Rodina glykosidové hydrolázy 19 - Glycoside hydrolase family 19 - Wikipedia

Rodina glykosylhydroláz 19
PDB 2baa EBI.jpg
rafinovaná krystalová struktura endochitinázy z Hordeum vulgare l. semena na rozlišení 1,8 angstromů
Identifikátory
SymbolGlyco_hydro_19
PfamPF00182
Pfam klanCL0037
InterProIPR000726
STRÁNKAPDOC00620
SCOP22baa / Rozsah / SUPFAM
CAZyGH19
CDDcd00325

V molekulární biologii Rodina glykosid hydrolázy 19 je rodina z glykosidové hydrolázy.

Glykosidové hydrolázy ES 3.2.1. jsou rozšířenou skupinou enzymů, které hydrolyzovat the glykosidová vazba mezi dvěma nebo více sacharidy nebo mezi sacharidovou a ne-sacharidovou skupinou. Klasifikační systém pro glykosidové hydrolázy, založený na sekvenční podobnosti, vedl k definici> 100 různých rodin.[1][2][3] Tato klasifikace je k dispozici na internetu CAZy webová stránka,[4][5] a také diskutována na CAZypedii, online encyklopedii sacharidově aktivních enzymů.[6][7] y [_] 9

Rodina glykosid hydrolázy 19 CAZY GH_19 obsahuje enzymy pouze s jednou známou aktivitou; chitináza (ES 3.2.1.14 ).

Chitinázy[8] jsou enzymy, které katalyzují hydrolýzu vazeb beta-1,4-N-acetyl-D-glukosaminu v chitinových polymerech. Chitinázy patří do rodin glykosidhydrolázy 18 nebo 19.[9] Chitinázy z rodiny 19 (také známé jako třídy IA nebo I a IB nebo II) jsou enzymy z rostlin, které fungují při obraně proti plísňový a hmyz patogeny zničením jejich chitinů buněčná stěna. Enzymy třídy IA / I a IB / II se liší přítomností (IA / I) nebo absencí (IB / II) N-koncové domény vázající chitin. Katalytická doména těchto enzymů se skládá z přibližně 220 až 230 aminokyselinových zbytků.

Aktivní stránky

Aktivní místo rodiny gykosidhydrolázy 19 papájové chitinázy (PDB: 3cql​).[10] Jsou zobrazeny konzervované zbytky obklopující katalytickou kyselinu Glu67. Vazba jednotky GlcNAc2 v podřízených webech -1 a +1 je zobrazena v úzkém znázornění páčky a šipka označuje polohu glykosidického kyslíku.

Enzymy GH19 mají konzervovaný sekvenční motiv ([FHY] -GRG- [AP] -ζ-Q- [IL] - [ST] - [FHYW] - [HN] - [FY] - [NY], ζ = hydrofilní amino kyselina) ve svém aktivním místě.[11]

Reference

  1. ^ Henrissat B, Callebaut I, Fabrega S, Lehn P, Mornon JP, Davies G (červenec 1995). „Zachovalý katalytický aparát a předpověď společného záhybu pro několik rodin glykosylových hydroláz“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 92 (15): 7090–4. Bibcode:1995PNAS ... 92.7090H. doi:10.1073 / pnas.92.15.7090. PMC  41477. PMID  7624375.
  2. ^ Davies G, Henrissat B (září 1995). "Struktury a mechanismy glykosylhydroláz". Struktura. 3 (9): 853–9. doi:10.1016 / S0969-2126 (01) 00220-9. PMID  8535779.
  3. ^ Henrissat B, Bairoch A (červen 1996). „Aktualizace klasifikace glykosylhydroláz na základě sekvence“. The Biochemical Journal. 316 (Pt 2) (Pt 2): 695–6. doi:10.1042 / bj3160695. PMC  1217404. PMID  8687420.
  4. ^ "Domov". CAZy.org. Citováno 2018-03-06.
  5. ^ Lombard V, Golaconda Ramulu H, Drula E, Coutinho PM, Henrissat B (leden 2014). „Databáze enzymů aktivních ze sacharidů (CAZy) v roce 2013“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (Problém s databází): D490-5. doi:10.1093 / nar / gkt1178. PMC  3965031. PMID  24270786.
  6. ^ "Glykosid Hydroláza Rodina 19". CAZypedia.org. Citováno 2018-03-06.
  7. ^ Konsorcium CAZypedia (prosinec 2018). „Deset let CAZypedie: živá encyklopedie enzymů aktivních ze sacharidů“ (PDF). Glykobiologie. 28 (1): 3–8. doi:10.1093 / glycob / cwx089. PMID  29040563.
  8. ^ Flach J, Pilet PE, Jollès P (srpen 1992). „Co je nového ve výzkumu chitinázy?“. Experientia. 48 (8): 701–16. doi:10.1007 / BF02124285. PMID  1516675. S2CID  37362071.
  9. ^ Henrissat B (prosinec 1991). „Klasifikace glykosylhydroláz na základě podobnosti aminokyselinové sekvence“. The Biochemical Journal. 280 (Pt 2) (2): 309–16. doi:10.1042 / bj2800309. PMC  1130547. PMID  1747104.
  10. ^ Eijsink V, Hoell I, Vaaje-Kolstada G (01.01.2010). "Struktura a funkce enzymů působících na chitin a chitosan". Recenze biotechnologií a genetického inženýrství. 27 (1): 331–66. doi:10.1080/02648725.2010.10648156. PMID  21415904.
  11. ^ Udaya Prakash NA, Jayanthi M, Sabarinathan R, Kangueane P, Mathew L, Sekar K (květen 2010). "Evoluce, zachování homologie a identifikace jedinečných signatur sekvence v chitinázách rodiny GH19". Journal of Molecular Evolution. 70 (5): 466–78. Bibcode:2010JMolE..70..466U. doi:10.1007 / s00239-010-9345-z. PMID  20480157. S2CID  2202745.
Tento článek včlení text od public domain Pfam a InterPro: IPR000726