Alicia Oshlack - Alicia Oshlack

Alicia Oshlack
Alicia Oshlack.jpg
narozený
Alicia Yinema Kate Nungarai Oshlack[1]

1975 (věk 44–45)[2]
Roleystone, Perth, Západní Austrálie.
NárodnostAustralan
Alma materUniversity of Melbourne (BSc, PhD)
Známý jakoProfilování exprese širokého genomu
OceněníMedaile Ruth Stephens Gani (2011), Millennium Award (2015)[3]
Vědecká kariéra
Pole
Instituce
TezeCentrální struktura rádiových kvasarů  (2002)
webová stránkaoshlacklab.com

Alicia Yinema Kate Nungarai Oshlack[1][4][5] je Australan bioinformatik a je vedoucím výpočetní biologie na Peter MacCallum Cancer Center v Melbourne, Victoria, Austrálie. Ona je nejlépe známá pro její práci při vývoji metod pro analýzu přepis data[6] jako měřítko genová exprese. Charakterizovala roli genové exprese v lidská evoluce srovnáním lidí, šimpanzi, orangutani, a makaků rhesus a společně pracuje na analýze dat s cílem zlepšit využití klinického sekvenování vzorků RNA pomocí RNAseq pro diagnostiku lidských nemocí.[7]

raný život a vzdělávání

Alicia Oshlack se narodila v roce Roleystone, Perth v roce 1975. Vystudovala dux Warrnambool College Victoria, Austrálie v roce 1993.[8] Vystudovala bakalářský titul (Hons) (1994–1998) z University of Melbourne, obor fyzika. Zůstala na University of Melbourne, aby dokončila PhD v astrofyzika, kterou absolvovala na téma centrální struktury radioaktivních kvasarů (1999-2003).[1][9]

Kariéra

Po přestěhování do Oshlack provedla kariérní přechod k uplatnění své matematiky na genetice Walter and Eliza Hall Institute, kde pracovala jako výzkumná referentka (2003–07) a poté vedoucí výzkumná referentka (2007–11) v divizi bioinformatiky.[10] V roce 2011 se Oshlack přestěhovala do Dětského výzkumného ústavu v Murdochu v Melbourne, kde nastoupila na pozici vedoucí bioinformatiky. Byla jmenována spolupředsedkyní poradní skupiny pro genomiku a bioinformatiku v Melbourne Genomics Health Alliance.[11] v roce 2013. V roce 2013 byla také v organizačním výboru Beyond the Genome.[12] V roce 2019 byl Oshlack jmenován co-vedoucím výpočetní biologie na Peter MacCallum Cancer Center.[13]

Výzkum

Analýza genové exprese

Oshlackův výzkum[4][5][14] se zaměřil na metody pro analýzu genomové exprese, zejména výpočetní a statistickou analýzu přepis data. To zahrnuje práci na metodách korekce pozadí pro dvoubarevné mikropole,[15] normalizace dat microarray,[16] srovnávací analýza dat RNAseq[17][18] a normalizace methylačních vzorců v datech z beadchipu lidské DNA.[19]

Lidská evoluce

Oshlackova metodologie umožnila nezaujatým způsobem analyzovat úrovně genové exprese mezi lidmi a jinými primáty. Její práce porovnávající úrovně genové exprese z jaterních tkání pěti jedinců ze čtyř různých druhů primátů: lidí, šimpanzů, orangutanů a makaků rhesus identifikovala rychlý vývoj transkripčních faktorů u lidí.[20] Další související práce se zabývala změnami úrovně exprese těchto faktorů ve více lidských tkáních.[21] Za tuto práci byla Alicia Oshlack v roce 2011 oceněna medailí Ruth Gani za genetiku člověka od Australian Academy of Science.[22]

Analýza klinické genové exprese

Oshlack vyvinul softwarový kanál pro provádění klinické analýzy dat sekvenování DNA pro diagnostické účely. Tyto nástroje se v současné době používají pro analýzu sekvenčních dat při diagnostice kardiomyopatií ve viktoriánské službě klinické genetiky.[23] Vyvinula také nástroje pro analýzu údajů o nádoru, konkrétně detekci mutací způsobených přeskupením genomu nádoru, které vedlo k onkogenním fúzním genům.[24]

Osobní život

Oshlackovy názory na rovnováhu pracovního a soukromého života ve vědě[25] a sdělování toho, co bioinformatici dělají široké veřejnosti na večírcích[26] byly zveřejněny.

Reference

  1. ^ A b C Oshlack, Alicia Yinema Kate Nungarai. (2015). Centrální struktura rádiových kvasarů (Disertační práce). University of Melbourne.
  2. ^ BIOGRAFICKÝ VSTUP Oshlack, Alicia (1975 -), Encyclopedia of Australian Science
  3. ^ Lorne Genome Conference - Awards
  4. ^ A b C Alicia Oshlack publikace indexované podle Google Scholar
  5. ^ A b Publikace Alicie Oshlackové indexováno podle Scopus bibliografická databáze. (vyžadováno předplatné)
  6. ^ Oshlack, A; Wakefield, M. J. (2009). „Předpětí délky transkriptu v datech RNA-seq narušuje biologii systémů“. Biology Direct. 4: 14. doi:10.1186/1745-6150-4-14. PMC  2678084. PMID  19371405.
  7. ^ Rozhovor s Alicií Oshlackovou, 2013-10-22 na Youtube
  8. ^ „Australian Academy of Science - Dr Alicia Oshlack“. Archivovány od originál dne 2014-08-14. Citováno 2014-08-14.
  9. ^ Oshlack, A. Y. K. N .; Webster, R. L .; Whiting, M. T. (2002). „Odhady hmotnosti černé díry u rádiem vybraných kvasarů“. Astrofyzikální deník. 576 (1): 81–8. arXiv:astro-ph / 0205171. Bibcode:2002ApJ ... 576 ... 81O. doi:10.1086/341729.
  10. ^ Ženy v astronomii: Profesní profily: Astronomka vedoucí bioinformatiky
  11. ^ Melbourne Genomics
  12. ^ "Alicia Oshlack | Beyond the Genome 2013 | Mission Bay | San Francisco". Archivovány od originál dne 2014-08-14. Citováno 2014-08-14.
  13. ^ „Byl jmenován nový vedoucí programu výpočetní biologie“. Peter MacCallum Cancer Center. Citováno 13. srpna 2020.
  14. ^ Young, M. D .; Wakefield, M. J .; Smyth, G. K .; Oshlack, A (2010). „Gene ontology analysis for RNA-seq: Accounting for selection bias“. Genome Biology. 11 (2): R14. doi:10.1186 / gb-2010-11-2-r14. PMC  2872874. PMID  20132535.
  15. ^ Ritchie, M. E.; Silver, J; Oshlack, A; Holmes, M; Diyagama, D; Holloway, A; Smyth, G. K. (2007). "Srovnání metod korekce pozadí pro dvoubarevné mikropole". Bioinformatika. 23 (20): 2700–7. doi:10.1093 / bioinformatika / btm412. PMID  17720982.
  16. ^ Holloway, A. J .; Oshlack, A; Diyagama, D. S .; Bowtell, D. D .; Smyth, G. K. (2006). „Statistická analýza řady titrace RNA hodnotí přesnost a citlivost mikročipů na základě celé řady“. BMC bioinformatika. 7: 511. doi:10.1186/1471-2105-7-511. PMC  1664592. PMID  17118209.
  17. ^ Robinson, M. D .; Oshlack, A (2010). "Metoda normalizace škálování pro diferenciální expresní analýzu dat RNA-seq". Genome Biology. 11 (3): R25. doi:10.1186 / gb-2010-11-3-r25. PMC  2864565. PMID  20196867.
  18. ^ Oshlack, A; Robinson, M. D .; Young, M. D. (2010). „Od čtení RNA-seq po výsledky diferenciální exprese“. Genome Biology. 11 (12): 220. doi:10.1186 / gb-2010-11-12-220. PMC  3046478. PMID  21176179.
  19. ^ Maksimovic, J; Gordon, L; Oshlack, A (2012). „SWAN: Subset-kvantil v rámci normalizace pole pro Illumina infinium HumanMethylation450 Bead Bramborové hranolky". Genome Biology. 13 (6): R44. doi:10.1186 / gb-2012-13-6-r44. PMC  3446316. PMID  22703947.
  20. ^ Gilad, Y .; Oshlack, A.; Smyth, G. K .; Rychlost, T. P.; White, K. P. (2006). „Profily exprese u primátů odhalují rychlý vývoj lidských transkripčních faktorů“. Příroda. 440 (7081): 242–245. Bibcode:2006 Natur.440..242G. doi:10.1038 / nature04559. PMID  16525476.
  21. ^ Blekhman, R; Oshlack, A; Chabot, A.E .; Smyth, G. K .; Gilad, Y (2008). "Regulace genů u primátů se vyvíjí pod tkáňově specifickými selekčními tlaky". PLoS Genetics. 4 (11): e1000271. doi:10.1371 / journal.pgen.1000271. PMC  2581600. PMID  19023414.
  22. ^ „Australská akademie věd - oceněné za rok 2011“. Archivovány od originál dne 2014-04-15. Citováno 2014-08-14.
  23. ^ Viktoriánské služby klinické genetiky (VCGS)
  24. ^ Majewski, I. J .; Mittempergher, L .; Davidson, N. M .; Bosma, A .; Willems, S. M .; Horlings, H. M .; De Rink, I .; Greger, L .; Hooijer, G. K .; Peters, D .; Nederlof, P. M .; Hofland, I .; De Jong, J .; Wesseling, J .; Kluin, R. J .; Brugman, W .; Kerkhoven, R .; Nieboer, F .; Roepman, P .; Broeks, A .; Muley, T. R.; Jassem, J .; Niklinski, J .; Van Zandwijk, N .; Brazma, A .; Oshlack, A .; Van Den Heuvel, M .; Bernards, R. (2013). „Identifikace rekurentních fúzních genů FGFR3 u rakoviny plic prostřednictvím sekvenování RNA zaměřené na kinomy“. The Journal of Pathology. 230 (3): 270–276. doi:10,1002 / cesta. 4209.
  25. ^ Dean, Caroline; Osborn, Mary; Oshlack, Alicia; Thornton, Janet (2012). „Ženy ve vědě“. Genome Biology. 13 (3): 148. doi:10,1186 / gb4005. PMC  3439960. PMID  22405408.
  26. ^ Oshlack, A. (2013). „Desetikrokový průvodce po večírku pro bioinformatiky“. Genome Biology. 14: 104. doi:10.1186 / gb-2013-14-1-104. PMC  3663102. PMID  23360612.

externí odkazy