Alfonso Valencia - Alfonso Valencia - Wikipedia

Alfonso Valencia
Alfonso Valencia speaking at ISMB/ECCB 2013
Alfonso Valencia hovořící v ISMB / ECCB 2013.
Alma mater
Známý jakoBioKreativa[1][2][3][4]
Ocenění
Vědecká kariéra
Pole
Instituce
Akademičtí poradciChris Sander[6][7][8]

Alfonso Valencia je španělština biolog, profesor ICREA, současný ředitel odboru Life Sciences ve společnosti Barcelonské superpočítačové centrum.[9] a ze dne Španělský národní bioinformatický institut (INB-ISCIII). V letech 2015--2018 byl prezidentem Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii.[10] Jeho výzkum je zaměřen na studium biomedicínských systémů s přístupy výpočetní biologie a bioinformatiky.[5]

Vzdělávání

Valencia studovala biologii na Complutense University of Madrid, školení v populační genetika a biofyzika.[11] V roce 1987 působil jako hostující vědec v Americké laboratoři Červeného kříže.[12] Získal doktorát v molekulární biologie v roce 1988 od Autonomní univerzita v Madridu.[13] V letech 1989 až 1994 byl a Postdoktorandský kolega v laboratoři Chris Sander na Evropská laboratoř molekulární biologie (EMBL) v Heidelberg, studium vývoje funkce bílkovin pomocí sekvence - a struktura - přístupy založené na[12][14]

Dokument z roku 1994 „Korelované mutace a kontakty reziduí v proteinech“,[15] jehož hlavním autorem byla Valencie, založil myšlenku, že korelované mutace na odpovídajících místech v sekvencích DNA v různých organismech mohou naznačovat, že tato místa odpovídají aminokyselinovým zbytkům, které jsou fyzicky blízko sebe v konečném proteinu, což předpovídá kontaktní mapy. Tento dříve neuvážený zdroj vedlejších informací pro predikce proteinové struktury začal být používán s rostoucí účinností v 2010s, což nakonec vedlo k úspěchu DeepMind je AlphaFold 2 algoritmus v roce 2020.[16]

Výzkum

V roce 1994 Valencia založila skupinu Protein Design Group na Španělské národní centrum pro biotechnologie (CNB).[13] Byl vedoucím skupiny strukturní a výpočetní biologie v CNIO.[13] V roce 2006 přešel do španělského Národního výzkumného centra pro rakovinu (CNIO) jako ředitel programu strukturní biologie a biopočítání.

Od roku 2016 je ICREA Profesor[17] a ředitel odboru věd o živé přírodě v Barcelonské superpočítačové centrum (BSC).[18][19]

Jako výpočetní biolog se ve své práci zaměřuje na mechanické pochopení biologických systémů, včetně rakoviny a dalších nemocí, s kombinací přístupů bioinformatiky, síťové biologie a strojového učení. Jeho skupina vyvinula systémy v oblastech predikce proteinové struktury, proteinových interakcí a proteinových sítí, systémové biologie, těžby textů a dat s aplikacemi v epigenetické, genomice rakoviny [20] a komorbidita nemoci. Všechny tyto aktivní složky konvergují do obecného tématu personalizované medicíny, se zvláštním zájmem o rozhraní s umělou inteligencí a vysoce výkonnými počítači.

Od roku 2019, Valencie zveřejnila více než 420 recenzováno doklady,[5][21][22] které byly citovány více než 40 000krát,[11] v vědecké časopisy počítaje v to Příroda,[23][24][25] PNAS,[6] Výzkum nukleových kyselin,[26][27] the Journal of Molecular Biology,[28][29][30] Bioinformatika,[31][32][33][34] Genome Biology,[2][3][35][36] PLOS výpočetní biologie,[37] PLOS Biology,[38] Genetika přírody,[39][40] Přírodní biotechnologie,[4][41] Výzkum genomu,[42] Biochemie,[7] Aktuální názor na strukturní biologii,[43] Přírodní strukturní biologie,[8] Trendy v genetice[44] a Inteligentní systémy pro molekulární biologii konference.[45]

Ocenění a vyznamenání

Valencia byla jmenována profesorem výzkumu na ČNB v roce 2005.[13] Byl zakládajícím členem Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii (ISCB) a v roce 2010 byl oceněn jako člen ISCB.[46] Valencia také působila jako viceprezidentka ISCB a v roce 2013 byla jmenována nově zvolenou prezidentkou.[11] V letech 2015–2018 byl prezidentem ISCB, kde uspěl Burkhard Rost. Valencie je čestným doktorem dánské DTU a je zvolena člen Evropské organizace pro molekulární biologii (EMBO).[47]

Valencia se účastní několika mezinárodních konsorcií, jako je Genecode / ZAKÓDOVAT,[23][38][42] the Mezinárodní konsorcium pro rakovinový genom Mezinárodní konsorcium pro výzkum vzácných nemocí (IRDiRC), International Human Epigenomics Consortium.[41] Valencia je ředitelem Španělského národního institutu pro bioinformatiku, platformy ISCIII, španělského uzlu EU Evropská infrastruktura biologických věd pro biologické informace (ELIXIR).[11]

V současné době je výkonný redaktor deníku Bioinformatika a člen redakčních rad společností eLIFE, FEBS Letters, PeerJ a F1000 Prime.

Reference

  1. ^ Hirschman, L .; Yeh, A .; Blaschke, C .; Valencia, A. (2005). "Přehled BioCreAtIvE: Kritické hodnocení extrakce informací pro biologii". BMC bioinformatika. 6: S1. doi:10.1186 / 1471-2105-6-S1-S1. PMC  1869002. PMID  15960821.
  2. ^ A b Krallinger, M; Morgan, A; Smith, L; Leitner, F; Tanabe, L; Wilbur, J; Hirschman, L; Valencia, A (2008). „Hodnocení systémů pro těžbu textu pro biologii: Přehled druhé biografie Tvůrčí komunitní výzva “. Genome Biology. 9 Suppl 2: S1. doi:10.1186 / gb-2008-9-s2-s1. PMC  2559980. PMID  18834487.
  3. ^ A b Krallinger, M; Leitner, F; Rodriguez-Penagos, C; Valencia, A (2008). „Přehled úlohy extrakce anotací protein-protein interakce Bio Tvůrčí II ". Genome Biology. 9 Suppl 2: S4. doi:10.1186 / gb-2008-9-s2-s4. PMC  2559988. PMID  18834495.
  4. ^ A b Leitner, F; Chatr-Aryamontri, A; Mardis, S. A .; Ceol, A; Krallinger, M; Licata, L; Hirschman, L; Cesareni, G; Valencia, A (2010). „FEBS Letters / Bio Tvůrčí II.5 experiment: Zpřístupnění biologických informací “. Přírodní biotechnologie. 28 (9): 897–9. doi:10.1038 / nbt0910-897. PMID  20829821.
  5. ^ A b C Alfonso Valencia publikace indexované podle Google Scholar
  6. ^ A b Bork, P; Sander, C; Valencia, A (1992). „ATPázová doména společná pro proteiny prokaryotického buněčného cyklu, cukerné kinázy, aktin a proteiny tepelného šoku hsp70“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 89 (16): 7290–4. Bibcode:1992PNAS ... 89.7290B. doi:10.1073 / pnas.89.16.7290. PMC  49695. PMID  1323828.
  7. ^ A b Valencia, A .; Chardin, P .; Wittinghofer, A .; Sander, C. (1991). "Rodina proteinů ras: Evoluční strom a role konzervovaných aminokyselin". Biochemie. 30 (19): 4637–4648. doi:10.1021 / bi00233a001. PMID  2029511. S2CID  43450157.
  8. ^ A b Casari, G; Sander, C; Valencia, A (1995). "Metoda pro predikci funkčních zbytků v proteinech". Přírodní strukturní biologie. 2 (2): 171–8. doi:10.1038 / nsb0295-171. PMID  7749921.
  9. ^ „El fichaje de Alfonso Valencia refuerza Barcelona como capital bioinformática“. La Vanguardia. 07.03.2017.
  10. ^ „Minulí úředníci a ředitelé“. www.iscb.org. Citováno 12. dubna 2018.
  11. ^ A b C d „Alfonso Valencia, zvolený prezident ISCB“ (PDF). Archivovány od originál (PDF) dne 10.01.2014..
  12. ^ A b „Keynote-Details“. ISMB / ECCB 2011. Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii. Citováno 7. ledna 2014.
  13. ^ A b C d „Alfonso Valencia - cnio.es“. Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas. Archivovány od originál dne 2014-07-20.
  14. ^ „Alfonso Valencia - EMBRACE“. Archivovány od originál dne 10.01.2014. Citováno 10. ledna 2014.
  15. ^ U Göbel 1, C Sander, R Schneider, A Valencia <, Korelované mutace a zbytkové kontakty v proteinech, Proteiny18(4):309-17. (1994) doi:10,1002 / prot. 340180402
  16. ^ Cristina Sáez, El último avance fundamental de la biología se basa en la investigación de un científico español, La Vanguardia, 2. prosince 2020
  17. ^ „ICREA“. www.icrea.cat. Citováno 2018-10-27.
  18. ^ „Alfonso Valencia je jmenován ředitelem odboru biologických věd v BSC | BSC-CNS“. www.bsc.es. Citováno 2018-10-27.
  19. ^ „El fichaje de Alfonso Valencia refuerza Barcelona como capital bioinformática“. La Vanguardia. Citováno 2018-10-27.
  20. ^ "Structural Computational Biology Group: Overview - cnio.es". Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas. Citováno 10. ledna 2014.
  21. ^ Alfonso Valencia publikace od Evropa PubMed Central
  22. ^ Publikace Alfonsa Valencie indexováno podle Scopus bibliografická databáze. (vyžadováno předplatné)
  23. ^ A b Konsorcium projektu ENCODE; Birney E; Stamatoyannopoulos JA; Dutta A; Guigó R; Gingeras TR; Margulies EH; Weng Z; Snyder M; Dermitzakis ET; et al. (2007). „Identifikace a analýza funkčních prvků v 1% lidského genomu pilotním projektem ENCODE“. Příroda. 447 (7146): 799–816. Bibcode:2007Natur.447..799B. doi:10.1038 / nature05874. PMC  2212820. PMID  17571346.
  24. ^ Puente, X. S .; Pinyol, M; Quesada, V; Conde, L; Ordóñez, G. R .; Villamor, N; Escaramis, G; Jares, P; Beà, S; González-Díaz, M; Bassaganyas, L; Baumann, T; Juan, M; López-Guerra, M; Colomer, D; Tubío, J. M .; López, C; Navarro, A; Tornador, C; Aymerich, M; Rozman, M; Hernández, J. M .; Puente, D. A .; Freije, J. M .; Velasco, G; Gutiérrez-Fernández, A; Costa, D; Carrió, A; Guijarro, S; et al. (2011). „Sekvenování celého genomu identifikuje rekurentní mutace u chronické lymfocytární leukémie“. Příroda. 475 (7354): 101–5. doi:10.1038 / příroda10113. PMC  3322590. PMID  21642962.
  25. ^ Mezinárodní konsorcium pro rakovinový genom; Hudson, T. J .; Anderson, W; Artez, A; Barker, A. D .; Bell, C; Bernabé, R. R .; Bhan, M. K .; Calvo, F; Eerola, I; Gerhard, D. S .; Guttmacher, A; Guyer, M; Hemsley, F. M .; Jennings, J. L .; Kerr, D; Klatt, P; Kolar, P; Kusada, J; Lane, D.P .; Laplace, F; Youyong, L; Nettekoven, G; Ozenberger, B; Peterson, J; Rao, T. S .; Remacle, J; Schafer, A. J .; Shibata, T; et al. (2010). „Mezinárodní síť projektů genomu rakoviny“. Příroda. 464 (7291): 993–8. Bibcode:2010Natur.464..993T. doi:10.1038 / nature08987. PMC  2902243. PMID  20393554.
  26. ^ Hermjakob, H .; Montecchi ‐ Palazzi, L .; Lewington, C .; Mudali, S .; Kerrien, S .; Orchard, S .; Vingron, M .; Roechert, B .; Roepstorff, P .; Valencie, A.; Margalit, H .; Armstrong, J .; Bairoch, Amos; Cesareni, G .; Sherman, D .; Apweiler, R. (2004). „IntAct: Databáze molekulárních interakcí s otevřeným zdrojem“. Výzkum nukleových kyselin. 32 (90001): D452–5. doi:10.1093 / nar / gkh052. PMC  308786. PMID  14681455.
  27. ^ Van Ham, R. C .; Kamerbeek, J; Palacios, C; Rausell, C; Abascal, F; Bastolla, U; Fernández, J. M .; Jiménez, L; Postigo, M; Silva, F. J .; Tamames, J; Viguera, E; Latorre, A; Valencia, A; Morán, F; Moya, A (2003). „Reduktivní evoluce genomu v Buchnera aphidicola“. Sborník Národní akademie věd. 100 (2): 581–6. Bibcode:2003PNAS..100..581V. doi:10.1073 / pnas.0235981100. PMC  141039. PMID  12522265.
  28. ^ Pazos, F; Helmer-Citterich, M; Ausiello, G; Valencia, A (1997). „Korelované mutace obsahují informace o interakci protein-protein“. Journal of Molecular Biology. 271 (4): 511–23. CiteSeerX  10.1.1.360.2386. doi:10.1006 / jmbi.1997.1198. PMID  9281423.
  29. ^ Jensen, L. J .; Gupta, R; Blom, N; Devos, D; Tamames, J; Kesmir, C; Nielsen, H; Staerfeldt, H. H .; Rapacki, K; Workman, C; Andersen, C. A .; Knudsen, S; Krogh, A; Valencia, A; Brunak, S (2002). "Predikce funkce lidského proteinu z posttranslačních modifikací a lokalizačních funkcí". Journal of Molecular Biology. 319 (5): 1257–65. CiteSeerX  10.1.1.139.2639. doi:10.1016 / S0022-2836 (02) 00379-0. PMID  12079362.
  30. ^ Olmea, O; Rost, B; Valencia, A (1999). "Efektivní využití korelace sekvencí a zachování při rozpoznávání záhybů". Journal of Molecular Biology. 293 (5): 1221–39. doi:10.1006 / jmbi.1999.3208. PMID  10547297. S2CID  16167106.
  31. ^ Herrero, J; Valencia, A; Dopazo, J (2001). „Hierarchicky rostoucí neurální síť bez dozoru pro shlukování genových expresních vzorů“. Bioinformatika. 17 (2): 126–36. doi:10.1093 / bioinformatika / 17.2.126. PMID  11238068.
  32. ^ Hoffmann, R; Valencia, A (2005). „Implementace konceptu iHOP pro navigaci v biomedicínské literatuře“. Bioinformatika. 21 Suppl 2: ii252–8. doi:10.1093 / bioinformatika / bti1142. PMID  16204114.
  33. ^ Peng, Hanchuan; Bateman, Alex; Valencie, Alfonso; Wren, Jonathan D. (2012). „Bioimage informatics: a new category in Bioinformatics“. Bioinformatika. 28 (8): 1057. doi:10.1093 / bioinformatika / bts111. PMC  3324521. PMID  22399678.
  34. ^ Bateman, Alex; Valencie, Alfonso (2006). „Strukturální genomika se setkává s výpočetní biologií“. Bioinformatika. 22 (19): 2319. doi:10.1093 / bioinformatika / btl426. PMID  17032684.
  35. ^ Juncker, A. S .; Jensen, L. J .; Pierleoni, A; Bernsel, A; Tress, M. L .; Bork, P; von Heijne, G; Valencia, A; Ouzounis, C. A .; Casadio, R; Brunak, S (2009). „Predikce funkcí a anotace proteinů na základě sekvence“. Genome Biology. 10 (2): 206. doi:10.1186 / gb-2009-10-2-206. PMC  2688272. PMID  19226438.
  36. ^ Baudot, A; Gómez-López, G; Valencia, A (2009). „Interpretace translační nemoci pomocí molekulárních sítí“. Genome Biology. 10 (6): 221. doi:10.1186 / gb-2009-10-6-221. PMC  2718486. PMID  19591646.
  37. ^ Vazquez, M; de la Torre, V; Valencia, A (2012). „Kapitola 14: Analýza genomu rakoviny“. PLOS výpočetní biologie. 8 (12): e1002824. Bibcode:2012PLSCB ... 8E2824V. doi:10.1371 / journal.pcbi.1002824. PMC  3531315. PMID  23300415.
  38. ^ A b Konsorcium ENCODE Project (2011). Becker PB (vyd.). „Uživatelská příručka k encyklopedii prvků DNA (ENCODE)“. PLOS Biology. 9 (4): e1001046. doi:10.1371 / journal.pbio.1001046. PMC  3079585. PMID  21526222. otevřený přístup
  39. ^ Hoffmann, R; Valencia, A (2004). „Genová síť pro navigaci v literatuře“. Genetika přírody. 36 (7): 664. doi:10.1038 / ng0704-664. PMID  15226743.
  40. ^ Quesada, V; Conde, L; Villamor, N; Ordóñez, G. R .; Jares, P; Bassaganyas, L; Ramsay, A. J .; Beà, S; Pinyol, M; Martínez-Trillos, A; López-Guerra, M; Colomer, D; Navarro, A; Baumann, T; Aymerich, M; Rozman, M; Delgado, J; Giné, E; Hernández, J. M .; González-Díaz, M; Puente, D. A .; Velasco, G; Freije, J. M .; Tubío, J. M .; Royo, R; Gelpí, J. L .; Orozco, M; Pisano, D. G .; Zamora, J; et al. (2011). „Exome sekvenování identifikuje opakující se mutace genu SF3B1 sestřihového faktoru u chronické lymfocytární leukémie.“ Genetika přírody. 44 (1): 47–52. doi:10.1038 / ng.1032. PMID  22158541.
  41. ^ A b Adams, D; Altucci, L; Antonarakis, S.E .; Ballesteros, J; Beck, S; Bird, A; Bock, C; Boehm, B; Campo, E; Caricasole, A; Dahl, F; Dermitzakis, E. T .; Enver, T; Esteller, M; Estivill, X; Ferguson-Smith, A; Fitzgibbon, J; Flicek, P; Giehl, C; Graf, T; Grosveld, F; Guigo, R; Gut, já; Helin, K; Jarvius, J; Küppers, R; Lehrach, H; Lengauer, T; Lernmark, Åke; et al. (2012). "BLUEPRINT pro dekódování epigenetického podpisu napsaného krví". Přírodní biotechnologie. 30 (3): 224–6. doi:10,1038 / nbt.2153. hdl:11858 / 00-001M-0000-000E-E88D-5. PMID  22398613.
  42. ^ A b Harrow, J; Frankish, A; Gonzalez, J. M .; Tapanari, E; Diekhans, M; Kokocinski, F; Aken, B.L .; Barrell, D; Zadissa, A; Searle, S; Barnes, I; Bignell, A; Boychenko, V; Hunt, T; Kay, M; Mukherjee, G; Rajan, J; Despacio-Reyes, G; Saunders, G; Steward, C; Harte, R; Lin, M; Howald, C; Tanzer, A; Derrien, T; Chrast, J; Walters, N; Balasubramanian, S; Pei, B; et al. (2012). „GENCODE: Referenční anotace lidského genomu pro projekt ENCODE“. Výzkum genomu. 22 (9): 1760–74. doi:10,1101 / gr.135350.111. PMC  3431492. PMID  22955987.
  43. ^ Valencia, A; Pazos, F (2002). "Výpočtové metody pro predikci proteinových interakcí". Aktuální názor na strukturní biologii. 12 (3): 368–73. doi:10.1016 / s0959-440x (02) 00333-0. PMID  12127457.
  44. ^ Devos, D; Valencia, A (2001). Msgstr "Vnitřní chyby v anotaci genomu". Trendy v genetice. 17 (8): 429–31. doi:10.1016 / s0168-9525 (01) 02348-4. PMID  11485799.
  45. ^ Blaschke, C; Andrade, M. A .; Ouzounis, C; Valencia, A (1999). „Automatická extrakce biologických informací z vědeckého textu: Interakce protein-protein“. Řízení. Mezinárodní konference o inteligentních systémech pro molekulární biologii: 60–7. PMID  10786287.
  46. ^ „Členové ISCB“. www.iscb.org. Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii. Archivovány od originál dne 2015-03-28.
  47. ^ „Najít člena EMBO“. Evropská organizace pro molekulární biologii.
Předcházet
Burkhard Rost		 Předseda
Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii
2015 – 2018		Uspěl
Thomas Lengauer