Søren Brunak - Søren Brunak

Søren Brunak
Soren Brunak-ISMB2016 (29036238545) .jpg
Søren Brunak hovořící na konferenci Inteligentní systémy pro molekulární biologii konference v roce 2016
narozený1958 (věk 61–62 let)[1]
Národnostdánština
Alma materKodaňská univerzita
Technická univerzita v Dánsku
Známý jakoVývoj výpočetních nástrojů pro integraci dat na molekulární a fenotypové úrovni[Citace je zapotřebí ]
Ocenění
Vědecká kariéra
PoleBioinformatika
Systémová biologie
Lékařská informatika[5]
InstituceKodaňská univerzita Technická univerzita v Dánsku
TezeComputerens fysik  (1987)
webová stránkawww.cpr.ku.dk/výzkum/ nemoc-systemy-biologie

Søren Brunak, Ph.D. (narozen 1958) je a dánština biologický a fyzikální vědec pracující v bioinformatika, biologie systémů a lékařská informatika.[5] Je profesorem biologie chorobných systémů na univerzitě v Kodani a profesorem bioinformatiky na technické univerzitě v Dánsku. Jako ředitel výzkumu v Centru pro výzkum proteinů Novo Nordisk na lékařské univerzitě v Kodani vede výzkumné úsilí, kde jsou kombinovány biologické údaje systémů na molekulární úrovni s fenotypovými údaji ze zdravotnictví, jako jsou elektronické záznamy o pacientech, informace o registru a biobanky dotazníky. Hlavním cílem je porozumět základu síťové biologie pro časově uspořádané komorbidity a rozlišovat mezi korelacemi nemocí souvisejících s léčbou a dalšími komorbiditami v trajektoriích onemocnění. Søren Brunak také zastává pozici referenta lékařské informatiky v Rigshospitalet, dánském regionu hlavního města.[Citace je zapotřebí ]

Vzdělávání

Søren Brunak získal jeho Mistr vědy vzdělání v oboru Fyzika, v roce 1987 z Institut Nielse Bohra na Kodaňská univerzita[6] a jeho Ph.D. v Výpočetní biologie v roce 1991 na katedře strukturních vlastností materiálů, Technická univerzita v Dánsku,[Citace je zapotřebí ] a v roce 2002 Dr.phil. (Honoris causa ) z Přírodní věda Fakulta Stockholmská univerzita.[Citace je zapotřebí ]

Kariéra

Søren Brunak byl v roce 1993 zakládajícím ředitelem Centra pro analýzu biologické sekvence v Technická univerzita v Dánsku.[7][8][9] Významné rané centrum v bioinformatice, které existuje již více než 20 let. V roce 2007 byl Søren Brunak s Matthias Mann, zakládající ředitel výzkumu Centrum pro výzkum proteinů Novo Nordisk Foundation na Fakultě pro zdraví a lékařské vědy na univerzitě v Kodani, přední centrum pro studium lidských proteinů terapeutické hodnoty.

Účastnil se vědeckých poradních výborů několika vědeckých organizací, např Evropská laboratoř molekulární biologie (EMBL, Heidelberg), Ensembl na Evropský bioinformatický institut a Wellcome Trust Sanger Institute (předseda),[Citace je zapotřebí ] Poradní výbor pro bioinformatiku při Evropský bioinformatický institut (předseda), Institut Pasteur, Max Planck Institute for Molecular Genetics (Berlín), Science for Life Laboratory (Stockholm) a Švýcarským institutem pro bioinformatiku.

Výzkum

Brunakův hlavní výzkum je v bioinformatika, biologie systémů a lékařská informatika. Zejména predikce založená na strojovém učení a obecná oblast biologie integrativních systémů, kde jsou kombinována heterogenní data z molekulární úrovně s fenotypovými daty ze zdravotnictví. Obecným cílem je porozumět mechanismům onemocnění na úrovni biologie proteinové sítě. Další oblastí zaměření je variace lidského proteomu a precizní medicína, kde jsou zkoumány profily nežádoucích účinků specifických pro pacienta a diskriminace mezi korelací nemocí souvisejících s léčbou a dalšími komorbiditami. Skupina se zabývá výzkumem, který není založen na hypotézách, kde se kombinuje a analyzuje obrovské množství dat z nejrůznějších experimentálních technologií s cílem uskutečnit objevy, které z těchto dat vycházejí, spíše než být výsledkem konkrétních experimentů určených k potvrzení nebo vyvrácení daných hypotéz . Skupina Brunak také v průběhu let byla vysoce uvnitř strojové učení a vytvořili řadu vysoce používaných metod predikce, včetně SignalP, TargetP, NetGene, NetPhos, NetOglyc, NetNES, distanceP a mnoha dalších.[10][11][12][13] Od roku 2017, podle Google Scholar,[5] jeho nejvíce velmi citovaný recenzováno publikace byly publikovány v Journal of Molecular Biology,[11][14] Proteinové inženýrství,[10] a Příroda[15] a Přírodní metody.[16]

Vybrané publikace

  • Neuronové sítě - počítače s intuicí[17]
  • Bioinformatika: Přístup strojového učení[18]
  • Imunologická bioinformatika[19]

Ceny a vyznamenání

Brunak byl členem dánské akademie pro Přírodní vědy od roku 1997 člen představenstva Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii (ISCB) 2001-2004, Dánské akademie technických věd od roku 2002, Dánské královské společnosti pro vědu a dopisy od roku 2004 a Královské švédské akademie věd od roku 2016. Je členem Mezinárodní společnosti pro výpočetní biologii (2009) a člen Evropská organizace pro molekulární biologii v roce 2009.[2] Brunak obdržel Cena Senior Scientist ISCB[3] z Mezinárodní společnosti pro výpočetní biologii v roce 2016 a zvolen Člen ISCB v roce 2011.[4] V roce 2013 mu byla udělena zlatá medaile Julia Thomsena[20] a Dir. Cena Ib Henriksense za vynikající výsledky ve vědě v roce 2002.[21] Byl oceněn cenou Villuma Kanna Rasmussena za výzkum v přírodních a technických vědách (2006).[22]

Reference

  1. ^ „Brunak, Søren“. Viaf.org. Citováno 2017-03-28.
  2. ^ A b Anon (2009). „Soren Brunak“. people.embo.org. Evropská organizace pro molekulární biologii. Citováno 2017-03-28.
  3. ^ A b Fogg, Christiana N .; Kovats, Diane K. (2016). „Zpráva od ISCB: 2016 ISCB Dokončení cenou Senior Scientist Award udělenou Sørenovi Brunakovi“. Bioinformatika. 32 (11): 1758–1759. doi:10.1093 / bioinformatika / btw291. ISSN  1367-4803. PMID  27246924. (vyžadováno předplatné)
  4. ^ A b Anon (2017). „Členové ISCB“. iscb.org. Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii. Archivovány od originál dne 2017-03-20.
  5. ^ A b C Søren Brunak publikace indexované podle Google Scholar Upravte to na Wikidata
  6. ^ Brunak, Søren (1987). Computerens fysik (Magisterská práce). København: Niels Bohr Institutet. OCLC  476113238.
  7. ^ „Zaměstnanci - DTU Bioinformatics“. Cbs.dtu.dk. Citováno 2017-03-28.
  8. ^ „Soren Brunak“. www.mva.org. Archivovány od originál dne 21.11.2007.
  9. ^ Publikace Sørena Brunaka indexováno podle Scopus bibliografická databáze. (vyžadováno předplatné)
  10. ^ A b Nielsen, H .; Engelbrecht, J .; Brunak, S .; Von Heijne, G. (1997). "Identifikace prokaryotických a eukaryotických signálních peptidů a predikce jejich míst štěpení". Návrh a výběr proteinového inženýrství. 10: 1–6. doi:10.1093 / protein / 10.1.1. PMID  9051728.
  11. ^ A b Dyrløv Bendtsen, J .; Nielsen, H .; Von Heijne, G.; Brunak, S. (2004). "Vylepšená predikce signálních peptidů: SignalP 3.0". Journal of Molecular Biology. 340 (4): 783–795. CiteSeerX  10.1.1.165.2784. doi:10.1016 / j.jmb.2004.05.028. PMID  15223320.
  12. ^ Brunak, S .; Engelbrecht, J .; Knudsen, S. (1990). „Neuronová síť detekuje chyby při přiřazování spojovacích míst mRNA“. Výzkum nukleových kyselin. 18 (16): 4797–4801. doi:10.1093 / nar / 18.16.4797. PMC  331948. PMID  2395643. otevřený přístup
  13. ^ Brunak, S .; Engelbrecht, J .; Knudsen, S. (1990). Msgstr "Vyčištění genových databází". Příroda. 343 (6254): 123. Bibcode:1990 Natur.343..123B. doi:10.1038 / 343123a0. PMID  2296305. S2CID  4353367.
  14. ^ Emanuelsson, Olof; Nielsen, Henrik; Brunak, Søren; von Heijne, Gunnar (2000). "Predikce subcelulární lokalizace proteinů na základě jejich N-terminální sekvence aminokyselin". Journal of Molecular Biology. 300 (4): 1005–1016. doi:10.1006 / jmbi.2000.3903. ISSN  0022-2836. PMID  10891285.
  15. ^ Qin, Junjie; Li, Ruiqiang; Raes, Jeroen; Arumugam, Manimozhiyan; Burgdorf, Kristoffer Solvsten; Manichanh, Chaysavanh; Nielsen, Trine; Pons, Nicolas; Levenez, Florencie; Yamada, Takuji; Mende, Daniel R .; Li, Junhua; Xu, Junming; Li, Shaochuan; Li, Dongfang; Cao, Jianjun; Wang, Bo; Liang, Huiqing; Zheng, Huisong; Xie, Yinlong; Tap, Julien; Lepage, Patricia; Bertalan, Marcelo; Batto, Jean-Michel; Hansen, Torben; Le Paslier, Denis; Linneberg, Allan; Nielsen, H. Bjørn; Pelletier, Eric; Renault, Pierre; Sicheritz-Ponten, Thomas; Turner, Keith; Zhu, Hongmei; Yu, Chang; Li, Shengting; Jian, Min; Zhou, Yan; Li, Yingrui; Zhang, Xiuqing; Li, Songgang; Qin, Nan; Yang, Huanming; Wang, Jian; Brunak, Søren; Doré, Joel; Guarner, Francisco; Kristiansen, Karsten; Pedersen, Oluf; Parkhill, Julian; Weissenbach, Jean; Antolin, Maria; Artiguenave, François; Blottiere, Hervé; Borruel, Natalia; Bruls, Thomas; Casellas, Francesc; Chervaux, Christian; Cultrone, Antonella; Delorme, Christine; Denariaz, Gérard; Dervyn, Rozenn; Forte, Miguel; Friss, Carsten; van de Guchte, Maarten; Guedon, Eric; Haimet, Florencie; Jamet, Alexandre; Juste, Catherine; Kaci, Ghalia; Kleerebezem, Michiel; Knol, Jan; Kristensen, Michel; Layec, Severine; Le Roux, Karine; Leclerc, Marion; Maguin, Emmanuelle; Melo Minardi, Raquel; Oozeer, Raish; Rescigno, Maria; Sanchez, Nicolas; Tims, Sebastian; Torrejon, Toni; Varela, Encarna; de Vos, Willem; Winogradsky, Yohanan; Zoetendal, Erwin; Bork, Peer; Ehrlich, S. Duško; Wang, červen (2010). „Katalog lidského střevního mikrobiálního genu vytvořený metagenomickým sekvenováním“. Příroda. 464 (7285): 59–65. Bibcode:2010Natur.464 ... 59.. doi:10.1038 / nature08821. ISSN  0028-0836. PMC  3779803. PMID  20203603. (vyžadováno předplatné)
  16. ^ Petersen, Thomas Nordahl; Brunak, Søren; von Heijne, Gunnar; Nielsen, Henrik (2011). "SignalP 4.0: rozlišování signálních peptidů z transmembránových oblastí". Přírodní metody. 8 (10): 785–786. doi:10.1038 / nmeth.1701. ISSN  1548-7091. PMID  21959131. S2CID  16509924.
  17. ^ Brunak S, Lautrup B (1990). Neuronové sítě - počítače s intuicí. World Scientific Publishing. ISBN  978-9971-5-0939-2. (publikováno také v dánštině a němčině)
  18. ^ Baldi P, Brunak S (2001). Bioinformatika: Přístup strojového učení (2. vyd.). MIT Stiskněte.[ISBN chybí ]
  19. ^ Lund O, Nielsen M, Lundegaard C, Kesmir C, Brunak S (2005). Imunologická bioinformatika. MIT Stiskněte.[ISBN chybí ]
  20. ^ „Den památky 2013 - DTU“.
  21. ^ "Forskerpriser".
  22. ^ „Předchozí příjemci výroční ceny“. 2017-03-22.