NXF1 - NXF1

NXF1
PDB 1fo1 EBI.jpg
Dostupné struktury
PDBHledání ortologu: PDBe RCSB
Identifikátory
AliasyNXF1, MEX67, TAP, nukleární RNA exportní faktor 1
Externí IDOMIM: 602647 MGI: 1858330 HomoloGene: 38176 Genové karty: NXF1
Umístění genu (člověk)
Chromozom 11 (lidský)
Chr.Chromozom 11 (lidský)[1]
Chromozom 11 (lidský)
Genomické umístění pro NXF1
Genomické umístění pro NXF1
Kapela11q12.3Start62,792,123 bp[1]
Konec62,806,302 bp[1]
Exprese RNA vzor
PBB GE NXF1 208922 s na fs.png

PBB GE NXF1 220934 s na fs.png
Další údaje o referenčních výrazech
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

10482

53319

Ensembl

ENSG00000162231

ENSMUSG00000010097

UniProt

Q9UBU9

Q99JX7

RefSeq (mRNA)

NM_006362
NM_001081491

NM_001276704
NM_016813

RefSeq (protein)

NP_001074960
NP_006353

NP_001263633
NP_058093

Místo (UCSC)Chr 11: 62,79 - 62,81 MbChr 19: 8,76 - 8,77 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

Faktor exportu jaderné RNA 1, také známý jako NXF1 nebo TAP, je protein který je u lidí kódován NXF1 gen.[5][6]

Funkce

Tento gen je jedním členem rodiny genů exportních faktorů nukleární RNA. Společnými doménovými rysy této rodiny jsou nekanonická doména vázající RNA typu RNP (RBD), 4 opakování bohaté na leucin (LRR), doména podobná nukleárnímu transportnímu faktoru 2 (NTF2), která umožňuje heterodimerizaci s exportním proteinem souvisejícím s NTF2 1 (NXT1 ) a a ubikvitin přidružená doména, která zprostředkovává interakce s nukleoporiny. Výsledkem alternativního sestřihu jsou varianty přepisu. Pro exportní aktivitu jsou vyžadovány domény podobné LRR a NTF2. Kódovaný protein tohoto genu se pohybuje mezi jádro a cytoplazma a váže se in vivo na poly (A) + RNA. Je to homolog obratlovců kvasinkového proteinu Mex67p.[6][7] Kódovaný protein překonává exportní blok mRNA způsobený přítomností nasycených množství CTE (konstitutivního transportního prvku) RNA typu D retroviry.[8] Varianta alely homologního genu Nxf1 u myší potlačuje třídu mutací způsobených integrací endogenního retroviru (intracisternální částice A) do intronu.[9][10]

Interakce

Bylo prokázáno, že NXF1 komunikovat s TNPO2,[11] MAGOH,[12] U2 malý nukleární RNA pomocný faktor 1,[13] DHX9,[14] HuD[15] a NUP214.[16][17]

Klepněte na protein

V molekulární biologii je jiný název proteinu NXF1 TAP. Zejména se tato položka zaměřuje na C-terminál doména, která také obsahuje doménu UBA (proteinová doména).

TAP_C
PDB 1oai EBI.jpg
komplex mezi doménou uba stepu a peptidem nukleoporinu fxfg
Identifikátory
SymbolTAP_C
PfamPF03943
Pfam klanCL0214
InterProIPR005637
SCOP21go5 / Rozsah / SUPFAM

Tato položka obsahuje rodinu převodu NXF doprava receptory pro jaderný export mRNA, který zahrnuje:

  • obratlovců mRNA exportní faktor TAP nebo nukleární RNA exportní faktor 1 (NXF1).
  • Caenorhabditis elegans exportní faktor nukleární RNA 1 (nxf-1).
  • droždí mRNA exportní faktor MEX67. Členové rodiny NXF jsou modulární struktura. Jaderná lokalizace sekvence a nekanonické rozpoznávání RNA motiv (RRM) (viz PROSITEDOC ) následovaný čtyřmi LRR opakuje jsou umístěny v jeho N-terminální polovině. C-koncová polovina obsahuje NTF2 doména (viz [href = "http://expasy.org/prosite/PDOC50177 PROSITEDOC]) následovaná druhou doménou, TAP-C. Doména TAP-C je důležitá pro vazba obsahující opakování FG jaderný pór bílkoviny (FG-nukleoporiny) a je dostatečný ke zprostředkování jaderné dopravy.[18][19]

Doména Tap-C se skládá ze čtyř alfa helixy zabalené proti sobě. Uspořádání šroubovice 1, 2 a 3 je podobný tomu, který je vidět v UBA složit. a je připojen k dalšímu modulu pomocí flexibilního linkeru s 12 zbytky Pro-rich.[18][19]

Funkce

Nukleární export mRNA je zprostředkován proteinem Tap.

Struktura

Tap může tvořit multimerní komplex sám se sebou a s dalšími členy rodiny NXF. Tři funkční domény Tap byly dobře charakterizovány: doména vázající RNA, doména podobná nukleárnímu transportnímu faktoru 2 (NTF2) a doména spojená s ubikvitinem (UBA).

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000162231 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000010097 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ Yoon DW, Lee H, Seol W, DeMaria M, Rosenzweig M, Jung JU (květen 1997). „Tap: nový buněčný protein, který interaguje s koncem herpesvirus saimiri a indukuje agregaci lymfocytů“. Imunita. 6 (5): 571–82. doi:10.1016 / S1074-7613 (00) 80345-3. PMID  9175835.
  6. ^ A b Grüter P, Tabernero C, von Kobbe C, Schmitt C, Saavedra C, Bachi A, Wilm M, Felber BK, Izaurralde E (duben 1998). „TAP, lidský homolog Mex67p, zprostředkovává export RNA závislý na CTE z jádra“. Molekulární buňka. 1 (5): 649–59. doi:10.1016 / S1097-2765 (00) 80065-9. PMID  9660949.
  7. ^ Katahira J, Strässer K, Podtelejnikov A, Mann M, Jung JU, Hurt E (květen 1999). „Cesta exportu nukleární mRNA zprostředkovaná Mex67p je zachována z kvasinek na člověka“. Časopis EMBO. 18 (9): 2593–609. doi:10.1093 / emboj / 18.9.2593. PMC  1171339. PMID  10228171.
  8. ^ „Entrez Gene: NXF1 nukleární RNA exportní faktor 1“.
  9. ^ Floyd JA, Gold DA, Concepcion D, Poon TH, Wang X, Keithley E, Chen D, Ward EJ, Chinn SB, Friedman RA, Yu HT, Moriwaki K, Shiroishi T, Hamilton BA (listopad 2003). "Přirozená alela Nxf1 potlačuje retrovirové inzerční mutace". Genetika přírody. 35 (3): 221–8. doi:10.1038 / ng1247. PMC  2756099. PMID  14517553.
  10. ^ Concepcion D, Flores-García L, Hamilton BA (květen 2009). „Multipotentní genetická suprese retrotransposonem indukovaných mutací pomocí Nxf1 prostřednictvím jemného doladění alternativního sestřihu“. Genetika PLOS. 5 (5): e1000484. doi:10.1371 / journal.pgen.1000484. PMC  2674570. PMID  19436707.
  11. ^ Shamsher MK, Ploski J, Radu A (říjen 2002). „Karyopherin beta 2B se podílí na exportu mRNA z jádra“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 99 (22): 14195–9. Bibcode:2002PNAS ... 9914195S. doi:10.1073 / pnas.212518199. PMC  137860. PMID  12384575.
  12. ^ Kataoka N, MD Diem, Kim VN, Yong J, Dreyfuss G (listopad 2001). „Magoh, lidský homolog proteinu Drosophila mago nashi, je součástí spojovacího komplexu exon-exon závislého na sestřihu“. Časopis EMBO. 20 (22): 6424–33. doi:10.1093 / emboj / 20.22.6424. PMC  125744. PMID  11707413.
  13. ^ Zolotukhin AS, Tan W, Bear J, Smulevitch S, Felber BK (únor 2002). „U2AF se účastní vazby TAP (NXF1) na mRNA“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (6): 3935–42. doi:10,1074 / jbc.M107598200. PMID  11724776.
  14. ^ Tang H, Wong-Staal F (říjen 2000). „Specifická interakce mezi RNA helikázou A a Tap, dvěma buněčnými proteiny, které se vážou na konstitutivní transportní prvek retroviru typu D“. The Journal of Biological Chemistry. 275 (42): 32694–700. doi:10,1074 / jbc.M003933200. PMID  10924507.
  15. ^ Saito K, Fujiwara T, Katahira J, Inoue K, Sakamoto H (srpen 2004). „TAP / NXF1, primární exportní receptor mRNA, specificky interaguje s proteinem HuD vázajícím se na neuronovou RNA“. Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 321 (2): 291–7. doi:10.1016 / j.bbrc.2004.06.140. PMID  15358174.
  16. ^ Herold A, Suyama M, Rodrigues JP, Braun IC, Kutay U, Carmo-Fonseca M, Bork P, Izaurralde E (prosinec 2000). „TAP (NXF1) patří do multigenní rodiny domnělých faktorů exportu RNA se zachovanou modulární architekturou“. Molekulární a buněčná biologie. 20 (23): 8996–9008. doi:10.1128 / MCB.20.23.8996-9008.2000. PMC  86553. PMID  11073998.
  17. ^ Schmitt I, Gerace L (listopad 2001). „In vitro analýza jaderného transportu zprostředkovaná C-koncovou kyvadlovou doménou Tap“. The Journal of Biological Chemistry. 276 (45): 42355–63. doi:10,1074 / jbc.M103916200. PMID  11551912.
  18. ^ A b Grant RP, Hurt E, Neuhaus D, Stewart M (duben 2002). "Struktura C-koncové FG-nukleoporinové vazebné domény Tap / NXF1". Přírodní strukturní biologie. 9 (4): 247–51. doi:10.1038 / nsb773. PMID  11875519. S2CID  11338341.
  19. ^ A b Suyama M, Doerks T, Braun IC, Sattler M, Izaurralde E, Bork P (červenec 2000). „Predikce strukturálních domén TAP odhaluje podrobnosti o jeho interakci s p15 a nukleoporiny“. Zprávy EMBO. 1 (1): 53–8. doi:10.1093 / embo-reports / kvd009. PMC  1083685. PMID  11256625.

externí odkazy

  • PDBe-KB poskytuje přehled všech strukturních informací dostupných v PDB pro exportní faktor lidské nukleární RNA 1 (NXF1)