Michael Sternberg - Michael Sternberg

O velmistrovi německých rytířů viz Michael Küchmeister von Sternberg.
Mike Sternberg
narozený
Michael Joseph Ezra Sternberg

(1951-06-24) 24. června 1951 (věk 69)[1]
Alma mater
Ocenění
Vědecká kariéra
Pole
Instituce
TezeStudie proteinové konformace  (1977)
Doktorský poradceDavid Chilton Phillips[3]
webová stránkawww.císařský.ac.Spojené království/lidé/ m.sternberg

Michael Joseph Ezra Sternberg (narozen 24. června 1951)[1] je Profesor na Imperial College London kde je ředitelem Centra pro biologii a bioinformatiku integrativních systémů[4] a vedoucí Strukturální bioinformatika Skupina.[2][5][6][7]

Vzdělávání

Sternberg byl vzděláván u Hendon County Gymnázium a Gonville a Caius College v Cambridge kde mu byla udělena a Bakalář umění vzdělání v oboru Přírodní vědy (teoretická fyzika) v roce 1972.[1] Pokračoval a Mistr vědy vzdělání v oboru Výpočetní na Imperial College London následuje a DPhil stupně z University of Oxford (Wolfson College v Oxfordu ) v roce 1978 pro výzkum pod dohledem David Chilton Phillips.[3][8][9][10][11][12]

Kariéra

Po postdoktorský výzkum na University of Oxford, Sternberg se stal Přednášející na katedře Krystalografie na Birkbeck College, Londýn. Pokračoval v práci v Imperial Cancer Research Fund a nastoupil na Imperial College v roce 2001.[1][13][14][15][16] Je ředitelem Centra pro biologii integrovaných systémů a bioinformatiku[4] na Imperial College.

Výzkum

Sternbergovy výzkumné zájmy jsou predikce proteinové struktury, predikce funkce proteinu, predikce makromolekulární dokování a interakce, modelování sítí pro biologie systémů a logické design léku.[13][17][18][19][20][21][22][23][24][25]

Je autorem nebo spoluautorem několika knih včetně Od buněk k atomům: ilustrovaný úvod do molekulární biologie,[26] Proteinové inženýrství: praktický přístup[27] a Predikce struktury proteinů: praktický přístup.[28]

Během svého výzkumu DPhil v Oxfordu pracoval s Janet Thornton a provedli některé z prvních systematických analýz proteinová struktura. Zjistili, že jednotka beta-alfa-beta v proteinech je téměř vždy pravá, a to vysvětlovalo pozoruhodné podobnosti mezi proteinovými strukturami.[Citace je zapotřebí ]

Jeho skupina, zejména Lawrence Kelley, vyvinula široce používaný webový server Phyre / Phyre2[29][30][31] pro predikci struktury proteinů. Tento webový zdroj používá více než 100 000 různých uživatelů po celém světě.[Citace je zapotřebí ]

Nedávno jeho doktorand Chris Yates vyvinul SuSPect,[32] nová mocná metoda pro predikci fenotypových účinků Jednonukleotidové polymorfismy a další aminokyselina varianty.

Ocenění a vyznamenání

Sternberg byl zvolen a Člen Královské biologické společnosti (FRSB) a a Kolega z Biologického ústavu (FIBiol). Je spolupracovníkem redaktora Journal of Molecular Biology.

Reference

  1. ^ A b C d „STERNBERG, prof. Michael Joseph Ezra“. Kdo je kdo. ukwhoswho.com. 2014 (online Oxford University Press vyd.). A & C Black, otisk Bloomsbury Publishing plc. (předplatné nebo Členství ve veřejné knihovně ve Velké Británii Požadované) (vyžadováno předplatné)
  2. ^ A b Michael Sternberg publikace indexované podle Google Scholar Upravte to na Wikidata
  3. ^ A b Sternberg, Michael Joseph Ezra (1977). Studie konformace proteinů (DPhil thesis). University of Oxford.
  4. ^ A b http://www3.imperial.ac.uk/cisbio
  5. ^ Publikace Michaela Sternberga indexováno podle Scopus bibliografická databáze. (vyžadováno předplatné)
  6. ^ Michael J. E. Sternberg na DBLP Bibliografický server Upravte to na Wikidata
  7. ^ Seznam publikací z Microsoft Academic
  8. ^ Cohen, F. E.; Sternberg, M. J .; Phillips, D. C .; Kuntz, I.D .; Kollman, P. A. (1980). "Model difúze - kolize - adheze pro kinetiku opětovného skládání myoglobinu". Příroda. 286 (5773): 632–4. doi:10.1038 / 286632a0. PMID  7402344.
  9. ^ Artymiuk, P. J .; Blake, C. C .; Grace, D. E.; Oatley, S. J .; Phillips, D. C .; Sternberg, M. J. (1979). "Krystalografické studie dynamických vlastností lysozymu". Příroda. 280 (5723): 563–8. doi:10.1038 / 280563a0. PMID  460438.
  10. ^ Sternberg, M. J .; Grace, D. E.; Phillips, D. C. (1979). "Dynamické informace z krystalografie bílkovin. Analýza teplotních faktorů ze zušlechťování struktury lysozymu slepičího vaječného bílku". Journal of Molecular Biology. 130 (3): 231–52. doi:10.1016/0022-2836(79)90539-4. PMID  469942.
  11. ^ Phillips, D. C.; Sternberg, M. J.; Thornton, J. M.; Wilson, I. A. (1978). "Analýza struktury triose fosfát izomerázy a její srovnání s laktátdehydrogenázou". Journal of Molecular Biology. 119 (2): 329–51. doi:10.1016/0022-2836(78)90440-0. PMID  633372.
  12. ^ Phillips, D. C .; Rivers, P. S .; Sternberg, M. J .; Thornton, J. M .; Wilson, I. A. (1977). „Analýza trojrozměrné struktury fosforečnanové izomerázy triosy z kuřat“. Transakce biochemické společnosti. 5 (3): 642–7. doi:10.1042 / bst0050642. PMID  902882.
  13. ^ A b Michael Sternberg, Imperial College London
  14. ^ Sternberg, M. J.; Thornton, J. M. (1978). "Predikce struktury proteinu ze sekvence aminokyselin". Transakce biochemické společnosti. 6 (6): 1119–23. doi:10.1042 / bst0061119. PMID  744369.
  15. ^ Sternberg, M. J.; Thornton, J. M. (1978). "Predikce struktury proteinu ze sekvence aminokyselin". Příroda. 271 (5640): 15–20. doi:10.1038 / 271015a0. PMID  342964.
  16. ^ Blundell, T. L.; Sibanda, B.L .; Sternberg, M. J.; Thornton, J. M. (1987). „Znalostní predikce proteinových struktur a návrh nových molekul“. Příroda. 326 (6111): 347–52. doi:10.1038 / 326347a0. PMID  3550471.
  17. ^ Wass, M. N .; Barton, G .; Sternberg, M. J. E. (2012). "Hřeben Func: Predikce funkce proteinu pomocí heterogenních zdrojů dat ". Výzkum nukleových kyselin. 40 (Problém s webovým serverem): W466 – W470. doi:10.1093 / nar / gks489. PMC  3394346. PMID  22641853.
  18. ^ Kelley, L. A .; MacCallum, R. M .; Sternberg, M. J. E. (2000). "Vylepšená anotace genomu pomocí strukturálních profilů v programu 3D-PSSM". Journal of Molecular Biology. 299 (2): 501–522. doi:10.1006 / jmbi.2000.3741. PMID  10860755.
  19. ^ Gabb, H. A .; Jackson, R. M .; Sternberg, M. J. E. (1997). "Modelování proteinového dokování pomocí tvarové komplementarity, elektrostatiky a biochemických informací". Journal of Molecular Biology. 272 (1): 106–20. doi:10.1006 / jmbi.1997.1203. PMID  9299341.
  20. ^ Barton, G. J .; Sternberg, M. J. (1987). „Strategie pro rychlé vícenásobné seřazení proteinových sekvencí. Úrovně spolehlivosti ze srovnání terciárních struktur“. Journal of Molecular Biology. 198 (2): 327–37. doi:10.1016/0022-2836(87)90316-0. PMID  3430611.
  21. ^ Zvelebil, M. J .; Barton, G. J .; Taylor, W. R .; Sternberg, M. J. (1987). "Predikce sekundární struktury proteinu a aktivních míst pomocí srovnání homologních sekvencí". Journal of Molecular Biology. 195 (4): 957–61. doi:10.1016/0022-2836(87)90501-8. PMID  3656439.
  22. ^ King, R. D.; Sternberg, M. J. E. (1996). „Identifikace a aplikace konceptů důležitých pro přesnou a spolehlivou predikci sekundární struktury proteinů“. Věda o bílkovinách. 5 (11): 2298–2310. doi:10.1002 / pro.5560051116. PMC  2143286. PMID  8931148.
  23. ^ Lewis, T.E .; Sillitoe, I; Andreeva, A; Blundell, T. L .; Buchan, D. W .; Chothia, C.; Cozzetto, D; Dana, J. M .; Filippis, I; Gough, J; Jones, D. T .; Kelley, L. A .; Kleywegt, G. J.; Minneci, F; Mistry, J; Murzin, A. G .; Ochoa-Montaño, B; Oates, M.E .; Punta, M; Rackham, O. J .; Stahlhacke, J; Sternberg, M. J.; Velankar, S; Orengo, C (2015). „Genome3D: Využívající struktura, která uživatelům pomůže pochopit jejich sekvence“. Výzkum nukleových kyselin. 43 (Problém s databází): D382–6. doi:10.1093 / nar / gku973. PMC  4384030. PMID  25348407.
  24. ^ Radivojac, P .; Clark, W. T .; Oron, T. R .; Schnoes, A. M .; Wittkop, T .; Sokolov, A .; Graim, K .; Funk, C .; Verspoor, K .; Ben-Hur, A .; Pandey, G .; Yunes, J. M .; Talwalkar, A. S .; Repo, S .; Souza, M. L .; Piovesan, D .; Casadio, R .; Wang, Z .; Cheng, J .; Fang, H .; Gough, J .; Koskinen, P .; Törönen, P .; Nokso-Koivisto, J .; Holm, L .; Cozzetto, D .; Buchan, D. W. A .; Bryson, K .; Jones, D. T .; et al. (2013). „Rozsáhlé vyhodnocení výpočetní predikce funkce proteinu“. Přírodní metody. 10 (3): 221–227. doi:10.1038 / nmeth.2340. PMC  3584181. PMID  23353650.
  25. ^ Lewis, T.E .; Sillitoe, I; Andreeva, A; Blundell, T. L .; Buchan, D. W .; Chothia, C.; Manžeta, A; Dana, J. M .; Filippis, I; Gough, J; Hunter, S; Jones, D. T .; Kelley, L. A .; Kleywegt, G. J.; Minneci, F; Mitchell, A; Murzin, A. G .; Ochoa-Montaño, B; Rackham, O. J .; Smith, J; Sternberg, M. J.; Velankar, S; Yeats, C; Orengo, C (2013). „Genome3D: Britský společný projekt anotace genomových sekvencí s předpokládanými 3D strukturami založenými na doménách SCOP a CATH“. Výzkum nukleových kyselin. 41 (Problém s databází): D499–507. doi:10.1093 / nar / gks1266. PMC  3531217. PMID  23203986.
  26. ^ Od buněk k atomům: ilustrovaný úvod do molekulární biologie ISBN  0632008881
  27. ^ Proteinové inženýrství: praktický přístup ISBN  0199631387
  28. ^ Predikce struktury proteinů: praktický přístup ISBN  0199634963|
  29. ^ Kelley, L. A .; Sternberg, M. J. E. (2009). "Predikce struktury proteinů na webu: Případová studie využívající server Phyre". Přírodní protokoly. 4 (3): 363–71. doi:10.1038 / nprot.2009.2. hdl:10044/1/18157. PMID  19247286.
  30. ^ Bennett-Lovsey, R. M .; Herbert, A. D .; Sternberg, M. J. E .; Kelley, L. A. (2007). "Zkoumání extrémů prostoru sekvence / struktury s rozpoznáváním záhybů souborů v programu Phyre". Proteiny: struktura, funkce a bioinformatika. 70 (3): 611–625. doi:10,1002 / prot. 21688. PMID  17876813.
  31. ^ http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre
  32. ^ Yates, C. M .; Filippis, I; Kelley, L. A .; Sternberg, M. J. (2014). „SuSPect: Vylepšená predikce fenotypu varianty jedné aminokyseliny (SAV) pomocí síťových funkcí“. Journal of Molecular Biology. 426 (14): 2692–701. doi:10.1016 / j.jmb.2014.04.026. PMC  4087249. PMID  24810707.