Rodina glykosid hydrolázy 15 - Glycoside hydrolase family 15 - Wikipedia

Rodina glykosylhydroláz 15
Identifikátory
SymbolGlyco_hydro_15
PfamPF00723
Pfam klanCL0059
SCOP21glm / Rozsah / SUPFAM
CAZyGH15

V molekulární biologii rodina glykosid hydrolázy 15 je rodina z glykosidové hydrolázy.

Glykosidové hydrolázy ES 3.2.1. jsou rozšířenou skupinou enzymů, které hydrolyzovat the glykosidová vazba mezi dvěma nebo více sacharidy nebo mezi sacharidovou a ne-sacharidovou skupinou. Klasifikační systém pro glykosidové hydrolázy, založený na sekvenční podobnosti, vedl k definici> 100 různých rodin.[1][2][3] Tato klasifikace je k dispozici na internetu CAZy webová stránka,[4][5] a také diskutována na CAZypedii, online encyklopedii sacharidově aktivních enzymů.[6][7] y [_] 9

Rodina glykosid hydrolázy 15 CAZY GH_15 obsahuje enzymy s několika známými aktivitami; glukoamyláza (ES 3.2.1.3 ); alfa-glukosidáza (ES 3.2.1.20 ); glucodextranáza (ES 3.2.1.70 ).

Glukoamyláza (GA) katalyzuje uvolňování D-glukóza z neredukujících konců škrobu a jiných oligosacharidů nebo polysacharidů. Studie z plísňový GA ukázaly 3 těsně seskupené kyselé zbytky, které hrají roli v katalytickém mechanismu.[8] Tato oblast je také konzervována v nedávno sekvenované bakteriální GA.[9]

3D struktura pseudotetrasacharid akarbóza v komplexu s glukoamylázou II (471) z Aspergillus awamori var. X100 byla stanovena na 2,4A rozlišení.[10] Protein patří do převážně třídy alfa a obsahuje 19 šroubovice a 9 prameny.

Reference

  1. ^ Henrissat B, Callebaut I, Fabrega S, Lehn P, Mornon JP, Davies G (červenec 1995). „Zachovalý katalytický aparát a předpověď společného záhybu pro několik rodin glykosylových hydroláz“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 92 (15): 7090–4. Bibcode:1995PNAS ... 92.7090H. doi:10.1073 / pnas.92.15.7090. PMC  41477. PMID  7624375.
  2. ^ Davies G, Henrissat B (září 1995). "Struktury a mechanismy glykosylhydroláz". Struktura. 3 (9): 853–9. doi:10.1016 / S0969-2126 (01) 00220-9. PMID  8535779.
  3. ^ Henrissat B, Bairoch A (červen 1996). „Aktualizace klasifikace glykosylhydroláz na základě sekvence“. The Biochemical Journal. 316 (Pt 2) (Pt 2): 695–6. doi:10.1042 / bj3160695. PMC  1217404. PMID  8687420.
  4. ^ "Domov". CAZy.org. Citováno 2018-03-06.
  5. ^ Lombard V, Golaconda Ramulu H, Drula E, Coutinho PM, Henrissat B (leden 2014). „Databáze enzymů aktivních ze sacharidů (CAZy) v roce 2013“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (Problém s databází): D490-5. doi:10.1093 / nar / gkt1178. PMC  3965031. PMID  24270786.
  6. ^ "Glykosid Hydroláza Rodina 15". CAZypedia.org. Citováno 2018-03-06.
  7. ^ Konsorcium CAZypedia (prosinec 2018). „Deset let CAZypedie: živá encyklopedie enzymů aktivních ze sacharidů“ (PDF). Glykobiologie. 28 (1): 3–8. doi:10.1093 / glycob / cwx089. hdl:21.11116 / 0000-0003-B7EB-6. PMID  29040563.
  8. ^ Sierks MR, Ford C, Reilly PJ, Svensson B (leden 1990). "Katalytický mechanismus fungální glukoamylázy, jak je definován mutagenezí Asp176, Glu179 a Glu180 v enzymu z Aspergillus awamori". Proteinové inženýrství. 3 (3): 193–8. doi:10.1093 / protein / 3.3.193. PMID  1970434.
  9. ^ Ohnishi H, Kitamura H, Minowa T, Sakai H, Ohta T (červenec 1992). "Molekulární klonování genu pro glukoamylázu z termofilního Clostridium a kinetika klonovaného enzymu". European Journal of Biochemistry. 207 (2): 413–8. doi:10.1111 / j.1432-1033.1992.tb17064.x. PMID  1633799.
  10. ^ Aleshin AE, Firsov LM, Honzatko RB (červen 1994). "Rafinovaná struktura komplexu akarbózy s glukoamylázou z Aspergillus awamori var. X100 na rozlišení 2,4-A". The Journal of Biological Chemistry. 269 (22): 15631–9. PMID  8195212.