Alex Bateman - Alex Bateman

Alex Bateman
Alex Bateman ISMBECCB 2013.jpg
Alex Bateman hovořící v Inteligentní systémy pro molekulární biologii (ISMB) konference v Berlíně v roce 2013
narozený
Alexander George Bateman

(1972-10-09) 9. října 1972 (věk 48)[1]
Alma mater
Známý jako
Ocenění
Vědecká kariéra
Pole
Instituce
TezeVývoj struktury a funkce nadrodiny imunoglobulinů  (1997)
Doktorský poradceCyrus Chothia
Ostatní akademičtí poradciRichard M. Durbin[10]
webová stránkawww.ebi.ac.Spojené království/o/lidé/ alex-bateman

Alexander George Bateman je výpočetní biolog a vedoucí zdrojů pro sekvenci proteinů na Evropský bioinformatický institut (EBI), část Evropská laboratoř molekulární biologie (EMBL) v Cambridge ve Velké Británii.[9][11] Vedl vývoj Pfam biologická databáze[12] a představil Rfam databáze RNA rodiny. Rovněž se podílel na používání Wikipedia pro komunitní anotaci biologických databází.[13][14][15][16][17]

Vzdělávání

Bateman dostal a Bakalář věd vzdělání v oboru Biochemie z Newcastle University v roce 1994. Doktorát získal na Univerzita v Cambridge v roce 1997 pro výzkum pod dohledem Cyrus Chothia[18][19] o vývoji imunoglobulin proteinová nadčeleď.[20][21] Během této doby také pracoval s Sean Eddy objevit nové proteinové domény pomocí HMMER software.[22]

Kariéra a výzkum

V roce 1997 se Bateman připojil k Wellcome Trust Sanger Institute vést vývoj Pfam biologická databáze. V roce 2003 představil Rfam databáze RNA rodin.[6][22] Podílel se také na poskytování proteinové analýzy pro publikaci lidského genomu.[22][23]

Od roku 2012 byl vedoucím oddělení proteinových sekvencí v EMBL-EBI.[24]

Bateman se také podílel na podpoře využívání Wikipedie ve vědecké komunitě[25] a zejména komunitní anotace biologických databází prostřednictvím Wikipedie, například anotace databáze Rfam prostřednictvím RNA WikiProject.[26]

Bateman působil jako výkonný redaktor časopisu Bioinformatika od roku 2004 do roku 2012 a pracoval také jako redaktor časopisu Výzkum nukleových kyselin, Genome Biology a Současné protokoly v bioinformatice.[2][3] V roce 2014 byl jmenován jedním z prvních čestných redaktorů Bioinformatika.[27] Od roku 2015 Bateman působí také v představenstvu ISCB.[28]

Ocenění a vyznamenání

Bateman byl oceněn v roce 2010 Cena Benjamina Franklina v bioinformatice.[29][30] Stal se třetím bývalým členem Richard Durbin Laboratoř pro získání ceny, následující Sean Eddy a Ewan Birney.[29][10] Bateman byl zvolen Člen ISCB v roce 2017 Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii.[8][31]

Alex Bateman (vlevo) a Cyrus Chothia (vpravo) na konferenci ISMB v Dublinu v roce 2015

Reference

  1. ^ Alex Bateman na Knihovna Kongresu Úřady
  2. ^ A b „Alex Bateman: Vedoucí týmu Protein Sequence Resources a vedoucí skupiny Bateman Research Group“. Uniprot.org. Archivovány od originál dne 2015-03-16.
  3. ^ A b „Alex Bateman Publons“. Publons.com. Archivovány od originál dne 2015-03-16.
  4. ^ Bateman, A.; Coin, L .; Durbin, R.; Finn, R. D .; Hollich, V .; Griffiths-Jones, S .; Khanna, A .; Marshall, M .; Moxon, S .; Sonnhammer, E. L .; Studholme, D. J .; Yeats, C .; Eddy, S. R. (2004). „Databáze proteinových rodin Pfam“. Výzkum nukleových kyselin. 32 (Problém s databází): 138D – 1141. doi:10.1093 / nar / gkh121. ISSN  0305-1048. PMC  308855. PMID  14681378. otevřený přístup
  5. ^ Sammut, S. J .; Finn, R. D .; Bateman, A (2008). „Pfam po 10 letech: 10 000 rodin a stále roste“. Briefings in Bioinformatics. 9 (3): 210–9. doi:10.1093 / bib / bbn010. PMID  18344544.
  6. ^ A b Griffiths-Jones, S; Bateman, A; Marshall, M; Khanna, A; Eddy, S. R. (2003). „Rfam: Databáze rodiny RNA“. Výzkum nukleových kyselin. 31 (1): 439–41. doi:10.1093 / nar / gkg006. PMC  165453. PMID  12520045.
  7. ^ Griffiths-Jones, S; Grocock, R. J .; Van Dongen, S; Bateman, A; Enright, A. J. (2006). "MiRBase: MicroRNA sekvence, cíle a genová nomenklatura". Výzkum nukleových kyselin. 34 (Problém s databází): D140-4. doi:10.1093 / nar / gkj112. PMC  1347474. PMID  16381832.
  8. ^ A b Anon (2017). „Členové ISCB“. iscb.org. Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii. Archivovány od originál dne 2017-03-20.
  9. ^ A b Alex Bateman publikace indexované podle Google Scholar Upravte to na Wikidata
  10. ^ A b Chakradhar, Shraddha (2012). „Heng Li získává rodokmen Durbin při převzetí Franklinovy ​​ceny“. bio-itworld.com. Archivovány od originál dne 30. 3. 2013.
  11. ^ Alex Bateman na DBLP Bibliografický server Upravte to na Wikidata
  12. ^ Finn, R. D .; Mistry, J .; Schuster-Böckler, B .; Griffiths-Jones, S .; Hollich, V .; Lassmann, T .; Moxon, S .; Marshall, M .; Khanna, A .; Durbin, R .; Eddy, S. R .; Sonnhammer, E. L .; Bateman, A. (leden 2006). „Pfam: klany, webové nástroje a služby“ (Volný plný text). Výzkum nukleových kyselin. 34 (Problém s databází): D247 – D251. doi:10.1093 / nar / gkj149. ISSN  0305-1048. PMC  1347511. PMID  16381856.
  13. ^ Logan, D. W .; Sandal, M .; Gardner, P. P .; Manske, M.; Bateman, A. (2010). „Deset jednoduchých pravidel pro úpravy Wikipedie“. PLOS výpočetní biologie. 6 (9): e1000941. doi:10.1371 / journal.pcbi.1000941. PMC  2947980. PMID  20941386. otevřený přístup
  14. ^ „Bateman group . Evropský bioinformatický institut. Archivovány od originál dne 01.10.2013.
  15. ^ Alex Bateman publikace od Evropa PubMed Central
  16. ^ Publikace Alexe Batemana indexováno podle Scopus bibliografická databáze. (vyžadováno předplatné)
  17. ^ Burge, S .; Attwood, T. K.; Bateman, A.; Berardini, T. Z .; Cherry, M .; O'Donovan, C .; Xenarios, L .; Gaudet, P. (2012). „Biokurátory a biokurace: Průzkum výzev 21. století“. Databáze. 2012: bar059. doi:10.1093 / databáze / bar059. PMC  3308150. PMID  22434828.
  18. ^ Bateman, A; Eddy, S. R.; Chothia, C. (1996). „Členové nadrodiny imunoglobulinů v bakteriích“. Věda o bílkovinách. 5 (9): 1939–41. doi:10,1002 / pro.5560050923. PMC  2143528. PMID  8880921.
  19. ^ Bateman, A; Jouet, M; MacFarlane, J; Du, J. S .; Kenwrick, S; Chothia, C (1996). „Obrysová struktura molekuly adheze lidských buněk L1 a místa, kde mutace způsobují neurologické poruchy“. Časopis EMBO. 15 (22): 6050–9. doi:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00993.x. PMC  452426. PMID  8947027.
  20. ^ Bateman, Alexander George (1997). Vývoj struktury a funkce nadrodiny imunoglobulinů. ethos.bl.uk (Disertační práce). Univerzita v Cambridge. OCLC  879391333.
  21. ^ Bateman, A; Murzin, A. G .; Teichmann, S.A. (1998). "Struktura a distribuce opakování pentapeptidu v bakteriích". Věda o bílkovinách. 7 (6): 1477–80. doi:10.1002 / pro.5560070625. PMC  2144021. PMID  9655353.
  22. ^ A b C „Archivní stránka: Dr. Alex Bateman - Wellcome Trust Sanger Institute“. Wellcome Trust Sanger Institute. Archivovány od originál dne 2014-10-13.
  23. ^ Lander, Eric S .; et al. (15. února 2001). „Počáteční sekvenování a analýza lidského genomu“. Příroda. 409 (6822): 860–921. doi:10.1038/35057062. PMID  11237011.
  24. ^ „Alex Bateman . EBI. Archivovány od originál dne 01.10.2013.
  25. ^ Bateman, Alex (2012). „Proč by vědci měli publikovat na Wikipedii“. Wired UK. Archivovány od originál dne 09.07.2012.
  26. ^ Daub, J .; Gardner, P. P .; Tate, J .; Ramsköld, D .; Manske, M.; Scott, W. G .; Weinberg, Z .; Griffiths-Jones, S .; Bateman, A. (2008). „RNA WikiProject: Komunitní anotace rodin RNA“. RNA. 14 (12): 2462–2464. doi:10.1261 / rna.1200508. PMC  2590952. PMID  18945806.
  27. ^ Anon (2014). „15 let“ bioinformatiky"". Bioinformatika. 30 (6): 747. doi:10.1093 / bioinformatika / btu076. PMID  24642573.
  28. ^ „Důstojníci a představenstvo ISCB“. Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii. Archivovány od originál dne 2014-07-24.
  29. ^ A b „Alex Bateman vyhrál Cenu Benjamina Franklina 2010 - svět bio-IT“. www.bio-itworld.com. Archivovány od originál dne 2012-08-14.
  30. ^ „Alex vyhrává cenu Benjamina Franklina!“. Blog Xfam. Duben 2010. Archivovány od originál dne 28. 4. 2010.
  31. ^ „13. února 2017: Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii jmenuje sedm členů do třídy členů ISCB roku 2017“. www.iscb.org. Citováno 13. února 2017.