Sean Eddy - Sean Eddy

Sean Eddy
Sean-eddy.jpg
Sean Eddy
narozený
Sean Roberts Eddy
Alma mater
Známý jako
OceněníOcenění Ben Franklin (2007)
Vědecká kariéra
PoleVýpočetní analýza genomu[5]
Instituce
TezeIntrony v T-bakteriofágech  (1991)
Doktorský poradceLarry Gold[6]
Ostatní akademičtí poradciJohn Sulston
Richard Durbin
webová stránka

Sean Roberts Eddy je profesorem molekulární a buněčné biologie a aplikované matematiky na Harvardská Univerzita. Dříve působil v Janelia Research Campus od roku 2006 do roku 2015[5][7][8] v Virginie. Jeho výzkumné zájmy jsou v bioinformatika, výpočetní biologie a biologická sekvenční analýza.[9][10][11][12] Od roku 2016 projekty zahrnují použití Skryté Markovovy modely[13][14] v HMMER „Pekelný[15] Pfam a Rfam.[16][17][18][19]

Vzdělávání

Eddy promoval v červnu 1982 na Marion Center Area High School, Marion Center, Pensylvánie. Poté absolvoval a Bakalář věd v biologii na Kalifornský technologický institut v roce 1986,[20] následuje a doktor filozofie v molekulární biologie na University of Colorado pod dohledem Larryho Golda v roce 1991 studoval F4 fág[6][21][22]

Kariéra

V letech 1992 až 1995 byl a postdoktorský výzkumný pracovník na Rada pro lékařský výzkum (MRC) Laboratoř molekulární biologie (LMB) v Cambridge UK ve spolupráci s John Sulston a Richard Durbin. V letech 1995 až 2007 pracoval ve společnosti Lékařská fakulta Washingtonské univerzity a od roku 2000 pracuje pro lékařský institut Howarda Hughese.

Ocenění a vyznamenání

V roce 2007 zvítězil Sean Cena Benjamina Franklina v bioinformatice za příspěvky do Otevřený přístup v biologických vědách.[23]

Reference

  1. ^ Finn, R. D .; Clements, J .; Eddy, S. R. (2011). "HMMER webový server: Interaktivní vyhledávání podobnosti sekvence". Výzkum nukleových kyselin. 39 (Problém s webovým serverem): W29 – W37. doi:10.1093 / nar / gkr367. PMC  3125773. PMID  21593126.
  2. ^ Nawrocki, E. P .; Kolbe, D. L .; Eddy, S. R. (2009). „Infernal 1.0: Inference of RNA alignments“. Bioinformatika. 25 (10): 1335–1337. doi:10.1093 / bioinformatika / btp157. PMC  2732312. PMID  19307242.
  3. ^ Bateman, A.; Coin, L .; Durbin, R.; Finn, R. D .; Hollich, V .; Griffiths-Jones, S .; Khanna, A .; Marshall, M .; Moxon, S .; Sonnhammer, E. L .; Studholme, D. J .; Yeats, C .; Eddy, S. R. (2004). „Databáze proteinových rodin Pfam“. Výzkum nukleových kyselin. 32 (Problém s databází): 138D – 1141. doi:10.1093 / nar / gkh121. ISSN  0305-1048. PMC  308855. PMID  14681378. otevřený přístup
  4. ^ Gardner, P. P .; Daub, J .; Tate, J .; Moore, B.L .; Osuch, I. H .; Griffiths-Jones, S .; Finn, R. D .; Nawrocki, E. P .; Kolbe, D. L .; Eddy, S. R.; Bateman, A. (2010). „Rfam: Wikipedia, klany a„ desetinné “vydání“. Výzkum nukleových kyselin. 39 (Problém s databází): D141 – D145. doi:10.1093 / nar / gkq1129. PMC  3013711. PMID  21062808.
  5. ^ A b Sean Eddy publikace indexované podle Google Scholar
  6. ^ A b Eddy, Sean Roberts (1991). Introny v T-bakteriofágech (Disertační práce). University of Colorado. OCLC  28253022. ProQuest  303935681.
  7. ^ Anon (2012). „Vědecký pracovník HHMI: Sean R. Eddy, Ph.D.“ Archivovány od originál dne 2012-03-05.
  8. ^ Kaplan, Karen (2011). „Hod kostkou: Sean Eddy má své vysněné zaměstnání“. Příroda. 479 (7373): 433–435. doi:10.1038 / nj7373-433a. PMID  22106470.
  9. ^ Durbin, Richard M.; Eddy, Sean R.; Krogh, Andersi; Mitchison, Graeme (1998), Analýza biologické sekvence: Pravděpodobnostní modely proteinů a nukleových kyselin (1. vyd.), Cambridge, New York: Cambridge University Press, doi:10.2277/0521629713, ISBN  0-521-62971-3, OCLC  593254083
  10. ^ Rivas, E .; Lang, R .; Eddy, S. R. (2011). „Řada složitých pravděpodobnostních modelů pro predikci sekundární struktury RNA, která zahrnuje model nejbližšího souseda a další“. RNA. 18 (2): 193–212. doi:10.1261 / rna.030049.111. PMC  3264907. PMID  22194308.
  11. ^ Lander, E. S.; Linton, M .; Birren, B .; Nusbaum, C .; Zody, C .; Baldwin, J .; Devon, K .; Dewar, K .; Doyle, M .; Fitzhugh, W .; Funke, R .; Gage, D .; Harris, K .; Heaford, A .; Howland, J .; Kann, L .; Lehoczky, J .; Levine, R .; McEwan, P .; McKernan, K .; Meldrim, J .; Mesirov, J. P .; Miranda, C .; Morris, W .; Naylor, J .; Raymond, C .; Rosetti, M .; Santos, R .; Sheridan, A .; et al. (Únor 2001). „Počáteční sekvenování a analýza lidského genomu“ (PDF). Příroda. 409 (6822): 860–921. Bibcode:2001 Natur.409..860L. doi:10.1038/35057062. ISSN  0028-0836. PMID  11237011.
  12. ^ „Domovská stránka Seana Eddyho“. selab.janelia.org. Archivovány od originál dne 04.12.2010.
  13. ^ Eddy, S. R. (2004). „Co je skrytý Markovův model?“. Přírodní biotechnologie. 22 (10): 1315–1316. doi:10.1038 / nbt1004-1315. PMID  15470472.
  14. ^ Eddy, S. (1998). "Profily skrytých Markovových modelů". Bioinformatika. 14 (9): 755–763. doi:10.1093 / bioinformatika / 14.9.755. PMID  9918945.
  15. ^ „Blog Sean Eddy“. cryptogenomicon.org.
  16. ^ Eddy, S. R. (2012). „Paradox hodnoty C, zbytečná DNA a ENCODE“. Aktuální biologie. 22 (21): R898 – R899. doi:10.1016 / j.cub.2012.10.002. PMID  23137679.
  17. ^ Publikace Seana Eddyho indexováno podle Scopus bibliografická databáze. (vyžadováno předplatné)
  18. ^ Čtení genomů kousek po kousku - Sean Eddy na Youtube, GenomeTV
  19. ^ Sean Eddy Keynote OBF BOSC na Youtube, 2013-07-20
  20. ^ „Sean Eddy CV“ (PDF). selab.janelia.org. Archivovány od originál (PDF) dne 03.03.2012.
  21. ^ Eddy, S. R.; Gold, L. (1991). „Intron fága T4 nrdB: Deleční mutant verze nalezené ve volné přírodě“. Geny a vývoj. 5 (6): 1032–1041. doi:10,1101 / gad. 5.6.632. PMID  2044951.
  22. ^ Tuerk, C .; Eddy, S.; Parma, D .; Gold, L. (1990). "Autogenní translační operátor rozpoznán bakteriofágovou T4 DNA polymerázou". Journal of Molecular Biology. 213 (4): 749–761. doi:10.1016 / S0022-2836 (05) 80261-X. PMID  2359122.
  23. ^ Anon (2007). „Blog BioMed Central: Sean Eddy vyhrál cenu za otevřený přístup“. blogs.openaccesscentral.com. Archivovány od originál dne 07.06.2011.