Hanah Margalit - Hanah Margalit
Hanah Margalit | |
---|---|
![]() | |
Alma mater | Hebrejská univerzita v Jeruzalémě (PhD) |
Ocenění | Člen ISCB (2018)[1] Landauova cena za systémovou biologii (2008) Rothschildova cena ve výpočetní biologii[2] |
Vědecká kariéra | |
Pole | Bioinformatika Výpočetní biologie Systémová biologie[3] |
Instituce | Hebrejská univerzita v Jeruzalémě Národní institut zdraví |
Doktorský poradce | Norman Grover |
Ostatní akademičtí poradci | Charles DeLisi |
webová stránka | margalit |
Hanah Margalit je Profesor na lékařské fakultě Hebrejská univerzita v Jeruzalémě.[4][5] Její výzkum kombinuje bioinformatika, výpočetní biologie a biologie systémů, konkrétně v oblastech genová regulace v bakteriích a eukaryoty.[3]
Vzdělávání
Margalit získala titul B.Sc (Matematika a biologie, 1974) a titul MSc (Genetika, s vyznamenáním, 1977) na Hebrejské univerzitě v Jeruzalémě.[4] V roce 1985 ji dokončila PhD ve výpočetní oblasti molekulární biologie pod dohledem Hebrejské univerzity v Jeruzalémě Normana Grovera.[Citace je zapotřebí ]
Kariéra a výzkum
Margalit dokončen postdoktorský výzkum na Národní institut zdraví (NIH) v laboratoři matematická biologie pod dohledem Charles DeLisi, kde vyvinula první výpočetní algoritmus pro predikci antigenních peptidů rozpoznávaných imunitními buňkami.[6] V roce 1989 se vrátila do Izraele a založila nezávislou výzkumnou skupinu na Lékařské fakultě Hebrejské univerzity v Jeruzalémě.
Její raný výzkum zahrnoval vývoj výpočetních algoritmů pro predikci vazby antigenních peptidů na MHC molekuly,[7] výpočetní modely vazba protein-DNA preference,[8][9] také ve spolupráci s Nir Friedman,[10] identifikace párů domén jako stavebních kamenů protein-protein interakční sítě,[11] analýza integrované sítě protein-protein a interakce protein-DNA[12] (ve spolupráci s Uri Alon ), jakož i výpočetní modely pro predikci malých regulačních molekul RNA v bakteriích,[13] které byly experimentálně ověřeny ve spolupráci s Shoshy Altuvií a Gerhartem Wagnerem.
Nedávno Margalitova laboratoř studovala dynamiku regulace malými RNA [14] (ve spolupráci s Ofer Biham ) a výpočetně předpověděl, že existují virové mikroRNA molekuly, které potlačují lidský imunitní systém, mechanismus, který byl experimentálně ověřen ve spolupráci s Oferem Mandelboimem.[15] Od roku 2012 společnost Margalit kombinuje experimentální a výpočetní výzkum pro studium malých interakcí RNA-cíl v bakteriích.[16]
Margalit byl jedním z průkopnických výzkumníků v oblasti bioinformatiky a výpočetní biologie v Izraeli i na celém světě. Na Hebrejské univerzitě spoluzaložila program „Computer Science and Life Sciences“ v oboru bioinformatiky a výpočetní biologie (v roce 1999) a magisterský program „Genomics and Bioinformatics“ (v roce 2000). V roce 2002 byla zvolena první prezidentkou izraelské společnosti pro bioinformatiku a výpočetní biologii (2002-2004). Margalit mentoroval přes 50 postgraduálních studentů, z nichž mnozí zastávali fakultní pozice v bioinformatice v Izraeli i v zahraničí.[17]
Ceny a vyznamenání
V roce 2008 jí byla udělena Michael Landau cena v systémové biologii.[18] V roce 2018 byl Margalit zvolen a chlapík z Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii (ISCB) za mimořádné příspěvky do oblastí výpočetní biologie a bioinformatika.[1]V roce 2020 byl Prof. Margalit oceněn Rothschildova cena ve výpočetní biologii.[19]
Osobní život
Margalit je ženatý s Avi a matkou tří dětí.[Citace je zapotřebí ]
Reference
- ^ A b Anon (2018). „Členové ISCB“. iscb.org. Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii. Archivovány od originál dne 2015-04-15. Citováno 2018-03-13.
- ^ „Rothschildova cena“. Rothschildova cena. Citováno 7. března 2020.
- ^ A b Hanah Margalit publikace indexované podle Google Scholar
- ^ A b „Keynotes Details“. www.iscb.org. Citováno 2018-11-28.
- ^ „Laboratoř Hanah Margalitové“. margalit.huji.ac.il.
- ^ Margalit, H .; Spouge, J. L .; Cornette, J. L .; Cease, K. B .; Delisi, C .; Berzofsky, J. A. (1987). "Předpověď imunodominantních pomocných T buněčných antigenních míst z primární sekvence". Journal of Immunology. 138 (7): 2213–2229. ISSN 0022-1767. PMID 2435793.
- ^ Altuvia, Y .; Schueler, O .; Margalit, H. (1995). "Pořadí potenciálních vazebných peptidů na molekuly MHC pomocí výpočetního vlákna". Journal of Molecular Biology. 249 (2): 244–250. doi:10.1006 / jmbi.1995.0293. ISSN 0022-2836. PMID 7540211.
- ^ Mandel-Gutfreund, Y .; Schueler, O .; Margalit, H. (1995). „Komplexní analýza vodíkových vazeb v regulačních proteinových komplexech DNA: při hledání společných principů“. Journal of Molecular Biology. 253 (2): 370–382. doi:10.1006 / jmbi.1995.0559. ISSN 0022-2836. PMID 7563096.
- ^ Mandel-Gutfreund, Y .; Margalit, H. (1998). „Kvantitativní parametry interakce aminokyselina-báze: důsledky pro predikci vazebných míst protein-DNA“. Výzkum nukleových kyselin. 26 (10): 2306–2312. doi:10.1093 / nar / 26.10.2306. ISSN 0305-1048. PMC 147552. PMID 9580679.
- ^ Kaplan, Tommy; Friedman, Nir; Margalit, Hanah (2005). „Ab Initio Predikce cílů transkripčních faktorů s využitím strukturálních znalostí“. PLoS výpočetní biologie. 1 (1): e1. Bibcode:2005PLSCB ... 1 .... 1K. doi:10.1371 / journal.pcbi.0010001. ISSN 1553-734X. PMC 1183507. PMID 16103898.
- ^ Sprinzak, E .; Margalit, H. (2001-08-24). "Korelované signatury sekvencí jako markery interakce protein-protein". Journal of Molecular Biology. 311 (4): 681–692. doi:10.1006 / jmbi.2001.4920. ISSN 0022-2836. PMID 11518523.
- ^ Yeger-Lotem, Esti; Sattath, Shmuel; Kashtan, Nadav; Itzkovitz, Shalev; Milo, Ron; Pinter, Ron Y .; Alon, Uri; Margalit, Hanah (2004). „Síťové motivy v integrovaných celulárních sítích regulace transkripce a interakce protein-protein“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 101 (16): 5934–5939. Bibcode:2004PNAS..101,5934Y. doi:10.1073 / pnas.0306752101. ISSN 0027-8424. PMC 395901. PMID 15079056.
- ^ Argaman, L .; Hershberg, R .; Vogel, J .; Bejerano, G .; Wagner, E. G .; Margalit, H .; Altuvia, S. (2001-06-26). „Nové malé geny kódující RNA v intergenních oblastech Escherichia coli“. Aktuální biologie. 11 (12): 941–950. doi:10.1016 / s0960-9822 (01) 00270-6. ISSN 0960-9822. PMID 11448770.
- ^ Shimoni, Yishai; Friedlander, Gilgi; Hetzroni, Guy; Niv, Gali; Altuvia, Shoshy; Biham, Ofer; Margalit, Hanah (2007). „Regulace genové exprese malými nekódujícími RNA: kvantitativní pohled“. Molekulární systémy biologie. 3: 138. doi:10.1038 / msb4100181. ISSN 1744-4292. PMC 2013925. PMID 17893699.
- ^ Stern-Ginossar, Noam; Elefant, Naama; Zimmermann, Albert; Wolf, Dana G .; Saleh, Nivin; Biton, Moshe; Horwitz, Elad; Prokocimer, Zafnat; Prichard, Mark; Hahn, Gabriele; Goldman-Wohl, Debra; Hahn, Gabriele; Greenfield, Caryn; Yagel, Simcha; Hengel, Hartmut; Altuvia, Yael; Margalit, Hanah; Mandelboim, Ofer (2007). „Cílení na gen imunitního systému hostitele virovou miRNA“. Věda. 317 (5836): 376–381. Bibcode:2007Sci ... 317..376S. doi:10.1126 / science.1140956. ISSN 1095-9203. PMC 4283197. PMID 17641203.
- ^ Melamed, Sahar; Peer, Asaf; Faigenbaum-Romm, Raya; Gatt, Yair E .; Reiss, Niv; Bar, Amir; Altuvia, Yael; Argaman, Liron; Margalit, Hanah (2016). „Globální mapování malých interakcí RNA-cíl v bakteriích“. Molekulární buňka. 63 (5): 884–897. doi:10.1016 / j.molcel.2016.07.026. ISSN 1097-4164. PMC 5145812. PMID 27588604.
- ^ „Laboratoř Hanah Margalitové“. margalit.huji.ac.il. Citováno 2018-11-28.
- ^ „קרן לנדאו - פרס למדעים ומחקר“ (v hebrejštině). 17. 06. 2012. Archivovány od originál dne 17.06.2012. Citováno 2018-11-28.
- ^ „Rothschildova cena“. Rothschildova cena. Citováno 7. března 2020.