Heng Li - Heng Li - Wikipedia

Heng Li
Známý jakoBioinformatika
Burrows – Wheelerova transformace
Samtools
TreeFam
OceněníCena Benjamina Franklina (bioinformatika) (2012) [1]
Vědecká kariéra
InstituceWellcome Trust Sanger Institute
Široký institut
Pekingský institut pro genomiku
TezeVytvoření databáze TreeFam  (2006)
Doktorský poradceWei-Mou Zheng[2]
webová stránkahlilab.github.io

Heng Li je čínština bioinformatika vědec. Je odborným asistentem na katedře biomedicínské informatiky Harvard Medical School a katedry biostatistiky a výpočetní biologie Dana-Farber Cancer Institute.[3][4][5] Předtím pracoval jako vědecký pracovník v Široký institut v Cambridge, Massachusetts s David Reich a David Altshuler.[6] Li práce přinesla několik důležitých příspěvků v oblasti sekvenování nové generace.

Vzdělávání

Li vystudoval fyziku na univerzitě v Nanjing v letech 1997–2001.[7] Dostal svůj PhD z Ústavu teoretické fyziky na Univerzitě Palackého v Olomouci Čínská akademie věd v roce 2006. Jeho práce s názvem „Konstrukce TreeFam databáze ", byl pod dohledem Wei-Mou Zheng.[2]

Výzkum

Li byl zapojen do řady projektů, zatímco pracoval v Pekingský institut pro genomiku od roku 2002 do roku 2006. Jednalo se o studium úpravy rýže[8] bource morušového sekvenování,[9] a genetické variace u kuřat.[10]

V letech 2006 až 2009 pracoval Li na a postdoktorský výzkum společenství s Richard M. Durbin na Wellcome Trust Sanger Institute.[11] Během této doby Li významně přispěl do oblasti sekvenování nové generace (NGS) prostřednictvím vývoje softwaru, jako je SAMtools Nástroje NGS,[12] vyrovnávač Burrows – Wheeler (BWA),[13] MAQ,[14] TreeSoft a TreeFam.[15]

Li se připojil k Široký institut v roce 2009 pracoval v základní fakultní laboratoři David Altshuler,[11][16] který zkoumá objev a porozumění genetickým příčinám nemocí.

Od prosince 2018 jsou Li papíry na SAMtools[12] a BWA[13] (zarovnání sekvence pomocí Burrows-Wheelerova transformace ) byly oba citovány více než 16 000krát.[17]

Ocenění

V roce 2012 Li vyhrál Cena Benjamina Franklina[1] v bioinformatika. Li se stal čtvrtým bývalým členem laboratoře Richarda Durbina, který cenu získal Sean Eddy, Ewan Birney a Alex Bateman.[18]

Osobní

Li žije Boston s manželkou a dcerou.[6]

Reference

  1. ^ A b „Broad's Heng Li Wins 2012 Benjamin Franklin Award - Bio-IT World“. Archivovány od originál dne 14.03.2012.
  2. ^ A b Li, Heng (2006). Vytvoření databáze TreeFam (PDF) (Disertační práce). Čínská akademie věd.
  3. ^ "Heng Li | Katedra biomedicínské informatiky". dbmi.hms.harvard.edu. Citováno 2018-10-30.
  4. ^ Erica. „Známý výpočetní biolog Heng Li se připojil k fakultě“. Citováno 2018-10-30.
  5. ^ „HLi Lab - Home“. hlilab.github.io. Citováno 2018-10-30.
  6. ^ A b „Domovská stránka Heng Li“. Archivovány od originál dne 14.03.2012.
  7. ^ https://www.linkedin.com/in/lh3lh3
  8. ^ Yu, červen; et al. (2005). „Genomy Oryza sativa: Historie duplikací“. PLOS Biology. 3 (2): e38. doi:10.1371 / journal.pbio.0030038. PMC  546038. PMID  15685292.
  9. ^ Xia, Q; et al. (10. prosince 2004). "Návrh sekvence pro genom domestikovaného bource morušového (Bombyx mori)". Věda. 306 (5703): 1937–40. Bibcode:2004Sci ... 306.1937X. doi:10.1126 / science.1102210. PMID  15591204. S2CID  7227719.
  10. ^ Ka-Shu Wong, Gane; et al. (9. prosince 2004). „Genetická variační mapa pro kuře s 2,8 miliony jedno-nukleotidových polymorfismů“. Příroda. 432 (7018): 717–722. Bibcode:2004 Natur.432..717B. doi:10.1038 / nature03156. PMC  2263125. PMID  15592405.
  11. ^ A b „ResearcherID: Heng Li“. researcherid.com. Citováno 11. září 2014.
  12. ^ A b Li, H.; Handsaker, B .; Wysoker, A .; Fennell, T .; Ruan, J .; Homer, N .; Marth, G .; Abecasis, G.; Durbin, R.; Podskupina zpracování dat projektu 1000 genomu (2009). „Sequence Alignment / Map format and SAMtools“. Bioinformatika. 25 (16): 2078–2079. doi:10.1093 / bioinformatika / btp352. PMC  2723002. PMID  19505943.
  13. ^ A b Li, H.; Durbin, R. (2009). „Rychlé a přesné zarovnání krátkého čtení s transformací Burrows-Wheeler“. Bioinformatika. 25 (14): 1754–1760. doi:10.1093 / bioinformatika / btp324. PMC  2705234. PMID  19451168.
  14. ^ Li, H.; Ruan, J .; Durbin, R. (2008). „Mapování krátkých sekvencí DNA čte a volá varianty pomocí mapování skóre kvality“. Výzkum genomu. 18 (11): 1851–1858. doi:10.1101 / gr.078212.108. PMC  2577856. PMID  18714091.
  15. ^ Li, H.; Coghlan, A .; Ruan, J .; Coin, L. J .; Hériché, J. K .; Osmotherly, L .; Li, R .; Liu, T .; Zhang, Z .; Bolund, L .; Wong, G. K.; Zheng, W .; Dehal, P .; Wang, J .; Durbin, R. (2006). „TreeFam: Upravená databáze fylogenetických stromů živočišných genových rodin“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (90001): D572 – D580. doi:10.1093 / nar / gkj118. PMC  1347480. PMID  16381935.
  16. ^ „Current Lab Members - Altshuler Lab“. broadinstitute.org. 2010-05-25. Citováno 11. září 2014.
  17. ^ „Heng Li - Citace Google Scholar“. https://scholar.google.co.uk. Citováno 16. dubna 2015. Externí odkaz v | web = (Pomoc)
  18. ^ „Heng Li získává rodokmen Durbin při převzetí Franklinovy ​​ceny“. bio-itworld.com. Citováno 11. září 2014.