Burkhard Rost - Burkhard Rost
Burkhard Rost | |
---|---|
![]() Burkhard Rost hovořící na ISMB | |
narozený | Německo | 11. července 1961
Alma mater | University of Heidelberg[1] |
Známý jako |
|
Manžel (y) | Karima Djabali (ženatý 2002-současnost)[Citace je zapotřebí ] |
Ocenění | Alexander von Humboldt profesor, ISCB Fellows Award[3] |
Vědecká kariéra | |
Pole | |
Instituce | |
Teze | Neuronové sítě a evoluce - pokročilá predikce sekundární struktury proteinů (1994) |
Doktorský poradce | Chris Sander[1][8] |
webová stránka | www |
Burkhard Rost je vědec vedoucí oddělení pro Výpočetní biologie & Bioinformatika na fakultě Informatika z Technická univerzita v Mnichově (TUM).[9] Rost předsedá studijní sekci Bioinformatika Mnichov zahrnující TUM a Ludwig Maximilian University v Mnichově (LMU) v Mnichově. V letech 2007–2014 byl Rost prezidentem Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii (ISCB).[5][10][11][12][13][14][15][16]
Kariéra
Rost původně zahájil svou vědeckou kariéru jako teoretický fyzik. Po studiu fyziky na University of Giessen a fyzika, historie, filozofie a psychologie na University of Heidelberg, Rost dostal jeho PhD na univerzitě v Heidelbergu za svou práci v Evropská laboratoř molekulární biologie (EMBL) v roce 1994.[1] Po výzkumných stážích v EMBL a Evropský bioinformatický institut v Cambridge (UK), v roce 1998 se stal odborným asistentem na Katedře biochemie a molekulární biofyziky na College of Surgeons and Physicians of the UK Medical Center of Columbia University ve městě New York. V roce 2000 se stal docentem na Columbia University av roce 2009 přijal jmenování do funkce předsedy bioinformatiky na VŠE Technická univerzita v Mnichově. Je členem Newyorské akademie věd a byl prezidentem ISCB Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii od 2007-2014. Od roku 2011[Aktualizace], Rost je autorem nebo spoluautorem více než 200 vědeckých publikací s Google Scholar h-index ze dne 98.[5][10][11][12]
Výzkum
Rostův výzkum se zaměřil na kombinování Strojové učení a evoluční informace k předpovídání aspektů zásadního významu pro lepší pochopení evoluce, struktury proteinu a funkce proteinu. Mezi příklady výzkumu prováděného v jeho laboratoři patří predikce enzymatické aktivity (ECGO), interakční partneři (ISIS, DISIS, PiNAT), subcelulární lokalizace (LOCtree, LOCnet, PredictNLS), funkční účinky bodových mutací / SNP (SNAP), neuspořádané regiony (MD, NORSnet, Ucon), segmenty překlenující membránu (PROF / PHDhtm), sekundární struktura (PROF / PHD, RePROF, DSSPcont),[17] přístupnost rozpouštědel (PROF / PHD, RePROF), vnitřní kontakty mezi zbytky a zbytky (PROFcon) a shlukování proteinů do rodin (CHOP).[Citace je zapotřebí ]
V současné době se zaměřuje na předpovídání účinků jednotlivých mutací většinou na úrovni nesynonymních změn v kódujících oblastech, tj. Změn jednotlivých nukleotidů (nebo Jednonukleotidové polymorfismy které mění aminokyselinovou sekvenci.
Jeho skupina se věnovala zpřístupňování svých nástrojů online, jak prokázal první internetový server pro predikci struktury proteinů a sekvenční analýzu, Predictprotein,[2] která byla uvedena na trh v roce 1992 a od té doby nepřetržitě funguje. Rostova práce byla publikována v čele recenzováno vědecké časopisy počítaje v to Příroda,[8][18][19][20] Věda,[21] Genetika PLOS.[22]
ISCB
V roce 2007 byl Rost zvolen prezidentem Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii (ISCB), převzetí od Michael Gribskov. Rost působil jako prezident do roku 2014; jeho nástupce byl Alfonso Valencia.
Konference
Rost spolupředsedal největšímu každoročnímu setkání v oblasti výpočetní biologie ISMB, Inteligentní systémy pro molekulární biologii, v roce 2007 (Vídeň ), 2008 (Toronto ), 2011 (Vídeň ), 2012 (Dlouhá pláž ).[23] Inicioval a podílel se na organizaci několika sérií mezinárodních konferencí mimo obvyklou severní polokouli, jmenovitě ISCB Afrika (2010: Bamako, Mali; 2011: Kapské město, Jižní Afrika; 2013: Tunis, Tunisko ) ve spolupráci s [www.asbcb.org African Society for Computational Biology and Bioinformatics ASBCB], ISCB Latin America (2010: Montevideo, Uruguay; 2012: Santiago de Chile, Chile; 2014: Rio de Janeiro, Brazílie ) a naposledy ISCB Asia (2011: Kuala Lumpur, Malajsie; 2012: Shen Zhen, Čína ).[Citace je zapotřebí ]
Rost byl také spoluorganizátorem Kritické hodnocení predikce proteinové struktury (CASP) schůzky v letech 2002-2008 (CASP4-CASP8).
Ceny a vyznamenání
Rost byl oceněn profesorem Nadace Alexandra von Humboldta v roce 2009. V roce 2015 byl jmenován členem ISCB.[24]
Reference
- ^ A b C Rost, Burkhard (1994). Neuronale Netzwerke und evolutionäre Informace: verbesserte Vorhersage der Sekundärstruktur von Proteinen (Disertační práce). Heidelberg University. OCLC 311916999.
- ^ A b C Rost, B .; Yachdav, G .; Liu, J. (2004). „Server PredictProtein“. Výzkum nukleových kyselin. 32 (Problém s webovým serverem): W321 – W326. doi:10.1093 / nar / gkh377. PMC 441515. PMID 15215403.
- ^ Kategorie: Členové mezinárodní společnosti pro výpočetní biologii
- ^ Radivojac, P .; Clark, W. T .; Oron, T. R .; Schnoes, A. M .; Wittkop, T .; Sokolov, A .; Graim, K .; Funk, C .; Verspoor, K .; Ben-Hur, A .; Pandey, G .; Yunes, J. M .; Talwalkar, A. S .; Repo, S .; Souza, M. L .; Piovesan, D .; Casadio, R .; Wang, Z .; Cheng, J .; Fang, H .; Gough, J .; Koskinen, P .; Törönen, P .; Nokso-Koivisto, J .; Holm, L .; Cozzetto, D .; Buchan, D. W. A .; Bryson, K .; Jones, D. T .; et al. (2013). „Rozsáhlé vyhodnocení výpočetní predikce funkce proteinu“. Přírodní metody. 10 (3): 221–227. doi:10.1038 / nmeth.2340. PMC 3584181. PMID 23353650.
- ^ A b C Burkhard Rost publikace indexované podle Google Scholar
- ^ Rost, B .; Sander, C. (1994). "Kombinace evolučních informací a neuronových sítí k předpovědi sekundární struktury proteinů". Proteiny: struktura, funkce a genetika. 19 (1): 55–72. doi:10,1002 / prot. 340190108. PMID 8066087.
- ^ Rost, B .; Sander, C. (1993). "Predikce sekundární struktury proteinů na přesnost vyšší než 70%". Journal of Molecular Biology. 232 (2): 584–599. CiteSeerX 10.1.1.17.1418. doi:10.1006 / jmbi.1993.1413. PMID 8345525.
- ^ A b Rost, B .; Sander, C. (1992). Msgstr "Porota se vrací na predikci struktury". Příroda. 360 (6404): 540. Bibcode:1992 Natur.360..540R. doi:10.1038 / 360540b0. PMID 1281284.
- ^ http://www.rostlab.org Webová stránka Rostlab
- ^ A b Burkhard Rost v DBLP Bibliografický server
- ^ A b Seznam publikací z Microsoft Academic
- ^ A b Publikace Burkharda Rosta indexováno podle Scopus bibliografická databáze. (vyžadováno předplatné)
- ^ Rost, B. (1999). "Soumraková zóna zarovnání proteinové sekvence". Proteinové inženýrství. 12 (2): 85–94. doi:10.1093 / protein / 12.2.85. PMID 10195279.
- ^ „20110621 - Predikce bílkovin 1 - Struktura bílkovin - Burkhard Rost“. 2011. doi:10.4016/31818.01. Citovat deník vyžaduje
| deník =
(Pomoc) - ^ Bateman, A.; Kelso, J .; Mietchen, D .; MacIntyre, G .; Di Domenico, T. S .; Abeel, T .; Logan, D. W .; Radivojac, P .; Rost, B. (2013). „Soutěž Wikipedie o výpočetní biologii ISCB“. PLOS výpočetní biologie. 9 (9): e1003242. Bibcode:2013PLSCB ... 9E3242B. doi:10.1371 / journal.pcbi.1003242. PMC 3777890. PMID 24068913.
- ^ „Vítejte v Rostlabu“. rostlab.org. Archivovány od originál dne 2014-12-21.
- ^ Rost, B. (1996). PHD: Predikce jednorozměrné proteinové struktury pomocí neuronových sítí založených na profilech. Metody v enzymologii. 266. str. 525–539. doi:10.1016 / s0076-6879 (96) 66033-9. ISBN 9780121821678. PMID 8743704.
- ^ Chen, Y. H .; Hu, L .; Punta, M .; Bruni, R .; Hillerich, B .; Kloss, B .; Rost, B .; Láska, J .; Siegelbaum, S. A .; Hendrickson, W. A. (2010). "Homologní struktura aniontového kanálu SLAC1 pro uzavření průduchů v listech". Příroda. 467 (7319): 1074–1080. Bibcode:2010Natur.467.1074C. doi:10.1038 / nature09487. PMC 3548404. PMID 20981093.
- ^ Cao, Y; Jin, X; Huang, H; Derebe, M. G .; Levin, E. J .; Kabaleeswaran, V; Pan, Y; Punta, M; Láska, J; Weng, J; Rychle, M; Ano; Kloss, B; Bruni, R; Martinez-Hackert, E; Hendrickson, W. A .; Rost, B; Javitch, J. A .; Rajashankar, K. R .; Jiang, Y; Zhou, M (2011). „Krystalová struktura transportéru iontů draslíku, TrkH“. Příroda. 471 (7338): 336–40. Bibcode:2011Natur.471..336C. doi:10.1038 / nature09731. PMC 3077569. PMID 21317882.
- ^ Cao, Y .; Jin, X .; Levin, E. J .; Huang, H .; Zong, Y .; Rychle, M .; Weng, J .; Pan, Y .; Láska, J .; Punta, M .; Rost, B .; Hendrickson, W. A .; Javitch, J. A .; Rajashankar, K. R .; Zhou, M. (2011). „Krystalová struktura sacharidového transportéru vázaného na fosforylaci“. Příroda. 473 (7345): 50–54. Bibcode:2011Natur.473 ... 50C. doi:10.1038 / nature09939. PMC 3201810. PMID 21471968.
- ^ Carninci, P; Kasukawa, T; Katayama, S; Gough, J; Frith, M. C .; Maeda, N; Oyama, R; Ravasi, T; Lenhard, B; Wells, C; Kodzius, R; Shimokawa, K; Bajic, V. B .; Brenner, S.E.; Batalov, S; Forrest, A. R .; Zavolan, M; Davis, M. J .; Wilming, L. G .; Aidinis, V; Allen, J. E .; Ambesi-Impiombato, A; Apweiler, R.; Aturaliya, R. N .; Bailey, T. L .; Bansal, M; Baxter, L; Beisel, K. W .; Bersano, T; et al. (2005). "Transkripční krajina savčího genomu". Věda. 309 (5740): 1559–63. Bibcode:2005Sci ... 309.1559F. doi:10.1126 / science.1112014. PMID 16141072. S2CID 8712839.
- ^ Liu, J .; Gough, J.; Rost, B. (2006). „Rozlišování kódování proteinů od nekódujících RNA prostřednictvím podpůrných vektorových strojů“. Genetika PLOS. 2 (4): e29. doi:10.1371 / journal.pgen.0020029. PMC 1449884. PMID 16683024.
- ^ Linial, M .; Mesirov, J. P .; Morrison Mckay, B. J .; Rost, B. (2008). „ISMB 2008 Toronto“. PLOS výpočetní biologie. 4 (6): e1000094. Bibcode:2008PLSCB ... 4E0094L. doi:10.1371 / journal.pcbi.1000094. PMC 2427177. PMID 18584023.
- ^ „Seznamte se s třídou ISCB Fellows 2015“. Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii. Archivovány od originál dne 2015-02-20.
externí odkazy
- Rostlab webová stránka
- Burkhard Rost ve společnosti TEDx: Personalizované zdraví: využití síly rozmanitosti TEDx )
- Cena Alexandra von Humboldta
Předcházet Michael Gribskov | Předseda Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii 2007 – 2015 | Uspěl Alfonso Valencia |