Konsorcium pro strukturální genomiku - Structural Genomics Consortium

The Konsorcium pro strukturální genomiku (SGC) je partnerství veřejného a soukromého sektoru zaměřené na objasnění funkcí a relevance nemoci všech proteinů kódovaných lidským genomem, s důrazem na ty, které jsou relativně nedostatečně prozkoumány.[1][2] SGC umístí všechny své výzkumné výstupy do veřejné sféry bez omezení a nepodává patenty a pokračuje v propagaci otevřená věda.[3][4][5][6][7][8][9][10][11][12][13]

Společnost byla založena v roce 2003 a po vzoru Konsorcium databáze s jedním nukleotidovým polymorfismem (dbSNP), SGC je charitativní společnost, jejíž členy tvoří organizace, které přispívají do SGC během 5 let více než 5,4 mil. EUR. Správní rada má jednoho zástupce z každého člena a nezávislého předsedu, který vykonává jedno pětileté funkční období. Současný předseda je Anke Müller-Fahrnow (Německo) a předchozí židle byly Michael Morgan (SPOJENÉ KRÁLOVSTVÍ.), Wayne Hendrickson (USA), Markus Gruetter (Švýcarsko) a Tetsuyuki Maruyama (Japonsko). Zakládajícím a současným generálním ředitelem je Aled Edwards (Kanada). Zakládajícími členy společnosti SGC byly Kanadské instituty výzkumu zdraví, Genome Kanada Výzkumný fond Ontario, GlaxoSmithKline a Wellcome Trust. Stávajícími členy (srpen 2020) jsou AbbVie, Bayer Pharma AG, Boehringer Ingelheim, Eshelman Institute for Innovation, Genentech, Genome Canada, Janssen, Merck KGaA, MSD (Merck, Sharpe and Dohme), Pfizer, Takeda a Wellcome Trust.

Výzkumné aktivity SGC probíhají v koordinované síti laboratoří přidružených k univerzitě - at Goethe University Frankfurt, Karolinska Institutet, McGill University a univerzity v Severní Karolína v Chapel Hill a Toronto. Výzkumné aktivity jsou podporovány jak prostředky společnosti SGC, tak granty zajištěnými vědci přidruženými k programům SGC. Na každé univerzitě jsou vědecké týmy vedeny hlavním vědeckým pracovníkem Stefan Knapp (Goethe University Frankfurt), Michael Sundstrom (Karolinska Institutet), Ted Fon (McGill University), Tim Willson (University of North Carolina v Chapel Hill) a Cheryl Arrowsmith (University of Toronto). SGC v současné době zahrnuje ~ 200 vědců.

Pozoruhodné úspěchy

Chemická biologie lidských proteinů

Strukturní biologie lidských proteinů - SGC dosud přispělo více než 2000 proteinové struktury lidských proteinů s potenciálním významem pro objevování léků v EU veřejná doména od roku 2003.[14] Strukturám, které tvoří komplexy se syntetickými malými molekulami, napomáhá partnerství s Diamantový synchrotron v Oxfordshire.[15] Program chemických sond upřednostňuje (členy) proteinových rodin, které jsou relativně málo pochopené nebo které mohou být v současné době relevantní pro biologii člověka a objev léků. Mezi tyto rodiny patří epigenetická signalizace,[16][17] transport rozpuštěných látek,[18][19] proteinová proteostáza,[20][21][22][23][24] a fosforylace bílkovin.[11][25][26] Přístup k rodině proteinů je podporován veřejně dostupnými bioinformatickými nástroji (ChromoHub,[27] UbiHub[28]), rodinná produkce bílkovin a biochemie, krystalografie a stanovení struktury, biofyzika a buněčná biologie (například testy zaměřené na cíl). SGC přispělo (doposud) ~ 120 chemické sondy[9][29][30] do veřejné sféry za poslední desetiletí a vědecké komunitě bylo distribuováno> 25 000 vzorků těchto sond. Chemické sondy odpovídají kritériím kvality, která jsou nyní v komunitě, vytvořená společností SGC a její sítí pro spolupráci.[9][31][32][33][34][35]

  1. Epigenetické chemické sondy, které vyvolaly klinický zájem o jejich cíle, zahrnují PFI-1[36] a JQ1[37] pro rodinu BET, UNC0642[38] pro G9a / GLP, UNC1999[39] pro EZH2 / H1, LLY-283[40] a GSK591[41] pro PRMT5 a OICR-9429[42] pro WDR5. Chemická sonda WDR5 byla optimalizována (společností mimo SGC) pro klinickou přístupnost a je předmětem investice od Celgene.
  2. Kinázy viděli 50 léků schválených FDA pro léčbu rakoviny, zánětů a fibrózy.[43] Přezkoumání[44] před dvěma a půl lety, nedávný předtisk,[45] a recenzované publikace[46] zvýraznit nízké pokrytí kináz jak recenzovanými publikacemi, tak 3D strukturami. V posledních 4 letech laboratoře ve Frankfurtu, Severní Karolíně a Oxfordu vyvinuly chemickou hmotu, aby pomohly biologům studovat nedostatečně zastoupené kinázy. Ve spolupráci s farmaceutickými společnostmi a akademickou obcí, 11 chemické sondy a verze 1.0 z 187 chemogenomické inhibitory (aka KCGS) pro 215 kináz[11][26] byly společně vyvinuty.
  3. Integrální membránové proteiny jsou trvale připojeny k buněčné membráně. Rodina zahrnuje proteiny nosiče rozpuštěné látky (SLC). SLC jsou terapeuticky z velké části neprozkoumané - přibližně 30% je považováno za „osiřelé“, protože jejich substrátová specificita a biologická funkce nejsou známy. V roce 2019 vytvořilo partnerství veřejného a soukromého sektoru zahrnující 13 partnerů, včetně SGC Konsorcium RESOLUTE[19] s financováním z IMI. Cílem společnosti RESOLUTE je podpořit výzkum SLC.
  4. The Cílový aktivační balíček (TEP) je soubor reagentů a znalostí o cíli proteinů, jehož cílem je katalyzovat biochemický a chemický průzkum a charakterizaci proteinů s genetickou vazbou na klíčové oblasti onemocnění. SGC otevřelo nominace cílů pro veřejnost.[47]
  5. The Neomezené využívání cílů pro rozvoj výzkumu a objev drog (ULTRA-DD), financovaný z prostředků Evropské komise Iniciativa pro inovativní léčiva (IMI), si klade za cíl identifikovat a ověřit nedostatečně prozkoumané cíle v modelech autoimunitních a zánětlivých onemocnění. Buněčné linie odvozené od pacientů jsou vyšetřovány proti chemickým modulátorům (včetně chemických sond a chemogenomických sloučenin) s úmyslem získat fenotypové odečty v kontextu souvisejícím s chorobou.[48]

Nehumánní proteiny

Strukturovanou koalici pro objevování drog (SDDC) tvoří Centrum strukturální genomiky pro infekční choroby v Seattlu (SSGCID), Středisko pro strukturální genomiku na Středozápadě, Centrum pro strukturální genomiku infekčních nemocí (CSGID) a týmy pro objevování drog z akademické obce a průmyslu. vedlo k 7 časným přívodům léků na tuberkulózu (TB), malárii a kryptosporidiózu. SDDC dostává finanční prostředky ze zúčastněných akademických iniciativ a Bill & Melinda Gates Foundation.

Univerzita v Severní Karolíně v Chapel Hill a Eshelman Institute for Innovation zahájily Iniciativu pro rychle se rozvíjející antivirové léky (READDI ™) a Iniciativu za virové přerušení léčby (VIMI ™). REDDI ™ je modelován po neziskovém výzkumu a vývoji léčiv Drugs for zanedblected diseases Initiative (DNDi). READDI ™ a VIMI ™ jsou neziskové, otevřené vědecké iniciativy zaměřené na vývoj terapeutik pro všechny viry schopné pandemie.[Citace je zapotřebí ]

Otevřená věda

Otevřená věda je klíčovým principem fungování.[49] A Smlouva o důvěře[3][4][5][50] je podepsán před sdílením činidel s výzkumnými pracovníky. Tato činidla zahrnují klony cDNA (Addgene ), chemické sondy,[51] a 3D struktury.[14] Mezi nástroje na podporu otevřené vědy patří opero laboratorní notebooky.[8] Druhá platforma se používá ke sdílení výzkumu (například) Difúzní vnitřní pontinový gliom (DIPG), Fibrodysplasia ossificans progressiva, Huntingtonova choroba,[7][52] Parkinsonova choroba, a Chordoma.

Otevřete objev drog

Neziskové spin-off společnosti M4K Pharma (Léky pro děti), M4ND Pharma (Léky na neurologické nemoci) a M4ID Pharma (Léky na infekční nemoci) nepodávají patenty a neprovádějí otevřenou vědu. Společnosti M4 stoprocentně vlastní kanadská charita Agora Open Science Trust, jejímž úkolem je sdílet vědecké poznatky a zajišťovat cenově dostupný přístup ke všem lékům. M4K Pharma má nejpokročilejší otevřený program objevování léků[13] a je podporován financováním z Ontario Institute for Cancer Research, Charita mozku, Charles River Laboratories and Reaction Biology as příspěvky vědců z univerzit v McGill v Severní Karolíně, Oxfordu, Pensylvánii a Torontu a v nemocnici Sant Joan de Déu Síť univerzitního zdraví nemocnice, Nemocnice pro nemocné děti, a Institut pro výzkum rakoviny. M4K Pharma vyvíjí selektivní inhibitor ALK2 pro DIPG, rovnoměrně fatální dětský nádor na mozku.[13]

Dějiny

Koncept

V roce 2000 skupina společností a Wellcome konceptualizovala vytvoření konsorcia strukturní genomiky, aby se zaměřila na určování trojrozměrných struktur lidských proteinů.[1] Konsorcium musí bez omezení umístit všechny strukturální informace a podpůrná činidla do veřejné sféry. Toto úsilí bylo navrženo tak, aby doplňovalo ostatní strukturní genomika programy ve světě.

Fáze I (2004-2007)

Byl zahájen vědecký program SGC s aktivitami na univerzitách v Oxfordu a Torontu as mandátem přispět> 350 lidskými proteinovými strukturami do veřejné sféry. Aby bylo možné tyto cíle započítat, musely být proteiny odvozeny z předem definovaného seznamu a proteinové struktury byly požadovány, aby splňovaly předem definovaná kritéria kvality. Kvalitu proteinových struktur posuzoval a nadále posuzuje výbor nezávislých akademických vědců. Michael Morgan byl předsedou správní rady SGC a vědecké aktivity vedly Cheryl Arrowsmith (Toronto) a Michael Sundstrom (Oxford). V polovině roku 2005 VINNOVA, Knut and Alice Wallenberg Foundation a Nadace pro strategický výzkum (SSF) založil švédský výzkumný uzel SGC. Experimentální aktivity začaly na Karolinska Institutet ve Stockholmu pod vedením Pära Nordlunda a Johana Weigelta. Společně tři laboratoře SGC přispěly do veřejné sféry 392 strukturami lidských proteinů. Byl také zahájen pilotní program ve strukturní biologii proteinů u parazita malárie.[53]

Fáze II (2007-2011)

Nový cíl pro struktury byl 650. SGC zaměřil značné aktivity v oblastech ubikvitinace, fosforylace proteinů, malých G-proteinů a epigenetiky a také zahájil úsilí ve strukturní biologii integrálních membránových proteinů. V této fázi SGC určilo struktury 665 lidských proteinů ze svého seznamu cílů. S podporou Wellcome a GSK zahájila SGC program vývoje volně dostupného chemické sondy na proteiny zapojené do epigenetické signalizace, které byly v té době studovány.[2][4] Kvalita každé chemické sondy byla před jejich rozšířením na veřejnosti předmětem dvou úrovní kontroly. První byl interní prostřednictvím společného řídícího výboru složeného ze zástupců z každé členské organizace. Druhý poskytla skupina nezávislých odborníků vybraných z akademické obce. Tato úroveň dohledu je zaměřena na vývoj reagencií, které podporují reprodukovatelný výzkum.[54][55][12] Nakonec to vedlo k vytvoření Portál chemických sond. Členství v SGC se rozšířila o Merck, Sharpe a Dohme a Novartis. Wayne Hendrickson sloužil jako předseda rady SGC.

Fáze III (2011-2015)

Mandát SGC diverzifikoval tak, aby zahrnoval 200 lidských proteinů, včetně 5 integrálních membránových proteinů a chemických sond (30). Mnoho programů chemických sond bylo prováděno ve spolupráci s vědci ve farmaceutických společnostech, kteří se zavázali bez omezení přispět společnou chemickou sondou do veřejné sféry. Ve fázi III zahájila SGC společně s SSGCID (https://www.ssgcid.org/) a CSGID (https://csgid.org/) SDDC. Členství SGC: AbbVie, Bayer AG, Boehringer Ingelheim , Eli Lilly a Janssen. Konsorcium opustily společnosti Merck, Sharpe a Dohme a kanadské instituty pro výzkum zdraví. Markus Gruetter se stal předsedou představenstva SGC.[Citace je zapotřebí ]

Fáze IV (2015-2020)

Tato fáze stavěla na cílech předchozích fází, ale zahrnovala dobře charakterizované protilátky proti lidským proteinům. SGC zahájil společné úsilí o vývoj buněčných testů relevantních pro dané onemocnění s použitím (primárních) buněk nebo tkáně od pacientů. V této fázi byly zahájeny výzkumné aktivity na Goetheho univerzitě ve Frankfurtu, na McGill University a na univerzitách v Campinas a Severní Karolíně a účast na ULTRADD a REZOLUTNÍ[18][19] v rámci IMI Členství v SGC: Merck KGaA, Eshelman Institute for Innovation, Merck, Sharpe a Dohme se připojily, zatímco GSK a Eli Lilly odešly. Tetsuyuki Maruyama se stal předsedou správní rady.[Citace je zapotřebí ]

Budoucnost - cíl 2035

Cíl 2035 je otevřená věda iniciativa s cílem vytvořit chemickou látku[11][21][26][29][30] a / nebo biologické[12][55] nástroje pro celý proteom do roku 2035.[56] Mezi podpůrné projekty, které v současné době probíhají, patří program epigenetických chemických sond SGC,[57][58][59] iniciativa NIH Illuminating the Druggable Genome pro nedostatečně prozkoumané kinázy, GPCR a iontové kanály,[60][61][62] a projekt IMI RESOLUTE na lidských SLC.[19] Tyto týmy jsou propojeny s globální sítí pro spolupráci SGC[2][9][32][48][63][12][55] a Target 2035 má čerpat z těchto zkušeností.

Vybrané publikace

Chemogenomika, degradace proteinů

  • Carter, AJ; Kraemer, O; Zwick, M; Mueller-Farhnow, A; Arrowsmith, CH; Edwards, AM (listopad 2019). "Cíl 2035: sondování lidského proteomu". Objev drog dnes. 24 (11): 2111–2115. doi:10.1016 / j.drudis.2019.06.020. PMID  31278990.
  • Drewry, DH; et al. (2017). "Pokrok směrem k veřejné chemogenomické sadě proteinových kináz a výzva k příspěvkům". PLOS ONE. 12 (8): e0181585. Bibcode:2017PLoSO..1281585D. doi:10.1371 / journal.pone.0181585. PMID  28767711. S2CID  8921338.
  • Schapira, M; Calabrese, MF; Bullock, AN; Crews, CM (prosinec 2019). "Cílená degradace bílkovin: rozšíření sady nástrojů". Recenze přírody Objev drog. 18 (12): 949–963. doi:10.1038 / s41573-019-0047-r. PMID  31666732. S2CID  204942300.
  • Superti-Furga, G; et al. (Červenec 2020). "Konsorcium RESOLUTE: uvolnění transportérů SLC pro objevování léků". Recenze přírody Objev drog. 19 (7): 429. doi:10.1038 / d41573-020-00056-6. PMID  32265506. S2CID  215406274.

Testy buněk odvozené od pacienta

Otevřená věda

Reprodukovatelnost

externí odkazy

Reference

  1. ^ A b Williamson, AR (2000). "Vytvoření strukturálního konsorcia genomiky". Přírodní strukturní biologie. 7: 953. doi:10.1038/80726. PMID  11103997. S2CID  35185565.
  2. ^ A b C Edwards, AM; et al. (2011). "Příliš mnoho silnic není obsazeno". Příroda. 470 (2333): 163–165. arXiv:1102.0448. Bibcode:2011 Natur.470..163E. doi:10.1038 / 470163a. PMID  21307913. S2CID  4429387.
  3. ^ A b Edwards, Aled (září 2008). „Věda s otevřeným zdrojovým kódem umožňující objevování drog“. Objev drog dnes. 13 (17–18): 731–733. doi:10.1016 / j.drudis.2008.04.011. ISSN  1359-6446. PMID  18790412.
  4. ^ A b C Edwards, Aled M .; Bountra, Chas; Kerr, David J .; Willson, Timothy M. (červenec 2009). "Otevřený přístup k chemickým a klinickým sondám na podporu objevování léků". Přírodní chemická biologie. 5 (7): 436–440. doi:10.1038 / nchembio0709-436. ISSN  1552-4469. PMID  19536100.
  5. ^ A b Masum, Hassan; Rao, Aarthi; Dobře, Benjamin M .; Todd, Matthew H .; Edwards, Aled M .; Chan, Leslie; Bunin, Barry A .; Su, Andrew I .; Thomas, Zakir; Bourne, Philip E. (2013). „Deset jednoduchých pravidel pro pěstování otevřené vědy a společného výzkumu a vývoje“. PLOS výpočetní biologie. 9 (9): e1003244. Bibcode:2013PLSCB ... 9E3244M. doi:10.1371 / journal.pcbi.1003244. ISSN  1553-7358. PMC  3784487. PMID  24086123.
  6. ^ Morgan, Maxwell Robert; Roberts, Owen Gwilym; Edwards, Aled Morgan (2018). „Myšlenka a implementace obchodního modelu objevování léčiv otevřené vědy - M4K Pharma“. Vítejte v otevřeném výzkumu. 3: 154. doi:10.12688 / wellcomeopenres.14947.1. ISSN  2398-502X. PMC  6346698. PMID  30705971.
  7. ^ A b Harding, Rachel J. (leden 2019). „Otevřená věda o notebookech může maximalizovat dopad na projekty vzácných onemocnění“. PLOS Biology. 17 (1): e3000120. doi:10.1371 / journal.pbio.3000120. ISSN  1545-7885. PMC  6366684. PMID  30689629.
  8. ^ A b Schapira, Matthieu; Harding, Rachel J. (04.04.2019). „Otevřené notebooky v laboratoři: dobré pro vědu, dobré pro společnost, dobré pro vědce“. F1000Výzkum. 8: 87. doi:10.12688 / F1000Research.17710.2. ISSN  2046-1402. PMC  6694453. PMID  31448096.
  9. ^ A b C d Müller, Susanne; Ackloo, Suzanne; Arrowsmith, Cheryl H .; Bauser, Marcus; Baryza, Jeremy L .; Blagg, Julian; Böttcher, Jark; Bountra, Chas; Brown, Peter J .; Bunnage, Mark E .; Carter, Adrian J. (20. dubna 2018). „Darované chemické sondy pro otevřenou vědu“. eLife. 7. doi:10,7554 / eLife.34311. ISSN  2050-084X. PMC  5910019. PMID  29676732.
  10. ^ Drewry, David H .; Wells, Carrow I .; Zuercher, William J .; Willson, Timothy M. (červen 2019). „Perspektiva extrémní otevřené vědy: společnosti sdílející sloučeniny bez omezení“. SLAS Discovery: Pokrok ve výzkumu a vývoji v oblasti biologických věd. 24 (5): 505–514. doi:10.1177/2472555219838210. ISSN  2472-5560. PMC  6624833. PMID  31034310.
  11. ^ A b C d Wells, Carrow (23. prosince 2019). „The Kinase Chemogenomic Set (KCGS): an open science resource for kinase vulnerability identification“. https://www.biorxiv.org/. doi:10.1101/2019.12.22.886523. S2CID  211132371. Externí odkaz v | web = (Pomoc)
  12. ^ A b C d Laflamme, Carl; McKeever, Paul M .; Kumar, Rahul; Schwartz, Julie; Kolahdouzan, Mahšad; Chen, Carol X .; Ty, Zhipeng; Benaliouad, Faiza; Gileadi, Opher; McBride, Heidi M .; Durcan, Thomas M. (15. října 2019). „Implementace postupu charakterizace protilátek a aplikace na hlavní gen ALS / FTD pro nemoc C9ORF72“. eLife. 8. doi:10,7554 / eLife.48363. ISSN  2050-084X. PMC  6794092. PMID  31612854.
  13. ^ A b C Ensan, Deeba; Smil, David; Zepeda-Velázquez, Carlos A .; Panagopoulos, Dimitrios; Wong, Jong Fu; Williams, Eleanor P .; Adamson, Roslin; Bullock, Alex N .; Kiyota, Taira; Aman, Ahmed; Roberts, Owen G. (2020-05-14). „Cílení na ALK2: přístup otevřené vědy k vývoji terapeutik pro léčbu difuzního vlastního pontinového gliomu“. Journal of Medicinal Chemistry. 63 (9): 4978–4996. doi:10.1021 / acs.jmedchem.0c00395. ISSN  1520-4804. PMID  32369358.
  14. ^ A b "Galerie struktury". SGC. Citováno 2020-09-09.
  15. ^ Collins, Patrick M .; Douangamath, Alice; Talon, Romain; Dias, Alexandre; Brandao-Neto, Jose; Krojer, Tobias; von Delft, Frank (2018). „Dosažení dobrého krystalového systému pro krystalografický rentgenový screening fragmentů“. Metody v enzymologii. 610: 251–264. doi:10.1016 / bs.mie.2018.09.027. ISBN  9780128153833. ISSN  1557-7988. PMID  30390801.
  16. ^ Arrowsmith, Cheryl H .; Bountra, Chas; Fish, Paul V .; Lee, Kevin; Schapira, Matthieu (2013-04-13). „Rodiny epigenetických proteinů: nová hranice pro objevování drog“. Recenze přírody. Objev drog. 11 (5): 384–400. doi:10.1038 / nrd3674. ISSN  1474-1784. PMID  22498752. S2CID  5478921.
  17. ^ Huston, Andrea; Arrowsmith, Cheryl H .; Knapp, Stefan; Schapira, Matthieu (srpen 2015). "Sondování epigenomu". Přírodní chemická biologie. 11 (8): 542–545. doi:10.1038 / nchembio.1871. ISSN  1552-4469. PMID  26196765.
  18. ^ A b César-Razquin, Adrián; Snijder, Berend; Frappier-Brinton, Tristan; Isserlin, Ruth; Gyimesi, Gergely; Bai, Xiaoyun; Reithmeier, Reinhart A .; Hepworth, David; Hediger, Matthias A .; Edwards, Aled M .; Superti-Furga, Giulio (30.07.2015). „Výzva k systematickému výzkumu nosičů látek. Buňka. 162 (3): 478–487. doi:10.1016 / j.cell.2015.07.022. ISSN  1097-4172. PMID  26232220. S2CID  15427088.
  19. ^ A b C d Superti-Furga, Giulio; Lackner, Daniel; Wiedmer, Tabea; Ingles-Prieto, Alvaro; Barbosa, Barbara; Girardi, Enrico; Goldmann, Ulrich; Gürtl, Bettina; Klavins, Kristaps; Klimek, Christoph; Lindinger, Sabrina (červenec 2020). „Konsorcium RESOLUTE: uvolnění transportérů SLC pro objevování léků“. Recenze přírody. Objev drog. 19 (7): 429–430. doi:10.1038 / d41573-020-00056-6. ISSN  1474-1784. PMID  32265506. S2CID  215406274.
  20. ^ Liu, Lihua; Damerell, David R .; Koukouflis, Leonidas; Tong, Yufeng; Marsden, Brian D .; Schapira, Matthieu (15. srpna 2019). „UbiHub: datový uzel pro průzkumníky ubikvitinačních cest“. Bioinformatika (Oxford, Anglie). 35 (16): 2882–2884. doi:10.1093 / bioinformatika / bty1067. ISSN  1367-4811. PMC  6691330. PMID  30601939.
  21. ^ A b Schapira, Matthieu; Calabrese, Matthew F .; Bullock, Alex N .; Crews, Craig M. (prosinec 2019). „Cílená degradace bílkovin: rozšíření sady nástrojů“. Recenze přírody. Objev drog. 18 (12): 949–963. doi:10.1038 / s41573-019-0047-r. ISSN  1474-1784. PMID  31666732. S2CID  204942300.
  22. ^ Harding, Rachel J .; Ferreira de Freitas, Renato; Collins, Patrick; Franzoni, Ivan; Ravichandran, Mani; Ouyang, Hui; Juarez-Ornelas, Kevin A .; Lautens, Mark; Schapira, Matthieu; von Delft, Frank; Santhakumar, Vjayaratnam (9. listopadu 2017). „Antagonisté malých molekul interakce mezi doménou zinku a prstu histon-deacetylázy 6 a ubikvitinem“. Journal of Medicinal Chemistry. 60 (21): 9090–9096. doi:10.1021 / acs.jmedchem.7b00933. ISSN  1520-4804. PMID  29019676.
  23. ^ Ferreira de Freitas, Renato; Harding, Rachel J .; Franzoni, Ivan; Ravichandran, Mani; Mann, Mandeep K .; Ouyang, Hui; Lautens, Mark; Santhakumar, Vijayaratnam; Arrowsmith, Cheryl H .; Schapira, Matthieu (24. května 2018). "Identifikace a vztah mezi strukturou a aktivitou HDAC6 inhibitorů domény vázající se na ubikvitin vázající se na zinek". Journal of Medicinal Chemistry. 61 (10): 4517–4527. doi:10.1021 / acs.jmedchem.8b00258. ISSN  1520-4804. PMID  29741882.
  24. ^ Mann, Mandeep K .; Franzoni, Ivan; de Freitas, Renato Ferreira; Tempel, Wolfram; Houliston, Scott; Smith, Leanna; Vedadi, Masoud; Arrowsmith, Cheryl H .; Harding, Rachel J .; Schapira, Matthieu (27. listopadu 2019). „Objev antagonistů malých molekul v doméně vázající ubikvitin vázající se na zinkový prst USP5“. Journal of Medicinal Chemistry. 62 (22): 10144–10155. doi:10.1021 / acs.jmedchem.9b00988. ISSN  1520-4804. PMID  31663737.
  25. ^ Knapp, Stefan; Arruda, Paulo; Blagg, Julian; Burley, Stephen; Drewry, David H .; Edwards, Aled; Fabbro, Doriano; Gillespie, Paul; Gray, Nathanael S .; Kuster, Bernhard; Lackey, Karen E. (leden 2013). „Partnerství veřejného a soukromého sektoru k odemčení necíleného kinomu“. Přírodní chemická biologie. 9 (1): 3–6. doi:10.1038 / nchembio.1113. ISSN  1552-4469. PMID  23238671.
  26. ^ A b C Drewry, David H .; Wells, Carrow I .; Andrews, David M .; Angell, Richard; Al-Ali, Hassan; Axtman, Alison D .; Capuzzi, Stephen J .; Elkins, Jonathan M .; Ettmayer, Peter; Frederiksen, Mathias; Gileadi, Opher (2017). „Pokrok směrem k veřejné chemogenomické sadě proteinových kináz a výzva k účasti“. PLOS ONE. 12 (8): e0181585. Bibcode:2017PLoSO..1281585D. doi:10.1371 / journal.pone.0181585. ISSN  1932-6203. PMC  5540273. PMID  28767711.
  27. ^ „ChromoHub“. chromohub.thesgc.org. Citováno 2020-09-09.
  28. ^ „UbiHub“. ubihub.thesgc.org. Citováno 2020-09-09.
  29. ^ A b Wu, Qin; Heidenreich, David; Zhou, Stanley; Ackloo, Suzanne; Krämer, Andreas; Nakka, Kiran; Lima-Fernandes, Evelyne; Deblois, Genevieve; Duan, Shili; Vellanki, Ravi N .; Li, Fengling (23. dubna 2019). „Sada chemických nástrojů pro studium bromodomén a epigenetickou signalizaci“. Příroda komunikace. 10 (1): 1915. Bibcode:2019NatCo..10.1915W. doi:10.1038 / s41467-019-09672-2. ISSN  2041-1723. PMC  6478789. PMID  31015424.
  30. ^ A b Scheer, Sebastian; Ackloo, Suzanne; Medina, Tiago S .; Schapira, Matthieu; Li, Fengling; Ward, Jennifer A .; Lewis, Andrew M .; Northrop, Jeffrey P .; Richardson, Paul L .; Kaniskan, H. Ümit; Shen, Yudao (3. ledna 2019). „Soubor nástrojů chemické biologie ke studiu proteinových methyltransferáz a epigenetické signalizace“. Příroda komunikace. 10 (1): 19. Bibcode:2019NatCo..10 ... 19S. doi:10.1038 / s41467-018-07905-4. ISSN  2041-1723. PMC  6318333. PMID  30604761.
  31. ^ Frye, Stephen V. (březen 2010). "Umění chemické sondy". Přírodní chemická biologie. 6 (3): 159–161. doi:10.1038 / nchembio.296. ISSN  1552-4469. PMID  20154659.
  32. ^ A b Arrowsmith, Cheryl H .; Audia, James E .; Austin, Christopher; Baell, Jonathan; Bennett, Jonathan; Blagg, Julian; Bountra, Chas; Brennan, Paul E .; Brown, Peter J .; Bunnage, Mark E .; Buser-Doepner, Carolyn (srpen 2015). „Slib a nebezpečí chemických sond“. Přírodní chemická biologie. 11 (8): 536–541. doi:10.1038 / nchembio.1867. ISSN  1552-4469. PMC  4706458. PMID  26196764.
  33. ^ Blagg, Julian; Workman, Paul (14. srpna 2017). „Vyberte a používejte svou chemickou sondu moudře k prozkoumání biologie rakoviny“. Rakovinová buňka. 32 (2): 268–270. doi:10.1016 / j.ccell.2017.07.010. ISSN  1878-3686. PMC  5559281. PMID  28810148.
  34. ^ Antolin, Albert A .; Tym, Joseph E .; Komianou, Angeliki; Collins, Ian; Workman, Paul; Al-Lazikani, Bissan (15. února 2018). „Objektivní, kvantitativní a na datech založené hodnocení chemických sond“. Cell Chemical Biology. 25 (2): 194–205.e5. doi:10.1016 / j.chembiol.2017.11.004. ISSN  2451-9448. PMC  5814752. PMID  29249694.
  35. ^ Antolin, Albert A .; Workman, Paul; Al-Lazikani, Bissan (2019-11-28). „Veřejné zdroje pro chemické sondy: dosavadní cesta a cesta před námi“. Budoucí léčivá chemie. doi:10.4155 / fmc-2019-0231. ISSN  1756-8927. PMID  31778323.
  36. ^ Picaud, Sarah; Da Costa, David; Thanasopoulou, Angeliki; Filippakopoulos, Panagis; Fish, Paul V .; Philpott, Martin; Fedorov, Oleg; Brennan, Paul; Bunnage, Mark E .; Owen, Dafydd R .; Bradner, James E. (01.06.2013). „PFI-1, vysoce selektivní inhibitor proteinové interakce, zaměřený na BET bromodomény“. Výzkum rakoviny. 73 (11): 3336–3346. doi:10.1158 / 0008-5472.CAN-12-3292. ISSN  1538-7445. PMC  3673830. PMID  23576556.
  37. ^ Filippakopoulos, Panagis; Qi, červen; Picaud, Sarah; Shen, Yao; Smith, William B .; Fedorov, Oleg; Morse, Elizabeth M .; Keates, Tracey; Hickman, Tyler T .; Felletar, Ildiko; Philpott, Martin (23. 12. 2010). „Selektivní inhibice BET bromodomén“. Příroda. 468 (7327): 1067–1073. Bibcode:2010Natur.468.1067F. doi:10.1038 / nature09504. ISSN  1476-4687. PMC  3010259. PMID  20871596.
  38. ^ Liu, Feng; Barsyte-Lovejoy, Dalia; Li, Fengling; Xiong, Yan; Korboukh, Victoria; Huang, Xi-Ping; Allali-Hassani, Abdellah; Janzen, William P .; Roth, Bryan L .; Frye, Stephen V .; Arrowsmith, Cheryl H. (2013-11-14). „Objev in vivo chemické sondy lysinmethyltransferáz G9a a GLP“. Journal of Medicinal Chemistry. 56 (21): 8931–8942. doi:10.1021 / jm401480r. ISSN  1520-4804. PMC  3880643. PMID  24102134.
  39. ^ Konze, Kyle D .; Ma, Anqi; Li, Fengling; Barsyte-Lovejoy, Dalia; Parton, Trevor; Macnevin, Christopher J .; Liu, Feng; Gao, Cen; Huang, Xi-Ping; Kuzněcovová, Jekatěrina; Rougie, Marie (2013). „Perorálně biologicky dostupná chemická sonda lysinmethyltransferáz EZH2 a EZH1“. ACS Chemická biologie. 8 (6): 1324–1334. doi:10.1021 / cb400133j. ISSN  1554-8937. PMC  3773059. PMID  23614352.
  40. ^ Bonday, Zahid Q .; Cortez, Guillermo S .; Grogan, Michael J .; Antonysamy, Stephen; Weichert, Ken; Bocchinfuso, Wayne P .; Li, Fengling; Kennedy, Steven; Li, Binghui; Mader, Mary M .; Arrowsmith, Cheryl H. (2018-04-23). „LLY-283, silný a selektivní inhibitor arginin methyltransferázy 5, PRMT5, s protinádorovou aktivitou“. Dopisy ACS pro léčivou chemii. 9 (7): 612–617. doi:10.1021 / acsmedchemlett.8b00014. ISSN  1948-5875. PMC  6047023. PMID  30034588.
  41. ^ Duncan, Kenneth W .; Rioux, Nathalie; Boriack-Sjodin, P. Ann; Munchhof, Michael J .; Reiter, Lawrence A .; Majer, Christina R .; Jin, Lei; Johnston, L. Danielle; Chan-Penebre, Elayne; Kuplast, Kristy G .; Porter Scott, Margaret (11.02.2016). "Struktura a návrh s naváděním vlastností při identifikaci směsi nástrojů PRMT5 EPZ015666". Dopisy ACS pro léčivou chemii. 7 (2): 162–166. doi:10.1021 / acsmedchemlett.5b00380. ISSN  1948-5875. PMC  4753547. PMID  26985292.
  42. ^ Grebien, Florian; Vedadi, Masoud; Getlik, Matthäus; Giambruno, Roberto; Grover, Amit; Avellino, Roberto; Skucha, Anna; Vittori, Sarah; Kuzněcovová, Jekatěrina; Smil, David; Barsyte-Lovejoy, Dalia (srpen 2015). "Farmakologické cílení interakce Wdr5-MLL u C / EBPα N-terminální leukémie". Přírodní chemická biologie. 11 (8): 571–578. doi:10.1038 / nchembio.1859. ISSN  1552-4469. PMC  4511833. PMID  26167872.
  43. ^ Roskoski, Robert (červen 2019). "Vlastnosti inhibitorů proteinových kináz s malými molekulami schválených FDA". Farmakologický výzkum. 144: 19–50. doi:10.1016 / j.phrs.2019.03.006. ISSN  1096-1186. PMID  30877063.
  44. ^ Wilson, LJ; et al. (2018). „Nové perspektivy, příležitost a výzvy při zkoumání kinomu lidského proteinu“. Výzkum rakoviny. 78 (1): 15–29. doi:10.1158 / 0008-5472.CAN-17-2291. PMID  29254998.
  45. ^ Sorget, Nienke; et al. (2020). „Zkoumání nedostatečně lidského kinomu pro výzkumné a terapeutické příležitosti“ (PDF). https://www.biorxiv.org. doi:10.1101/2020.04.02.022277. S2CID  215404186. Externí odkaz v | web = (Pomoc)
  46. ^ Buljan, M; et al. (2020). „Síť pro interakci kináz rozšiřuje funkční a nemocné role lidských kináz“. Molekulární buňka. 79 (3): 504–520.e9. doi:10.1016 / j.molcel.2020.07.001. PMC  7427327. PMID  32707033. S2CID  220746851.
  47. ^ „Target Enabling Packages (TEPs)“. SGC. 2016-06-13. Citováno 2020-09-09.
  48. ^ A b Edwards, Aled M .; Arrowsmith, Cheryl H .; Bountra, Chas; Bunnage, Mark E .; Feldmann, Marc; Knight, Julian C .; Patel, Dhavalkumar D .; Prinos, Panagiotis; Taylor, Michael D .; Sundström, Michael; SGC Open Source Target-Discovery Partnership (březen 2015). "Předklinické ověření cíle pomocí buněk odvozených od pacienta". Recenze přírody. Objev drog. 14 (3): 149–150. doi:10.1038 / nrd4565. ISSN  1474-1784. PMID  25722227. S2CID  2423838.
  49. ^ Hoag, Hannah (2009). „Richard Gold“. Přírodní biotechnologie. 27 (5): 409. doi:10.1038 / nbt0509-409. ISSN  1546-1696. PMID  19430435. S2CID  34394262.
  50. ^ Edwards, Aled; Morgan, Max; Al Chawaf, Arij; Andrusiak, Kerry; Charney, Rachel; Cynader, Zarya; ElDessouki, Ahmed; Lee, Yunjeong; Moeser, Andrew; Stern, Simon; Zuercher, William J. (31. května 2017). „Důvěryhodný přístup ke sdílení výzkumných činidel“. Science Translational Medicine. 9 (392): eaai9055. doi:10.1126 / scitranslmed.aai9055. ISSN  1946-6242. PMID  28566431. S2CID  4020927.
  51. ^ "Chemické sondy". SGC. 2019-04-08. Citováno 2020-09-09.
  52. ^ Harding, Rachel (19. října 2016). „Otevřený přístup k výzkumu Huntingtonovy nemoci“. přírodní blogy.
  53. ^ Vedadi, Masoud; Lew, Jocelyne; Artz, Jennifer; Amani, Mehrnaz; Zhao, Yong; Dong, Aiping; Wasney, Gregory A .; Gao, Mian; Hills, Tanya; Brokx, Stephen; Qiu, Wei (leden 2007). „Exprese proteinu v genomu a strukturní biologie Plasmodium falciparum a příbuzných organismů Apicomplexan“. Molekulární a biochemická parazitologie. 151 (1): 100–110. doi:10.1016 / j.molbiopara.2006.10.011. ISSN  0166-6851. PMID  17125854.
  54. ^ Frye, Stephen V .; Arkin, Michelle R .; Arrowsmith, Cheryl H .; Conn, P. Jeffrey; Glicksman, Marcie A .; Hull-Ryde, Emily A .; Slusher, Barbara S. (listopad 2015). "Řešení reprodukovatelnosti při akademickém předklinickém objevu léků". Recenze přírody. Objev drog. 14 (11): 733–734. doi:10.1038 / nrd4737. ISSN  1474-1784. PMID  26388229. S2CID  205478934.
  55. ^ A b C Marcon, Edyta; Jain, Harshika; Bhattacharya, Anandi; Guo, Hongbo; Phanse, Sadhna; Pu, Shuye; Byram, Gregory; Collins, Ben C .; Dowdell, Evan; Fenner, Maria; Guo, Xinghua (srpen 2015). "Posouzení metody k charakterizaci selektivity a specificity protilátek pro použití v imunoprecipitaci". Přírodní metody. 12 (8): 725–731. doi:10.1038 / nmeth.3472. ISSN  1548-7105. PMID  26121405. S2CID  205423964.
  56. ^ Carter, Adrian J .; Kraemer, Oliver; Zwick, Matthias; Mueller-Fahrnow, Anke; Arrowsmith, Cheryl H .; Edwards, Aled M. (listopad 2019). „Cíl 2035: sondování lidského proteomu“. Objev drog dnes. 24 (11): 2111–2115. doi:10.1016 / j.drudis.2019.06.020. ISSN  1878-5832. PMID  31278990.
  57. ^ Schapira, Matthieu; Tyers, Mike; Torrent, Maricel; Arrowsmith, Cheryl H. (listopad 2017). „Proteiny opakující se domény WD40: nová cílová třída?“. Recenze přírody. Objev drog. 16 (11): 773–786. doi:10.1038 / nrd.2017.179. ISSN  1474-1784. PMC  5975957. PMID  29026209.
  58. ^ Song, Richard; Wang, Zhong-Duo; Schapira, Matthieu (6. října 2017). „Sdružení nemocí a drogová závislost opakovaných proteinů WD40“. Journal of Proteome Research. 16 (10): 3766–3773. doi:10.1021 / acs.jproteome.7b00451. ISSN  1535-3907. PMID  28956604.
  59. ^ Wang, Jiayan; Yazdani, Setayesh; Han, Ana; Schapira, Matthieu (březen 2020). "Strukturovaný pohled na drogový genom". Objev drog dnes. 25 (3): 561–567. doi:10.1016 / j.drudis.2020.02.006. ISSN  1878-5832. PMID  32084498.
  60. ^ Wacker, Daniel; Stevens, Raymond C .; Roth, Bryan L. (2017-07-27). „Jak ligandy osvětlují molekulární farmakologii GPCR“. Buňka. 170 (3): 414–427. doi:10.1016 / j.cell.2017.07.009. ISSN  1097-4172. PMC  5560499. PMID  28753422.
  61. ^ Roth, Bryan L .; Irwin, John J .; Shoichet, Brian K. (listopad 2017). „Objev nových ligandů GPCR pro osvětlení nové biologie“. Přírodní chemická biologie. 13 (11): 1143–1151. doi:10.1038 / nchembio.2490. ISSN  1552-4469. PMC  5835362. PMID  29045379.
  62. ^ Roth, Bryan L. (srpen 2019). "Jak struktura informuje a transformuje chemogenetiku". Aktuální názor na strukturní biologii. 57: 9–16. doi:10.1016 / j.sbi.2019.01.016. ISSN  1879-033X. PMID  30818201.
  63. ^ Edwards, Aled (2016-03-17). „Reprodukovatelnost: spolupracujte s průmyslem“. Příroda. 531 (7594): 299–301. Bibcode:2016Natur.531..299E. doi:10.1038 / 531299a. ISSN  1476-4687. PMID  26983524. S2CID  4467772.