Ron Shamir - Ron Shamir - Wikipedia

Ron Shamir
Ron Shamir.jpg
narozený (1953-11-29) 29. listopadu 1953 (věk 67)
Jeruzalém, Izrael
Národnostizraelský
Alma materTel-Aviv University
Hebrejská univerzita v Jeruzalémě
University of California
Známý jakoCentrum pro bioinformatiku Edmonda J. Safry
Tel Avivská univerzita B.Sc. program v Bioinformatika
Expander software[Citace je zapotřebí ]
Ocenění
  • Cena Michaela Landaua v bioinformatice (2011)
  • Člen ISCB (2012)[1]
Vědecká kariéra
PoleBioinformatika
Návrh a analýza algoritmů
Algoritmický teorie grafů
InstituceTel Avivská univerzita
Blavatnik School of Computer Science
Doktorský poradceRichard M. Karp
Ilan Adler[2]
webová stránkawww.cs.tau.ac.il/ ~ rshamir/

Ron Shamir (hebrejština: רון שמיר; (narozen 29. listopadu 1953) je izraelský profesor počítačová věda známý svou prací v teorie grafů a v výpočetní biologie. Je předsedou Raymonda a Beverly Sacklerové v bioinformatice a je zakladatelem a vedoucím Centra pro bioinformatiku Edmonda J. Safry v Tel Avivská univerzita.

Životopis

Ron Shamir se narodil v Jeruzalémě v Izraeli v roce 1953, nejstarší syn Vardy a Raphaela Shamira. Rodina jeho otce Sepharadic žije ve starém městě v Jeruzalémě více než 400 let. Rodiče jeho matky byli průkopníci, kteří přišli z Ruska do Izraele v Třetí Aliyah na počátku 20. let. Má dvě mladší sestry, Daphnu a Gadit.

Shamir studoval Gymnasia Rehavia, Jeruzalém po dobu 12 let. Na střední škole působil ve skautech a atletice; kromě jiných úspěchů vyhrál v Jeruzalémě mistrovství střední školy v Jeruzalémě vrh koulí.

Shamir zahájil B.Sc. studium matematiky a fyziky na Tel-Aviv University (1973–1975) a ukončil studium na Hebrejská univerzita v Jeruzalémě (1975–1977). Později začal M.Sc. studuje v operační výzkum na Tel-Aviv University pod dohledem Uri Yechiali a poté se připojil k PhD programu na katedře IEOR UC Berkeley, kde studoval v letech 1981–1984. Jeho disertační práce byla vedena pod vedením Richard Karp a Ilan Adler.

Výzkum

Raná léta

Shamir zahájil svůj výzkum[3][4][5][6] kariéra v operačním výzkumu, studium optimalizačních problémů souvisejících s lineární programování a do simplexní metoda. Jeho disertační práce s Adlerem a Karpem se zabývala průměrnou případovou analýzou Simplexní metoda, a ukázal, že určitá varianta Simplex byla kvadratická podle jednoduchého vstupního datového modelu.[7] Podobné výsledky podali současně Michael Todd a Adler a Nimrod Megiddo. Později pracoval s Dorit S. Hochbaum o účinných algoritmech pro problémy strukturované optimalizace.[8]

Algoritmická teorie grafů

Na počátku 90. let se Shamir obrátil k algoritmickému teorie grafů. Spolu se svým studentem Haimem Kaplanem a Martin Golumbic, studoval graf sendvičové problémy,[9] problémy s dokončováním grafů a různé problémy související s intervalové grafy.[10][11]Jeden z jeho článků o problému intervalové uspokojivosti byl později aplikován na studium Fyzické mapování DNA;[12] to znamenalo jeho úvod do oboru výpočetní biologie.

Bioinformatika

Shamir využil své odborné znalosti v teorii grafů k rozvoji shlukovací algoritmy pro analýzu genová exprese problémy. Jeho první referát v této oblasti s Erezem Hartuvem představil Algoritmus shlukování HCS.[13] Jeho algoritmus CAST se Zoharem Yakhinim a Amirem Ben-Dorem byl publikován v roce 1999[14] a přitáhl hodně pozornosti od komunity bioinformatiky; techniky popsané v článku se staly populární pro analýzu genomových dat. Algoritmus shlukování CLICK[15] s Roded Sharanem a algoritmem SAMBA s Amosem Tanayem a Roded Sharanem pro biclustering[16] jsou široce používány.

Shamir rozšířil svůj výzkum o další aspekty bioinformatiky, jako je analýza biologické sítě,[17][18] přeskupení genomu,[19] sekvenční motiv nález,[20][21] a transkripční regulace.[22][23]Mnoho nástrojů vyvinutých v jeho laboratoři je k dispozici jako součást sady EXPANDER,[6] který poskytuje integrované prostředí pro analýzu vysoce výkonných biologických dat.

Shamirův současný výzkum se zaměřuje na integrační analýzu heterogenních vysoce výkonných biomedicínských dat, přeskupení genomu u rakoviny a regulaci genů.

Další činnosti

Shamir byl v zakládajícím řídícím výboru schůze RECOMB,[24] přední teoretická konference v bioinformatice a trvala na ní třináct let. Spoluzaložil izraelskou společnost pro bioinformatiku a výpočetní biologii a prezidentem společnosti byl v letech 2004 až 2006. Je vedoucím Centra pro bioinformatiku Edmonda J. Safry na univerzitě v Tel Avivu a je předsedou Raymonda a Beverly Sacklerové v bioinformatice .[25] Shamir také věnuje čas bioinformatickému vzdělávání. Vyvinul rozsáhlé přednášky, které se široce používají v oblasti výpočetní genomiky (Algoritmy pro molekulární biologii) a analýzy genové exprese, DNA čipů a genových sítí. Na univerzitě v Tel Avivu založil společný bakalářský studijní program v oboru bioinformatiky v oboru Life Sciences / Computer Science; vyučuje základní kurzy programu a vede mnoho M.Sc. a Ph.D. studenti. Spolupracoval také na knize „Bioinformatika pro biology“[26] s Pavel A. Pevzner.

Ceny a vyznamenání

Osobní život

Shamir je ženatý s Michalem Oren-Shamirem.[když? ] Mají tři syny: Alon, Ittai a Yoav. Žijí v Rehovot, Izrael.[Citace je zapotřebí ]

Reference

  1. ^ A b Anon (2017). „Členové ISCB“. iscb.org. Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii. Archivovány od originál dne 2017-03-20.
  2. ^ Ron Shamir na Matematický genealogický projekt
  3. ^ Ben-Dor, A .; Shamir, R .; Yakhini, Z. (1999), "Clustering gen projevové vzorce", Journal of Computational Biology, 6 (3–4): 281–297, CiteSeerX  10.1.1.34.5341, doi:10.1089/106652799318274, PMID  10582567
  4. ^ Sharan, R .; Maron-Katz, A .; Shamir, R. (2000), „KLIKNUTÍ: Shlukovací algoritmus s aplikacemi pro analýzu genové exprese“, Inteligentní systémy v molekulární biologii - ISMB, 19 (14): 307–316, CiteSeerX  10.1.1.126.8500, doi:10.1093 / bioinformatika / btg232, PMID  14512350.
  5. ^ Sharan, R .; Maron-Katz, A .; Shamir, R. (2003), „CLICK and EXPANDER: a system for shlukování a vizualizace dat genové exprese“, Bioinformatika, 19 (14): 1787–1799, CiteSeerX  10.1.1.126.8500, doi:10.1093 / bioinformatika / btg232, PMID  14512350
  6. ^ A b Ulitsky, Igor; Maron-Katz, Adi; Shavit, Racek; Sagir, Dorit; Linhart, Chaim; Elkon, Ran; Tanay, Amos; Sharan, Roded; Shiloh, Yosef; Shamir, Ron (2010), „Expander: Od expresních mikropolí k sítím a funkcím“, Přírodní protokoly, 5 (2): 303–22, doi:10.1038 / nprot.2009.230, PMID  20134430, S2CID  3504270
  7. ^ Adler, Ilan; Karp, Richard M .; Shamir, Ron (1987), „Varianta simplexní řešení m × d lineárního programu v O (min (m ^ 2, d ^ 2)) očekávaný počet otočných kroků“, Journal of Complexity, 3 (4): 372–387, doi:10.1016 / 0885-064X (87) 90007-0
  8. ^ Hochbaum, Dorit S.; Shamir, Ron (1991). "Silně polynomiální algoritmy pro problém plánování s vysokou multiplicitou". Operační výzkum. 39 (4): 648–653. doi:10,1287 / opre.39.4.648. ISSN  0030-364X.
  9. ^ Golumbic, Martin Charles; Kaplan, Haim; Shamir, Ron (1995), „Graph Sandwich Problems“, Journal of Algorithms, 19 (3): 449–473, CiteSeerX  10.1.1.12.8158, doi:10.1006 / jagm.1995.1047
  10. ^ Kaplan, Haim; Shamir, Ron (1996), „Pathwidth, Bandwidth, and Completion Problems to Custom Interval Graphs with Small Cliques“, SIAM Journal on Computing, 25 (3): 540–561, CiteSeerX  10.1.1.34.9275, doi:10.1137 / S0097539793258143
  11. ^ Kaplan, Haim; Shamir, Ron; Tarjan, Robert E. (1999), „Tractability of Parameterized Completion Problems on Chordal, Strongly Chordal, and Proper Interval Graphs“, SIAM Journal on Computing, 28 (5): 1906–1922, CiteSeerX  10.1.1.12.2803, doi:10.1137 / S0097539796303044
  12. ^ Golumbic, M.C .; Kaplan, H .; Shamir, R. (1994), "O složitosti fyzického mapování DNA", Pokroky v aplikované matematice, 15 (3): 251–261, doi:10.1006 / aama.1994.1009
  13. ^ Hartuv, E .; Shamir, R. (2000), „Shlukovací algoritmus založený na konektivitě grafů“, Dopisy o zpracování informací, 76 (4–6): 175–181, CiteSeerX  10.1.1.17.1450, doi:10.1016 / S0020-0190 (00) 00142-3
  14. ^ Ben-Dor, Amir; Shamir, Ron; Yakhini, Zohar (1999), „Clustering Gene Expression Patterns“, Journal of Computational Biology, 6 (3–4): 281–97, CiteSeerX  10.1.1.34.5341, doi:10.1089/106652799318274, PMID  10582567
  15. ^ Sharan, R .; Shamir, R. (2000), „KLIKNUTÍ: Shlukovací algoritmus s aplikacemi pro analýzu genové exprese“, Sborník ISMB '00, 8: 307–316C, PMID  10977092
  16. ^ Tanay, A .; Sharan, R .; Shamir, R. (2000), „Objevení statisticky významných biklusterů v datech genové exprese“, Bioinformatika, 18 (1): S136 – S144, doi:10.1093 / bioinformatika / 18.suppl_1.S136, PMID  12169541
  17. ^ Ulitsky, I .; Shamir, R. (2007), „Identifikace funkčních modulů pomocí topologie sítě a dat s vysokou propustností“, Biologie systémů BMC, 1 (8): 8, doi:10.1186/1752-0509-1-8, PMC  1839897, PMID  17408515
  18. ^ Mueller, F.J .; Williams, R .; Kostka, D .; Laurent, L .; Ulitsky, I .; Lu, C .; Rao, M.S .; Shamir, R .; Schwartz, P.H .; Schmidt, N.O .; Loring, J.F. (2008), „Regulační sítě definují fenotypové třídy linií lidských kmenových buněk“, Příroda, 455 (7211): 401–405, Bibcode:2008Natur.455..401M, doi:10.1038 / nature07213, PMC  2637443, PMID  18724358
  19. ^ Kaplan, H .; Shamir, R .; Tarjan, R.E. (1999), „Rychlejší a jednodušší algoritmus pro třídění podepsaných permutací podle obrácení“, SIAM Journal on Computing, 29 (3): 880–892, CiteSeerX  10.1.1.43.5245, doi:10.1137 / s0097539798334207
  20. ^ Elkon, R .; Linhart, C .; Sharan, R .; Shamir, R .; Shiloh, Y. (2003), „Genome-Wide In Silico Identification of Transcriptional Regulators Controlling the Cell Cycle in Human Cells“, Výzkum genomu, 13 (5): 773–780, doi:10,1101 / gr. 947203, PMC  430898, PMID  12727897
  21. ^ Linhart, C .; Halperin, Y .; Shamir, R. (2008), „Transkripční faktor a objev mikroRNA motivů: Platforma Amadeus a kompendium cílových sad metazoanů“, Výzkum genomu, 18 (7): 1180–1189, doi:10.1101 / gr.076117.108, PMC  2493407, PMID  18411406
  22. ^ Tanay, A .; Regev, A .; Shamir, R. (2005), "Zachování a vývoj v regulačních sítích: vývoj ribozomální regulace v kvasinkách", Sborník Národní akademie věd USA, 102 (20): 7203–7208, Bibcode:2005PNAS..102.7203T, doi:10.1073 / pnas.0502521102, PMC  1091753, PMID  15883364
  23. ^ Belle, A .; Tanay, A .; Bitincka, L .; Shamir, R .; O'Shea, E.K. (2006), „Kvantifikace poločasů bílkovin v začínajícím kvasinkovém proteomu“, Sborník Národní akademie věd USA, 103 (35): 13004–9, Bibcode:2006PNAS..10313004B, doi:10.1073 / pnas.0605420103, PMC  1550773, PMID  16916930
  24. ^ Řídící výbor RECOMB, včetně bývalého člena Rona Shamira. Zpřístupněno 12. ledna 2014
  25. ^ http://safrabio.cs.tau.ac.il/steering_comm Committee.htm Členové řídícího výboru Centra pro bioinformatiku Edmonda J. Safry
  26. ^ Pevzner, Pavel; Shamir, Ron (2011), Bioinformatika pro biology, Cambridge University Press, ISBN  9781107648876
  27. ^ Sharan, Roded; Ideker, Trey; Kelley, Brian; Shamir, Ron; Karp, Richard M. (červenec 2005). "Identifikace proteinových komplexů srovnávací analýzou údajů o interakci kvasinek a bakteriálních proteinů". Journal of Computational Biology. 12 (6): 835–846. CiteSeerX  10.1.1.139.231. doi:10.1089 / cmb.2005.12.835. ISSN  1066-5277. PMID  16108720.
  28. ^ ACM kolega profil, Sdružení pro výpočetní techniku
  29. ^ Vítězové ocenění RECOMB. Přístupné 12. ledna 2014
  30. ^ Vítězové cen Landau za rok 2010 Archivováno 08.10.2011 na Wayback Machine (Hebrejština). Přístupné 12. ledna 2014
  31. ^ Židle Raymond a Beverly Sackler v Bioinformatice obdařili židle. Přístupné 12. ledna 2014
  32. ^ Hlavní řečníci inteligentního systému pro molekulární biologii (ISMB), ISMB. Přístupné 12. ledna 2014.