Richard M. Durbin - Richard M. Durbin - Wikipedia

Pro politika viz Dicku Durbine.

Richard Durbin
Richard Durbin, Wellcome-Sanger, Cambridge, Velká Británie (2698443141) .jpg
Richard Durbin ve své kanceláři v WTSI
narozený
Richard Michael Durbin

(1960-12-30) 30. prosince 1960 (věk 59)[1]
Národnostbritský
Alma materUniversity Cambridge (BA, PhD)
Známý jako
  • Analýza biologické sekvence[2]
Manžel (y)
​
(m. 1996)​
[1]
Ocenění
Vědecká kariéra
Pole
Instituce
TezeStudie o vývoji a organizaci nervového systému Caenorhabditis elegans  (1987)
Doktorský poradceJohn G. White[6]
DoktorandiEwan Birney[7]
Další významní studenti
webová stránkasanger.ac.Spojené království/lidé/adresář/ durbin-richard

Richard Michael Durbin, FRS,[3] narozený (1960-12-30) 30. prosince 1960 (věk 59),[1] je Brit výpočetní biolog. V současné době je členem přidružené fakulty v Wellcome Trust Sanger Institute [18] a profesor genetiky na Univerzita v Cambridge.[19][20] Dříve působil jako vedoucí skupiny ve společnosti Wellcome Trust Sanger Institute více než 20 let [21][22][23][24][5][25] a Čestný profesor z Výpočetní genomika na Univerzita v Cambridge.[26]

Vzdělávání

Durbin byl vzděláván v Hall School Hampstead[Citace je zapotřebí ] a Highgate School v Londýně.[1] Poté, co soutěžil v 1978/9 Mezinárodní matematická olympiáda,[27] pokračoval ve studiu na Univerzita v Cambridge promoval v roce 1982[28] s vyznamenání druhé třídy v Cambridge Mathematical Tripos. Po absolutoriu pokračoval ve studiu na PhD[6] na St John's College, Cambridge[1] studium vývoje a organizace nervové soustavy Caenorhabditis elegans[29] při práci v Laboratoř molekulární biologie (LMB) v Cambridge, pod dohledem John Graham White.


Výzkum

Durbinova raná práce zahrnovala vývoj primárního nástrojového softwaru pro jeden z prvních Rentgenová krystalografie plošné detektory[30] a MRC Biorad konfokální mikroskop spolu s příspěvky k neurálnímu modelování.[31][32]

Poté vedl informatiku pro Caenorhabditis elegans genomový projekt,[33] a společně s Jeanem Thierry-Miegem vyvinuli databázi genomu AceDB, který se vyvinul do WormBase webový zdroj. Poté hrál důležitou roli při sběru dat a interpretaci sekvence lidského genomu.[34]

Vyvinul řadu výpočetních metod sekvenční analýza.[35][36] Patří mezi ně nález genů (např.GeneWise) s Ewan Birney[37] a Skryté Markovovy modely pro srovnávání a porovnávání proteinů a nukleových kyselin (např. HMMER ) s Sean Eddy a Graeme Mitchison. Standardní učebnice Analýza biologické sekvence spoluautorem Sean Eddy, Anders Krogh a Graeme Mitchison[2] popisuje některé z těchto prací. Pomocí těchto metod Durbin spolupracoval s kolegy na vybudování řady důležitých zdrojů genomických dat, včetně databáze proteinových rodin Pfam,[38] databáze genomu Ensembl,[39] a databáze genové rodiny TreeFam.[12]

V poslední době se Durbin vrátil k sekvenování a vyvinul přístupy k sekvenování populačního genomu s nízkým pokrytím, aplikované nejprve na kvasinky,[40][41] a byl jedním z lídrů v aplikaci nové technologie sekvenování ke studiu variací lidského genomu.[42][43] Durbin v současné době vede mezinárodní Projekt 1000 genomů charakterizovat variaci až do 1% frekvence alel jako základ pro lidskou genetiku.

Ocenění a vyznamenání

Durbin byl společným vítězem soutěže Mullardova cena Královské společnosti v roce 1994 (za práci na konfokální mikroskop ), získal Cenu lorda Lloyda z Kilgerranu Nadace pro vědu a technologii v roce 2004, a byl zvolen a Člen Královské společnosti (FRS) v roce 2004[3] a člen Evropská organizace pro molekulární biologii (EMBO) v roce 2009. Královská společnost ocenila svůj Gaborova medaile Durbinovi v roce 2017 za jeho příspěvky k výpočetní biologii.[44]

Durbinovo osvědčení o zvolení do Královské společnosti zní:

Durbin se vyznačuje velkým přínosem pro výpočetní biologii. Zejména hrál vedoucí úlohu při vytváření nové oblasti bioinformatiky. To umožňuje nakládání s biologickými daty v nebývalém měřítku, což umožňuje prosperovat genomiku. Vedl analýzu C. elegans genomu a Thierry-Mieg vyvinul databázový software AceDB. V mezinárodním projektu genomu vedl analýzu genů kódujících proteiny. Představil klíčové výpočetní nástroje v oblasti softwaru a zpracování dat. Jeho Pfam databáze povolena identifikace domén v nových proteinových sekvencích; používalo skryté Markovovy modely, ke kterým obecně přistupoval přísně a k nimž vedlo kovariance modely pro RNA sekvence.[45]

Osobní život

Durbin je synem James Durbin a je vdaná za Julie Ahringer, vědec na Gurdonův institut. Mají dvě děti, Benjamina a Zoe.[1]

Reference

  1. ^ A b C d E F „DURBIN, Richard Michael“. Kdo je kdo. ukwhoswho.com. 2016 (online vydání prostřednictvím Oxford University Press vyd.). A & C Black, otisk Bloomsbury Publishing plc. (předplatné nebo Členství ve veřejné knihovně ve Velké Británii Požadované) (vyžadováno předplatné)
  2. ^ A b Durbin, Richard M.; Eddy, Sean R.; Krogh, Andersi; Mitchison, Graeme (1998), Analýza biologické sekvence: Pravděpodobnostní modely proteinů a nukleových kyselin (1. vyd.), Cambridge, New York: Cambridge University Press, doi:10.2277/0521629713, ISBN  0-521-62971-3, OCLC  593254083
  3. ^ A b C „Profesor Richard Durbin, pracovník FRS“. Londýn: královská společnost. Archivovány od originál dne 19. listopadu 2015.
  4. ^ http://www.biochemist.org/society/page.htm?item=37150 EMBO vítá členy 66 předních vědců o životě
  5. ^ A b Richard Durbin publikace indexované podle Google Scholar Upravte to na Wikidata
  6. ^ A b Durbin, Richarde (1987). Studie o vývoji a organizaci nervového systému Caenorhabditis elegans (Disertační práce). Univerzita v Cambridge. OCLC  499178924.
  7. ^ Birney, Ewan (2000). Zarovnání sekvence v bioinformatice (Disertační práce). Univerzita v Cambridge.
  8. ^ Eddy, S. R .; Mitchison, G; Durbin, R (1995). Msgstr "Maximální diskriminace skryté Markovovy modely konsensu sekvence". Journal of Computational Biology. 2 (1): 9–23. doi:10.1089 / cmb.1995.2.9. PMID  7497123.
  9. ^ Eddy, S. R .; Durbin, R (1994). „Analýza sekvence RNA pomocí kovariančních modelů“. Výzkum nukleových kyselin. 22 (11): 2079–88. doi:10.1093 / nar / 22.11.2079. PMC  308124. PMID  8029015.
  10. ^ Li, H.; Durbin, R. (2009). „Rychlé a přesné zarovnání krátkého čtení s transformací Burrows-Wheeler“. Bioinformatika. 25 (14): 1754–1760. doi:10.1093 / bioinformatika / btp324. PMC  2705234. PMID  19451168.
  11. ^ Li, H.; Ruan, J .; Durbin, R. (2008). „Mapování krátkých sekvencí DNA čte a volá varianty pomocí mapování skóre kvality“. Výzkum genomu. 18 (11): 1851–1858. doi:10.1101 / gr.078212.108. PMC  2577856. PMID  18714091.
  12. ^ A b Li, H.; Coghlan, A .; Ruan, J .; Coin, L. J .; Hériché, J. K .; Osmotherly, L .; Li, R .; Liu, T .; Zhang, Z .; Bolund, L .; Wong, G. K.; Zheng, W .; Dehal, P .; Wang, J .; Durbin, R. (2006). „TreeFam: Upravená databáze fylogenetických stromů živočišných genových rodin“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (90001): D572 – D580. doi:10.1093 / nar / gkj118. PMC  1347480. PMID  16381935.
  13. ^ „Heng Li získává rodokmen Durbin při převzetí Franklinovy ​​ceny“. bio-itworld.com. Archivovány od originál dne 27. února 2013.
  14. ^ Bateman, A.; Coin, L .; Durbin, R.; Finn, R. D .; Hollich, V .; Griffiths-Jones, S .; Khanna, A .; Marshall, M .; Moxon, S .; Sonnhammer, E. L .; Studholme, D. J .; Yeats, C .; Eddy, S. R. (2004). „Databáze proteinových rodin Pfam“. Výzkum nukleových kyselin. 32 (Problém s databází): 138D – 1141. doi:10.1093 / nar / gkh121. ISSN  0305-1048. PMC  308855. PMID  14681378. otevřený přístup
  15. ^ Bateman, A.; Birney, E.; Cerruti, L .; Durbin, R.; Etwiller, L .; Eddy, S.; Griffiths-Jones, S .; Howe, K .; Marshall, M .; Sonnhammer, E. L. (2002). „Databáze proteinových rodin Pfam“. Výzkum nukleových kyselin. 30 (1): 276–280. doi:10.1093 / nar / 30.1.276. PMC  99071. PMID  11752314.
  16. ^ Bateman, A; Birney, E; Durbin, R; Eddy, S. R .; Howe, K. L .; Sonnhammer, E. L. (2000). „Databáze proteinových rodin Pfam“. Výzkum nukleových kyselin. 28 (1): 263–6. doi:10.1093 / nar / 28.1.263. PMC  102420. PMID  10592242.
  17. ^ Bateman, A .; Birney, E.; Durbin, R.; Eddy, S.; Finn, R .; Sonnhammer, E. (1999). „Pfam 3.1: 1313 více zarovnání a profilových HMM odpovídá většině proteinů“. Výzkum nukleových kyselin. 27 (1): 260–262. doi:10.1093 / nar / 27.1.260. PMC  148151. PMID  9847196.
  18. ^ www-core (webteam). „Durbin, Richarde“. www.sanger.ac.uk. Citováno 2. ledna 2019.
  19. ^ [email protected]. „Durbin Group - Department of Genetics“. www.gen.cam.ac.uk. Citováno 2. ledna 2019.
  20. ^ [email protected]. „Profesor Richard Durbin - katedra genetiky“. www.gen.cam.ac.uk. Citováno 2. ledna 2019.
  21. ^ „Dr. Richard Durbin - Wellcome Trust Sanger Institute“. Archivovány od originál dne 5. března 2012.
  22. ^ Durbin, publikace Richarda M. indexováno podle Scopus bibliografická databáze. (vyžadováno předplatné)
  23. ^ Sbírka archivu Richarda Durbina Richard Durbin záznam v archivu knihovny Wellcome.
  24. ^ Richard Durbin na Cvrlikání Upravte to na Wikidata
  25. ^ Richard Durbin na DBLP Bibliografický server Upravte to na Wikidata
  26. ^ „Čestní profesoři“. Cambridge University Reporter. Univerzita v Cambridge. CXLV (5). 12. prosince 2014. Archivovány od originál dne 15. března 2015.
  27. ^ Výsledky Richarda M. Durbina na Mezinárodní matematická olympiáda
  28. ^ „The BioInformer nr. 1, 1997 - Interview with Dr. Richard Durbin“. Archivovány od originál dne 29. července 2011. Citováno 30. července 2011.
  29. ^ Durbin, Richard (1987). Studie o vývoji a organizaci nervového systému Caenorhabditis elegans (Disertační práce). Univerzita v Cambridge.
  30. ^ Durbin, R. M.; Burns, R .; Moulai, J .; Metcalf, P .; Freymann, D .; Blum, M .; Anderson, J. E .; Harrison, S. C .; Wiley, D. C. (1986). "Protein, DNA a krystalografie viru se zaměřeným zobrazovacím proporcionálním čítačem". Věda. 232 (4754): 1127–1132. Bibcode:1986Sci ... 232.1127D. doi:10.1126 / science.3704639. PMID  3704639.
  31. ^ Durbin, R.; Willshaw, D. (1987). "Analogický přístup k problému obchodního cestujícího pomocí metody elastické sítě". Příroda. 326 (6114): 689–691. Bibcode:1987 Natur.326..689D. doi:10.1038 / 326689a0. PMID  3561510. S2CID  4321691.
  32. ^ Durbin, R.; Mitchison, G. (1990). "Rámec redukce dimenze pro porozumění kortikálním mapám". Příroda. 343 (6259): 644–647. Bibcode:1990 Natur.343..644D. doi:10.1038 / 343644a0. PMID  2304536. S2CID  4352870.
  33. ^ C. Elegans Sequencing, C. (1998). „Sekvence genomu hlístice C. Elegans: Platforma pro zkoumání biologie“. Věda. 282 (5396): 2012–2018. Bibcode:1998Sci ... 282.2012.. doi:10.1126 / science.282.5396.2012. PMID  9851916.
  34. ^ Lander, E. S.; Linton, M .; Birren, B .; Nusbaum, C .; Zody, C .; Baldwin, J .; Devon, K .; Dewar, K .; Doyle, M .; Fitzhugh, W .; Funke, R .; Gage, D .; Harris, K .; Heaford, A .; Howland, J .; Kann, L .; Lehoczky, J .; Levine, R .; McEwan, P .; McKernan, K .; Meldrim, J .; Mesirov, J. P .; Miranda, C .; Morris, W .; Naylor, J .; Raymond, C .; Rosetti, M .; Santos, R .; Sheridan, A .; et al. (Únor 2001). „Počáteční sekvenování a analýza lidského genomu“ (PDF). Příroda. 409 (6822): 860–921. doi:10.1038/35057062. ISSN  0028-0836. PMID  11237011.
  35. ^ Simpson, J. T .; Durbin, R. (2011). „Efektivní de novo shromažďování velkých genomů pomocí komprimovaných datových struktur“. Výzkum genomu. 22 (3): 549–556. doi:10,1101 / gr.126953.111. PMC  3290790. PMID  22156294.
  36. ^ Eilbeck, K .; Lewis, S.E.; Mungall, C. J .; Yandell, M .; Stein, L.; Durbin, R.; Ashburner, M. (2005). „Sekvenční ontologie: nástroj pro sjednocení anotací genomu“. Genome Biology. 6 (5): R44. doi:10.1186 / gb-2005-6-5-r44. PMC  1175956. PMID  15892872.
  37. ^ Birney, E.; Durbin, R. (2000). „Použití GeneWise v anotačním experimentu Drosophila“. Výzkum genomu. 10 (4): 547–548. doi:10,1101 / gr. 10.4.547. PMC  310858. PMID  10779496.
  38. ^ Sonnhammer, E. L. L .; Eddy, S. R.; Durbin, R. (1997). "Pfam: Komplexní databáze rodin proteinových domén založená na zarovnání semen". Proteiny: struktura, funkce a genetika. 28 (3): 405–420. doi:10.1002 / (SICI) 1097-0134 (199707) 28: 3 <405 :: AID-PROT10> 3.0.CO; 2-L. PMID  9223186.
  39. ^ Hubbard, T.; Barker, D .; Birney, E.; Cameron, G .; Chen, Y .; Clark, L .; Cox, T .; Cuff, J .; Curwen, V .; Down, T .; Durbin, R .; Eyras, E .; Gilbert, J .; Hammond, M .; Huminiecki, L .; Kasprzyk, A .; Lehvaslaiho, H .; Lijnzaad, P .; Melsopp, C .; Mongin, E .; Pettett, R .; Pocock, M .; Potter, S .; Rust, A .; Schmidt, E .; Searle, S .; Slater, G .; Smith, J .; Spooner, W .; Stabenau, A. (2002). „Projekt databáze genomu Ensembl“. Výzkum nukleových kyselin. 30 (1): 38–41. doi:10.1093 / nar / 30.1.38. PMC  99161. PMID  11752248.
  40. ^ Liti, G .; Carter, D. M .; Moses, A. M .; Warringer, J .; Parts, L .; James, S. A .; Davey, R. P .; Roberts, I.N .; Burt, A .; Koufopanou, V .; Tsai, I.J .; Bergman, C. M .; Bensasson, D .; O'Kelly, M. J. T .; Van Oudenaarden, A .; Barton, D. B. H .; Bailes, E .; Nguyen, A. N .; Jones, M .; Quail, M. A .; Goodhead, I .; Sims, S .; Smith, F .; Blomberg, A .; Durbin, R .; Louis, E. J. (2009). „Populační genomika domácích a divokých kvasinek“. Příroda. 458 (7236): 337–341. Bibcode:2009 Natur.458..337L. doi:10.1038 / nature07743. PMC  2659681. PMID  19212322.
  41. ^ Warringer, J .; Zörgö, E .; Cubillos, F. A .; Zia, A .; Gjuvsland, A .; Simpson, J. T .; Forsmark, A .; Durbin, R.; Omholt, S. W .; Louis, E. J .; Liti, G .; Moses, A .; Blomberg, A. (2011). Kruglyak, Leonid (ed.). „Varianta vlastností kvasinek je definována historií populace“. Genetika PLOS. 7 (6): e1002111. doi:10.1371 / journal.pgen.1002111. PMC  3116910. PMID  21698134.
  42. ^ Bentley, D. R .; Balasubramanian, S .; Swerdlow, H. P .; Smith, G. P .; Milton, J .; Brown, C. G .; Hall, K. P .; Evers, D. J .; Barnes, C. L .; Bignell, H. R .; Boutell, J. M .; Bryant, J .; Carter, R. J .; Keira Cheetham, R .; Cox, A. J .; Ellis, D. J .; Flatbush, M. R.; Gormley, N. A .; Humphray, S. J .; Irving, L. J .; Karbelashvili, M. S .; Kirk, S. M .; Li, H .; Liu, X .; Maisinger, K. S .; Murray, L. J .; Obradovic, B .; Ost, T .; Parkinson, M. L .; et al. (2008). „Přesné sekvenování celého lidského genomu pomocí reverzibilní chemie terminátoru“. Příroda. 456 (7218): 53–59. Bibcode:2008Natur.456 ... 53B. doi:10.1038 / nature07517. PMC  2581791. PMID  18987734.
  43. ^ Li, H.; Durbin, R. (2011). „Odvození historie lidské populace z jednotlivých sekvencí celého genomu“. Příroda. 475 (7357): 493–496. doi:10.1038 / příroda10231. PMC  3154645. PMID  21753753.
  44. ^ „Medaile Gabora - medailérka Gabora 2017“. Královská společnost. 2017. Citováno 10. října 2017.
  45. ^ „Knihovní a archivační katalog“. London: The Royal Society. Citováno 14. listopadu 2013.