David Sankoff - David Sankoff

David Sankoff
David Sankoff.JPG
David Sankoff na „Modely a algoritmy pro vývoj genomu“ v roce 2013, Bromont, Quebec.
narozený (1942-12-31) 31. prosince 1942 (věk 77)
Montreal, Quebec, Kanada
Národnost kanadský
Alma materMcGill University (BSc, MSc, PhD)
Známý jako
Ocenění
Vědecká kariéra
Pole
Instituce
TezeHistorická lingvistika jako stochastický proces  (1969)
Doktorský poradceDonald Andrew Dawson[5]
webová stránkaAlbuquerque.bioinformatika.uottawa.ca

David Sankoff (narozený 31 prosince 1942) je kanadský matematik, bioinformatik, počítačový vědec a lingvista. Je držitelem kanadského výzkumného křesla v oboru matematické genomiky na katedře matematiky a statistiky na VŠE University of Ottawa, a je cross-jmenován do biologického oddělení a School of Information Technology and Engineering. Byl zakládajícím redaktorem vědecký časopis Jazyková variace a změna (Cambridge)[6] a pracuje v redakčních radách řady časopisů o bioinformatice, počítačové biologii a lingvistice.[7][8][9][10][Citace je zapotřebí ] Sankoff je nejlépe známý svými průkopnickými příspěvky v výpočetní lingvistika a výpočetní genomika.[3] Je považován za jednoho ze zakladatelů společnosti bioinformatika. Zejména měl klíčovou roli při zavádění dynamické programování[11] pro zarovnání sekvence a další problémy v výpočetní biologie. v Pavel Pevzner slova,[2]"[ Michael Waterman ] a David Sankoff jsou zodpovědní za transformaci bioinformatiky ze „sbírky známek“ nedefinovaných problémů do přísné disciplíny s důležitými biologickými aplikacemi. “

Vzdělávání

Sankoff publikoval svůj první příspěvek v roce 1963[12] zatímco byl vysokoškolským studentem matematiky v McGill University. Počínaje doktorským výzkumem vyvinul matematické formulace k řadě stěžejních konceptů v socio- a historické lingvistice, včetně glottochronologie,[13] analýza proměnných pravidel (s Henrietou Cedergrenovou),[14] the jazykové tržiště[15] a Změna kódu.[16]

Kariéra a výzkum

Po ukončení doktorského studia v matematice zahájil Sankoff akademickou kariéru na University of Montreal V roce 1971 se Sankoff začal zajímat o srovnání molekulárních sekvencí[11] a vymyslel první kvadratický čas varianta Needleman-Wunschův algoritmus pro párové zarovnání sekvence.[17] V roce 1973 vyvinuli Sankoff a Robert Cedergren a metoda společného odhadu pro fylogeneze a vícenásobné zarovnání sekvence z 5S ribozomální RNA,[18] položení algoritmických základů komparativní genomika. V roce 1975 Sankoff a Václav Chvátal studoval chování nejdelší společný problém s posloupností na náhodných vstupech;[19] konstanty proporcionality vyplývající z této studie se staly známými jako Chvátal – Sankoffovy konstanty V roce 1980 vytvořili Robert Cedergen a David Sankoff první výzkumnou skupinu v oboru bioinformatiky na University of Montreal.[20] Sankoffova práce v bioinformatických adresách Sekundární struktura RNA, přeskupení genomu, zarovnání sekvence, vývoj genomu a fylogenetika.[21]

Ceny a vyznamenání

Reference

  1. ^ A b Anon (2017). „Členové ISCB“. iscb.org. Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii. Archivovány od originál dne 2017-03-20.
  2. ^ A b C Maisel, M. (2006). „Vyznamenání ISCB Michael S. Waterman a Mathieu Blanchette“. PLOS výpočetní biologie. 2 (8): e105. Bibcode:2006PLSCB ... 2..105M. doi:10.1371 / journal.pcbi.0020105. PMC  1526462.
  3. ^ A b David Sankoff publikace indexované podle Google Scholar Upravte to na Wikidata
  4. ^ :Sankoff, David (2008). „Jak předvídat vývoj dvojjazyčné komunity“. V Meyerhoff, Miriam a Naomi Nagy (eds.), Sociální životy v jazyce - sociolingvistika a vícejazyčné řečové komunity: Oslava práce Gillian Sankoffové (str. 179–194). Amsterdam: John Benjamins.
  5. ^ David Sankoff na Matematický genealogický projekt
  6. ^ Sali, Tagliamonte (02.11.2015). Vytváření vln: příběh variacionistické sociolingvistiky. Chichester, West Sussex, Velká Británie. ISBN  9781118455166. OCLC  921307274.
  7. ^ "BMC bioinformatika". Citováno 8. června 2019.
  8. ^ „Journal of Bioinformatics and Computational Biology“. Citováno 8. června 2019.
  9. ^ „Journal of Computational Biology“. Citováno 8. června 2019.
  10. ^ „Molecular Phylogenetics and Evolution, Volume 43“. Citováno 8. června 2019.
  11. ^ A b Sankoff, D. (2000). „Včasné zavedení dynamického programování do výpočetní biologie“. Bioinformatika. 16 (1): 41–47. doi:10.1093 / bioinformatika / 16.1.41. PMID  10812476.
  12. ^ Friesen, J. D .; Sankoff, D .; Siminovitch, L. (1963). "Radiobiologické studie viru vakcínie". Virologie. 21 (3): 411–424. doi:10.1016/0042-6822(63)90203-4. PMID  14081366.
  13. ^ Sankoff, David (1970). „O míře nahrazení slovně významných vztahů“. Jazyk. 46 (3): 564–569. CiteSeerX  10.1.1.667.3279. doi:10.2307/412307. JSTOR  412307.
  14. ^ Cedergren, H. J .; D. Sankoff (1974). "Variabilní pravidla: výkon jako statistický odraz kompetence". Jazyk. 50 (2): 333–355. CiteSeerX  10.1.1.665.3156. doi:10.2307/412441. JSTOR  412441.
  15. ^ :Sankoff, D .; S. Laberge (1978). "Jazykový trh a statistické vysvětlení variability". V D. Sankoff (ed.), Jazyková variace: Modely a metody (str. 239-250). New York: Academic Press.
  16. ^ Sankoff, David; Shana Poplack (1981). Msgstr "Formální gramatika pro přepínání kódu". Články z lingvistiky. 14 (1): 3–46. CiteSeerX  10.1.1.667.3175. doi:10.1080/08351818109370523.
  17. ^ Sankoff, D. (1972). "Odpovídající sekvence pod omezeními mazání a vkládání". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 69 (1): 4–6. Bibcode:1972PNAS ... 69 .... 4S. doi:10.1073 / pnas.69.1.4. PMC  427531. PMID  4500555.
  18. ^ Sankoff, D; C. Morel; R. J. Cedergren (1973). "Vývoj 5S RNA a nenáhodnost nahrazení báze". Příroda nová biologie. 245 (147): 232–234. doi:10.1038 / newbio245232a0. PMID  4201431.
  19. ^ Chvatal, Václáv; Sankoff, David (1975), „Nejdelší společné posloupnosti dvou náhodných sekvencí“, Journal of Applied Probability, 12 (2): 306–315, doi:10.2307/3212444, JSTOR  3212444, PAN  0405531.
  20. ^ „Historie centra Roberta Cedergrena“. Citováno 25. srpna 2013.
  21. ^ Anon (2003). „Cena Senior Scientist ISCB pro Sankoffa“. iscb.org/iscb-awards. Archivovány od originál dne 03.03.2016.
  22. ^ A b „David Sankoff“. Výzkum. Citováno 2020-11-03.
  23. ^ „Prix Acfas Thérèse Gouin-Décarie (Prix Marcel-Vincent před rokem 2013)“. Acfas PRIX (francouzsky). 2019. Citováno 19. září 2020.
  24. ^ Profesorka Angela McLeanová udělila Weldonovu medaili. 2018-05-17.
  25. ^ „David Sankoff - cena za vynikající výzkum“. Citováno 25. srpna 2013.
  26. ^ „Spoluzakladatel bioinformatiky pro získání čestného doktorátu“. Matematika. 2019-06-11. Citováno 2020-11-03.