Gary Stormo - Gary Stormo

Gary Stormo
Gary Stormo hovoří na ISMB / ECCB 2013
Gary Stormo hovoří v ISMB / ECCB 2013.
narozený
Gary Dean Stormo

1950 (věk 69–70)
Jižní Dakota, USA[1]
Alma materKalifornský technologický institut
University of Colorado Boulder
Vědecká kariéra
PoleBioinformatika
Genetika
Molekulární biologie
InstituceUniversity of Colorado Boulder
Washingtonská univerzita v St. Louis
TezePočítačem podporovaná charakterizace translačních iniciačních míst v E. coli  (1981)

Gary Stormo (narozen 1950) je americký genetik a v současné době profesor Joseph Erlanger na katedře genetiky a Centra pro genomové vědy a systémovou biologii na Lékařská fakulta Washingtonské univerzity v St. Louis.[2] Je považován za jednoho z průkopníků bioinformatika a genomika.[3][4][5] Jeho výzkum kombinuje experimentální a výpočetní přístupy za účelem identifikace a předvídání regulační sekvence v DNA a RNA a jejich příspěvky do regulačních sítí, které řídí genová exprese.[2]

Vzdělání

Stormo se zpočátku specializoval na fyziku jako vysokoškolák na univerzitě Kalifornský technologický institut, ale v juniorském věku přešel na biologii.[1] Získal doktorát v molekulární biologie v roce 1981 od University of Colorado v Boulderu.[2]

Výzkum

Po ukončení doktorského studia zůstal Stormo na univerzitě v Coloradu jako člen fakulty na katedře molekulární, buněčné a vývojové biologie a poté se přestěhoval do Washingtonská univerzita v St. Louis v roce 1999.[2][3]

Výzkum společnosti Stormo kombinuje experimentální a výpočetní přístupy k pochopení regulace genové exprese. Jeho experimentální práce se zaměřuje na interakce protein-DNA a jejich role v regulaci genů. Jeho výpočetní práce zahrnuje analýzu těchto interakcí a vývoj algoritmů rozpoznávání vzorů k objevování regulačních míst v DNA a RNA.

V roce 1982 představil Stormo a jeho kolegové Pozice Hmotnost Matice (PWM), nyní běžně používaná reprezentace motivy (vzory) v biologických sekvencích.[6] Konsenzuální sekvence dříve byly použity k reprezentaci vzorů v biologických sekvencích, ale měly potíže s predikcí nového výskytu těchto vzorů.[7] První použití PWM bylo v objevu RNA weby, které fungují jako překlad iniciační stránky. Výhody PWM oproti konsensuálním sekvencím způsobily, že PWM jsou populární metodou pro reprezentaci vzorů v biologických sekvencích a základní součástí moderních algoritmů pro objev motivu.[8][9]

Publikoval přes 150 vědeckých prací.[3]

Úlohy a vyznamenání

Stormo sloužil ve správní radě Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii (ISCB) v letech 2000 až 2004 a v roce 2010 byla oceněna jako členka ISCB.[10][11] Byl zvolen členem kolegia Americká asociace lékařské informatiky v roce 2001.[12]

Stormo byl výkonným redaktorem časopisu Bioinformatika od roku 1994 do roku 1999.[12] V roce 2014 byl jmenován jedním z prvních čestných redaktorů Bioinformatika.[13] Stormo také působil jako zástupce šéfredaktora časopisu PLOS výpočetní biologie.[14] V současné době je spolueditorem časopisu Současné protokoly v bioinformatice.[15]

Reference

  1. ^ A b Jones, Neil C .; Pevzner, Pavel A. (2004). Úvod do bioinformatických algoritmů. Cambridge, MA: MIT Press. p.116. ISBN  978-0-262-10106-6.
  2. ^ A b C d "Gary Stormo". ISMB / ECCB 2013. ISCB. Citováno 16. ledna 2014.
  3. ^ A b C „Výpočtové a experimentální přístupy k modelování genové regulace @ uncCharlotte“. Oddělení bioinformatiky a genomiky UNC Charlotte. Citováno 16. ledna 2014.
  4. ^ „Gary Stormo, člen - vědecký poradní výbor - Systems Biology, Gene Network Sciences Inc“. Citováno 16. ledna 2014.
  5. ^ „LGRC - Konsorcium pro výzkum genomiky plic - Mick Correll“. www.lung-genomics.org. Archivovány od originál dne 5. dubna 2015. Citováno 16. ledna 2014.
  6. ^ Stormo, Gary D .; Schneider, Thomas D .; Zlato, Larry; Ehrenfeucht, Andrzej (1982). "Použití algoritmu" Perceptron "k rozlišení translačních iniciačních míst v systému Windows E-coli". Výzkum nukleových kyselin. 10 (9): 2997–3011. doi:10.1093 / nar / 10.9.2997. PMC  320670. PMID  7048259.
  7. ^ Stormo, G. D. (1. ledna 2000). „Vazebná místa DNA: reprezentace a objev“. Bioinformatika. 16 (1): 16–23. doi:10.1093 / bioinformatika / 16.1.16. PMID  10812473.
  8. ^ Sinha, S. (27. července 2006). „Při počítání pozičních váhových maticových shod v sekvenci s aplikací na nalezení diskriminačního motivu“. Bioinformatika. 22 (14): e454 – e463. doi:10.1093 / bioinformatika / btl227. PMID  16873507.
  9. ^ Xia, Xuhua (2012). „Position Weight Matrix, Gibbs Sampler, and the Associated Significance Tests in Motif Characterization and Prediction“. Scientifica. 2012: 1–15. doi:10.6064/2012/917540. PMC  3820676. PMID  24278755.
  10. ^ „Minulí úředníci a představenstvo“. www.iscb.org. ISCB. Citováno 17. ledna 2014.
  11. ^ „Členové ISCB“. www.iscb.org. ISCB. Citováno 16. ledna 2014.
  12. ^ A b „Gary D. Stormo, PhD, FACMI - AMIA“. www.amia.org. AMIA. Citováno 17. ledna 2014.
  13. ^ „15 let“ bioinformatiky"". Bioinformatika. 30 (6): 747. 2014. doi:10.1093 / bioinformatika / btu076. PMID  24642573.
  14. ^ Sansom, Clare; Morrison McKay, B. J .; Bourne, Philip E. (18. července 2008). „Vyznamenání ISCB David Haussler a Aviv Regev“. PLoS výpočetní biologie. 4 (7): e1000101. doi:10.1371 / journal.pcbi.1000101. PMC  2536508. PMID  18795145.
  15. ^ Současné protokoly v bioinformatice - Wiley Online Library. Wiley. 2002. CiteSeerX  10.1.1.419.8061. doi:10.1002/0471250953. ISBN  9780471250951.