reálném čase neuronů a svalů u volně se chujících Caenorhabditis elegans“. Nat metody. 8 (2): 153–8. doi:10.1038 / nmeth.1555. PMC  3189501. PMID  21240278.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  97. ^ Liewald JF, Brauner M, Stephens GJ, Bouhours M, Schultheis C, Zhen M, Gottschalk A (2008). "Optogenetická analýza synaptické funkce". Nat metody. 5 (10): 895–902. doi:10.1038 / nmeth.1252. PMID  18794862. S2CID  17102550.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  98. ^ Kittelmann M, Liewald JF, Hegermann J, Schultheiss C, Brauner M, Steuer Costa W, Wabnig S, Eimer S, Gottschalk A (2013). „In vivo synaptické zotavení po optogenetické hyperstimulaci“. Proc Natl Acad Sci USA. 110 (32): E3007-16. Bibcode:2013PNAS..110E3007K. doi:10.1073 / pnas.1305679110. PMC  3740886. PMID  23878262.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  99. ^ Azimi Hashemi N, Bergs ACF, Schüler C, Scheiwe AR, Steuer Costa W, Bach M, Liewald JF, Gottschalk A (2019). „Nástroje pro zobrazování napětí na bázi rhodopsinu pro použití ve svalech a neuronech Caenorhabditis elegans“. Proc Natl Acad Sci USA. 116 (34): 17051–17060. doi:10.1073 / pnas.1902443116. PMC  6708366. PMID  31371514.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  100. ^ AzimiHashemi N, Erbguth K, Vogt A, Riemensperger T, Rauch E, Woodmansee D, Nagpal J, Brauner M, Sheves M, Fiala A, Kattner L, Trauner D, Hegemann P, Gottschalk A, Liewald JF (2014). „Syntetické analogy sítnice modifikují spektrální a kinetické vlastnosti mikrobiálních rhodopsinových optogenetických nástrojů“. Nat Commun. 5: 5810. Bibcode:2014NatCo ... 5.5810A. doi:10.1038 / Ncomms6810. PMID  25503804.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  101. ^ Gao SQ, Nagpal J, Schneider MW, Kozjak-Pavlovic V, Nagel G, Gottschalk A (2015). „Optogenetická manipulace s cGMP v buňkách a zvířatech pomocí přísně světelně regulovaného guanylyl-cyklázového opsinu CyclOp“. Nat Commun. 6: 8046. Bibcode:2015NatCo ... 6.8046G. doi:10.1038 / ncomms9046. PMC  4569695. PMID  26345128.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  102. ^ Verhoefen MK, Bamann C, Blöcher R, Förster U, Bamberg E, Wachtveitl J (2010). "Fotocyklus channelrhodopsinu-2: ultrarychlá dynamika reakce a následné reakční kroky". ChemPhysChem. 11 (14): 3113–22. doi:10.1002 / cphc.201000181. PMID  20730849.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  103. ^ Volkov O, Kovalev K, Polovinkin V, Borshchevskiy V, Bamann C, Astashkin R, Marin E, Popov A, Balandin T, Willbold D, Buldt G, Bamberg E, Gordeliy V (2017). "Strukturální pohledy na vodivost iontů kanálrhodopsinem 2". Věda. 358 (6366): eaan8862. doi:10.1126 / science.aan8862. PMID  29170206.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  104. ^ Kleinlogel S, Feldbauer K, Dempski RE, Fotis H, Wood PG, Bamann C, Bamberg E (2011). „Ultra citlivý na světlo a rychlá aktivace neuronů s Ca (2 +) - propustný kanál rhodopsin CatCh“ (PDF). Nat Neurosci. 14 (4): 513–8. doi:10.1038 / nn.2776. PMID  21399632. S2CID  5907240.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  105. ^ Becker-Baldus J, Bamann C, Saxena K, Gustmann H, Brown LJ, Brown RCD, Reiter C, Bamberg E, Wachtveitl J, Schwalbe H, Glaubitz C (2015). "Osvětlení fotoaktivního místa channelrhodopsinu-2 pomocí DNP-zesílené NMR spektroskopie v pevné fázi". Proc Natl Acad Sci USA. 112 (32): 9896–901. Bibcode:2015PNAS..112.9896B. doi:10.1073 / pnas.1507713112. PMC  4538646. PMID  26216996.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  106. ^ Bamann C, Bamberg E, Wachtveitl J, Glaubitz C (2014). "Proteorhodopsin". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - bioenergetika. 1837 (5): 614–25. doi:10.1016 / j.bbabio.2013.09.010. PMID  24060527.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  107. ^ Mao JF, Do NN, Scholz F, Reggie L, Mehler M, Lakatos A, Ong YS, Ullrich SJ, Brown LJ, Brown RCD, Becker-Baldus J, Wachtveitl J, Glaubitz C (2014). "Strukturní základ přepínání zeleno-modré barvy v proteorhodopsinu stanovený NMR spektroskopií". J Am Chem Soc. 136 (50): 17578–17590. doi:10.1021 / ja5097946. PMID  25415762.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  108. ^ Maciejko J, Mehler M, Kaur J, Lieblein T, Morgner N, Ouari O, Tordo P, Becker-Baldus J, Glaubitz C (2015). „Vizualizace specifických interakcí mezi protomery v homo-oligomerním membránovém proteinu proteorhodopsinu pomocí NMR v pevné fázi s dynamickou nukleární polarizací“. J Am Chem Soc. 137 (28): 9032–9043. doi:10.1021 / jacs.5b03606. PMID  26102160.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  109. ^ Maciejko J, Kaur J, Becker-Baldus J, Glaubitz C (2019). „Konformační změny závislé na fotocyklu v trojici proteorhodopsinových křížových protomerů Asp-His-Trp odhalené MAS-NMR vylepšenou DNP“. Proc Natl Acad Sci USA. 116 (17): 8342–8349. doi:10.1073 / pnas.1817665116. PMC  6486740. PMID  30948633.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  110. ^ Hempelmann F, Hölper S, Verhoefen MK, Woerner AC, Köhler T, Fiedler SA, Pfleger N, Wachtveitl J, Glaubitz C (2011). "Klastr His75-Asp97 v zeleném proteorhodopsinu". J Am Chem Soc. 133: 4645–4654. doi:10.1021 / ja111116a. PMID  21366243.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  111. ^ Mehler M, Eckert CE, Leeder AJ, Kaur J, Fischer T, Kubatova N, Brown LJ, Brown RCD, Becker-Baldus J, Wachtveitl J, Glaubitz C (2017). „Chromoforová zkreslení ve fotointermediátech proteorhodopsinu vizualizovaná pomocí dynamické nukleární NMR s vylepšenou nukleární polarizací“ (PDF). J Am Chem Soc. 139 (45): 16143–16153. doi:10.1021 / jacs.7b05061. PMID  29027800.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  112. ^ Azimi Hashemi N, Erbguth K, Vogt A, Riemensperger T, Rauch E, Woodmansee D, Nagpal J, Brauner M, Sheves M, Fiala A, Kattner L, Trauner D, Hegemann P, Gottschalk A, Liewald JF (2014). „Syntetické analogy sítnice modifikují spektrální a kinetické vlastnosti mikrobiálních rhodopsinových optogenetických nástrojů“. Nat Commun. 5: 5810. Bibcode:2014NatCo ... 5.5810A. doi:10.1038 / Ncomms6810. PMID  25503804.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  113. ^ Gao SQ, Nagpal J, Schneider MW, Kozjak-Pavlovic V, Nagel G, Gottschalk A (2015). „Optogenetická manipulace s cGMP v buňkách a zvířatech pomocí přísně světelně regulovaného guanylyl-cyklázového opsinu CyclOp“. Nat Commun. 6: 8046. Bibcode:2015NatCo ... 6.8046G. doi:10.1038 / ncomms9046. PMC  4569695. PMID  26345128.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  114. ^ Husson SJ, Steuer Costa W, Wabnig S, Stirman JN, Watson JD, Spencer WC, Akerboom J, Looger LL, Treinin M, Miller III DM, Lu H, Gottschalk A (2012). „Optogenetická analýza nociceptorového neuronu a sítě odhaluje iontové kanály působící za primárními senzory“. Curr Biol. 22 (9): 743–52. doi:10.1016 / j.cub.2012.02.066. PMC  3350619. PMID  22483941.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  115. ^ Oranth A, Schultheis C, Tolstenkov O, Erbguth K, Nagpal J, Hain D, Brauner M, Wabnig S, Steuer Costa W, McWhirter RD, Zels S, Palumbos S, Miller Iii DM, Beets I, Gottschalk A (2018). „Senzace jídla moduluje pohyb pomocí dopaminové a neuropeptidové signalizace v distribuované neuronové síti“. Neuron. 100 (6): 1414–1428.e10. doi:10.1016 / j.neuron.2018.10.024. PMID  30392795.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  116. ^ Steuer Costa W, Van der Auwera P, Glock C, Liewald JF, Bach M, Schüler C, Wabnig S, Oranth A, Masurat F, Bringmann H, Schoofs L, Stelzer EHK, Fischer SC, Gottschalk A (2019). „GABAergní a peptidergický spánkový neuron jako lokomoční zastavovací neuron s rozdělenou dynamikou Ca2 +“. Nat Commun. 10 (1): 4095. Bibcode:2019NatCo..10.4095S. doi:10.1038 / s41467-019-12098-5. PMC  6736843. PMID  31506439.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  117. ^ Buff MCR, Schäfer F, Wulffen B, Müller J, Pötzsch B, Heckel A, Mayer G (2010). „Závislost aktivity aptameru na protilehlých koncových rozšířeních: zlepšení účinnosti regulace světla“. Nucleic Acids Res. 38 (6): 2111–8. doi:10.1093 / nar / gkp1148. PMC  2847219. PMID  20007153.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  118. ^ Joshi KB, Vlachos A, Mikat V, Deller T, Heckel A (2012). "Světelně aktivovatelné molekulární majáky se sekvencí smyčky v kleci". Chem Commun. 48 (22): 2746–8. doi:10.1039 / c2cc16654b. PMID  22159276.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  119. ^ Lotz TS, Halbritter T, Kaiser C, Rudolph MM, Kraus L, Groher F, Steinwand S, Wachtveitl J, Heckel A, Suess B (2019). „Světlo reagující aptamer RNA pro azobenzenový derivát“. Nucleic Acids Res. 47 (4): 2029–2040. doi:10.1093 / nar / gky1225. PMC  6393235. PMID  30517682.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  120. ^ Rohrbach F, Schäfer F, Fichte MAH, Pfeiffer F, Müller J, Pötzsch B, Heckel A, Mayer G (2013). "Aptamerem naváděná klece pro selektivní maskování proteinových domén". Angewandte Chemie International Edition. 52 (45): 11912–11915. doi:10,1002 / anie.201306686. PMID  24127310.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  121. ^ Seyfried P, Eiden L, Grebenovsky N, Mayer G, Heckel A (2017). "Fotoethery pro (multi-) cyklické konformační kleování dlouhých oligonukleotidů". Angewandte Chemie International Edition. 56 (1): 359–363. doi:10.1002 / anie.201610025. PMID  27897376.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  122. ^ Keyhani S, Goldau T, Blümler A, Heckel A, Schwalbe H (2018). „Chemoenzymatická syntéza pozičně specificky modifikované RNA pro biofyzikální studie včetně kontroly světla a NMR spektroskopie“. Angewandte Chemie International Edition. 57 (37): 12017–12021. doi:10,1002 / anie.201807125. PMID  30007102.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  123. ^ Helmling C, Klötzner DP, Sochor F, Mooney RA, Wacker A, Landick R, Fürtig B, Heckel A, Schwalbe H (2018). „Doba života metastabilních stavů řídí regulační signalizaci v transkripčních riboswitchech“. Nat Commun. 9 (1): 944. Bibcode:2018NatCo ... 9..944H. doi:10.1038 / s41467-018-03375-w. PMC  5838219. PMID  29507289.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  124. ^ Steinert HS, Schäfer F, Jonker HR, Heckel A, Schwalbe H (2014). „Vliv absolutní konfigurace cytosinu v kleci NPE na stabilitu jednoho páru bází DNA“. Angewandte Chemie International Edition. 53 (4): 1072–1075. doi:10,1002 / anie.201307852. PMID  24339185.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  125. ^ Schäfer F, Joshi KB, Fichte MAH, Mack T, Wachtveitl J, Heckel A (2011). "Selektivní uvolnění vlnových délek zbytků dA a dC". Org Lett. 13 (6): 1450–3. doi:10.1021 / ol200141v. PMID  21341754.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  126. ^ Fichte MAH, Weyel XMM, Junek S, Schäfer F, Herbivo C, Goeldner M, Specht A, Wachtveitl J, Heckel A (2016). "Trojrozměrná kontrola hybridizace DNA ortogonálním dvoubarevným dvoufotonovým odblokováním". Angewandte Chemie International Edition. 55 (31): 8948–8952. doi:10,1002 / anie.201603281. PMID  27294300.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  127. ^ Becker Y, Unger E, Fichte MAH, Gacek DA, Dreuw A, Wachtveitl J, Walla PJ, Heckel A (2018). „Red-shifted two-photon-only caging group for trojrozměrný fotorelease“. Chem Sci. 9 (10): 2797–2802. doi:10.1039 / c7sc05182d. PMC  5914290. PMID  29732066.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  128. ^ Thevarpadam J, Bessi I, Binas O, Gonçalves DPN, Slavov C, Jonker HRA, Richter C, Wachtveitl J, Schwalbe H, Heckel A (2016). "Fotoresponzivní tvorba intermolekulárního minimálního motivu G-kvadruplexu". Angewandte Chemie International Edition. 55 (8): 2738–2742. doi:10.1002 / anie.201510269. PMID  26805928.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  129. ^ Sambandan S, Akbalik G, Kochen L, Rinne J, Kahlstatt J, Glock C, Tushev G, Alvarez-Castelao B, Heckel A, Schuman EM (2017). "Prostorově lokalizované dozrávání miRNA v neuronálních dendritech závislé na aktivitě". Věda. 355 (6325): 634–637. Bibcode:2017Sci ... 355..634S. doi:10.1126 / science.aaf8995. PMID  28183980. S2CID  17159252.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  130. ^ Lucas T, Schäfer F, Müller P, Emig S, Heckel A, Dimmeler S (2017). „Světlem indukovatelný antimiR-92a jako terapeutická strategie na podporu opravy kůže u diabetických myší s poruchou hojení“. Nat Commun. 8: 15162. Bibcode:2017NatCo ... 815162L. doi:10.1038 / ncomms15162. PMC  5418571. PMID  28462946.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  131. ^ Ackermann D, Schmidt TL, Hannam JS, Purohit CS, Heckel A, Famulok M (2010). „Dvouvláknový DNA rotaxan“. Nat Nanotechnol. 5 (6): 436–42. Bibcode:2010NatNa ... 5..436A. doi:10.1038 / nnano.2010.65. PMID  20400967.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  132. ^ Grebenovsky N, Goldau T, Bolte M, Heckel A (2018). „Světelná regulace dimerizace minikruhů DNA využitím azobenzenových C-nukleosidů“. Chemie. 24 (14): 3425–3428. doi:10.1002 / chem.201706003. PMID  29418024.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  133. ^ Schmidt TL, Koeppel MB, Thevarpadam J, Goncalves DPN, Heckel A (2011). "Světelná spoušť pro nanotechnologie DNA". MALÝ. 7 (15): 2163–7. doi:10.1002 / smll.201100182. PMID  21638782.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  134. ^ Reining A, Nozinovic S, Schlepckow K, Buhr F, Fürtig B, Schwalbe H (2013). "Třístupňový mechanismus spojuje snímání ligandu a teploty v riboswitchi". Příroda. 499 (7458): 355–9. Bibcode:2013 Natur.499..355R. doi:10.1038 / Příroda12378. PMID  23842498. S2CID  4414719.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  135. ^ Diederichs T, Pugh G, Dorey A, Xing Y, Burns JR, Hung Nguyen Q, Tornow M, Tampé R, Howorka S (2019). „Syntetické proteinově vodivé membránové nanopóry vyrobené s DNA“. Nat Commun. 10 (1): 5018. Bibcode:2019NatCo..10.5018D. doi:10.1038 / s41467-019-12639-r. PMC  6828756. PMID  31685824.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  136. ^ Grunwald C, Schulze K, Reichel A, Weiss VU, Blaas D, Piehler J, Wiesmüller KH, Tampé R (2010). „In situ sestava makromolekulárních komplexů spouštěná světlem“. Proc Natl Acad Sci USA. 107 (14): 6146–6151. Bibcode:2010PNAS..107,6146G. doi:10.1073 / pnas.0912617107. PMC  2852015. PMID  20200313.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  137. ^ Klein A, Hank S, Raulf A, Joest EF, Tissen F, Heilemann M, Wieneke R, Tampé R (2018). „Označování endogenních proteinů živými buňkami s přesností na nanometry pomocí transdukovaných nanočástic“. Chem Sci. 9 (40): 7835–7842. doi:10.1039 / C8SC02910E. PMC  6194584. PMID  30429993.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  138. ^ Kollmannsperger A, Sharei A, Raulf A, Heilemann M, Langer R, Jensen KF, Wieneke R, Tampé R (2016). „Označování proteinů živými buňkami s přesností nanometrů mačkáním buněk“. Nat Commun. 7: 10372. Bibcode:2016NatCo ... 710372K. doi:10.1038 / ncomms10372. PMC  4740111. PMID  26822409.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  139. ^ Wieneke R, Raulf A, Kollmannsperger A, Heilemann M, Tampé R (2015). „Malý etiketovací pár pro zobrazování v jednom rozlišení se superrozlišením“. Angewandte Chemie International Edition. 54 (35): 10216–9. doi:10,1002 / anie.201503215. PMID  26201868.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  140. ^ Gatterdam V, Ramadass R, Stoess T, Fichte MAH, Wachtveitl J, Heckel A, Tampé R (2014). "Trojrozměrné proteinové sítě sestavené aktivací dvou fotonů". Angewandte Chemie International Edition. 53 (22): 5680–5684. doi:10,1002 / anie.201309930. PMID  24729568.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  141. ^ Braner M, Koller N, Knauer J, Herbring V, Hank S, Wieneke R, Tampé R (2019). „Optická kontrola translokace antigenu syntetickými foto-podmíněnými virovými inhibitory“. Chem Sci. 10 (7): 2001–2005. doi:10.1039 / c8sc04863k. PMC  6385481. PMID  30881629.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  142. ^ Gajewski J, Buelens F, Serdjukow S, Janszen M, Cortina N, Grubmüller H, Grininger M (2017). "Inženýrství syntáz mastných kyselin pro řízenou výrobu polyketidů". Nat Chem Biol. 13 (4): 363–365. doi:10.1038 / nchembio.2314. hdl:11858 / 00-001M-0000-002C-8359-6. PMID  28218912.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  143. ^ Gajewski J, Pavlovic R, Fischer M, Boles E, Grininger M (2017). „Inženýrská syntéza mastných kyselin de novo pro produkci mastných kyselin s krátkým řetězcem“. Nat Commun. 8: 14650. Bibcode:2017NatCo ... 814650G. doi:10.1038 / ncomms14650. PMC  5353594. PMID  28281527.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  144. ^ Staudt H, Hoesl MG, Dreuw A, Serdjukow S, Oesterhelt D, Budisa N, Wachtveitl J, Grininger M (2013). "Řízená manipulace s flavoproteinovým fotocyklem". Angewandte Chemie International Edition. 52 (32): 8463–6. doi:10,1002 / anie.201302334. PMID  23818044.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  145. ^ „Metoda roku 2015“. Přírodní metody. 13 (1): 1. ledna 2016. doi:10.1038 / nmeth.3730. PMID  27110621.
  146. ^ „Nobelova cena za chemii 2017“. Citováno 9. března 2020.
  147. ^ Allegretti M, Klusch N, Mills DJ, Vonck J, Kühlbrandt W, Davies KM (2015). "Horizontální membrána-vnitřní alfa-šroubovice ve statorové a-podjednotce F-typu ATP syntázy". Příroda. 521 (7551): 237–40. Bibcode:2015Natur.521..237A. doi:10.1038 / příroda14185. PMID  25707805. S2CID  205242498.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  148. ^ Eltsov M, Dube N, Yu Z, Pasakarnis L, Haselmann-Weiss U, Brunner D, Frangakis AS (2015). "Kvantitativní analýza cytoskeletální reorganizace během utěsňování epiteliální tkáně velkoobjemovou elektronovou tomografií". Nat Cell Biol. 17 (5): 605–14. doi:10.1038 / ncb3159. PMID  25893916. S2CID  6543151.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  149. ^ Neyer S, Kunz M, Geiss C, Hantsche M, Hodirnau V-V, Seybert A, Engel C, Scheffer MP, Cramer P, Frangakis AS (2016). "Struktura RNA polymerázy I transkribující geny ribozomální DNA". Příroda. 540 (7634): 607–610. Bibcode:2016Natur.540..607N. doi:10.1038 / příroda20561. PMID  27842382. S2CID  205252425.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  150. ^ Hahn A, Vonck J, Mills DJ, Meier T, Kühlbrandt W (2018). "Struktura, mechanismus a regulace chloroplastové ATP syntázy". Věda. 360 (6389): 620. doi:10.1126 / science.aat4318. PMID  29748256.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  151. ^ Hofmann S, Januliene D, Mehdipour AR, Thomas C, Stefan E, Brüchert S, Kuhn BT, Geertsma ER, Hummer G, Tampé R, Moeller A (2019). "Konformační prostor heterodimerního vývozce ABC za podmínek obratu". Příroda. 571 (7766): 580–583. doi:10.1038 / s41586-019-1391-0. PMID  31316210. S2CID  197543295.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  152. ^ A. R. Faruqi, R. Henderson (2007). "Elektronické detektory pro elektronovou mikroskopii". Curr. Opin. Struct. Biol. 17 (5): 549–55. doi:10.1016 / j.sbi.2007.08.014. PMID  17913494.
  153. ^ Kühlbrandt W (2014). "Revoluce v rozlišení". Věda. 343 (6178): 1443–1444. Bibcode:2014Sci ... 343.1443K. doi:10.1126 / science.1251652. PMID  24675944. S2CID  35524447.
  154. ^ Eltsov M, Dube N, Yu Z, Pasakarnis L, Haselmann-Weiss U, Brunner D, Frangakis AS (2015). "Kvantitativní analýza cytoskeletální reorganizace během utěsňování epiteliální tkáně velkoobjemovou elektronovou tomografií". Nat Cell Biol. 17 (5): 605–14. doi:10.1038 / ncb3159. PMID  25893916. S2CID  6543151.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  155. ^ Keller PJ, Schmidt AD, Santella A, Khairy K, Bao Z, Wittbrodt J, Stelzer EHK (2010). „Rychlé a vysoce kontrastní zobrazování vývoje zvířat pomocí mikroskopie se strukturovaným osvětlením na bázi skenovaného světla“. Nat metody. 7 (8): 637–642. doi:10.1038 / nmeth.1476. PMC  4418465. PMID  20601950.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  156. ^ Stelzer EHK (2015). "Fluorescenční mikroskopie se světelnou vrstvou pro kvantitativní biologii". Nat metody. 12 (1): 23–26. doi:10.1038 / nmeth.3219. PMID  25549266. S2CID  34063754.
  157. ^ „Metoda roku 2014“. Přírodní metody. 12 (1): 1. 2015. doi:10.1038 / nmeth.3251. PMID  25699311.
  158. ^ Strobl F, Schmitz A, Stelzer EHK (2015). „Živé zobrazení embryonálního vývoje Tribolium castaneum pomocí fluorescenční mikroskopie na bázi světelných listů“. Nat Protoc. 10 (10): 1486–1507. doi:10.1038 / nprot.2015.093. PMID  26334868. S2CID  24774566.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  159. ^ Strobl F, Schmitz A, Stelzer EHK (2017). „Zlepšení vašeho čtyřrozměrného obrazu: cestování dekádou výzkumu fluorescenční mikroskopie na bázi světelných listů“. Nat Protoc. 12 (6): 1103–1109. doi:10.1038 / nprot.2017.028. PMID  28471459. S2CID  38354456.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  160. ^ von Wangenheim D, Fangerau J, Schmitz A, Smith RS, Leitte H, Stelzer EHK, Maizel A (2016). „Pravidla a samoorganizující se vlastnosti postembryonálních vzorů dělení rostlinných orgánů“. Curr Biol. 26 (4): 439–449. doi:10.1016 / j.cub.2015.12.047. PMID  26832441.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  161. ^ Mathew B, Schmitz A, Munoz-Descalzo S, Ansari N, Pampaloni F, Stelzer EHK, Fischer SC (2015). „Robustní a automatizovaná trojrozměrná segmentace hustě zabalených buněčných jader v různých biologických vzorcích s rozkladem řádků“. BMC bioinformatika. 16: 187. doi:10.1186 / s12859-015-0617-x. PMC  4458345. PMID  26049713.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  162. ^ Schmitz A, Fischer SC, Mattheyer C, Pampaloni F, Stelzer EHK (2017). „Víceúrovňová obrazová analýza odhaluje strukturální heterogenitu buněčného mikroprostředí v homotypických sféroidech“. Sci Rep. 7: 43693. Bibcode:2017NatSR ... 743693S. doi:10.1038 / srep43693. PMC  5334646. PMID  28255161.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  163. ^ Venkataramani V, Herrmannsdorfer F, Heilemann M, Kuner T (2016). "SuReSim: simulace experimentů s lokalizační mikroskopií z pozemních modelů pravdy". Nat metody. 13 (4): 319–321. doi:10.1038 / Nmeth.3775. PMID  26928761. S2CID  3776898.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  164. ^ van Wijk SJL, Fricke F, Herhaus L, Gupta J, Hötte K, Pampaloni F, Grumati P, Kaulich M, Sou Y-s, Komatsu M, Greten FR, Fulda S, Heilemann M, Dikic I (2017). „Lineární ubikvitinace cytosolické Salmonella Typhimurium aktivuje NF-κB a omezuje množení bakterií“. Nat Microbiol. 2 (7): 17066. doi:10.1038 / nmicrobiol.2017.66. PMID  28481361. S2CID  1329736.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  165. ^ Grumati P, Morozzi G, Holper S, Mari M, Harwardt MI, Yan R, Müller S, Reggiori F, Heilemann M, Dikic I (2017). „RTN3 v plné délce reguluje obrat tubulárního endoplazmatického retikula prostřednictvím selektivní autofagie“. eLife. 6: e25555. doi:10,7554 / eLife.25555. PMC  5517149. PMID  28617241.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  166. ^ Wieneke R, Raulf A, Kollmannsperger A, Heilemann M, Tampé R (2015). „Malý etiketovací pár pro zobrazování v jednom rozlišení se superrozlišením“. Angewandte Chemie International Edition. 54 (35): 10216–9. doi:10,1002 / anie.201503215. PMID  26201868.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  167. ^ Kollmannsperger A, Sharei A, Raulf A, Heilemann M, Langer R, Jensen KF, Wieneke R, Tampé R (2016). „Označování proteinů živými buňkami s přesností nanometrů mačkáním buněk“. Nat Commun. 7: 10372. Bibcode:2016NatCo ... 710372K. doi:10.1038 / ncomms10372. PMC  4740111. PMID  26822409.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  168. ^ Prandolini MJ, Denysenkov VP, Gafurov M, Endeward B, Prisner TF ((2009). „Dynamická polarizace jader ve vysokém poli ve vodných roztocích“. J Am Chem Soc. 131 (17): 6090–2. doi:10.1021 / ja901496g. PMID  19361195.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  169. ^ Joedicke L, Mao J, Kuenze G, Reinhart C, Kalavacherla T, Jonker HRA, Richter C, Schwalbe H, Meiler J, Preu J, Michel H, Glaubitz C (2018). "Molekulární základ subtypové selektivity receptorů spojených s lidským kininem G-proteinem". Nat Chem Biol. 14 (3): 284–290. doi:10.1038 / nchembio.2551. PMID  29334381.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  170. ^ Lehnert E, Mao J, Mehdipour AR, Hummer G, Abele R, Glaubitz C, Tampé R (2016). „Rozpoznávání antigenu peptidem na lidském transportéru ABC TAP vyřešeno DNP-zesílenou NMR spektroskopií v pevné fázi“. J Am Chem Soc. 138 (42): 13967–13974. doi:10.1021 / jacs.6b07426. PMID  27659210.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  171. ^ Mehler M, Eckert CE, Leeder AJ, Kaur J, Fischer T, Kubatova N, Brown LJ, Brown RCD, Becker-Baldus J, Wachtveitl J, Glaubitz C (2017). „Chromoforová zkreslení ve fotointermediátech proteorhodopsinu vizualizovaná pomocí dynamické nukleární NMR s vylepšenou nukleární polarizací“ (PDF). J Am Chem Soc. 139 (45): 16143–16153. doi:10.1021 / jacs.7b05061. PMID  29027800.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  172. ^ Krstić I, Hänsel R, Romainczyk O, Engels JW, Dötsch V, Prisner TF (2011). „Měření vzdálenosti nukleových kyselin v buňkách na velké vzdálenosti pulzní EPR spektroskopií“. Angewandte Chemie International Edition. 50 (22): 5070–5074. doi:10.1002 / anie.201100886. PMID  21506223.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  173. ^ Barth K, Hank S, Spindler PE, Prisner TF, Tampé R, Joseph B (2018). „Konformační vazba a transinhibice v transportéru lidského antigenu ortologu TmrAB vyřešena dipolární EPR spektroskopií“. J Am Chem Soc. 140 (13): 4527–4533. doi:10.1021 / jacs.7b12409. PMID  29308886.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  174. ^ Morgner N, Hoffmann J, Barth HD, Meier T, Brutschy B (2008). "LILBID-hmotnostní spektrometrie použitá pro hmotnostní analýzu RNA polymerázy II a F1Fo-ATP syntázy". Hmotnostní spektrum Int J. 277 (1–3): 309–313. Bibcode:2008 IJMSp.277..309M. doi:10.1016 / j.ijms.2008.08.001.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  175. ^ Hellwig N, Peetz O, Ahdash Z, Tascon I, Booth PJ, Mikusevic V, Diskowski M, Politis A, Hellmich Y, Hanelt I, Reading E, Morgner N (2018). „ativní hmotnostní spektrometrie jde nativněji: zkoumání komplexů membránových proteinů přímo ze SMALP“. Chem Commun (Camb). 54 (97): 13702–13705. doi:10.1039 / c8cc06284f. PMC  6289172. PMID  30452022.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  176. ^ Peetz O, Hellwig N, Henrich E, Mezhyrova J, Dötsch V, Bernhard F, Morgner N (2019). „LILBID a nESI: Různé techniky nativní hmotnostní spektrometrie jako nástroje ve strukturní biologii“. J Am Soc Mass Spectrom. 30 (1): 181–191. Bibcode:2019JASMS..30..181P. doi:10.1007 / s13361-018-2061-4. PMC  6318263. PMID  30225732.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  177. ^ Angerer H, Schonborn S, Gorka J, Bahr U, Karas M, Wittig I, Heidler J, Hoffmann J, Morgner N, Zickermann V (2017). „Acylová modifikace a vazba mitochondriálního ACP na multiproteinové komplexy“. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - výzkum molekulárních buněk. 1864 (10): 1913–1920. doi:10.1016 / j.bbamcr.2017.08.006. PMID  28802701.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  178. ^ Diskowski M, Mehdipour AR, Wunnicke D, Mills DJ, Mikusevic V, Bärland N, Hoffmann J, Morgner N, Steinhoff H-J, Hummer G, Vonck J, Hänelt I (2017). „Čelní kapesní nože ovládají brány dvojpórového systému absorpce K + KtrAB“. eLife. 6: e24303. doi:10,7554 / eLife.24303. PMID  28504641.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  179. ^ Hoffmann J, Sokolova L, Preiss L, Hicks DB, Krulwich TA, Morgner N, Wittig I, Schägger H, Meier T, Brutschy B (2010). „ATP syntázy: buněčné nanomotory charakterizované hmotnostní spektrometrií LILBID“. Phys Chem Chem Phys. 12 (41): 13375–13382. Bibcode:2010PCCP ... 1213375H. doi:10.1039 / c0cp00733a. PMC  2955850. PMID  20820587.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  180. ^ Maciejko J, Mehler M, Kaur J, Lieblein T, Morgner N, Ouari O, Tordo P, Becker-Baldus J, Glaubitz C (2015). „Vizualizace specifických interakcí mezi protomery v homo-oligomerním membránovém proteinu proteorhodopsinu pomocí NMR v pevné fázi s dynamickou nukleární polarizací“. J Am Chem Soc. 137 (28): 9032–9043. doi:10.1021 / jacs.5b03606. PMID  26102160.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  181. ^ Kohl-Landgraf J, Braun M, Ozcoban C, Goncalves DPN, Heckel A, Wachtveitl J (2012). "Ultrarychlá dynamika spiropyranu ve vodě". J Am Chem Soc. 134 (34): 14070–14077. doi:10.1021 / ja304395k. PMID  22803805.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  182. ^ Steinwand S, Yu Z, Hecht S, Wachtveitl J (2016). "Ultrarychlá dynamika fotoizomerizace a následného rozvinutí oligoazobenzenového foldameru". J Am Chem Soc. 138 (39): 12997–13005. doi:10.1021 / jacs.6b07720. PMID  27598007.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  183. ^ Förster U, Weigand JE, Trojanowski P, Suess B, Wachtveitl J (2012). "Konformační dynamika aptameru vázajícího tetracyklin". Nucleic Acids Res. 40 (4): 1807–17. doi:10.1093 / nar / gkr835. PMC  3287181. PMID  22053085.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  184. ^ Halbritter T, Kaiser C, Wachtveitl J, Heckel A (2017). "Pyridin-spiropyranový derivát jako perzistentní, reverzibilní fotokyselina ve vodě". J Org Chem. 82 (15): 8040–8047. doi:10.1021 / acs.joc.7b01268. PMID  28686024.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  185. ^ Gustmann H, Segler AJ, Gophane DB, Reuss AJ, Grünewald C, Braun M, Weigand JE, Sigurdsson ST, Wachtveitl J (2019). „Strukturované fluorescenční značení odhaluje dvoustupňový vazebný mechanismus neomycinu k jeho RNA aptameru“. Nucleic Acids Res. 47 (1): 15–28. doi:10.1093 / nar / gky1110. PMC  6326822. PMID  30462266.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  186. ^ Hofmann S, Januliene D, Mehdipour AR, Thomas C, Stefan E, Brüchert S, Kuhn BT, Geertsma ER, Hummer G, Tampé R, Moeller A (2019). "Konformační prostor heterodimerního vývozce ABC za podmínek obratu". Příroda. 571 (7766): 580–583. doi:10.1038 / s41586-019-1391-0. PMID  31316210. S2CID  197543295.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  187. ^ Shin D, Mukherjee R, Liu Y, Gonzalez A, Bonn F, Liu Y, Rogov VV, Heinz M, Stolz A, Hummer G, Dötsch V, Luo ZQ, Bhogaraju S, Dikic I (2020). „Regulace ubikvitinace serinu vázaného na fosforibosyl deubiquitinázami DupA a DupB“. Mol Cell. 77 (1): 164–179.e6. doi:10.1016 / j.molcel.2019.10.019. PMC  6941232. PMID  31732457.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  188. ^ Okazaki KI, Wöhlert D, Warnau J, Jung H, Yildiz O, Kühlbrandt W, Hummer G (2019). "Mechanismus elektroneutrálního sodíkového / protonového antiporteru PaNhaP ze střelby přechodovou cestou". Nat Commun. 10 (1): 1742. Bibcode:2019NatCo..10.1742O. doi:10.1038 / s41467-019-09739-0. PMC  6465308. PMID  30988359.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  189. ^ Halbleib K, Pesek K, Covino R, Hofbauer HF, Wunnicke D, Hänelt I, Hummer G, Ernst R (2017). „Aktivace rozvinuté proteinové odpovědi stresem lipidové dvojvrstvy“. Mol Cell. 67 (4): 673–684.e8. doi:10.1016 / j.molcel.2017.06.012. PMID  28689662.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  190. ^ Lehnert E, Mao J, Mehdipour AR, Hummer G, Abele R, Glaubitz C, Tampé R (2016). „Rozpoznávání antigenu peptidem na lidském transportéru ABC TAP vyřešeno DNP-zesílenou NMR spektroskopií v pevné fázi“. J Am Chem Soc. 138 (42): 13967–13974. doi:10.1021 / jacs.6b07426. PMID  27659210.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  191. ^ Koch I, Schäfer T (2018). "Proteinová super-sekundární struktura a topologie kvartérní struktury: teoretický popis a aplikace". Aktuální názor na strukturní biologii. 50: 134–143. doi:10.1016 / j.sbi.2018.02.005. PMID  29558676.
  192. ^ Busch A, Brüggemann M, Ebersberger S, Zarnack K (2019). „Analýza dat iCLIP: Kompletní potrubí od sekvenování čtení po vazebná místa RBP“. Metody. 178: 49–62. doi:10.1016 / j.ymeth.2019.11.008. PMID  31751605.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  193. ^ Di Liddo A, de Oliveira Freitas Machado C, Fischer S, Ebersberger S, Heumuller AW, Weigand JE, Muller-McNicoll M, Zarnack K (2019). „Kombinovaný výpočetní kanál pro detekci kruhových RNA v lidských rakovinných buňkách pod hypoxickým stresem“. J Mol Cell Biol. 11 (10): 829–844. doi:10.1093 / jmcb / mjz094. PMC  6884703. PMID  31560396.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  194. ^ Haberman N, Huppertz I, Attig J, König J, Wang Z, Hauer C, Hentze MW, Kulozik AE, Le Hir H, Curk T, Sibley CR, Zarnack K, Ule J (2017). „Pohledy na design a interpretaci experimentů iCLIP“. Genome Biol. 18 (1): 7. doi:10.1186 / s13059-016-1130-x. PMC  5240381. PMID  28093074.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  195. ^ Einloft J, Ackermann J, Nothen J, Koch I (2013). „MonaLisa - vizualizace a analýza funkčních modulů v biochemických sítích“. Bioinformatika. 29 (11): 1469–70. doi:10.1093 / bioinformatika / btt165. PMID  23564846.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  196. ^ Philipp O, Hamann A, Osiewacz HD, Koch I (2017). „Síť interakce autofagie stárnoucího modelu Podospora anserina“. BMC bioinformatika. 18 (1): 196. doi:10.1186 / s12859-017-1603-2. PMC  5369006. PMID  28347269.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  197. ^ Koch I, Nöthen J, Schleiff E (2017). „Modelování metabolismu Arabidopsis thaliana: aplikace síťového rozkladu a redukce sítě v kontextu Petriho sítí“. Přední Genet. 8: 85. doi:10.3389 / fgene.2017.00085. PMC  5491931. PMID  28713420.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  198. ^ Amstein L, Ackermann J, Scheidel J, Fulda S, Dikic I, Koch I (2017). „Manatee invarianty odhalují funkční cesty v signálních sítích“. BMC Syst Biol. 11 (1): 72. doi:10.1186 / s12918-017-0448-7. PMC  5534052. PMID  28754124.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  199. ^ Giese H, Ackermann J, Heide H, Bleier L, Drose S, Wittig I, Brandt U, Koch I (2015). „NOVA: software pro analýzu složitých profilovacích dat“. Bioinformatika (Oxford). 31 (3): 440–1. doi:10.1093 / bioinformatika / btu623. PMID  25301849.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  200. ^ Heide H, Bleier L, Steger M, Ackermann J, Dröse S, Schwamb B, Zörnig M, Reichert AS, Koch I, Wittig I, Brandt U (2012). „Složité profilování identifikuje TMEM126B jako součást mitochondriálního komplexu I montážního komplexu“. Cell Metab. 16 (4): 538–549. doi:10.1016 / j.cmet.2012.08.009. PMID  22982022.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  201. ^ "EXC 115: Makromolekulární komplexy". Databáze GEPRIS Deutsche Forschungsgemeinschaft DFG. Citováno 13. března 2020.
  202. ^ „Klastr excelence makromolekulárních komplexů v akci“ (PDF). CEF. Citováno 13. března 2020.