Chaetomium thermophilum - Chaetomium thermophilum
Chaetomium thermophilum | |
---|---|
Vědecká klasifikace | |
Království: | |
Divize: | |
Třída: | |
Objednat: | |
Rodina: | |
Rod: | |
Druh: | C. thermophilum |
Binomické jméno | |
Chaetomium thermophilum La Touche (1950) |
Chaetomium thermophilum je termofilní vlákno houba. Roste dál hnůj nebo kompost (shnilé organické látky). Je pozoruhodné, že jde o eukaryot s vysokou teplotní tolerancí (60 ° C). Jeho optimální růstová teplota je 50–55 ° C.[1]
Výzkum
Chaetomium thermophilum je zaměřen na výzkum na oddělení biochemie v Heidelberg University, Německo. Jelikož houby jsou eukaryotické a nejsou vzdálené od zvířat, jsou dobrým modelem pro srovnávací a snadno manipulovatelný výzkum, a v případě C. thermophilum, má zvláštní význam. Za prvé, vzhledem k tomu, že je to teplomilné, bílkoviny odvozené od této houby jsou tepelně stabilní, a proto se s nimi snáze pracuje. Proteiny z C. thermophilum jsou termofilní a tudíž lepší pro studie (strukturální a biochemické) než srovnatelné mezofilní houby. Při studiu proteinů komplexu jaderných pórů bylo zjištěno, že izolace proteinů byla hojnější a rozpustnější než v kvasnicích (kvasinkové proteiny se srážejí při nižší teplotě).[2]
Genom a proteom
Genom C. thermophilum byl kompletně sekvenován. Rozkládá se na 28,3 Mb a kóduje 7227 predikovaných genů kódujících proteiny.[1][3] Saccharomyces cerevisiae, modelový kvas, má 73% homologii bílkovin s touto houbou.
Proteom z C. thermophilum bylo studováno a bylo identifikováno 27 odlišných proteinových komunit, včetně 108 vzájemně propojených komplexů.[4]
Modelový systém pro identifikaci proteinových interakcí vyššího řádu
První pozorování metabolonu v metabolismu mastných kyselin při vysokém rozlišení pocházelo z kryoelektronové mikroskopické analýzy buněčných homogenátů z C. thermophilum. Další proteinové komplexy a interakce vyššího řádu byly předpovězeny a ověřeny pomocí nové integrace experimentálních a výpočetních metod, které zahrnují proteomiku, síťovou hmotnostní spektrometrii, výpočetní strukturní biologii a elektronovou mikroskopii. Buněčné homogenáty C. thermophilum byly použity k odvození struktur proteinového komplexu při vysokém rozlišení, s čistotou komplexu nativního proteinu <40%.[4]
Reference
- ^ A b Bock, Thomas; Chen, Wei-Hua; Ori, Alessandro; Malik, Nayab; Silva-Martin, Noella; Huerta-Cepas, Jaime; Powell, Sean T .; Kastritis, Panagiotis L .; Smyshlyaev, Georgy (16. 12. 2014). „Integrovaný přístup k anotaci genomu eukaryotického termofilu Chaetomium thermophilum“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (22): 13525–13533. doi:10.1093 / nar / gku1147. ISSN 0305-1048. PMC 4267624. PMID 25398899.
- ^ Pohled na strukturu a sestavení komplexu jaderných pórů využitím genomu eukaryotického termofilu
- ^ „Veřejné genomy Genozymes“. Genome.fungalgenomics.ca. Citováno 2014-05-17.
- ^ A b Kastritis, Panagiotis L .; O'Reilly, Francis J .; Bock, Thomas; Li, Yuanyue; Rogon, Matt Z .; Buczak, Katarzyna; Romanov, Natalie; Betts, Matthew J .; Bui, Khanh Huy (01.07.2017). „Zachycení proteinových komunit strukturní proteomikou v termofilním eukaryotu“. Molekulární systémy biologie. 13 (7): 936. doi:10.15252 / msb.20167412. ISSN 1744-4292. PMC 5527848. PMID 28743795.