Anders Krogh - Anders Krogh - Wikipedia

Anders Krogh
Národnostdánština
Alma materKodaňská univerzita
Známý jakoskryté Markovovy modely, neuronové sítě
OceněníČlen ISCB (2017)
Vědecká kariéra
PoleBioinformatika
InstituceKodaňská univerzita
webová stránkalidé.binf.ku.dk/ krogh

Anders Krogh je bioinformatik na Kodaňská univerzita,[1] kde vede univerzitu bioinformatické centrum. On je známý pro jeho průkopnické práce na používání skryté Markovovy modely v bioinformatice (společně s David Haussler ),[2][3][4] a je spoluautorem široce používané učebnice v bioinformatice.[5] Kromě toho byl také spoluautorem jedné z raných učebnic neuronové sítě.[6] Mezi jeho současné výzkumné zájmy patří analýza promotoru,[7][8][9] nekódující RNA,[10][11][12] genová predikce[13][14][15] a predikce proteinové struktury.[16][17][18][19][20]

V roce 2017 byl Krogh zvolen Fellow of the Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii (ISCB).[21]

Viz také

Reference

  1. ^ „Archivovaná kopie“. Archivovány od originál dne 02.09.2011. Citováno 2011-04-14.CS1 maint: archivovaná kopie jako titul (odkaz) Profesor Anders Krogh, Centrum bioinformatiky, Katedra molekulární biologie, Kodaňská univerzita
  2. ^ Krogh A, Brown M, Mian IS, Sjölander K, Haussler D (1994). "Skryté Markovovy modely ve výpočetní biologii. Aplikace pro modelování proteinů". J. Mol. Biol. 235 (5): 1501–31. doi:10.1006 / jmbi.1994.1104. PMID  8107089.
  3. ^ Krogh A, Mian IS, Haussler D (1994). „Skrytý Markovův model, který najde geny v DNA E. coli“. Nucleic Acids Res. 22 (22): 4768–78. doi:10.1093 / nar / 22.22.4768. PMC  308529. PMID  7984429.
  4. ^ Sjölander K, Karplus K, Brown M a kol. (1996). „Dirichletské směsi: metoda pro lepší detekci slabé, ale významné homologie proteinové sekvence“. Comput. Appl. Biosci. 12 (4): 327–45. doi:10.1093 / bioinformatika / 12.4.327. PMID  8902360.
  5. ^ Durbin, Richard M.; Eddy, Sean R.; Krogh, Andersi; Mitchison, Graeme (1998), Analýza biologické sekvence: Pravděpodobnostní modely proteinů a nukleových kyselin (1. vyd.), Cambridge, New York: Cambridge University Press, doi:10.2277/0521629713, ISBN  0-521-62971-3, OCLC  593254083
  6. ^ Úvod do teorie neurálních výpočtů (Santa Fe Institute Studies in the Sciences of Complexity). (1991) John A. Hertz, Richard G. Palmer, Anders Krogh, Westview Press
  7. ^ Marstrand TT, Frellsen J, Moltke I a kol. (2008). Copley R (ed.). „Asap: Rámec pro statistiku nadměrného zastoupení pro weby vázající transkripční faktory“. PLOS ONE. 3 (2): e1623. Bibcode:2008PLoSO ... 3,1623 mil. doi:10.1371 / journal.pone.0001623. PMC  2229843. PMID  18286180. otevřený přístup
  8. ^ Frith MC, Valen E, Krogh A, Hayashizaki Y, Carninci P, Sandelin A (2008). „Kód pro zahájení transkripce v savčích genomech“. Genome Res. 18 (1): 1–12. doi:10,1101 / gr. 6831208. PMC  2134772. PMID  18032727.
  9. ^ Bryne JC, Valen E, Tang MH a kol. (2008). „JASPAR, databáze otevřeného přístupu profilů vázání transkripčních faktorů: nový obsah a nástroje v aktualizaci z roku 2008“. Nucleic Acids Res. 36 (Problém s databází): D102–6. doi:10.1093 / nar / gkm955. PMC  2238834. PMID  18006571.
  10. ^ Lindow M, Jacobsen A, Nygaard S, Mang Y, Krogh A (2007). „Intragenomová shoda odhaluje obrovský potenciál pro regulaci zprostředkovanou miRNA u rostlin“. PLoS Comput. Biol. 3 (11): e238. Bibcode:2007PLSCB ... 3..238L. doi:10.1371 / journal.pcbi.0030238. PMC  2098865. PMID  18052543. otevřený přístup
  11. ^ Lindgreen S, Gardner PP, Krogh A (2007). "MASTR: vícenásobné srovnání a predikce struktury nekódujících RNA pomocí simulovaného žíhání". Bioinformatika. 23 (24): 3304–11. CiteSeerX  10.1.1.563.7072. doi:10.1093 / bioinformatika / btm525. PMID  18006551.
  12. ^ Lindgreen S, Gardner PP, Krogh A (2006). „Měření kovariace v uspořádání RNA: fyzický realismus zlepšuje informační opatření“. Bioinformatika. 22 (24): 2988–95. doi:10.1093 / bioinformatika / btl514. PMID  17038338.
  13. ^ Munch K, Krogh A (2006). „Automatické generování vyhledávačů genů pro eukaryotické druhy“. BMC bioinformatika. 7: 263. doi:10.1186/1471-2105-7-263. PMC  1522026. PMID  16712739. otevřený přístup
  14. ^ Munch K, Gardner PP, Arctander P, Krogh A (2006). „Skrytý přístup Markovova modelu pro určování exprese z mikropolí genomových obkladů“. BMC bioinformatika. 7: 239. doi:10.1186/1471-2105-7-239. PMC  1481622. PMID  16672042. otevřený přístup
  15. ^ Nielsen P, Krogh A (2005). „Velká predikce prokaryotických genů a srovnání s anotací genomu“. Bioinformatika. 21 (24): 4322–9. doi:10.1093 / bioinformatika / bti701. PMID  16249266.
  16. ^ Krogh A, Larsson B, von Heijne G, Sonnhammer EL (2001). „Predikce topologie transmembránového proteinu se skrytým Markovovým modelem: aplikace k dokončení genomů“. J Mol Biol. 305 (3): 567–580. doi:10.1006 / jmbi.2000.4315. PMID  11152613.
  17. ^ Winther O, Krogh A (2004). "Učit počítače skládat proteiny". Phys. Rev.. 70 (3): 030903. arXiv:cond-mat / 0309497. Bibcode:2004PhRvE..70c0903W. doi:10.1103 / PhysRevE.70.030903. PMID  15524499.
  18. ^ Vyhrál KJ, Hamelryck T, Prügel-Bennett A, Krogh A (2007). „Evoluční metoda pro učení struktury HMM: predikce sekundární struktury proteinu“. BMC bioinformatika. 8: 357. doi:10.1186/1471-2105-8-357. PMC  2072961. PMID  17888163. otevřený přístup
  19. ^ Hamelryck T, Kent JT, Krogh A (2006). „Odběr vzorků realistických konformací proteinů pomocí lokálního strukturního zkreslení“. PLoS Comput. Biol. 2 (9): e131. Bibcode:2006PLSCB ... 2..131H. doi:10.1371 / journal.pcbi.0020131. PMC  1570370. PMID  17002495. otevřený přístup
  20. ^ Boomsma W, Mardia KV, Taylor CC, Ferkinghoff-Borg J, Krogh A, Hamelryck T (2008). „Generativní, pravděpodobnostní model lokální proteinové struktury“. PNAS. 105 (26): 8932–8937. Bibcode:2008PNAS..105,8932B. doi:10.1073 / pnas.0801715105. PMC  2440424. PMID  18579771.
  21. ^ „13. února 2017: Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii jmenuje sedm členů do třídy členů ISCB roku 2017“. www.iscb.org. Citováno 13. února 2017.

externí odkazy