Inhibitor ribonukleázy - Ribonuclease inhibitor
| Leucine Rich Repeat | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Pohled shora na inhibitor prasečí ribonukleázy, ukazující jeho tvar podkovy.[1] Vnější vrstva se skládá z α-šroubovice a vnitřní vrstva paralelní β-řetězce. Vnitřní a vnější průměr jsou zhruba 2,1 nm, respektive 6,7 nm. | |||||||||||
| Identifikátory | |||||||||||
| Symbol | LRR_1 | ||||||||||
| Pfam | PF00560 | ||||||||||
| Pfam klan | CL0022 | ||||||||||
| InterPro | IPR003590 | ||||||||||
| CHYTRÝ | SM00368 | ||||||||||
| SCOP2 | 1 mld / Rozsah / SUPFAM | ||||||||||
| |||||||||||
Inhibitor ribonukleázy (RI) je velký (~ 450 zbytků, ~ 49 kDa), kyselý (pI ~ 4,7), opakování bohaté na leucin protein který s jistotou tvoří extrémně těsné komplexy ribonukleázy. Je to hlavní buněčný protein, který obsahuje ~ 0,1% veškerého buněčného proteinu podle hmotnosti a zdá se, že hraje důležitou roli při regulaci životnosti RNA.[2]
RI má překvapivě vysokou hodnotu cystein (~ 6,5%, srov. 1,7% v typických bílkovinách) a je citlivý na oxidaci. RI je také bohatá na leucin (21,5% ve srovnání s 9% u typických proteinů) a srovnatelně nižší u ostatních hydrofobních zbytků, zejména valin, isoleucin, methionin, tyrosin, a fenylalanin.
Struktura
RI je klasický opakující se protein bohatý na leucin, který se skládá ze střídání α-šroubovice a β-řetězce podél jeho páteře. Tyto sekundární struktura prvky se obklopují zakřiveným pravostranným solenoidem, který připomíná podkova. Paralelní β-vlákna a α-šroubovice tvoří vnitřní, respektive vnější stěnu podkovy. Struktura se zdá být stabilizována zasypáním asparaginy na základně každého kola, když přechází z α-šroubovice do β-vlákna. Opakování αβ se střídá v délce 28 až 29 zbytků a účinně tvoří jednotku 57 zbytků, která odpovídá její genetické struktuře (každá exon kódy pro jednotku 57 zbytků).
Vazba na ribonukleázy
The afinita RI pro ribonukleázy patří mezi nejvyšší u všech interakce protein-protein; the disociační konstanta RI-RNáza A komplex je v femtomolární (fM) se pohybuje za fyziologických podmínek, zatímco u RI-angiogenin komplex je menší než 1 fM. Přes tuto vysokou afinitu je RI schopen vázat širokou škálu RNáz A navzdory jejich relativně nízké hodnotě sekvenční identita. Jak biochemické studie, tak i krystalografické struktury komplexů RI-RNázy A naznačují, že interakce je do značné míry řízena elektrostatický interakce, ale zahrnuje také podstatné pohřbení plocha povrchu.[3][4] Afinita RI k ribonukleázám je důležitá, protože mnoho ribonukleáz má cytotoxický a cytostatický účinky, které dobře korelují se schopností vázat RI.[5]
Savčí RI nejsou schopny vázat určité členy rodiny pankreatické ribonukleázy z jiných druhů. Zejména, obojživelník RNasy, například ranpirnase a amfináza z Leopardí žába, uniknout savčím RI a bylo zjištěno, že mají rozdílnou cytotoxicitu proti rakovina buňky.[6]
Viz také
- Guanidinium thiokyanát - chemický inhibitor RNázy.
Reference
- ^ A b PDB: 2BNH; Kobe B, Deisenhofer J (1993). „Krystalová struktura inhibitoru prasečí ribonukleázy, proteinu s opakováním bohatým na leucin“. Příroda. 366 (6457): 751–6. doi:10.1038 / 366751a0. PMID 8264799. S2CID 34579479.
- ^ Shapiro R (2001). "Cytoplazmatický inhibitor ribonukleázy". Metody v enzymologii. 341: 611–28. doi:10.1016 / S0076-6879 (01) 41180-3. ISBN 9780121822422. PMID 11582809.
- ^ Lee FS, Shapiro R, Vallee BL (leden 1989). „Pevná vazebná inhibice angiogeninu a ribonukleázy A inhibitorem placentární ribonukleázy“. Biochemie. 28 (1): 225–30. doi:10.1021 / bi00427a031. PMID 2706246.
- ^ Papageorgiou AC, Shapiro R, Acharya KR (září 1997). „Molekulární rozpoznávání lidského angiogeninu inhibitorem placentární ribonukleázy - rentgenová krystalografická studie s rozlišením 2,0 A“. Časopis EMBO. 16 (17): 5162–77. doi:10.1093 / emboj / 16.17.5162. PMC 1170149. PMID 9311977.
- ^ Makarov AA, Ilinskaya ON (duben 2003). "Cytotoxické ribonukleázy: molekulární zbraně a jejich cíle". FEBS Dopisy. 540 (1–3): 15–20. doi:10.1016 / s0014-5793 (03) 00225-4. PMID 12681476. S2CID 30324366.
- ^ Ardelt W, Shogen K, Darzynkiewicz Z (červen 2008). „Onconase a amphinase, protinádorové ribonukleázy z oocytů Rana pipiens“. Současná farmaceutická biotechnologie. 9 (3): 215–25. doi:10.2174/138920108784567245. PMC 2586917. PMID 18673287.
Další čtení
- Kobe B, Deisenhofer J (březen 1995). „Strukturální základ interakcí mezi repeticemi bohatými na leucin a proteinovými ligandy“. Příroda. 374 (6518): 183–6. doi:10.1038 / 374183a0. PMID 7877692. S2CID 4364436.
- Kobe B, Deisenhofer J (prosinec 1996). „Mechanismus inhibice ribonukleázy proteinem inhibitoru ribonukleázy na základě krystalové struktury jeho komplexu s ribonukleázou A“. Journal of Molecular Biology. 264 (5): 1028–43. doi:10.1006 / jmbi.1996.0694. PMID 9000628.
- Papageorgiou AC, Shapiro R, Acharya KR (září 1997). „Molekulární rozpoznávání lidského angiogeninu inhibitorem placentární ribonukleázy - rentgenová krystalografická studie s rozlišením 2,0 A“. Časopis EMBO. 16 (17): 5162–77. doi:10.1093 / emboj / 16.17.5162. PMC 1170149. PMID 9311977.
- Suzuki M, Saxena SK, Boix E, Prill RJ, Vasandani VM, Ladner JE, Sung C, Youle RJ (březen 1999). "Inženýrství receptorem zprostředkovaná cytotoxicita na lidské ribonukleázy sterickým blokováním interakce inhibitoru". Přírodní biotechnologie. 17 (3): 265–70. doi:10.1038/7010. PMID 10096294. S2CID 23140257.
- Shapiro R, Ruiz-Gutierrez M, Chen CZ (září 2000). „Analýza interakcí lidského inhibitoru ribonukleázy s angiogeninem a ribonukleázou A mutagenezí: význam reziduí inhibitorů uvnitř a vně C-koncového„ hot spotu “"". Journal of Molecular Biology. 302 (2): 497–519. doi:10,1006 / jmbi.2000.4075. PMID 10970748.
- Bretscher LE, Abel RL, Raines RT (duben 2000). „Varianta ribonukleázy A s nízkou katalytickou aktivitou, ale vysokou cytotoxicitou“. The Journal of Biological Chemistry. 275 (14): 9893–6. doi:10.1074 / jbc.275.14.9893. PMID 10744660.
- Yakovlev GI, Mitkevich VA, Makarov AA (2006). "Inhibitory ribonukleázy". Molekulární biologie. 40 (6): 867–874. doi:10.1134 / S0026893306060045. S2CID 31887913.