Jednovláknový vazebný protein - Single-stranded binding protein

SSB
PDB 1v1q EBI.jpg
Krystalová struktura PriB - protein replikace primosomální DNA z Escherichia coli
Identifikátory
SymbolSSB
PfamPF00436
Pfam klanCL0021
InterProIPR000424
STRÁNKAPDOC00602
SCOP21 kw / Rozsah / SUPFAM
TCDB3.A.7

Jednovláknové vazebné proteiny (SSB) jsou třídou proteinů, které byly identifikovány jak ve virech, tak v organismech od bakterií po člověka.

Virová SSB

Viral_DNA_bp
PDB 1urj EBI.jpg
Jednovláknový protein vázající DNA (icp8) z herpes simplex virus-1
Identifikátory
SymbolViral_DNA_bp
PfamPF00747
InterProIPR000635

Ačkoli celkový obraz o člověk cytomegalovirus (HHV-5) syntéza DNA se jeví jako typická pro herpesviry, objevují se některé nové rysy.

Struktura

V ICP8 je virus herpes simplex (HSV-1) jednořetězcový protein vázající DNA (protein vázající ssDNA (SSB)), hlava se skládá z osmi alfa helixy. Přední strana oblasti krku sestává z pěti pramenů beta-list a dvě alfa helixy, zatímco zadní strana je třívláknová beta-plachta Ramenní část N-terminál doména obsahuje oblast alfa-šroubovice a beta listu.[1] The virus herpes simplex (HSV-1) SSB, ICP8, je jaderný protein, který je spolu s dalšími replikačními proteiny nezbytný pro replikaci virové DNA během lytické infekce.[1]

Mechanismus

Šest herpetických virů - společných geny zakódovat bílkoviny které pravděpodobně tvoří replikace vidlicový strojní zařízení, včetně dvou podjednotkové DNA polymerázy, a Komplex helikáza-primáza a jednořetězcový protein vázající DNA.[2] The člověk herpesvirus 1 (HHV-1) jednořetězcový protein vázající DNA ICP8 je 128 kDa zinek metaloprotein. Fotoafinitní označení ukázal, že region zahrnuje aminokyselina zbytky 368-902 obsahují jednořetězcové DNA vazebné místo ICP8.[3] HHHV-1 UL5, UL8 a UL52 geny zakódovat zásadní heterotrimerní DNA helikáza-primáza, která je zodpovědná za současné odvíjení DNA a primer syntéza na virový DNA replikační vidlice. ICP8 může stimulovat odvíjení DNA a umožňovat obtok DNA poškozené cisplatinou náborem helikáza-primázy do DNA.[4]

Bakteriální SSB

SSB proteinové domény v bakterie jsou důležité udržovat Metabolismus DNA, konkrétněji replikace DNA, oprava a rekombinace.[5] Má strukturu tří beta řetězců k jednomu šesti vláknu beta-list vytvořit a dimer.[6]

Eukaryotický replikační protein A

Replikační protein A
(heterotrimer)
1L1O Replikační protein A.png
Toto je obraz lidského replikačního proteinu A. Od PDB: 1L1O​ Proteopedia protein A Replikace protein A
Funkcepoškozená vazba DNA, vazba jednovláknové DNA
Název podjednotkyGenChromozomální lokus
Replikační protein A1RPA1Chr. 17 p13.3
Replikační protein A2RPA2Chr. 1 p35.3
Replikační protein A3RPA3Chr. 7 p21.3

Replikační protein A je funkční ekvivalent SSB v jádru eukaryotických buněk, ačkoli neexistuje žádná sekvenční homologie.

Eukaryotické mitochondriální SSB

Mitochondrie eukaryotických buněk obsahují svůj vlastní jednovláknový protein vázající DNA. Lidský mitochondriální SSB (mtSSB) se váže na jednovláknovou mitochondriální DNA jako tetramer a má sekvenční podobnost s bakteriálním SSB.[7] Lidský mtSSB je kódován SSBP1 gen. V kvasinkách je kódován genem RIM1.[8]

Role v opravách genomu a proti stárnutí

Nedávno bylo zjištěno, že 1. pomáhá chránit genom, 2. je životně důležitý pro kmenové buňky a 3. podílí se na udržování délky telomer.[9][10][11]

Viz také

Reference

  1. ^ A b Mapelli M, Panjikar S, Tucker PA (2005). „Krystalová struktura proteinu vázajícího ssDNA na virus 1 herpes simplex naznačuje strukturální základ pro flexibilní kooperativní jednořetězcovou vazbu DNA“. J Biol Chem. 280 (4): 2990–7. doi:10,1074 / jbc.M406780200. PMID  15507432.
  2. ^ Anders DG, McCue LA (1996). "Geny a proteiny lidského cytomegaloviru potřebné pro syntézu DNA". Intervirologie. 39 (5–6): 378–88. doi:10.1159/000150508. PMID  9130047.
  3. ^ White EJ, Boehmer PE (říjen 1999). „Fotoafinitní značení jednovláknového proteinu vázajícího DNA viru herpes simplex typu 1 (ICP8) s oligodeoxyribonukleotidy“. Biochem. Biophys. Res. Commun. 264 (2): 493–7. doi:10.1006 / bbrc.1999.1566. PMID  10529391.
  4. ^ Tanguy Le Gac N, Villani G, Boehmer PE (květen 1998). „Jednovláknový protein vázající DNA typu 1 viru herpes simplex typu I (ICP8) zvyšuje schopnost virové DNA helikáza-primázy odvíjet DNA modifikovanou cisplatinou“. J. Biol. Chem. 273 (22): 13801–7. doi:10.1074 / jbc.273.22.13801. PMID  9593724.
  5. ^ Meyer RR, Laine PS (prosinec 1990). „Jednovláknový protein vázající DNA Escherichia coli“. Microbiol. Rev. 54 (4): 342–80. doi:10.1128 / MMBR.54.4.342-380.1990. PMC  372786. PMID  2087220.
  6. ^ Raghunathan S, Ricard CS, Lohman TM, Waksman G (červen 1997). „Krystalová struktura homotetramerické vazebné domény DNA jednovláknového proteinu vázajícího DNA Escherichia coli stanovena rentgenovou difrakcí s více vlnovými délkami na selenomethionylovém proteinu v rozlišení 2,9-A“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 94 (13): 6652–7. doi:10.1073 / pnas.94.13.6652. PMC  21213. PMID  9192620.
  7. ^ Tiranti, V; Rocchi, M; DiDonato, S; Zeviani, M (30. dubna 1993). „Klonování lidských a krysích cDNA kódujících mitochondriální jednovláknový protein vázající DNA (SSB)“. Gen. 126 (2): 219–25. doi:10.1016 / 0378-1119 (93) 90370-i. PMID  8482537.
  8. ^ Van Dyck, E; Foury, F; Stillman, B; Brill, SJ (září 1992). „Jednovláknový protein vázající DNA požadovaný pro replikaci mitochondriální DNA v S. cerevisiae je homologní s E. coli SSB“. Časopis EMBO. 11 (9): 3421–30. doi:10.1002 / j.1460-2075.1992.tb05421.x. PMC  556877. PMID  1324172.
  9. ^ Pfeifer, Matthias; Brem, Reto; Lippert, Timothy P .; Boulianne, Bryant; Ho, Howin Ng; Robinson, Mark E .; Stebbing, Justin; Feldhahn, Niklas (15. června 2019). „Proteiny SSB1 / SSB2 chrání vývoj B buněk ochranou genů prekurzorů B buněk“. The Journal of Immunology. 202 (12): 3423–3433. doi:10,4049 / jimmunol.1801618. PMC  6545462. PMID  31085591.
  10. ^ Shi, Wei; Vu, Therese; Boucher, Didier; Biernacka, Anna; Nde, Jules; Pandita, Raj K .; Straube, Jasmin; Boyle, Glen M .; Al-Ejeh, Fares; Nag, Purba; Jeffery, Jessie; Harris, Janelle L .; Bain, Amanda L .; Grzelak, Marta; Skrzypczak, Magdalena; Mitra, Abhishek; Dojer, Norbert; Crosetto, Nicola; Cloonan, Nicole; Becherel, Olivier J .; Finnie, John; Skaar, Jeffrey R .; Walkley, Carl R .; Pandita, Tej K .; Rowicka, Maga; Ginalski, Krzysztof; Lane, Steven W .; Khanna, Kum Kum (4. května 2017). „Ssb1 a Ssb2 spolupracují na regulaci myších hematopoetických kmenových a progenitorových buněk řešením replikativního stresu“. Krev. 129 (18): 2479–2492. doi:10.1182 / krev-2016-06-725093. PMC  5418634. PMID  28270450.
  11. ^ Pandita, R. K .; Chow, T. T .; Udayakumar, D .; Bain, A.L .; Cubeddu, L .; Hunt, C. R .; Shi, W .; Horikoshi, N .; Zhao, Y .; Wright, W. E .; Khanna, K. K .; Shay, J. W .; Pandita, T. K. (14. ledna 2015). „Single-Strand DNA-Binding Protein SSB1 Facilitates TERT Recruitment to Telomeres and Maintain Telomere G-Overhangs“. Výzkum rakoviny. 75 (5): 858–869. doi:10.1158 / 0008-5472.CAN-14-2289. PMC  4351820. PMID  25589350.
Tento článek včlení text od public domain Pfam a InterPro: IPR000635

externí odkazy