Lincoln Stein - Lincoln Stein - Wikipedia

Lincoln Stein
Lincoln Stein s Alfonso Valencia a Sarah Teichmann 038-ISMB2016 (28418579253) .jpg
Lincoln Stein s (zcela vpravo) Alfonso Valencia (zcela vlevo) a Sarah Teichmann (uprostřed) u Inteligentní systémy pro molekulární biologii (ISMB) konference v roce 2016 v Orlando na Floridě.
narozený
Lincoln David Stein

1960 (věk 59–60 let)[1]
Alma materHarvardská Univerzita (PhD)
Ocenění
Vědecká kariéra
PoleGenomová informatika[3]
Instituce
TezeKlonování vývojově regulovaných genů z Schistosoma mansoni  (1989)
webová stránkaoicr.na.ca/ vyšetřovatelé/ lincoln-stein

Lincoln David Stein je vědec a Profesor v bioinformatika a výpočetní biologie na Ontario Institute for Cancer Research.[3][4][5]

Vzdělávání

Stein dokončil a Lékař na Harvardská lékařská škola a a PhD v Buněčná biologie na Harvardská Univerzita oba v roce 1989[6] přes MD-PhD program. Jeho práce byla zkoumána genové klonování v Schistosoma mansoni.[6]

Kariéra

V letech 1992-1997 působil jako ředitel informatiky na VŠE Massachusetts Institute of Technology (MIT) Centrum genomu, Whitehead Institute biomedicínského výzkumu. V letech 1998 až 2004 působil jako Docent na Cold Spring Harbor Laboratory. V Ontario Institute for Cancer Research pracuje od roku 2007.[Citace je zapotřebí ]

Výzkum

Steinovy ​​aktuální výzkumné projekty[3][5] zahrnout Reactome,[7] WormBase,[7] BioPerl,[8] Gramen,[9] ZAKÓDOVAT,[10][11][12] the Databáze obecných modelových organizmů,[13] the Sekvenční ontologie[14] a Cloudové výpočty.[15]

Stein je také původním vývojářem CGI.pm a přispěvatel do mod_perl, oba široce používané v Programovací jazyk Perl pro webové aplikace i mnoho dalších Moduly Perl a související knihy.[16][17][18][19][20]

Ocenění a vyznamenání

Stein byl oceněn Cena Benjamina Franklina (bioinformatika) v roce 2004.[21] Byl zvolen Člen ISCB v roce 2016 Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii.[2]

Reference

  1. ^ https://viaf.org/viaf/116663444/
  2. ^ A b Anon (2017). „Členové ISCB“. iscb.org. Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii. Archivovány od originál dne 2017-03-20.
  3. ^ A b C Lincoln Stein publikace indexované podle Google Scholar
  4. ^ „Ontario Institute for Cancer Research“. Archivovány od originál dne 22.04.2011.
  5. ^ A b Publikace Lincolna Steina indexováno podle Scopus bibliografická databáze. (vyžadováno předplatné)
  6. ^ A b Stein, Lincoln David (1989). Klonování vývojově regulovaných genů z Schistosoma mansoni. harvard.edu (Disertační práce). Harvardská Univerzita. OCLC  23368773.
  7. ^ A b Croft, D .; O'Kelly, G .; Wu, G .; Haw, R .; Gillespie, M .; Matthews, L .; Caudy, M .; Garapati, P .; Gopinath, G .; Jassal, B .; Jupe, S .; Kalatskaya, I .; Mahajan, S .; Možná.; Ndegwa, N .; Schmidt, E .; Shamovsky, V .; Yung, C .; Birney, E .; Hermjakob, H .; d'Eustachio, P .; Stein, L. (2010). „Reactome: Databáze reakcí, cest a biologických procesů“. Výzkum nukleových kyselin. 39 (Problém s databází): D691 – D697. doi:10.1093 / nar / gkq1018. PMC  3013646. PMID  21067998.
  8. ^ Stajich, J. E.; Block, D .; Boulez, K .; Brenner, S.; Chervitz, S .; Dagdigian, C .; Fuellen, G .; Gilbert, J .; Korf, I .; Lapp, H .; Lehväslaiho, H .; Matsalla, C .; Mungall, C. J .; Osborne, B. I .; Pocock, M. R.; Schattner, P .; Senger, M .; Stein, L. D.; Stupka, E .; Wilkinson, M. D .; Birney, E. (2002). „Sada nástrojů BioPerl: Perlové moduly pro biologické vědy“. Výzkum genomu. 12 (10): 1611–1618. doi:10,1101 / gr. 361602. PMC  187536. PMID  12368254.
  9. ^ Ware, D. H .; Jaiswal, P .; Ni, J .; Yap, I.V .; Pan, X .; Clark, K. Y .; Teytelman, L .; Schmidt, S. C .; Zhao, W .; Chang, K .; Cartinhour, S .; Stein, L. D .; McCouch, S. R. (2002). „Gramen, nástroj pro genomiku trávy“. Fyziologie rostlin. 130 (4): 1606–1613. doi:10.1104 / pp.015248. PMC  1540266. PMID  12481044.
  10. ^ Gerstein MB, Lu ZJ, Van Nostrand EL, Cheng C, Arshinoff BI, Liu T, Yip KY, Robilotto R, Rechtsteiner A; et al. (2010). „Integrativní analýza genomu Caenorhabditis elegans projektem modENCODE“. Věda. 330 (6012): 1775–1787. Bibcode:2010Sci ... 330.1775G. doi:10.1126 / science.1196914. PMC  3142569. PMID  21177976.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  11. ^ konsorcium modENCODE, Roy S, Ernst J, Kharchenko PV, Kheradpour P, Negre N, Eaton ML, Landolin JM, Bristow CA, Ma L; et al. (2010). "Identifikace funkčních prvků a regulačních obvodů pomocí Drosophila modENCODE". Věda. 330 (6012): 1787–1797. Bibcode:2010Sci ... 330.1787R. doi:10.1126 / science.1198374. PMC  3192495. PMID  21177974.CS1 maint: více jmen: seznam autorů (odkaz)
  12. ^ Contrino, S .; Smith, R. N .; Butano, D .; Carr, A .; Hu, F .; Lyne, R .; Rutherford, K .; Kalderimis, A .; Sullivan, J .; Carbon, S .; Kephart, E. T .; Lloyd, P .; Stinson, E.O .; Washington, N.L .; Perry, M. D .; Ruzanov, P .; Zha, Z .; Lewis, S.E .; Stein, L. D .; Micklem, G. (2011). „ModMine: Flexibilní přístup k datům modENCODE“. Výzkum nukleových kyselin. 40 (Problém s databází): D1082 – D1088. doi:10.1093 / nar / gkr921. PMC  3245176. PMID  22080565.
  13. ^ Stein, L. D.; Mungall, C .; Shu, S .; Caudy, M .; Mangone, M .; Day, A .; Nickerson, E .; Stajich, J. E.; Harris, T. W .; Arva, A .; Lewis, S. (2002). „Generic Genome Browser: Building Block for a Model Organism System Database“. Výzkum genomu. 12 (10): 1599–1610. doi:10,1101 / gr. 403602. PMC  187535. PMID  12368253.
  14. ^ Eilbeck, K .; Lewis, S.E.; Mungall, C. J .; Yandell, M .; Stein, L.; Durbin, R.; Ashburner, M. (2005). „Sekvenční ontologie: nástroj pro sjednocení anotací genomu“. Genome Biology. 6 (5): R44. doi:10.1186 / gb-2005-6-5-r44. PMC  1175956. PMID  15892872.
  15. ^ Stein, L. D. (2010). „Případ cloud computingu v genomové informatice“. Genome Biology. 11 (5): 207. doi:10.1186 / gb-2010-11-5-207. PMC  2898083. PMID  20441614.
  16. ^ Stein, Lincoln D. (1998). Oficiální průvodce programováním pomocí CGI. pm: [standard pro vytváření webových skriptů]. New York: Wiley. ISBN  978-0-471-24744-9.
  17. ^ Doug MacEachern; Stein, Lincoln D. (1999). Psaní modulů Apache s Perlem a C.. Sebastopol, CA: O'Reilly. ISBN  978-1-56592-567-0.
  18. ^ Stein, Lincoln D. (2001). Síťové programování s Perlem. Boston: Addison-Wesley. ISBN  978-0-201-61571-5.
  19. ^ Stein, Lincoln D. (1997). Jak nastavit a udržovat web. Boston: Addison-Wesley. ISBN  978-0-201-63462-4.
  20. ^ Stein, Lincoln D. (1998). Zabezpečení webu: podrobná referenční příručka. Boston: Addison-Wesley. ISBN  978-0-201-63489-1.
  21. ^ http://www.bioinformatics.org/franklin/2004/ 2004 Cena Benjamina Franklina udělena Lincolnu D. Steinovi