CAZy - CAZy - Wikipedia

Tento článek je o databázi. Pro komunitu ve Spojených státech viz Cazy, Západní Virginie.
CAZy
Database.png
Obsah
Popisdatabáze sacharidů aktivních enzymů
Kontakt
Výzkumné centrumAFMB, Francouzské národní centrum pro vědecký výzkum
LaboratořGlykogenomická skupina
Primární citaceLombard a spol. (2014)[1]
Přístup
webová stránkahttp://www.cazy.org/
Nástroje
Webhttp://research.ahv.dk/cazy

http://mothra.ornl.gov/cgi-bin/cat/cat.cgi

http://csbl.bmb.uga.edu/dbCAN/

CAZy je databáze enzymů aktivních ze sacharidů (CAZymes).[1][2] Databáze obsahuje klasifikaci a související informace o enzymy podílí se na syntéze, metabolismu a rozpoznávání komplexu sacharidy, tj. disacharidy, oligosacharidy, polysacharidy, a glykokonjugáty. V databázi jsou zahrnuty rodiny glykosidové hydrolázy,[3] glykosyltransferázy,[4] polysacharid lyázy,[5] uhlohydrát esterázy,[6] a nekatalytické moduly vázající sacharidy.[7] Databáze CAZy také zahrnuje klasifikaci pomocné činnosti redox enzymy podílející se na rozkladu lignocelulóza.[8]

Společnost CAZy byla založena v roce 1999 s cílem poskytovat online a neustále aktualizovaný přístup k internetu proteinová sekvence - rodinná klasifikace CAZymes,[1] který byl původně vyvinut na počátku 90. let za účelem klasifikace glykosidové hydrolázy.[9] Nové položky se přidávají krátce poté, co se objeví v denních verzích aplikace GenBank. Rychlý vývoj vysoké propustnosti Sekvenování DNA má za následek pokračující exponenciální růst databáze CAZy,[1][2][9] který nyní pokrývá stovky tisíc sekvencí.[10] CAZy pokračuje v kurátorství a vývoji skupiny glykogenomiky na AFMB, výzkumném středisku přidruženém k Francouzské národní centrum pro vědecký výzkum a Univerzita v Aix-Marseille.[11][12]

Databáze CAZy je spojena s CAZypedia, který byl zahájen v roce 2007 jako výzkumná komunita, wiki encyklopedie CAZymes.[13]

Klasifikace

CAZy identifikuje evolučně příbuzné rodiny glykosylových hydroláz pomocí klasifikace zavedené Bernardem Henrissatem.[3][9][14] Těmto rodinám je přiděleno číslo, které je identifikuje, například Rodina glykosylhydrolázy 1 obsahuje enzymy, které mají a Hlaveň TIM složit. Tyto rodiny jsou seskupeny do 14 různých klanů, které sdílejí strukturální podobnost. CAZy obsahuje 94 rodin enzymů glykosyltransferázy,[4] 22 rodin polysacharidových lyzáz[5] a 16 rodin esteráz uhlohydrátů.

Reference

  1. ^ A b C d Lombard, V .; Golaconda Ramulu, H .; Drula, E .; Coutinho, P. M .; Henrissat, B. (2014). „Databáze enzymů aktivních ze sacharidů (CAZy) v roce 2013“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (D1): D490 – D495. doi:10.1093 / nar / gkt1178. PMC  3965031. PMID  24270786.
  2. ^ A b Cantarel BL, Coutinho PM, Rancurel C, Bernard T, Lombard V, Henrissat B (leden 2009). „The Carbohydrate-Active EnZymes database (CAZy): an expert resource for Glycogenomics“. Nucleic Acids Res. 37 (Problém s databází): D233–8. doi:10.1093 / nar / gkn663. PMC  2686590. PMID  18838391.
  3. ^ A b Henrissat, B .; Davies, G. (1997). "Strukturální a sekvenční klasifikace glykosidových hydroláz". Aktuální názor na strukturní biologii. 7 (5): 637–644. doi:10.1016 / S0959-440X (97) 80072-3. PMID  9345621.
  4. ^ A b Coutinho, P. M .; Deleury, E .; Davies, G. J .; Henrissat, B. (2003). "Vyvíjející se hierarchická klasifikace rodin pro glykosyltransferázy". Journal of Molecular Biology. 328 (2): 307–317. doi:10.1016 / S0022-2836 (03) 00307-3. PMID  12691742.
  5. ^ A b Lombard, V .; Bernard, T .; Rancurel, C .; Brumer, H .; Coutinho, P. M .; Henrissat, B. (2010). „Hierarchická klasifikace polysacharidových lyáz pro glykogenomiku“. Biochemical Journal. 432 (3): 437–444. doi:10.1042 / BJ20101185. PMID  20925655.
  6. ^ Nakamura, Aline M .; Nascimento, Alessandro S .; Polikarpov, Igor (2017). "Strukturní rozmanitost sacharidových esteráz". Biotechnologický výzkum a inovace. 1 (1): 35–51. doi:10.1016 / j.biori.2017.02.001.
  7. ^ Armenta, Silvia; Moreno-Mendieta, Silvia; Sánchez-Cuapio, Zaira; Sánchez, Sergio; Rodríguez-Sanoja, Romina (2017). „Pokroky v molekulárním inženýrství modulů vázajících sacharidy“. Proteiny. 85 (9): 1602–1617. doi:10,1002 / prot. 25327. PMID  28547780.
  8. ^ Levasseur A, Drula E, Lombard V, Coutinho PM, Henrissat B (březen 2013). „Rozšíření enzymatického repertoáru databáze CAZy o integraci pomocných redoxních enzymů“. Biotechnol Biopaliva. 6 (1): 41. doi:10.1186/1754-6834-6-41. PMC  3620520. PMID  23514094.
  9. ^ A b C Davies GJ, Sinnott ML (2008). „Třídění rozmanitých: Sekvenční klasifikace enzymů aktivních ze sacharidů“ (PDF). Biochemik. 30 (4): 26–32. doi:10.1042 / BIO03004026.
  10. ^ Aktuální statistiky jsou k dispozici u každého Glykosid hydroláza, Glykosyltransferáza, Polysacharid lyáza, Esteráza sacharidů, Pomocná činnost, a Modul vázající sacharidy stránka sekce.
  11. ^ "O". CAZy.org. Citováno 3. září 2014.
  12. ^ „AFMB UMR 7257 - UMR7257: CNRS - AIX MARSEILLE UNIV“. www.afmb.univ-mrs.fr. Citováno 3. září 2014.
  13. ^ Konsorcium CAZypedia (2018). „Deset let CAZypedie: živá encyklopedie enzymů aktivních ze sacharidů“. Glykobiologie. 28 (1): 3–8. doi:10.1093 / glycob / cwx089. PMID  29040563.
  14. ^ Henrissat, B. (1991). "Klasifikace glykosylhydroláz na základě podobností aminokyselinových sekvencí". The Biochemical Journal. 280 (Pt 2): 309–316. doi:10.1042 / bj2800309. PMC  1130547. PMID  1747104.

externí odkazy