Temple F. Smith - Temple F. Smith

Temple Smith
Temple F. Smith na Yale, 20. června 2008.jpg
Temple Smith na Yale v roce 2008
narozený
Temple Ferris Smith

7. března 1939 (1939-03-07) (stáří81)
Auburn, New York
Alma mater
Známý jakoSmith-Watermanův algoritmus[1]
Ocenění
Vědecká kariéra
InstituceBostonská univerzita
TezeAmplitudy deuteronu z teorie jaderného rozptylu složených částic  (1969)
VlivyMichael Waterman
webová stránkawww.bu.edu/ angl/profil/ temple-f-smith-ph-d/

Temple Ferris Smith (narozen 7. března 1939) je emeritní profesor v biomedicínské inženýrství[4][5] kteří pomohli vyvinout Smith-Watermanův algoritmus s Michael Waterman v roce 1981.[1] Algoritmus Smith-Waterman slouží jako základ pro vícenásobné porovnání sekvencí, identifikující segment s maximální podobností lokální sekvence, viz zarovnání sekvence. Tento algoritmus se používá k identifikaci podobných DNA, RNA a protein segmenty. Byl ředitelem[když? ] Výzkumného centra pro biomolekulární inženýrství[4] na Bostonská univerzita už dvacet let a je teď[když? ] profesor emeritní.

Vzdělávání

Smith získal bakalářský titul v roce 1963 na katedře fyziky, Purdue University, následovaný doktorátem v roce 1969 na katedře fyziky, University of Colorado v Boulderu.[6]

Výzkum a kariéra

Po jeho PhD to Smith udělal postdoktorský výzkum od března 1969 do srpna 1971 na katedře biofyziky a genetiky lékařské fakulty University of Colorado v Boulderu.[Citace je zapotřebí ]

Jeho výzkum je zaměřen na aplikaci různých počítačových věd a matematických metod pro objev syntaktických a sémantických vzorců v sekvencích nukleových kyselin a aminokyselin. V posledních letech se to zaměřilo na molekulární vývoj proteinových rodin. jako jsou vrtule beta WD-opakování, GTPáza asociovaná s translací a ribozomální proteiny.[7] On je známý pro vytvoření Smith-Watermanův algoritmus.[1]

Smith uspořádal následující schůzky:

  • 1965–1966: Instruktor, US Air Force Lowery, Denver, CO
  • 1971–1984: Profesor, Katedra fyziky, Northern Michigan University, Marquette, MI
  • 1985–1991: Ředitel, Počítačový výzkumný prostředek pro molekulární biologii, Dana-Farber Cancer Institute, Harvard Medical School a Harvard School of Public Health
  • 1991–2009: Ředitel, BioMolecular Engineering Resource Center, Boston University
  • 1999– : Spoluorganizátor, 1999, Institut pro akademický rozvoj mládeže, objevování biotechnologického dne
  • 2000– : Spoluzakladatel a ředitel pro informace, Modular Genetics, Inc.
  • 2000–: Mládežnický hokejový trenér[Citace je zapotřebí ]

Vybrané publikace

  • M. Mariotti, T. F. Smith, P. H. Sudmant a G. Goldberger, „Pseudogenizace varlat specifických Lfg5 předchází divergenci člověka / neandertálce“, Journal of Human Genetics 59, 288–291 (2014)
  • Hyman Hartman a Temple F. Smith „Evoluce ribozomu a genetický kód“, Život, 4 (2), 227–249 (2014)
  • Hartman, H a T. F. Smith, „GTPasy a původ ribozomu“, Biology Direct, 5: 36-39, (2010)
  • Hartman, Hyman a Smith, Temple F. „Vývoj cilium a eukaryotická buňka“ Buněčná motilita a cytoskeleton.66: 215-219. (2009)
  • Hu, Lan, Smith, Temple F. a Goldberger, Gabriel. „LFG: kandidátská rodina regulačních genů pro apoptózu“ Apoptóza. 14: 1255-1265. (2009)
  • Smith, Temple F., Lee, Jung C., Gutell, Robin R. a Hartman, Hyman. „Původ a vývoj ribozomu“ Biology Direct 3: 16, 1–13 (2008)
  • Smith, Temple F. „Kapitola 2: Rozmanitost proteinů opakujících se podle WD“ Rodina proteinů Coronin, 20–30 (2008)
  • Bhutkar, Arjun V., Gelbart, William M. a Smith, Temple F. (2007). Odvození přeskupení fylogeneze v měřítku genomu a pořadí genů předků: Případová studie Drosophila. Genome Biology 8, R236
  • Bhutkar, Arjun, Russo, Susan M., Smith, Temple F. a Gelbart, William M. „Genome-Scale Analysis of Positionally Relocated Genes“ Genome Research 17: 1880-1887 (2007)
  • Hartman, Hyman, Favaretto, Paola a Smith, Temple F. „Archaeal Origins of Eukaryotic Translational System“ Archaea 2: 1-9 (2006)
  • Bienkowska, Jadwiga, Hartman, Hyman a Smith, Temple F. (2003). Metoda hledání homologů malých proteinů, proteinů podobných ubikvitinu v prokaryotických buňkách? Protein Engineering 16 (12), 897–904.
  • Venkatesan, Kavitha, McManus, Heather R., Mello, Craig C., Smith, Temple F. a Hansen, Ulla. (2003). Funkční ochrana mezi členy starověké duplikované rodiny transkripčních faktorů, LSF / Grainyhead. Nucleic Acids Research 31 (15), 4304–4316.
  • Zhang YX1, Fox JG, Ho Y, Zhang L, Stills HF Jr, Smith TF. Srovnání genu hlavního proteinu vnější membrány (MOMP) myší pneumonitidy (MoPn) a křečků SFPD kmenů Chlamydia trachomatis s jinými kmeny Chlamydie. Mol Biol Evol. 1993 listopad; 10 (6): 1327-42.

Ceny a vyznamenání

Smith byl oceněn Cena Senior Scientist ISCB[2] a zvolen Člen ISCB v roce 2009 Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii.[3]

V roce 2002 byl uveden do Americký institut pro lékařské a biologické inženýrství (AIMBE) „Za mimořádný přínos při definování a pokroku v oblasti bioinformatiky s důrazem na nové inženýrské metody pro predikci struktury a funkce proteinů“.[Citace je zapotřebí ]

Reference

  1. ^ A b C Smith, T .; Waterman, M. S. (1981). Msgstr "Identifikace běžných molekulárních subsekvencí". Journal of Molecular Biology. 147 (1): 195–197. CiteSeerX  10.1.1.63.2897. doi:10.1016/0022-2836(81)90087-5. PMID  7265238.
  2. ^ A b Maisel, M. (2007). „Chrám ISCB Honors Temple F. Smith a Eran Segal“. PLOS výpočetní biologie. 3 (6): e128. Bibcode:2007PLSCB ... 3..128M. doi:10.1371 / journal.pcbi.0030128. PMC  1904388. PMID  17604447.
  3. ^ A b „Členové ISCB“. iscb.org. Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii. 2017. Archivovány od originál dne 2017-03-20.
  4. ^ A b "Výzkumné centrum biomolekulárního inženýrství | Bostonská univerzita". Bmerc-www.bu.edu. Citováno 2017-03-24.
  5. ^ „Archivovaná kopie“. Archivovány od originál dne 2007-07-07. Citováno 2007-05-03.CS1 maint: archivovaná kopie jako titul (odkaz)
  6. ^ Smith, Temple Ferris (1969). Amplitudy deuteronu z teorie jaderného rozptylu složených částic (Disertační práce). University of Colorado v Boulderu. OCLC  50252533. ProQuest  302393082.
  7. ^ „Archivovaná kopie“. Archivovány od originál dne 04.04.2012. Citováno 2011-10-28.CS1 maint: archivovaná kopie jako titul (odkaz)