Porovnání simulačního softwaru nukleových kyselin - Comparison of nucleic acid simulation software

Toto je seznam počítačových programů, které se používají pro nukleové kyseliny simulace.

názevZobrazit 3DSestavení modeluMinMDMCREMCrtIntExpImpLigGPUKomentářeLicencewebová stránka
UšeňAnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoNeAnoAnoAnoAnoDNA, bílkoviny, ligandyVolný, uvolnitAgilní molekula
JANTAR[1]NeAnoAnoAnoNeAnoAnoNeAnoAnoAnoAno[2]JANTAR silové poleProprietárníambermd.org
Návrhář AscalaphAnoAnoAnoAnoNeNeAnoNeAnoAnoAnoNeJANTARVolný, uvolnit, GPLbiomolecular-modeling.com
CHARMMNeAnoAnoAnoAnoNeAnoNeAnoAnoAnoNeCHARMM silové poleProprietárnícharmm.org
CP2KNeNeAnoAnoAnoAnoAnoNeAnoNeNeAnoVolný, uvolnit, GPLcp2k.org
Forecaster (vybaven)[3]AnoNeAnoNeNeNeAnoNeAnoNeAnoNeUkotvení malé molekuly k nukleovým kyselinám s umístěním vodyZdarma pro akademickou obec, ProprietárníMolekulární prognostik
HyperChemAnoAnoAnoAnoAnoNeAnoNeAnoAnoAnoNeněkterá silová poleProprietárníHypercube, Inc.
ICM[4]AnoAnoAnoNeAnoNeNeAnoNeAnoNeNeGlobální optimalizaceProprietárníMolsoft
JUMNA[5]NeAnoAnoNeNeNeNeAnoNeAnoNeNeProprietární
MDynaMix[6]AnoAnoNeAnoNeNeAnoNeAnoNeAnoNeSpolečný MDVolný, uvolnit, GPLStockholmská univerzita
Molekulární provozní prostředí (VOČKO)AnoAnoAnoAnoNeNeAnoNeAnoNeAnoNeProprietárníSkupina pro chemické výpočty
Tvůrce nukleových kyselin (NAB)[7]NeAnoNeNeNeNeNeNeNeNeNeNeGeneruje modely neobvyklé DNA, RNAVolný, uvolnit, GPLNew Jersey University
NAnoscale Molecular Dynamics (NAMD )AnoNeAnoAnoNeNeAnoNeAnoNeAnoAnoRychlý, paralelní MD, CUDAVolný, uvolnitUniversity of Illinois
oxDNA[8]AnoAnoAnoAnoAnoAnoAnoNeNeAnoNeAnoHrubozrnné modely DNA, RNAVolný, uvolnit, GPLdna.physics.ox.ac.ukSVĚTLOMETY UŽIVATEL - CGDNA
QRNAS [9]NeNeAnoNeNeNeAnoNeNeAnoNeNeUpřesnění modelů s vysokým rozlišením RNA, DNA a hybridy pomocí JANTAR silové pole .Volný, uvolnit, GPLGenesilico Github
SimRNA[10]AnoAnoNeNeAnoAnoAnoAnoNeAnoNeNeHrubozrnné modelování RNAZdarma pro akademické účely, ProprietárníGenesilico
SimRNAweb[11]AnoAnoNeNeAnoAnoAnoAnoNeAnoNeNeHrubozrnné modelování RNAVolný, uvolnitGenesilico
YASARAAnoAnoAnoAnoNeNeAnoNeAnoNeAnoNeInteraktivní simulaceProprietárníwww.YASARA.org

Viz také

Reference

  1. ^ Cornell W.D .; Cieplak P .; Bayly C.I .; Gould I.R .; Merz K.M., Jr.; Ferguson D.M .; Spellmeyer D.C .; Fox T .; Caldwell J.W .; Kollman P.A. (1995). „Silové pole druhé generace pro simulaci proteinů, nukleových kyselin a organických molekul“. J. Am. Chem. Soc. 117 (19): 5179–5197. CiteSeerX  10.1.1.323.4450. doi:10.1021 / ja00124a002.
  2. ^ http://ambermd.org/GPUSupport.php
  3. ^ Wei, Wanlei; Luo, Jiaying; Waldispühl, Jérôme; Moitessier, Nicolas (24. června 2019). „Predikce pozic přemostění vodních molekul v komplexech nukleová kyselina a ligand“. Journal of Chemical Information and Modeling. 59 (6): 2941–2951. doi:10.1021 / acs.jcim.9b00163. ISSN  1549-960X. PMID  30998377.
  4. ^ Abagyan R.A., Totrov M.M. & Kuzněcov D.A. (1994). „Icm: Nová metoda pro modelování a design proteinů: aplikace pro dokování a predikci struktury ze zkreslené nativní konformace“. J. Comput. Chem. 15 (5): 488–506. doi:10.1002 / jcc.540150503.
  5. ^ Lavery, R., Zakrzewska, K. a Sklenar, H. (1995). "JUMNA: minimalizace spojení nukleových kyselin". Comput. Phys. Commun. 91 (1–3): 135–158. Bibcode:1995CoPhC..91..135L. doi:10.1016 / 0010-4655 (95) 00046-I.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  6. ^ A.P. Lyubartsev, A.Laaksonen (2000). "MDynaMix - škálovatelný přenosný paralelní simulační balíček MD pro libovolné molekulární směsi". Komunikace počítačové fyziky. 128 (3): 565–589. Bibcode:2000CoPhC.128..565L. doi:10.1016 / S0010-4655 (99) 00529-9.
  7. ^ Macke T. & Case D.A. (1998). "Modelování neobvyklých struktur nukleových kyselin". Molekulární modelování nukleových kyselin: 379–393.
  8. ^ Petr Šulc; Flavio Romano; Thomas E. Ouldridge; Lorenzo Rovigatti; Jonathan P. K. Doye; Ard A. Louis (2012). „Termodynamika hrubozrnného DNA modelu závislá na sekvenci“. J. Chem. Phys. 137 (13): 135101. arXiv:1207.3391. Bibcode:2012JChPh.137m5101S. doi:10.1063/1.4754132. PMID  23039613.
  9. ^ Stasiewicz, Juliusz; Mukherjee, Sunandan; Nithin, Chandran; Bujnicki, Janusz M. (2019-03-21). „QRNAS: softwarový nástroj pro zušlechťování struktur nukleových kyselin“. BMC strukturní biologie. 19 (1): 5. doi:10.1186 / s12900-019-0103-1. ISSN  1472-6807. PMC  6429776. PMID  30898165.
  10. ^ Boniecki, Michal J .; Lach, Grzegorz; Dawson, Wayne K .; Tomala, Konrad; Lukasz, Pawel; Soltysinski, Tomasz; Rother, Kristian M .; Bujnicki, Janusz M. (2015-12-19). „SimRNA: hrubozrnná metoda simulací skládání RNA a predikce 3D struktury“. Výzkum nukleových kyselin. 44 (7): e63. doi:10.1093 / nar / gkv1479. ISSN  0305-1048. PMC  4838351. PMID  26687716.
  11. ^ Magnus, Marcin; Boniecki, Michał J .; Dawson, Wayne; Bujnicki, Janusz M. (2016-04-19). „SimRNAweb: webový server pro modelování struktury RNA 3D s volitelnými omezeními“. Výzkum nukleových kyselin. 44 (W1): W315 – W319. doi:10.1093 / nar / gkw279. ISSN  0305-1048. PMC  4987879. PMID  27095203.