Jednovláknový protein vázající DNA - Single-strand DNA-binding protein
Jednovláknový protein vázající DNA (SSB) je protein nalezen v Escherichia coli (E-coli) bakterie, že váže se na jednořetězcové oblasti deoxyribonukleové kyseliny (DNA ).[1] Jednovláknová DNA se produkuje během všech aspektů metabolismu DNA: replikace, rekombinace a opravy. Kromě stabilizace této jednovláknové DNA se proteiny SSB vážou na a modulují funkci mnoha proteinů zapojených do všech těchto procesů.
Aktivní E-coli SSB se skládá ze čtyř identických 19 kDa podjednotky. Vazba jednořetězcové DNA na tetramer může nastat v různých „režimech“, přičemž SSB zabírá různé počty DNA bází v závislosti na řadě faktorů, včetně koncentrace solí. Například (SSB)65 vazebný režim, ve kterém přibližně 65 nukleotidů DNA obtočí tetramer SSB a kontaktuje všechny čtyři jeho podjednotky, je upřednostňován při vysokých koncentracích solí in vitro. Při nižších koncentracích solí (SSB)35 vazebný režim, ve kterém se asi 35 nukleotidů váže pouze na dvě podjednotky SSB, má tendenci se tvořit. Je zapotřebí další práce k objasnění funkcí různých režimů vazby in vivo.
Bakteriální SSB
| SSB | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Krystalová struktura PriB - protein replikace primosomální DNA z Escherichia coli | |||||||||
| Identifikátory | |||||||||
| Symbol | SSB | ||||||||
| Pfam | PF00436 | ||||||||
| Pfam klan | CL0021 | ||||||||
| InterPro | IPR000424 | ||||||||
| STRÁNKA | PDOC00602 | ||||||||
| SCOP2 | 1 kw / Rozsah / SUPFAM | ||||||||
| TCDB | 3.A.7 | ||||||||
| |||||||||
SSB proteinové domény v bakterie jsou důležité v jeho funkci udržování metabolismu DNA, konkrétněji replikace DNA, oprava a rekombinace.[2] Má strukturu tří beta řetězců k jednomu šesti vláknu beta-list vytvořit a dimer bílkovin.[3]
Viz také
Reference
- ^ Oakley, A.J. (2014). „Způsob intramolekulární vazby na C-konec jednořetězcového proteinu vázajícího DNA Escherichia coli stanovený nukleární magnetickou rezonanční spektroskopií“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (4): 2750–7. doi:10.1093 / nar / gkt1238. PMC 3936761. PMID 24288378.
- ^ Meyer RR, Laine PS (prosinec 1990). „Jednovláknový protein vázající DNA Escherichia coli“. Microbiol. Rev. 54 (4): 342–80. doi:10.1128 / MMBR.54.4.342-380.1990. PMC 372786. PMID 2087220.
- ^ Raghunathan S, Ricard CS, Lohman TM, Waksman G (červen 1997). „Krystalová struktura homotetramerické vazebné domény DNA jednovláknového proteinu vázajícího DNA Escherichia coli stanovena rentgenovou difrakcí s více vlnovými délkami na selenomethionylovém proteinu v rozlišení 2,9-A“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 94 (13): 6652–7. doi:10.1073 / pnas.94.13.6652. PMC 21213. PMID 9192620.
externí odkazy
- Single-Stranded + DNA + Binding + Proteins v americké národní lékařské knihovně Lékařské předměty (Pletivo)
- SSB v PFAM