Inteligentní systémy pro molekulární biologii - Intelligent Systems for Molecular Biology
Inteligentní systémy pro molekulární biologii | |
---|---|
![]() Logo ISMB 2016 | |
Frekvence | Každoročně |
Umístění | Praha, Česká republika (2017) |
Aktivní roky | 27 |
Předchozí událost | ISMB 2016 |
Další událost | ISMB / ECCB 2017 |
Účast | 2,000[1] |
Pořadatel | Teresa Przytycka, Pierre Baldi (2016 židle) |
Člen | Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii |
webová stránka | www |
Inteligentní systémy pro molekulární biologii (ISMB) je roční akademická konference na předmětech bioinformatika a výpočetní biologie pořádá Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii (ISCB). Konference se zaměřuje především na vývoj a aplikaci pokročilých výpočetních metod pro biologické problémy. Konference se koná každoročně od roku 1993 a rozrostla se na jedno z největších a nejprestižnějších setkání v těchto oblastech, kde se v roce 2004 konalo přes 2 000 delegátů.[1][2] Od prvního setkání se ISMB konala na místech po celém světě; od roku 2007 se schůzky konají střídavě v Evropě a Severní Americe. Od roku 2004 se evropská setkání konají společně s Evropská konference o výpočetní biologii (ECCB).
Hlavní konference ISMB se obvykle koná tři dny a skládá se z prezentací, poster sessions a hlavní projevy. Většina prezentací je poskytována v několika paralelních stopách; hlavní přednášky jsou však prezentovány v jedné stopě a jsou vybrány tak, aby odrážely vynikající výzkum v bioinformatice. Pozoruhodné hlavní řečníci ISMB zahrnovali osm laureátů Nobelovy ceny. Příjemci ISCB Cenu Overton a ISCB Achillment by Senior Scientist Award jsou vyzváni, aby v rámci programu přednesli hlavní projevy. Sborník konference je aktuálně publikován v časopise Bioinformatika.
Dějiny

Počáteční schůzky
Počátky konference ISMB spočívají v semináři pro umělá inteligence vědci se zájmem o molekulární biologie se konalo v listopadu 1991.[3] Workshop organizovala americký výzkumník Lawrence Hunter, poté ředitel projektu strojového učení ve Spojených státech Národní institut zdraví je Národní lékařská knihovna (NLM) v Bethesda, Maryland.[4] Následující seminář na stejné téma se konal v roce 1992 a pořádal jej NLM a Národní vědecká nadace, objasnilo, že je zapotřebí pravidelná mezinárodní konference pro tuto oblast. Taková konference by byla věnována molekulární biologii jako rychle se objevující aplikaci umělé inteligence.[5] Poté, co jsme úspěšně požádali o granty od AAAI, NIH a Oddělení energetického úřadu pro výzkum zdraví a životního prostředí, první konference ISMB se konala v červenci 1993 v NLM. Konferenci předsedal Hunter, David Searls (výzkumný docent na Lékařská fakulta University of Pennsylvania ) a Jude Shavlik (odborný asistent výpočetní techniky na University of Wisconsin – Madison ) a přilákal více než 200 účastníků ze 13 zemí,[4] předložení 69 vědeckých prací.[3]
Úspěch první konference podnítil oznámení druhé konference ISMB na konci zasedání. ISMB 1994 se původně plánovalo konat v Seattle. Konkurenční schůzka však donutila ISMB změnit místa v krátké době. Konference se konala v Stanfordská Univerzita v srpnu 1994 a byla organizována Russ Altman, vědecký pracovník ve společnosti Lékařská fakulta Stanfordské univerzity.[3] Aby se zdůraznil mezinárodní aspekt konference, konal se ISMB 1995 v Robinson College, Cambridge. ISMB 1995 také znamenal posun v zaměření konference. ISCB Člen představenstva a ředitel Španělský národní bioinformatický institut Alfonso Valencia uvedl, že v roce 1995 „se konference změnila z konference založené na informatice do bodu, kdy si každý uvědomil, že pokud chcete dosáhnout pokroku, je třeba se více zaměřit na biologii.“[3]
Vznik ISCB a expanze
ISMB 1997 se konala v Chalkidiki, Řecko a označil základ Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii (ISCB).[5] ISCB byla založena se zaměřením na řízení všech vědeckých, organizačních a finančních aspektů konference ISMB a na poskytnutí fóra pro vědce, aby se mohli zabývat objevující se rolí počítačů v biologických vědách. ISCB pomáhá při organizování série konferencí ISMB od roku 1998.[2] Období po vzniku ISCB také znamenalo rozšíření počtu účastníků ISMB: ISMB 2000 (konané na University of California, San Diego ) se zúčastnilo přes 1 000 delegátů,[1] odevzdání 141 vědeckých prací.[3] Toto setkání bylo také naposledy, co se ISMB z důvodu omezení velikosti konalo na univerzitě.[1]
Partnerství s ECCB

V roce 2004 se ISMB konala společně s Evropská konference o výpočetní biologii poprvé. Konference byla také umístěna na konferenci Genes, Proteins and Computers. Toto setkání se konalo v Glasgow, Spojené království, byl největší bioinformatika konference, která se kdy konala[6] zúčastnilo se 2 136 delegátů a předložilo 496 vědeckých prací.[7] Alfonso Valencia považuje ISMB / ECCB 2004 za důležitý milník v historii ISMB: „Byl to první, kde se důležitou součástí konference stala rovnováha mezi Evropou a státy. Právě zde jsme stanovili pravidla a pravidla způsoby a duch spolupráce mezi Američany a Evropany. “[3] Úspěch společné konference připravil půdu pro budoucí evropská setkání ISMB, která se budou konat společně s ECCB.[3]
Nedávné schůzky
Do konce roku 2006 se ISCB nacházela ve finančních potížích. Dvě konference (ISMB 2003, v Brisbane a ISMB 2006, v Fortaleza ) drasticky snížil počet účastníků kvůli jejich umístění s odpovídajícím snížením příjmu.[8] Aby se umožnilo účasti více delegátů, bylo rozhodnuto omezit umístění konferencí na Severní Ameriku a Evropu. V lednu 2007 se ISMB a ECCB dohodly na pořádání společných konferencí v Evropě každý druhý rok, počínaje ISMB / ECCB 2007.[2] ISMB se bude konat v Severní Americe v letech mezi společnými setkáními. Od roku 2016[Aktualizace], bylo potvrzeno, že tento model bude pokračovat nejméně do roku 2019. ISMB / ECCB 2007 (drženo v Vídeň, Rakousko ) označil první konferenci, za kterou převzal plnou odpovědnost za organizaci ISCB.[1] Vídeň se stala prvním městem, které dvakrát uspořádalo ISMB na ISMB / ECCB 2011. Tato „zpětná návštěva“ byla experimentem, jehož cílem bylo snížit rostoucí úsilí potřebné k nalezení vhodných konferenčních míst. Ačkoli návrat do Vídně byl kvůli zvýšení cen považován pouze za částečně úspěšný, Boston (který hostil ISMB 2010 a 2014) se předpokládá, že se stane „bezpečným“ webem, na který se ISMB může pravidelně vracet.[1]
ISMB oslavila své 20. setkání s ISMB 2012, které se konalo v Long Beach, Kalifornie. Tato událost přilákala přibližně 1600 delegátů,[1] předložení 268 vědeckých prací.[3] Richard H. Lathrop a Lawrence Hunter přednesli speciální hlavní prezentaci, ohlédli se za předchozími schůzkami ISMB a pokusili se předpovědět, kde je oblast bioinformatika může v budoucnu směřovat.[9] ISMB / ECCB 2013 se konalo v Berlín, Německo a zúčastnilo se jej přibližně 2 000 delegátů, kteří předložili 233 vědeckých prací.[10]
Formát
Hlavní konference
Hlavní konference ISMB se obvykle koná tři dny a skládá se z prezentací, poster sessions a hlavní projevy.[1]
Akademické práce na ISMB byly tradičně představeny v jedné stopě.[3] Prezentace na ISMB 1994 byly dále rozděleny do tří tematických dnů se zaměřením na predikce sekundární struktury proteinu, sekvenční analýza a techniky AI a biochemické aplikace.[4] Jak se zvýšila účast na ISMB, přístup jedné dráhy se stal neudržitelným a na ISMB / ECCB 2004 byly představeny dvě paralelní trasy. Další expanze znamenala, že do ISMB 2012 bylo prezentováno více než 200 rozhovorů v devíti paralelních tratích[1] včetně vícenásobných řízení stopy, zvýrazněná stopa a technologická stopa. Zavádění paralelních tratí na ISMB bylo kontroverzní. Christopher Rawlings (vedoucí výpočetní a systémové biologie v Rothamsted Research a organizátor ISMB 1995) řekl: "Bylo mnoho lidí, kteří si to chtěli udržet silněji v modelu inteligentních systémů AI a uspořádat setkání, kde by každý šel na všechno. Jen se to příliš zvětšilo. Prostě jsme nemohli 't. "[3] Jako počet odeslaných řízení papírů vzrostl, dramaticky poklesla míra přijetí ze 75% v roce 1994 na 13% v roce 2012.[3] Sborník ISMB z let 1993–2000 publikoval Tisk AAAI. Od ISMB 2001 byly v časopise publikovány sborníky Bioinformatika.[11][12] Také dramaticky vzrostl počet plakátů prezentovaných na ISMB. Na ISMB 1994 bylo prezentováno 25 plakátů;[4] na nedávných schůzkách ISMB bylo prezentováno 500–1 000 plakátů v několika zasedáních plakátů.[1]

Hlavní projevy jsou prezentovány v jedné stopě a obecně přitahují největší publikum.[2] Tyto prezentace jsou vybrány tak, aby zdůraznily vynikající výzkum v oblasti bioinformatika. Pozoruhodný Hlavní reproduktory ISMB zahrnovaly osm Nositelé Nobelovy ceny: Richard J. Roberts (hlavní řečník v letech 1994, 2006), John Sulston (1995), Manfred Eigen (1999), Gerald Edelman (2000), Sydney Brenner (2003), Kurt Wüthrich (2006), Robert Huber (2006) a Michael Levitt (2015).[5][13][14]
Od roku 2012 má ISMB rozpočet přesahující 1,5 milionu USD a z hlediska výnosů přináší čtyřnásobek oproti ostatním konferencím ISCB (ISCB - Latinská Amerika, ISCB-Afrika, ISCB-Asia, konference o bioinformatice na Rocky Mountain, CSHALS a konference o bioinformatice u velkých jezer).[1] Standardní registrační poplatky (od roku 2013) se pohybují kolem 1 000 USD pro akademické pracovníky, kteří jsou členy ISCB (1 350 USD pro nečleny), s nižšími sazbami pro studenty a vyššími sazbami pro podnikové delegáty. Slevy jsou poskytovány za včasnou registraci.[15]
Satelitní události
Výukové programy před konferencí hrály v ISMB důležitou roli od první konference.[2] Výuky na ISMB 1994 obsahovaly úvod do genetické algoritmy, neuronové sítě, AI pro molekulární biologové a molekulární biologie pro počítačové vědce.[4] Výukové programy o výpočtech hmotnostní spektrometrie -na základě proteomika a ZAKÓDOVAT přístup k datům byl představen na ISMB / ECCB 2013.[16]
Vzhledem k tomu, že účast na ISMB na konci 90. let rostla, se vedle hlavní konference vytvořilo několik satelitních setkání a setkání zvláštních zájmových skupin (SIG). Setkání SIG se konají jeden nebo dva dny před hlavní konferencí a zaměřují se na konkrétní téma, což umožňuje podrobnější diskusi, než na jakou by byl čas na hlavní konferenci.[17] Pozoruhodné schůzky SIG zahrnují Konference o otevřeném zdrojovém kódu bioinformatiky (BOSC), která se koná každoročně od roku 2000[18] a Bio-Ontologies, které se konají každoročně od roku 1998.[19] Satelitní setkání jsou obvykle dva dny a konají se ve spojení s ISMB. 12. konference CAMDA a 9. setkání 3DSIG se konaly jako satelitní setkání ISMB / ECCB 2013.[20][21]
Seznam konferencí


Plánované události
Konference | Umístění | Místo | Poznámky |
---|---|---|---|
ISMB 2020 | Montreal, Kanada | Palais des congrès de Montréal | 12. - 16. července |
ISMB / ECCB 2021 | Lyon, Francie [48] | 25. – 29. Července, 20. zasedání ECCB. | |
ISMB 2022 | Madison, Wisconsin, Spojené státy | 30. zasedání ISMB. | |
ISMB / ECCB 2023 | Liverpool, Velká Británie | 16. - 20. července |
Viz také
- Evropská konference o výpočetní biologii (ECCB)
- Tichomořské symposium o biopočítačích (PSB)
- Výzkum v oblasti výpočetní molekulární biologie (RECOMB)
Reference
- ^ A b C d E F G h i j k Rost, B .; Gaasterland, T .; Lengauer, T .; Linial, M .; Markel, S .; Morrison McKay, B. J .; Schneider, R .; Horton, P .; Kelso, J. (13. července 2012). „Dláždění budoucnosti: hledání vhodných míst ISMB“. Bioinformatika. 28 (19): 2556–2559. doi:10.1093 / bioinformatika / bts420. PMC 3463122. PMID 22796959.
- ^ A b C d E Linial, M .; Mesirov, J. P .; Morrison Mckay, B. J .; Rost, B. (2008). „ISMB 2008 Toronto“. PLOS výpočetní biologie. 4 (6): e1000094. Bibcode:2008PLSCB ... 4E0094L. doi:10.1371 / journal.pcbi.1000094. PMC 2427177. PMID 18584023.
- ^ A b C d E F G h i j k Gibson, Todd A. (2012). „Kořeny bioinformatiky v ISMB“. PLOS výpočetní biologie. 8 (8): e1002679. Bibcode:2012PLSCB ... 8E2679G. doi:10.1371 / journal.pcbi.1002679. PMC 3431341. PMID 22952443.
- ^ A b C d E Searls, D .; Shavlik, J .; Hunter, L. (1994). „První mezinárodní konference o inteligentních systémech pro molekulární biologii“. AI Magazine. 15 (1): 12–13. Citováno 16. září 2013.
- ^ A b C „About ISMB“. www.iscb.org. ISCB. Citováno 16. září 2013.
- ^ "Historie ISCB". www.iscb.org. Citováno 19. září 2013.
- ^ „ISMB / ECCB 2004“. Citováno 19. září 2013.
- ^ Rost, B. (14. listopadu 2013). „ISCB: současná perspektiva pro Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii“. Bioinformatika. 29 (24): 3243–3245. doi:10.1093 / bioinformatika / btt629. PMC 5994947. PMID 24234004.
- ^ „Keynotes“. ISMB 2012. ISCB. Citováno 26. srpna 2013.
- ^ Ben-Tal, N. (21. června 2013). "Redakční". Bioinformatika. 29 (13): i1 – i2. doi:10.1093 / bioinformatika / btt282. PMC 3694647. PMID 23812973.
- ^ „Řízení ISMB“. www.iscb.org. ISCB. Citováno 3. října 2013.
- ^ Brunak, S .; Krogh, A. (1. června 2001). „ISMB 2001“. Bioinformatika. 17 (Suppl 1): S1 – S4. doi:10.1093 / bioinformatika / 17.suppl_1.S1.
- ^ Neshich, Goran; Bourne, Philip E .; Brunak, Søren (1. ledna 2006). „ISMB 2006“. PLOS výpočetní biologie. 2 (2): e11. Bibcode:2006PLSCB ... 2 ... 11N. doi:10.1371 / journal.pcbi.0020011. PMC 1378106. PMID 16758006.
- ^ „Keynotes“. ISMB / ECCB 2015. ISCB. Citováno 18. května 2015.
- ^ "REGISTROVAT". ISMB / ECCB 2013. ISCB. Citováno 25. října 2013.
- ^ "Návody". ISMB / ECCB 2013. ISCB. Citováno 26. září 2013.
- ^ „SIG a satelitní setkání“. ISMB / ECCB 2013. ISCB. Citováno 26. září 2013.
- ^ „BOSC - Open Bioinformatics Foundation“. Otevřená nadace pro bioinformatiku. Citováno 26. září 2013.
- ^ Bodenreider, Olivier; Stevens, Robert (2006). „Bio-ontologie: současné trendy a budoucí směry“. Briefings in Bioinformatics. 7 (3): 256–274. doi:10.1093 / bib / bbl027. PMC 1847325. PMID 16899495.
- ^ „3DSIG 2013 - Structural Bioinformatics and Computational Biofhysics, Berlin 2013“. 3DSIG 2013. Citováno 26. září 2013.
- ^ „Konference CAMDA 2013 - CAMDA 2013“. CAMDA 2013. Citováno 26. září 2013.
- ^ "Sborník z 1. mezinárodní konference o inteligentních systémech pro molekulární biologii. ISMB - 93". Řízení. Mezinárodní konference o inteligentních systémech pro molekulární biologii. 1: i – ix, 1–459. 1993. PMID 7584323.
- ^ "Sborník z 2. mezinárodní konference o inteligentních systémech pro molekulární biologii. ISMB - 94". Řízení. Mezinárodní konference o inteligentních systémech pro molekulární biologii. 2: 1–384. 1994. PMID 7584376.
- ^ "Sborník z 3. mezinárodní konference o inteligentních systémech pro molekulární biologii. ISMB - 95". Řízení. Mezinárodní konference o inteligentních systémech pro molekulární biologii. 3: i – xii, 1–415. 1995. PMID 7584424.
- ^ „Sborník ze 4. mezinárodní konference o inteligentních systémech pro molekulární biologii. ISMB-96“. Řízení. Mezinárodní konference o inteligentních systémech pro molekulární biologii. 4: 1–262. 1996. PMID 9005023.
- ^ „Sborník z 5. mezinárodní konference o inteligentních systémech pro molekulární biologii. Halkidiki, Řecko, 21. – 26. Června 1997“. Řízení. Mezinárodní konference o inteligentních systémech pro molekulární biologii. 5: 1–371. 1997. PMID 9410501.
- ^ „Sborník ze 6. mezinárodní konference o inteligentních systémech pro molekulární biologii. Montreal, Quebec, Kanada. 28. června - 1. července 1998“. Řízení. Mezinárodní konference o inteligentních systémech pro molekulární biologii. 6: 1–223. 1998. PMID 9867411.
- ^ „ISMB '99. Sborník příspěvků ze 7. mezinárodní konference o inteligentních systémech pro molekulární biologii. Heidelberg, Německo, 6. – 10. Srpna 1999“. Řízení. Mezinárodní konference o inteligentních systémech pro molekulární biologii: 1–307. 1999. PMID 10809579.
- ^ „Sborník příspěvků z 8. mezinárodní konference o inteligentních systémech pro molekulární biologii (ISMB 2000). San Diego, Kalifornie, USA. 19. – 23. Srpna 2000“. Řízení. Mezinárodní konference o inteligentních systémech pro molekulární biologii. 8: 1–419. 2000. PMID 11221647.
- ^ „Sborník před devátou mezinárodní konferencí o inteligentních systémech pro molekulární biologii“. Bioinformatika. 17: S1 – S331. Červen 2001. Citováno 3. října 2013.
- ^ „Sborník z desáté mezinárodní konference o inteligentních systémech pro molekulární biologii“. Bioinformatika. 18 (doplněk 1): S1 – S363. Červenec 2002. Citováno 3. října 2013.
- ^ Myers, G. (3. července 2003). „Jedenáctá mezinárodní konference o inteligentních systémech pro molekulární biologii, Brisbane, Austrálie 29. června - 3. července 2003“. Bioinformatika. 19 (doplněk 1): i1 – i349. doi:10.1093 / bioinformatika / btg1048. PMID 12855430. Citováno 3. října 2013.
- ^ „Sborník Dvanáctá mezinárodní konference o inteligentních systémech pro molekulární biologii / Třetí evropská konference o výpočetní biologii 2004 Glasgow, Velká Británie 31. července - 4. srpna 2004“. Bioinformatika. 20 (Suppl 1): i1 – i395. 4. srpna 2004. Citováno 3. října 2013.
- ^ „Sborník ISMB 2005. Třináctá mezinárodní konference o inteligentních systémech pro molekulární biologii, Detroit 25. – 29. Června 2005“. Bioinformatika. 21 (Suppl 1): i1 – i510. 2005. Citováno 3. října 2013.
- ^ „KONFERENČNÍ ŘÍZENÍ ISMB 2006, 6. – 10. Srpna, FORTALEZA, BRAZÍLIE“. Bioinformatika. 22 (14): e1 – e568. 15. července 2006. Citováno 3. října 2013.
- ^ „Ismb / Eccb 2007“. Bioinformatika. 23 (13): i1 – i586. 13. července 2007. doi:10.1093 / bioinformatika / btm285. Citováno 3. října 2013.
- ^ „KONFERENČNÍ KONFERENCE ISMB 2008 19. – 23. ČERVENCE 2008, TORONTO“. Bioinformatika. 24 (13): i1 – i423. 1. července 2008. Citováno 3. října 2013.
- ^ „KONFERENČNÍ KONFERENCE ISMB / ECCB 2009 27. června - 2. července 2009, STOCKHOLM, ŠVÉDSKO“. Bioinformatika. 25 (12): i1 – i384. 15. června 2009. Citováno 3. října 2013.
- ^ „KONFERENČNÍ KONFERENCE ISMB 2010 11. – 13. Července 2010, BOSTON, MA, USA“. Bioinformatika. 26 (12): i1 – i408. 15. června 2010. Citováno 3. října 2013.
- ^ „Ismb / Eccb 2011 Proceedings Papers Committee“. Bioinformatika. 27 (13): i1 – i411. 1. července 2011. doi:10.1093 / bioinformatika / btr298. PMC 2687993. Citováno 3. října 2013.
- ^ „ISMB 2012 PROCESINGS PAPERS Committee July 15 To July 19, 2012, LONG BEACH, CA, USA“. Bioinformatika. 28 (12): i1 – i301. 15. června 2012. Citováno 3. října 2013.
- ^ „ISMB / ECCB 2013 Proceedings Papers Committee“. Bioinformatika. 29 (13): i1 – i371. 1. července 2013. doi:10.1093 / bioinformatika / btt281. PMC 4765877. Citováno 3. října 2013.
- ^ „VÝBOR PRO PAPÍRY PRO ŘÍZENÍ ISMB 2014“. Bioinformatika. 30 (12): i1 – i339. 15. června 2014. Citováno 17. července 2014.
- ^ „ISMB / ECCB 2015 PROCESINGS PAPERS Committee 10. července do 14. července 2015, DUBLIN, IRSKO“. Bioinformatika. 31 (12): i1 – i386. 15. června 2015. Citováno 29. prosince 2015.
- ^ "Program nadcházejících akcí - Kongresové centrum Praha". Citováno 29. prosince 2015.
- ^ „Budoucí data ISMB“. www.iscb.org. Citováno 7. července 2017.
- ^ „About ISMB“. www.iscb.org. Citováno 4. prosince 2019.