DHRS7B - DHRS7B

DHRS7B
DHRS7B homology model.png
Identifikátory
AliasyDHRS7B, SDR32C1, CGI-93, dehydrogenáza / reduktáza (skupina SDR) člen 7B, dehydrogenáza / reduktáza 7B
Externí IDOMIM: 616160 MGI: 2384931 HomoloGene: 41044 Genové karty: DHRS7B
Umístění genu (člověk)
Chromozom 17 (lidský)
Chr.Chromozom 17 (lidský)[1]
Chromozom 17 (lidský)
Genomické umístění pro DHRS7B
Genomické umístění pro DHRS7B
Kapela17p11.2Start21,123,364 bp[1]
Konec21,193,265 bp[1]
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez

25979

216820

Ensembl

ENSG00000109016

ENSMUSG00000042569

UniProt

Q6IAN0

Q99J47

RefSeq (mRNA)

NM_015510
NM_001330159

NM_001172112
NM_145428

RefSeq (protein)

NP_001317088
NP_056325

NP_001165583
NP_663403

Místo (UCSC)Chr 17: 21,12 - 21,19 MbChr 11: 60,83 - 60,86 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

Člen dehydrogenázy / reduktázy (skupina SDR) 7B je enzym kódováno DHRS7B gen u lidí, nalezen na chromozom 17p 11.2.[5] DHRS7B kóduje protein, u kterého se předpokládá, že v něm bude fungovat steroidní hormon nařízení.[6][7][8] Byla spojena delece v chromozomální oblasti 17p11.2 Smith-Magenisův syndrom genetická vývojová porucha.[9]

Gen

Přehled

Gen DHRS7B je lokalizován na pozitivním řetězci chromozomu 17, začínající v poloze 21030258 a končící v poloze 21094836 (64579 bp).[10] DHRS7B obsahuje sedm exony bez předpokládané alternativy spojovací formy, což má za následek 1841 bp mRNA produkt.[10][11]

Upstream od DHRS7B na negativním řetězci chromozomu 17p11.2 jsou geny Coiled-coil doména obsahující 144 rodiny, podobná N-terminálu (CCDC144NL ) a Ubiquitin specifická peptidáza 22 (USP22 ).[12] Za DHSRS7B na negativním řetězci chromozomu 17p11.2 je gen Transmembránový protein 11 (TMEM11 ) a na pozitivním řetězci je gen Mitogenem aktivovaná protein kináza, kináza 3 (MAP2K3 ).[12]

Genový výraz

Microarray a EST data ukazují, že gen DHRS7B je vysoce exprimován ve varlatech, štítné žláze, ledvinách a tukových tkáních. V mozku, slinivce břišní, mléčných žlázách a vaječnících je mírná exprese. Nakonec je málo výrazu ve slezině, brzlíku, mandlích, kostní dřeni a močovém měchýři.[13][14]

Struktura bílkovin

Gen DHRS7B má predikovaný proteinový produkt, který je 325 aminokyseliny, a molekulární váha 35,1 kDa a an izoelektrický bod z 9.867.[15][16] Jeden je předpovídán transmembránový doména v proteinové sekvenci, velká neutrálně nabitá oblast překlenující zbytky 18-38.[15][16] Ne signální peptidy byly identifikovány v DHRS7B; buněčná lokalizace zůstává nejasná.[17]

DHRS7B je členem dehydrogenázy / reduktázy s krátkým řetězcem (SDR) nadčeleď a má charakteristické rysy SDR v proteinové sekvenci. Následující tabulka identifikuje sekvence v proteinu a odpovídající funkci.[18]

Předpokládané vlastnosti proteinu DHRS7B
SekvenceFunkce
„VVV“Oblast bohatá na valiny, neznámá funkce
„TGXXXGXG“Vazebné místo NADP
„NXXG“Možný aktivní motiv stránky
„DXXD“Motiv kapsy na adeninový prsten
„GXXXXXSS“Možný aktivní motiv stránky
„SXYXXXK“Katalytické místo, s proti směru serinového zbytku
„LXNNXG“Zachovaná oblast, neznámá funkce
„NLS“Místo N-glykosylace

Interakce

U lidí bylo prokázáno, že DHRS7B fyzicky interaguje s jinými proteiny, jako jsou Podjednotka komplexu mediátora 19 (MED19 ) a Mozek a reprodukční exprimovaný modulátorový protein (BRE ).[19] Bylo zjištěno, že MED19 interaguje s DHRS7B prostřednictvím a dva hybridní screening přístup a hraje roli koaktivátoru v regulované transkripci většiny RNA polymeráza II závislé geny.[20] BRE je součástí komplexu BRCA1-A, který rozpoznává propojený Lys-63 ubikvitinovaný histony Místa poškození DNA H2A a H2AX (identifikována pomocí anti-tagu koimunoprecipitace ).[21] Jiné proteiny interagující s DHRS7B byly identifikovány pouze prostřednictvím dolování textu.

Homologie

Ortology

Zachování proteinové sekvence DHRS7B bylo vysoce pozorováno u savci; mírně dovnitř plazi, ptactvo, Ryba a obojživelníci; minimálně v bezobratlých, hmyz, a houby.[22]

Rod / druhBěžné jménoPřístupové čísloDélka sekvenceIdentita sekvenceSekvenční podobnostPoznámky
Homo sapiensČlověkNP_056325.2 [1]325 aa100%100%DHRS7B
Pan troglodytyŠimpanzXP_511344.2 [2]325 aa99%99%Savec
Pongo abelliOrangutan sumaterskýNP_001127381 [3]325 aa99%99%Savec
Mustela putorius furoDomácí fretkaAER97198 [4]345 aa88%94%Savec
Canis familiarisPesXP_536670 [5]325 aa87%94%Savec
Gallus gallusKuřeXP_414804 [6]309 aa73%87%Pták
Anolis carolinensisJeštěrkaXP_003226576 [7]309 aa68%85%Plaz
Salmo salarLososACM08861 [8]310 aa64%85%Ryba
Xenopus (silurana) tropicalisZápadní drápá žábaNP_001072246 [9]309 aa68%84%Obojživelníci
Drosophila melanogasterOvocný letNP_651717 [10]326 aa45%63%Hmyz
Strongylocentrotus purpuratusFialový mořský ježekXP_790920 [11]344 aa34%50%Bezobratlý
Saccharomyces cerevisiae S288CDroždíNP_013953 [12]267 aa33%49%Houby

Paralogy

Paralogy DHRS7B jsou všechny v nadrodině SDR a zachování funkčních motivů SDR bylo identifikováno v a vícenásobné zarovnání sekvence.[22][23]

Běžné jménoPřístupové čísloDélka sekvenceIdentita sekvenceSekvenční podobnost
DHRS7BNP_056325.2 [13]325 aa100%100%
DHRS7CAA_147025.1 [14]308 aa46%66%
DHRS7CAH56402 [15]375 aa37%53%
HBD1AAA58352 [16]343 aa35%56%
RDH8EAW84062 [17]331 aa34%53%
RDH16AAC39922 [18]317 aa33%53%
KDSRNP002026 [19]332 aa31%51%
HSD11B1AAK83653 [20]292 aa29%50%
DHRS9AAH58883 [21]319 aa29%50%
RDH5AAH28298 [22]318 aa30%49%

Klinický význam

DHRS7B byl identifikován v Smith-Magenisův syndrom oblast, kde delece v této chromozomální oblasti (17p11.2) způsobuje genetickou vývojovou poruchu.[8] V buňkách rakoviny prsu exprimujících CD44 a CD24 Bylo pozorováno, že exprese DHRS7B je snížena.[24] CD44 je antigen nacházející se na povrchu většiny typů buněk a funguje jako receptor, který váže tkáňové makromolekuly. Navíc působí jako adhezní molekula pro leukocyty na periferní lymfatické orgány a místa zánětu. CD24 je spojen s B-buňky, epitelové buňky, a dendritické buňky, fungující jako adhezní molekula a ukázalo se, že zvyšuje schopnost nádorové buňky metastazující.[25]

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000109016 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000042569 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ „Entrez Gene: Dehydrogenase / reductase (SDR family) member 7B“.
  6. ^ „Genecards: DHRS7B Gene protein-coding GIFtS 47“.
  7. ^ Tannin GM, Agarwal AK, Monder C, New MI, White PC (září 1991). "Lidský gen pro 11 beta-hydroxysteroid dehydrogenázu. Struktura, distribuce v tkáních a chromozomální lokalizace". J. Biol. Chem. 266 (25): 16653–8. PMID  1885595.
  8. ^ A b „NCBI (National Center for Biotechnology Information)“.
  9. ^ „Národní středisko pro biotechnologické informace“.
  10. ^ A b „NCBI: Nucleotide“. Národní centrum pro biotechnologické informace. Citováno 2012-04-29.
  11. ^ „Softberry: FGENES“. Softberry, Inc.. Citováno 31. března 2012.
  12. ^ A b "NCBI: MapViewer". NCBI. Citováno 2012-03-30.
  13. ^ „Prohlížeč profilů EST“.
  14. ^ „GeneNote“. Archivovány od originál dne 2012-12-18.
  15. ^ A b Brendel V, Bucher P, Nourbakhsh IR, Blaisdell BE, Karlin S (březen 1992). "Metody a algoritmy pro statistickou analýzu proteinových sekvencí". Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 89 (6): 2002–6. doi:10.1073 / pnas.89.6.2002. PMC  48584. PMID  1549558.
  16. ^ A b „Biology WorkBench 3.2“. San Diego Superpočítačové centrum. Citováno 20. dubna 2012.
  17. ^ Petersen TN, Brunak S, von Heijne G, Nielsen H (2011). "SignalP 4.0: rozlišování signálních peptidů z transmembránových oblastí". Nat. Metody. 8 (10): 785–6. doi:10.1038 / nmeth.1701. PMID  21959131. S2CID  16509924.
  18. ^ Oppermann U, Kavanagh K, Guo K, Ng SS, Lukacik P, Wu X, Dubinina E, Shafqat N, Bray J, Marsden BD, Sharma S, Vedadi M, Delft FV, Sundstrom M (2005). „SDR jde SGC: iniciativa pro strukturální genomiku“. In H Weiner, B Plapp, R Lindahl, E Maser (eds.). Enzymologie a molekulární biologie karbonylového metabolismu. 12. West Lafayette, Ind: Purdue University Press. 235–241. ISBN  1-55753-384-9.
  19. ^ Kerrien S, Aranda B, Breuza L, Bridge A, Broackes-Carter F, Chen C, Duesbury M, Dumousseau M, Feuermann M, Hinz U, Jandrasits C, Jimenez RC, Khadake J, Mahadevan U, Masson P, Pedruzzi I, Pfeiffenberger E, Porras P, Raghunath A, Roechert B, Orchard S, Hermjakob H (leden 2012). „Databáze molekulárních interakcí IntAct v roce 2012“. Nucleic Acids Res. 40 (Problém s databází): D841–6. doi:10.1093 / nar / gkr1088. PMC  3245075. PMID  22121220.
  20. ^ Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, Stroedicke M, Zenkner M, Schoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Abraham C, Bock N, Kietzmann S, Goedde A, Toksöz E , Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier W, Lehrach H, Wanker EE (září 2005). „Síť interakce lidský protein-protein: zdroj pro anotování proteomu“. Buňka. 122 (6): 957–68. doi:10.1016 / j.cell.2005.08.029. hdl:11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. PMID  16169070. S2CID  8235923.
  21. ^ Sowa ME, Bennett EJ, Gygi SP, Harper JW (červenec 2009). „Definování prostředí interakce lidského deubikvitinačního enzymu“. Buňka. 138 (2): 389–403. doi:10.1016 / j.cell.2009.04.042. PMC  2716422. PMID  19615732.
  22. ^ A b „Základní vyhledávací nástroj pro místní zarovnání“. Národní centrum pro biotechnologické informace. Citováno 3. března 2012.
  23. ^ Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ (listopad 1994). „CLUSTAL W: zlepšuje citlivost postupného vícenásobného seřazení sekvencí pomocí vážení sekvencí, penalizací mezer pro konkrétní pozici a volby matice hmotnosti“. Nucleic Acids Res. 22 (22): 4673–80. doi:10.1093 / nar / 22.22.4673. PMC  308517. PMID  7984417.
  24. ^ Honeth G, Bendahl PO, Ringnér M, Saal LH, Gruvberger-Saal SK, Lövgren K, Grabau D, Fernö M, Borg A, Hegardt C (2008). „Fenotyp CD44 + / CD24- je obohacen o bazální nádory prsu“. Breast Cancer Res. 10 (3): R53. doi:10.1186 / bcr2108. PMC  2481503. PMID  18559090.
  25. ^ Kuby J, Kindt TJ, Goldsby RA, Osborne BA (2007). Kuby imunologie (6. vydání). San Francisco: W.H. Freemane. str. Příloha A, 3–4. ISBN  978-1-4292-0211-4.