Amos Bairoch - Amos Bairoch
Zdá se, že hlavní přispěvatel do tohoto článku má úzké spojení s jeho předmětem.Července 2018) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony) ( |
Amos Bairoch | |
---|---|
Amos Bairoch | |
narozený | [1] | 22. listopadu 1957
Alma mater | University of Geneva[2] |
Známý jako | |
Ocenění |
|
Vědecká kariéra | |
Pole | |
Instituce | Švýcarský institut pro bioinformatiku |
webová stránka | web |
Amos Bairoch (narozen 22. listopadu 1957)[1] je švýcarský bioinformatik[2][6][7] a Profesor z Bioinformatika na Katedře věd o lidských proteinech University of Geneva kde vede skupinu CALIPHO[8] na Švýcarský institut pro bioinformatiku (SIB) kombinování bioinformatiky, kurace a experimentálních snah o funkční charakterizaci lidských proteinů.[9]
Jeho otec byl ekonomický historik Paul Bairoch.
Vzdělání
Jeho první projekt, jako Ph.D. student byl vývoj PC / Gene,[10] an MS-DOS softwarový balíček založený na analýze proteinových a nukleotidových sekvencí. PC / Gene byl uveden na trh nejprve švýcarskou společností (Genofit), poté americkou Intelligenetics, kterou později koupila společnost Oxford Molecular.[Citace je zapotřebí ]
Výzkum
Jeho hlavní dílo[5] je v oblasti analýzy proteinových sekvencí a konkrétně ve vývoji databází a softwarových nástrojů pro tento účel. Jeho nejdůležitějším příspěvkem je vstup lidských znalostí pečlivou manuální anotací v datech souvisejících s proteiny.[11]
Při práci na PC / Gene začal vyvíjet anotovanou databázi proteinových sekvencí, která se stala Swiss-Prot a byla poprvé vydána v červenci 1986.[12] Od roku 1988 se jedná o projekt spolupráce se skupinou Data Library skupiny Evropská laboratoř molekulární biologie který se později vyvinul do Evropský bioinformatický institut (EBI).
The Swiss-Prot databáze je primárním zdrojem proteinové sekvence na světě a je klíčovým nástrojem výzkumu jak pro bioinformatiky, tak pro laboratorní vědce ve velmi široké škále aplikací.[13] Mírou jeho úspěchu je nedávný vývoj UniProt, nejkomplexnějšího katalogu informací o proteinech na světě.[14] UniProt je ústředním informačním zdrojem proteinových sekvencí a funkcí vytvořených spojením informací obsažených v Swiss-Prot, TrEMBL a Američan Zdroj bílkovinných informací (PIR) databáze.
V roce 1988 se začal rozvíjet STRÁNKA,[15] databáze proteinových rodin a domén. O chvíli později vytvořil ENZYME,[16][17][18][19][20] nomenklaturní databáze enzymů a SeqAnalRef,[21] bibliografická referenční databáze pro sekvenční analýzu.[22][23]
Ve spolupráci s Ron Appel v srpnu 1993 inicioval první WWW server molekulární biologie, EXPASY.[24] To, co bylo zamýšleno jako prototyp, rychle rostlo v hlavní web, který poskytuje přístup k mnoha databázím vytvořeným částečně nebo úplně v Ženevě, stejně jako k mnoha nástrojům pro analýzu proteinů (proteomika).
V roce 1998 byl s kolegy v Ženevě a Lausanne jedním ze zakladatelů SIB Swiss Institute of Bioinformatics, jehož posláním je založit ve Švýcarsku centrum excelence v oblasti bioinformatiky s důrazem na výzkum, vzdělávání, služby a vývoj databází a nástrojů.[25]
V listopadu 1997 spolu s Ron Appel a Denis Hochstrasser založil společnost GeneBio (Geneva Bioinformatics SA), společnost zabývající se biologickými znalostmi. V dubnu 2000 založili výše uvedené osoby s Keithem Rose a Robinem Offordem společnost GeneProt (Geneva Proteomics), vysoce výkonnou proteomickou společnost, která ukončila činnost v roce 2005.[26]
Od roku 2009 se v rámci skupiny CALIPHO, kterou řídí on a Lydie Lane, podílí na vývoji neXtProt[27][28][29] zdroj, jehož cílem je poskytnout vědcům o životě široké spektrum znalostí o všech lidských bílkovinách.
Podílí se také na vývoji Cellosaurus zdroj znalostí o buněčných liniích.
Podle Google Scholar[5] a Scopus,[6] Od roku 2015[Aktualizace] jeho nejcitovanější recenzováno papíry v vědecké časopisy byly publikovány v Výzkum nukleových kyselin,[30][31][32][33][34] the Biochemical Journal,[35][36] Příroda,[37] Briefings in Bioinformatics,[38] a Databáze.[39]
Ocenění a vyznamenání
Bairoch byl držitelem Ceny Friedricha Mieschera z roku 1993 od Švýcarské společnosti pro biochemii, ceny za motivaci 1995 Helmut Horten Foundation Incentive Award, ceny Pehr Edman za rok 2004, ceny za rok 2004 Evropská cena Latsis, 2010 Otto Naegeli cena, 2011 HUPO Cena za vynikající výsledky v oblasti proteomických věd.,[40] průkopnická cena EUPA za proteomiku 2013,[1] a v roce 2018 Cena ABRF.
Citáty
Jak proces stále klesá, dostáváme se do bodu, kdy bude sekvenován každý genom, který lze sekvenovat.[41]
Reference
- ^ A b C d Lisacek, F .; Lane, L. (2014). „Proteomics Pioneer Award 2013: Professor Amos Bairoch, University of Geneva, Switzerland“. Otevřená proteomika EuPA. 2: 34. doi:10.1016 / j.euprot.2013.12.002.
- ^ A b „Domovská stránka Amose Bairocha“. EXPASY. Archivovány od originál dne 14. února 2014.
- ^ Bairoch, A .; Boeckmann, B. (1991). „Databáze proteinových sekvencí SWISS-PROT“. Výzkum nukleových kyselin. 19 Suppl: 2247–2249. doi:10.1093 / nar / 19.suppl.2247. PMC 331359. PMID 2041811.
- ^ Gasteiger, E .; Gattiker, A .; Hoogland, C .; Ivanyi, I .; Appel, R. D .; Bairoch, A. (2003). „ExPASy: Proteomický server pro důkladné znalosti a analýzu proteinů“. Výzkum nukleových kyselin. 31 (13): 3784–3788. doi:10.1093 / nar / gkg563. PMC 168970. PMID 12824418.
- ^ A b C Amos Bairoch publikace indexované podle Google Scholar
- ^ A b Publikace Amose Bairocha indexováno podle Scopus bibliografická databáze. (vyžadováno předplatné)
- ^ Amos Bairoch publikace od Evropa PubMed Central
- ^ „Stránka skupiny CALIPHO (počítačová analýza a laboratorní vyšetřování proteinů lidského původu) na webu SIB“. Archivovány od originál dne 20. dubna 2013.
- ^ „Bairoch SIB odstoupí z funkce ředitele Swiss-Prot a zahájí nový zdroj lidských proteinů“. GenomeWeb.com. Archivovány od originál dne 20. února 2012.
- ^ Moore, J .; Engelberg, A .; Bairoch, A. (1988). "Použití PC / GENE pro analýzu proteinů a nukleových kyselin". Biotechniky. 6 (6): 566–572. PMID 3273189.
- ^ Lima, T .; Auchincloss, A. H .; Coudert, E .; Keller, G .; Michoud, K .; Rivoire, C .; Bulliard, V .; De Castro, E .; Lachaize, C .; Baratin, D .; Phan, I .; Bougueleret, L .; Bairoch, A. (2009). „HAMAP: Databáze kompletně sekvenovaných sad mikrobiálních proteomů a ručně ošetřených rodin mikrobiálních proteinů v UniProtKB / Swiss-Prot“. Výzkum nukleových kyselin. 37 (Problém s databází): D471 – D478. doi:10.1093 / nar / gkn661. PMC 2686602. PMID 18849571.
- ^ Bairoch, A. (2000). „Serendipity v bioinformatice, trápení švýcarského bioinformatika ve vzrušujících dobách!“. Bioinformatika. 16 (1): 48–64. doi:10.1093 / bioinformatika / 16.1.48. PMID 10812477. - historický účet od Bairocha.
- ^ Persson, B. (2000). "Bioinformatika v proteinové analýze". EXS. 88: 215–231. doi:10.1007/978-3-0348-8458-7_14. ISBN 978-3-0348-9576-7. PMID 10803381.
- ^ Wu, C.H .; Apweiler, R .; Bairoch, A .; Natale, D. A .; Barker, W. C .; Boeckmann, B .; Ferro, S .; Gasteiger, E .; Huang, H .; Lopez, R .; Magrane, M .; Martin, M. J .; Mazumder, R .; O'Donovan, C .; Redaschi, N .; Suzek, B. (2006). „The Universal Protein Resource (UniProt): an expanding universe of protein information“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (90001): D187 – D191. doi:10.1093 / nar / gkj161. PMC 1347523. PMID 16381842.
- ^ Hofmann, K .; Bucher, P .; Falquet, L .; Bairoch, A. (1999). „Databáze PROSITE, její stav v roce 1999“. Výzkum nukleových kyselin. 27 (1): 215–219. doi:10.1093 / nar / 27.1.215. PMC 148139. PMID 9847184.
- ^ Bairoch, A (2000). „Databáze ENZYME v roce 2000“. Výzkum nukleových kyselin. 28 (1): 304–5. doi:10.1093 / nar / 28.1.304. PMC 102465. PMID 10592255.
- ^ Bairoch, A (1999). „Databáze ENZYME v roce 1999“. Výzkum nukleových kyselin. 27 (1): 310–1. doi:10.1093 / nar / 27.1.310. PMC 148167. PMID 9847212.
- ^ Bairoch, A (1996). „Databáze ENZYME v roce 1995“. Výzkum nukleových kyselin. 24 (1): 221–2. doi:10.1093 / nar / 24.1.221. PMC 145615. PMID 8594586.
- ^ Bairoch, A (1994). „Databáze ENZYME“. Výzkum nukleových kyselin. 22 (17): 3626–7. doi:10.1093 / nar / 22.17.3626. PMC 308334. PMID 7937072.
- ^ Bairoch, A (1993). „Databáze ENZYME“. Výzkum nukleových kyselin. 21 (13): 3155–6. doi:10.1093 / nar / 21.13.3155. PMC 309744. PMID 8332535.
- ^ Bairoch, A. (1991). „SEQANALREF: bibliografická referenční databanka sekvenční analýzy“ (PDF). Počítačové aplikace v biologických vědách (CABIOS). 7 (2): 268. doi:10.1093 / bioinformatika / 7.2.268. PMID 2059856.
- ^ Bairoch, A. (1991). „PROSITE: Slovník webů a vzorců v proteinech“. Výzkum nukleových kyselin. 19 Suppl: 2241–2245. doi:10.1093 / nar / 19.suppl.2241. PMC 331358. PMID 2041810.
- ^ Hulo, N .; Bairoch, A .; Bulliard, V .; Cerutti, L .; Cuche, B. A .; De Castro, E .; Lachaize, C .; Langendijk-Genevaux, P. S .; Sigrist, C. J. A. (2007). „20 let PROSITE“. Výzkum nukleových kyselin. 36 (Problém s databází): D245 – D249. doi:10,1093 / nar / gkm977. PMC 2238851. PMID 18003654.
- ^ Appel, R. D .; Bairoch, A .; Hochstrasser, D. F. (1994). "Nová generace nástrojů pro získávání informací pro biology: Příklad WWW serveru ExPASy". Trendy v biochemických vědách. 19 (6): 258–260. doi:10.1016/0968-0004(94)90153-8. PMID 8073505.
- ^ Hoogland, C .; Mostaguir, K .; Appel, R .; Lisacek, F. (2008). „The World-2DPAGE Constellation to propag and publish the gel-based proteomics data through the ExPASy server“. Journal of Proteomics. 71 (2): 245–248. doi:10.1016 / j.jprot.2008.02.005. PMID 18617148.
- ^ „Bez nových dohod uzavře GeneProt své dveře“. GenomeWeb.com. Archivovány od originál dne 11. února 2011.
- ^ Lane, L; Argoud-Puy, G; Britan, A; Cusin, I; Duek, P. D .; Evalet, O; Gateau, A; Gaudet, P; Gleizes, A; Masselot, A; Zwahlen, C; Bairoch, A (2012). „Ne Xt Prot: Znalostní platforma pro lidské proteiny ". Výzkum nukleových kyselin. 40 (Problém s databází): D76-83. doi:10.1093 / nar / gkr1179. PMC 3245017. PMID 22139911.
- ^ Gaudet, P; Michel, P. A .; Zahn-Zabal, M; Cusin, I; Duek, P. D .; Evalet, O; Gateau, A; Gleizes, A; Pereira, M; Teixeira, D; Zhang, Y; Lane, L; Bairoch, A (2015). „Databáze znalostí neXtProt o lidských bílkovinách: současný stav“. Výzkum nukleových kyselin. 43 (Problém s databází): D764-70. doi:10.1093 / nar / gku1178. PMC 4383972. PMID 25593349.
- ^ Gaudet, P; Argoud-Puy, G; Cusin, I; Duek, P; Evalet, O; Gateau, A; Gleizes, A; Pereira, M; Zahn-Zabal, M; Zwahlen, C; Bairoch, A; Lane, L (2013). „Ne Xt Prot: Organizace znalostí o proteinech v kontextu projektů lidských proteomů “. Journal of Proteome Research. 12 (1): 293–8. doi:10.1021 / pr300830v. PMID 23205526.
- ^ Bairoch, A .; Apweiler, R .; Wu, C.H .; Barker, W. C .; Boeckmann, B .; Ferro, S .; Gasteiger, E .; Huang, H .; Lopez, R .; Magrane, M .; Martin, M. J .; Natale, D. A .; O'Donovan, C .; Redaschi, N .; Yeh, L. S. (2004). „Univerzální zdroj bílkovin (UniProt)“. Výzkum nukleových kyselin. 33 (Problém s databází): D154 – D159. doi:10.1093 / nar / gki070. PMC 540024. PMID 15608167.
- ^ Boeckmann, B .; Bairoch, A .; Apweiler, R .; Blatter, M. C .; Estreicher, A .; Gasteiger, E .; Martin, M. J .; Michoud, K .; O'Donovan, C .; Phan, I .; Pilbout, S .; Schneider, M. (2003). „Znalostní databáze proteinů SWISS-PROT a její doplněk TrEMBL v roce 2003“. Výzkum nukleových kyselin. 31 (1): 365–370. doi:10.1093 / nar / gkg095. PMC 165542. PMID 12520024.
- ^ Apweiler, R.; Attwood, T. K.; Bairoch, A.; Bateman, A.; Birney, E.; Biswas, M .; Bucher, P .; Cerutti, L .; Corpet, F .; Croning, M. D .; Durbin, R .; Falquet, L .; Fleischmann, W .; Gouzy, J .; Hermjakob, H .; Hulo, N .; Jonassen, I .; Kahn, D .; Kanapin, A .; Karavidopoulou, Y .; Lopez, R .; Marx, B .; Mulder, N.J .; Oinn, T. M .; Pagni, M .; Sluha, F .; Sigrist, C. J .; Zdobnov, E. M. (2001). „Databáze InterPro, integrovaný dokumentační zdroj pro rodiny proteinů, domény a funkční weby“. Výzkum nukleových kyselin. 29 (1): 37–40. doi:10.1093 / nar / 29.1.37. PMC 29841. PMID 11125043.
- ^ Mulder, N.J .; Apweiler, R.; Attwood, T. K.; Bairoch, A; Barrell, D; Bateman, A; Binns, D; Biswas, M; Bradley, P; Bork, P; Bucher, P; Copley, R. R .; Courcelle, E; Das, U; Durbin, R.; Falquet, L; Fleischmann, W; Griffiths-Jones, S; Haft, D; Harte, N; Hulo, N; Kahn, D; Kanapin, A; Krestyaninová, M; Lopez, R; Letunic, I; Lonsdale, D; Silventoinen, V .; Orchard, S.E .; Pagni, M .; Pagni, Marco; Peyruc, D .; Ponting, C.P.; Selengut, J.D .; Sluha, F .; Sigrist, C.J.A .; Vaughan, R .; Zdobnov, E.M. (2003). „Databáze InterPro, 2003 přináší větší pokrytí a nové funkce“. Výzkum nukleových kyselin. 31 (1): 315–8. doi:10.1093 / nar / gkg046. PMC 165493. PMID 12520011.
- ^ Mulder, N.J .; Apweiler, R.; Attwood, T. K.; Bairoch, A; Bateman, A; Binns, D; Bradley, P; Bork, P; Bucher, P; Cerutti, L; Copley, R; Courcelle, E; Das, U; Durbin, R.; Fleischmann, W; Gough, J; Haft, D; Harte, N; Hulo, N; Kahn, D; Kanapin, A; Krestyaninová, M; Lonsdale, D; Lopez, R; Letunic, I; Madera, M; Maslen, J; McDowall, J; Mitchell, A; et al. (2005). „InterPro, pokrok a stav v roce 2005“. Výzkum nukleových kyselin. 33 (Problém s databází): D201-5. doi:10.1093 / nar / gki106. PMC 540060. PMID 15608177.
- ^ Henrissat, B; Bairoch, A (1996). „Aktualizace klasifikace glykosylhydroláz na základě sekvence“. The Biochemical Journal. 316 (2): 695–6. doi:10.1042 / bj3160695. PMC 1217404. PMID 8687420.
- ^ Henrissat, B; Bairoch, A (1993). „Nové rodiny v klasifikaci glykosylových hydroláz na základě podobností aminokyselinových sekvencí“. The Biochemical Journal. 293 (3): 781–8. doi:10.1042 / bj2930781. PMC 1134435. PMID 8352747.
- ^ Freiberg, C .; Fellay, R. M .; Bairoch, A .; Broughton, W. J .; Rosenthal, A .; Perret, X. (1997). "Molekulární podstata symbiózy mezi Rhizobium a luštěninami". Příroda. 387 (6631): 394–401. doi:10.1038 / 387394a0. PMID 9163424.
- ^ Sigrist, C. J .; Cerutti, L; Hulo, N; Gattiker, A; Falquet, L; Pagni, M; Bairoch, A; Bucher, P (2002). „PROSITE: Dokumentovaná databáze používající vzory a profily jako deskriptory motivů“. Briefings in Bioinformatics. 3 (3): 265–74. doi:10.1093 / bib / 3.3.265. PMID 12230035.
- ^ Gaudet, P .; Bairoch, A.; Field, D .; Sansone, S.-A .; Taylor, C .; Attwood, T. K.; Bateman, A.; Blake, J. A .; Bult, C. J .; Cherry, J. M .; Chisholm, R. L .; Cochrane, G .; Cook, C.E .; Eppig, J. T .; Galperin, M. Y .; Gentleman, R.; Goble, C. A.; Gojobori, T.; Hancock, J. M .; Howe, D. G .; Imanishi, T .; Kelso, J .; Landsman, D .; Lewis, S.E.; Karsch Mizrachi, I .; Orchard, S .; Ouellette, B. F. F .; Ranganathan, S .; Richardson, L .; Rocca-Serra, P. (2011). „Směrem k BioDBcore: Specifikace informací definovaná komunitou pro biologické databáze“. Databáze. 2011: baq027. doi:10.1093 / databáze / baq027. PMC 3017395. PMID 21205783.
- ^ „HUPO Distinguished Awards“. HUPO. Archivovány od originál dne 5. června 2013.
- ^ Waldrop, M. (2008). „Big data: Wikiomics“. Příroda. 455 (7209): 22–5. doi:10.1038 / 455022a. PMID 18769412.