TreeFam - TreeFam
 | |
|---|---|
| Obsah | |
| Popis | spravovaná databáze fylogenetických stromů živočišných genových rodin. |
| Kontakt | |
| Výzkumné centrum | Wellcome Trust Sanger Institute |
| Autoři | Fabian Schreiber |
| Primární citace | Ruan J & al. (2006)[1] |
| Přístup | |
| webová stránka | http://www.treefam.org |
TreeFam (Databáze rodin stromů) je databáze fylogenetické stromy zvířete geny. Jeho cílem je vyvinout vybraný zdroj, který poskytuje spolehlivé informace o ortolog a paralog úkoly a evoluční historie různých gen rodiny.[1][2]
TreeFam definuje a genová rodina jako skupina genů, které se vyvinuly po speciaci jedno-metazoan zvířata. Pokouší se také zahrnout outgroup geny jako droždí (S. cerevisiae a S. pombe) a rostlina (A. thaliana) odhalit tyto vzdálené členy.
TreeFam je také ortolog databáze. Na rozdíl od ostatních založených na párovém zarovnání odvodí TreeFam ortology pomocí genových stromů. To zapadá do genového stromu do univerzálního druh strom a najde historické duplikace, speciace a ztráty. TreeFam používá tyto informace k vyhodnocení stavby stromů, příručky průvodce kurátorství a odvodit komplex ortolog a paralog vztahy.
Základními prvky TreeFam jsou rodiny genů, které lze rozdělit na dvě části: rodiny TreeFam-A a TreeFam-B. Rodiny TreeFam-B se vytvářejí automaticky. Mohou obsahovat chyby dané komplexem fylogeneze. Rodiny TreeFam-A jsou ručně kurátor od TreeFam-B. Příjmení a názvy uzlů jsou přiřazeny současně. Konečným cílem TreeFam je představit vybraný zdroj pro všechny rodiny.
TreeFam je spuštěn jako projekt na Wellcome Trust Sanger Institute a jeho software je umístěn dále Sourceforge jako „TreeSoft“.
Viz také
Reference
- ^ A b Ruan, J .; Li, H.; Chen, Z .; Coghlan, A .; Coin, L. J. M .; Guo, Y .; Hériché, J. -K .; Hu, Y .; Kristiansen, K .; Li, R .; Liu, T .; Moses, A .; Qin, J .; Vang, S .; Vilella, A. J .; Ureta-Vidal, A .; Bolund, L .; Wang, J .; Durbin, R. (2007). „TreeFam: Aktualizace 2008“. Výzkum nukleových kyselin. 36 (Problém s databází): D735 – D740. doi:10.1093 / nar / gkm1005. PMC 2238856. PMID 18056084.
- ^ Li, H.; Coghlan, A .; Ruan, J .; Coin, L. J .; Hériché, J. K .; Osmotherly, L .; Li, R .; Liu, T .; Zhang, Z .; Bolund, L .; Wong, G. K.; Zheng, W .; Dehal, P .; Wang, J .; Durbin, R. (2006). „TreeFam: Upravená databáze fylogenetických stromů živočišných genových rodin“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (90001): D572 – D580. doi:10.1093 / nar / gkj118. PMC 1347480. PMID 16381935.