Helen M. Berman - Helen M. Berman

Tento článek je o profesorovi chemie. Pro malíře viz Helen Berman.
Helen Berman
Helen Berman v roce 2008.
Helen Berman v roce 2008.
narozený
Helen Miriam Berman

1943 (věk 76–77)
Chicago, Illinois
Alma mater
Manžel (y)
  • Victor Berman
  • Peter Young (1976–1999)
DětiJason Asher Young[Citace je zapotřebí ]
Ocenění
Vědecká kariéra
Pole
InstituceRutgersova univerzita
TezeKrystalové struktury alfa-Prime a beta-D-mannitolu, galaktikolu, methylaalfa-D-glukopyranosidu a hydroxymočoviny  (1967)
Doktorský poradceGeorge A. Jeffrey[Citace je zapotřebí ]
Ostatní akademičtí poradciBarbara Low
webová stránkarutchem.rutgers.edu/ berman-helen-m

Helen Miriam Berman je správní radou profesorem chemie a chemické biologie ve společnosti Rutgersova univerzita a bývalý ředitel RCSB Protein Data Bank (jedna z členských organizací Banky) Celosvětová proteinová banka ). Strukturní biolog, její práce zahrnuje strukturní analýzu komplexů protein-nukleová kyselina a roli vody v molekulárních interakcích. Je také zakladatelkou a ředitelkou databáze nukleových kyselin a vede znalostní databázi Protein Structure Initiative Structural Genomics Knowledgebase.[1][2][3]

Pozadí a vzdělání

Berman se narodil v Chicagu ve státě Illinois a vyrůstal v Brooklynu v New Yorku. Její otec, David Bernstein, byl lékař a její matka Dorothy Bernsteinová (rozená Skupsky) řídila kancelářskou praxi svého otce. Inspirována jejím pracovitým a vědeckým otcem, zajímala se jako mladá dívka o vědu a plánovala se stát vědkyní nebo lékařkou. Její matka, která byla silně zapojena do komunity a dobrovolnické práce, ji ovlivnila, aby se zapojila do komunitních aktivit po celý svůj život.

Během střední školy pracoval Berman Ingrith Deyrup laboratoř v Barnard College. Deyrup povzbudil Bermana, aby se zúčastnil Barnarda jako vysokoškolák. Zatímco na vysoké škole pracovala v a Columbia University College of Physicians and Surgeons laboratoř s Barbara Low. Tam se o tom dozvěděl Berman krystalografie, která by se stala celoživotní vášní. Vystudovala Barnarda s A.B. v chemii v roce 1964.

Po vysoké škole se Berman zúčastnil University of Pittsburgh pro postgraduální studium si vybrala místo, protože to bylo jediné místo v zemi s katedrou krystalografie a jedno z mála, kde byla krystalografie nabízena jako předmět. Tam pracovala s Georgem A. Jeffreyem na struktuře sacharidů a získala titul Ph.D. v roce 1967. Berman zůstal na University of Pittsburgh další dva roky jako postdoktorský výzkum chlapík.

Kariéra

V roce 1969 se Berman přestěhoval do Fox Chase Cancer Center ve Filadelfii, kde pracovala Jenny P. Glusker Laboratoř před zahájením vlastního nezávislého výzkumného programu jako členka fakulty v roce 1973. Na Fox Chase se Berman začala zajímat o struktury nukleových kyselin a bioinformatiku. Věděla, že logická organizace dat by byla užitečná pro řadu vědců.

V červnu 1971 se Berman zúčastnil sympozia v Cold Spring Harbor Laboratory, kde se několik vědců shodlo na tom, že data o rostoucím počtu proteinových struktur by měla být archivována v databázi.[4] Toto setkání vedlo k vytvoření Protein Data Bank (PDB) v Brookhaven National Laboratory.[5][6]

V roce 1989 se Berman přestěhovala do Rutgers a v roce 1992 spolu s dalšími vědci založila databázi nukleových kyselin (NDB), která shromažďuje a šíří informace o struktuře nukleových kyselin.[7] Ve společnosti Rutgers pokračovala ve studiu nukleových kyselin, jejich interakcí s proteiny,[8] a také prozkoumal strukturu kolagen ve spolupráci s Barbarou Brodskou a Jordi Bellou.[9] Ona je uvedena jako depozitář na 38 strukturách v PDB od roku 1992 do roku 2011, komplexů protein / nukleová kyselina a jejich složek (např. 1RUN, 3SSX, 2B1B), kolagenových fragmentů (např. 1CGD, 1EI8) a dalších makromolekul.

V roce 1998 Berman a Philip Bourne společně soutěžili a získali zakázku na Protein Data Bank a databáze se přesunula z Brookhavenu do záštity Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB), v současné době spolupráce mezi Rutgers a University of California v San Diegu. Spolu s kolegy Berman přepracoval systém správy dat, přidal nové uživatelské nástroje a umožnil prohledávání databáze.[10] Od roku 2003 spravuje archiv PDB celosvětová Proteinová datová banka (wwPDB), partnerství založené společností Berman, které se skládá z organizací fungujících jako depoziční, zpracovatelská a distribuční centra pro data PDB - RCSB, PDBe v Evropě a PDBj v Japonsku.[11] V roce 2006 byla databáze BioMagResData (BMRB) pro Jaderná magnetická rezonance (NMR) struktury[12] se stal čtvrtým členem wwPDB.[13] V červenci 2018 NDB obsahuje více než 9600 struktur nukleových kyselin a PDB více než 142 000 makromolekulárních struktur.

Také vedená RCSB, Iniciativa pro strukturu bílkovin (PSI) Znalostní databáze strukturální genomiky byla spuštěna na jaře roku 2008, aby poskytovala průběžně aktualizovaný portál pro výzkumná data a další zdroje z úsilí PSI.[14]

Berman byl také aktivní ve vědecké komunitě, kde v roce 1988 působil jako prezident Americké krystalografické asociace, poskytoval rady jak National Institutes of Health, tak National Science Foundation a působil v redakční radě několika časopisů. Její práce byla široce publikována v recenzováno vědecké časopisy.[8][9][15][16][17]

Vyznamenání a ocenění

  • New Jersey Woman of Achievement (1993)
  • Fellow, American Association for the Advancement of Science (1996)
  • Cena mimořádné vědecké ženy, Sdružení pro ženy ve vědě Kapitola v New Yorku (1999)
  • Význačný lektor, Sigma Xi: Společnost pro vědecký výzkum (2007–2009)[18]
  • Cena za vynikající službu, biofyzikální společnost (2000)[1]
  • Fellow, Biofyzikální společnost (2001)[19]
  • Cena M.J. Buergera, Americká krystalografická asociace (2006)[20]
  • Cena absolventů katedry chemie na University of Pittsburgh (2010)
  • Člen americké krystalografické asociace (2011)[2]
  • Cena Carla Brändéna od Protein Society (2012)
  • Cena DeLano za výpočetní biologii od Americké společnosti pro biochemii a molekulární biologii (2013)[21]
  • Cena Benjamina Franklina za otevřený přístup v biologických vědách (2014)

Osobní život

Berman byla dvakrát vdaná za inženýra Victora Bermana v 60. letech a za molekulárního biologa Petera Younga v letech 1976 až 1999. Z druhého manželství má syna Jasona Ashera Younga (nar. 1979), fyzika.

V 80. letech byla Bermanovi diagnostikována rakovina prsu. Díky této zkušenosti se více soustředila na svůj život a svou kariéru a měla zájem o podporu dalších žen, které čelí stejné diagnóze.

Reference

  1. ^ A b Helen M. Berman publikace indexované podle Google Scholar
  2. ^ Demasters K: NA MAPĚ; Banka, kde měnou jsou molekuly. New York Times 2000-11-26. Zpřístupněno 22. 10. 2008.
  3. ^ Příběh Helen Bermanové z Rutgers University Office for the Promotion of Women in Science, Engineering, and Mathematics
  4. ^ Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology, sv. XXXVI (1972)
  5. ^ Bernstein FC, Koetzle TF, Williams GJ, Meyer EF, Brice MD, Rodgers JR, Kennard O, Shimanouchi T, Tasumi M (1977). "Protein Data Bank: počítačový archivní soubor pro makromolekulární struktury". Journal of Molecular Biology. 112 (3): 535–542. doi:10.1016 / S0022-2836 (77) 80200-3. PMID  875032.
  6. ^ Berman H (2008). „Proteinová datová banka: historická perspektiva“. Acta Crystallographica A. 64 (Pt 1): 88–95. Bibcode:2008AcCrA..64 ... 88B. doi:10.1107 / S0108767307035623. PMID  18156675.
  7. ^ O databázi nukleových kyselin Archivováno 2008-09-20 na Wayback Machine
  8. ^ A b Benoff B, Yang H, Lawson CL, Parkinson G, Liu J, Blatter E, Ebright YW, Berman HM, Ebright RH (2002). „Strukturální základ aktivace transkripce: komplex CAP-αCTD-DNA“. Věda. 297 (5586): 1562–1566. Bibcode:2002Sci ... 297.1562B. doi:10.1126 / science.1076376. PMID  12202833. S2CID  17422837.
  9. ^ A b Bella J, Eaton M, Brodsky B, Berman HM (1994). "Krystalová a molekulární struktura peptidu podobného kolagenu v rozlišení 1,9 Á". Věda. 266 (5182): 75–81. Bibcode:1994Sci ... 266 ... 75B. doi:10.1126 / science.7695699. PMID  7695699.
  10. ^ Berman HM, Westbrook J, Feng J, Gilliland G, Bhat TN, Weissig H, Shindyalov IN, Bourne PE (2000). "Proteinová datová banka". Výzkum nukleových kyselin. 28 (1): 235–242. doi:10.1093 / nar / 28.1.235. PMC  102472. PMID  10592235.
  11. ^ Berman HM, Henrick K, Nakamura H (2003). "Vyhlášení celosvětové Protein Data Bank". Přírodní strukturní biologie. 10 (12): 980. doi:10.1038 / nsb1203-980. PMID  14634627. S2CID  2616817.
  12. ^ Doreleijers, J. F .; Mading, S; Maziuk, D; Sojourner, K; Yin, L; Zhu, J; Markley, J. L .; Ulrich, E.L. (2003). „BioMag Res banka databáze se soubory experimentálních omezení NMR odpovídajících strukturám více než 1400 biomolekul uložených v Protein Data Bank ". Journal of Biomolecular NMR. 26 (2): 139–46. doi:10.1023 / a: 1023514106644. PMID  12766409. S2CID  13221156.
  13. ^ Berman HM; Henrick K; Nakamura H; John L. Markley JL (2007). „Celosvětová Proteinová datová banka (wwPDB): zajištění jednotného a jednotného archivu dat PDB“. Výzkum nukleových kyselin. 35 (Problém s databází): D301 – D303. doi:10.1093 / nar / gkl971. PMC  1669775. PMID  17142228.
  14. ^ Kouranov A, Xie L, de la Cruz J, Chen L, Westbrook J, Bourne PE, Berman HM (2006). „Informační portál RCSB PDB pro strukturální genomiku“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (Problém s databází): D302 – D305. doi:10.1093 / nar / gkj120. PMC  1347482. PMID  16381872.
  15. ^ Berman, H. M .; Olson, W. K.; Beveridge, D.L .; Westbrook, J .; Gelbin, A .; Demeny, T .; Hsieh, S. H .; Srinivasan, A. R .; Schneider, B. (1992). „Databáze nukleových kyselin. Komplexní relační databáze trojrozměrných struktur nukleových kyselin“. Biofyzikální deník. 63 (3): 751–759. Bibcode:1992BpJ .... 63..751B. doi:10.1016 / S0006-3495 (92) 81649-1. PMC  1262208. PMID  1384741.
  16. ^ Berman, H. M.; Westbrook, J .; Feng, Z .; Gilliland, G .; Bhat, T .; Weissig, H .; Shindyalov, I .; Bourne, P. (2000). "Proteinová datová banka". Výzkum nukleových kyselin. 28 (1): 235–242. doi:10.1093 / nar / 28.1.235. PMC  102472. PMID  10592235.
  17. ^ Berman, H. M.; Kleywegt, G. J.; Nakamura, H; Markley, J. L. (2012). „The Protein Data Bank at 40: Reflecting the past to prepare for the future“. Struktura. 20 (3): 391–6. doi:10.1016 / j.str.2012.01.010. PMC  3501388. PMID  22404998.
  18. ^ Významní lektoři Sigma Xi
  19. ^ „Dva významní chemici Rutgers jmenovali Biophysical Society Fellows.“ Bio-medicína
  20. ^ Profesorka Rutgers Helen M. Bermanová obdrží prestižní cenu M.J. Buergera, tisková zpráva Rutgers, 16. srpna 2006 Archivováno 20. července 2011, v Wayback Machine
  21. ^ „Berman ocenil její úsilí při odstraňování překážek v přístupu k datům“. Citováno 22. ledna 2015.