Seznam systémů molekulární grafiky - List of molecular graphics systems

Toto je seznam pozoruhodných softwarových systémů, které se používají pro vizualizaci makromolekul.[1]

Níže uvedené tabulky označují, jaké typy dat lze v jednotlivých systémech vizualizovat:

Samostatné systémy

názevDataLicenceTechnologieCitaceKomentáře
AmiraEM MM MRI Optický SMI XRCProprietární[2]Windows, Linux, Mac[3]Na základě OpenInventor / OpenGL; se zaměřením na biologické a biologické vědy.
Návrhář AscalaphMM MD QMProprietárníC ++[4]Grafika, tvorba modelů, molekulární mechanika, kvantová chemie.
AvizoEM MM MRI Optický SMI XRCProprietární[5]Windows, Linux, Mac[6]Avizo pochází z Amiry a zaměřuje se na vědu o materiálech.
AvogadroMM XRC MDVolný, uvolnit open-source, GPLC ++, Qt, rozšiřitelné prostřednictvím Krajta moduly
Cn3DVolný, uvolnit open-sourceSamostatný program[7]V sadě nástrojů NCBI C ++
GabeditXRC MMVolný, uvolnit open-sourceC[8]
JmolVolný, uvolnit open-sourceJáva applet nebo samostatný program[9]Podporuje pokročilé funkce, jako je načítání více molekul nezávislým pohybem, povrchy a molekulární orbitaly, vizualizace dutin, symetrie krystalů
Zvonkohra MDLProprietární, bezplatné použití nekomerčníC ++ plugin prohlížeče pro Okna pouze[10]Vytvářejte a vizualizujte molekulové a periodické systémy (krystaly, struktury, tekutiny ...), animujte trajektorie, vizualizujte molekulární orbitaly, denitu, elektrostatický potenciál ... vizualizujte grafy jako IR, NMR, dielektrické a optické tenzory.
MoldenMM XRCProprietární, bezplatné použití akademické[11]
Molekulární provozní prostředí (VOČKO)HM MD MM NA QM SMI XRCProprietárníWindows, Linux, OS X; Programovací jazyk SVLVytvářejte, upravujte a vizualizujte malé molekuly, makromolekuly, komplexy protein-ligand, krystalové mřížky, povrchy molekul a vlastností. Platforma pro rozsáhlou sbírku aplikací molekulárního modelování / objevování léků.
MolekelMM XRCVolný, uvolnit open-sourceJava 3D applet nebo samostatný program
PyMOLXRC SMI EMopen-source, KrajtaKrajta[12]Podle autora byla téměř 1/4 všech publikovaných snímků 3D proteinových struktur ve vědecké literatuře vytvořena pomocí PyMOL.[Citace je zapotřebí ]
RasMolVolný, uvolnit open-sourceC samostatný program[13][14][15]
SAMSONMM MD SMIVolný, uvolnitWindows, Linux, Mac. C ++ (Qt)[16]Výpočetní nanověda: biologické vědy, materiály atd. Modulární architektura, moduly zvané SAMSON Elements.
SíriusVolný, uvolnit open-sourceJava 3D applet nebo samostatný program
ScigressMM QMProprietární[17]Samostatný program[18]Upravujte, vizualizujte a spusťte simulace na různých molekulárních systémech.
SparťanMM QMProprietární[19]Samostatný program[20]Vizualizujte a upravujte biomolekuly, extrahujte vázané ligandy ze souborů PDB pro další výpočetní analýzu, balíček plné molekulární mechaniky a kvantové chemické výpočty se zjednodušeným grafickým uživatelským rozhraním.
UCSF ChimeraXRC SMI EM MDProprietární, nekomerční použití zdarma[21]Krajta[22][23]Zahrnuje prohlížeč jedné / více sekvencí, zarovnání sekvence na základě struktury, automatické přeslechy sekvence a struktury pro integrované analýzy.[24]
VMDEM MD MMProprietární, nekomerční použití zdarma[25]C ++[26][27]
CO KDYŽHM XRCProprietární, shareware pro akademické pracovníkyFortran, C, OpenGL, samostatný[28]Staromódní rozhraní; velmi dobrý software pro zkušeného bioinformatika; téměř 2 000 možností souvisejících s proteinovou strukturou; přichází s 500 stránkovým zápisem.
YASARAHM NMR XRCProprietární, omezená bezplatná verzeC -shromáždění, Windows, Linux, Mac[29]Plně vybavený program molekulárního modelování a simulace, vč. Predikce struktury a dokování. Grafický nebo textový režim (klastry), rozhraní Pythonu.

Webové systémy

názevDataLicenceTechnologieCitaceKomentáře
EzMolMMProprietární, zdarma k použitíJavaScript, WebGL, 3Dmol.js[30]Tento nástroj, který je postaven nad prohlížečem 3dmol.js, používá rozhraní ve stylu průvodce.

Viz také

Reference

  1. ^ O'Donoghue, SI; Goodsell, DS; AS, Frangakis; F, Jossinet; Laskowski, M; Nilges, E; Saibil, HR; Schafferhans, A; et al. (2010). "Vizualizace makromolekulárních struktur". Přírodní metody. 7 (3 doplňky): S42–55. doi:10.1038 / nmeth.1427. PMC  7097155. PMID  20195256.
  2. ^ Obchodní licence Amira
  3. ^ „Amira for Life & Biomedical Sciences“. 2019-02-28. Citováno 28. února 2019.[self-publikoval zdroj? ]
  4. ^ "Ascalaph". Citováno 24. září 2009.[self-publikoval zdroj? ]
  5. ^ Obchodní licence Avizo
  6. ^ „Avizo, software pro 3D vizualizaci a analýzu vědeckých a průmyslových dat“. 2018-09-26. Citováno 5. srpna 2010.[self-publikoval zdroj? ]
  7. ^ Wang, Y; Geer, LY; Chappey, C; Kans, JA; Bryant, SH (2000). "Cn3D: zobrazení sekvence a struktury pro Entrez". Trendy v biochemických vědách. 25 (6): 300–2. doi:10.1016 / S0968-0004 (00) 01561-9. PMID  10838572.
  8. ^ „Gabedit Grafické uživatelské rozhraní pro balíčky výpočetní chemie“.
  9. ^ „Jmol: open-source prohlížeč Java pro chemické struktury ve 3D“. Citováno 24. září 2009.[self-publikoval zdroj? ]
  10. ^ „Chime Pro“. Symx. Citováno 24. září 2009.[self-publikoval zdroj? ]
  11. ^ „Molden je vizualizační program molekulární a elektronické struktury“.
  12. ^ „PyMOL Molecular Viewer“. Citováno 24. září 2009.[self-publikoval zdroj? ]
  13. ^ Sayle, RA; Milner-White, EJ (1995). "RASMOL: biomolekulární grafika pro všechny". Trendy v biochemických vědách. 20 (9): 374–376. doi:10.1016 / S0968-0004 (00) 89080-5. PMID  7482707.
  14. ^ Bernstein, HJ (2000). Msgstr "Poslední změny RasMol, rekombinace variant". Trendy v biochemických vědách. 25 (9): 453–5. doi:10.1016 / S0968-0004 (00) 01606-6. PMID  10973060.
  15. ^ „Domovská stránka pro RasMol a OpenRasMol“. Citováno 24. září 2009.[self-publikoval zdroj? ]
  16. ^ SAMSON Connect
  17. ^ Obchodní licence Scigress
  18. ^ "Scigress". fqs.pl. 12. září 2014.
  19. ^ Sparťanská webová stránka
  20. ^ Spartan Tutorial & User's Guide ISBN  1-890661-38-4
  21. ^ Licence UCSF Chimera
  22. ^ Pettersen, EF; Goddard, TD; Huang, CC; Gauč, GS; Greenblatt, DM; Meng, EC; Ferrin, TE (2004). „UCSF Chimera - vizualizační systém pro průzkumný výzkum a analýzu“. Journal of Computational Chemistry. 25 (13): 1605–12. CiteSeerX  10.1.1.456.9442. doi:10.1002 / jcc.20084. PMID  15264254.
  23. ^ „UCSF Chimera“. Citováno 24. září 2009.[self-publikoval zdroj? ]
  24. ^ Meng, EC; Pettersen, EF; Gauč, GS; Huang, CC; Ferrin, TE (2006). "Nástroje pro integrovanou analýzu sekvenční struktury s UCSF Chimera". BMC bioinformatika. 7: 339. doi:10.1186/1471-2105-7-339. PMC  1570152. PMID  16836757.
  25. ^ Licence Visual Molecular Dynamics
  26. ^ Humphrey, W; Dalke, A; Schulten, K (1996). "VMD: vizuální molekulární dynamika". Journal of Molecular Graphics. 14 (1): 33–8, 27–8. doi:10.1016/0263-7855(96)00018-5. PMID  8744570.
  27. ^ „VMD - Visual Molecular Dynamics“. Citováno 24. září 2009.[self-publikoval zdroj? ]
  28. ^ „CO KDYŽ domovská stránka“. Citováno 24. září 2009.[self-publikoval zdroj? ]
  29. ^ „YASARA - ještě další aplikace vědecké umělé reality“. Citováno 24. září 2009.[self-publikoval zdroj? ]
  30. ^ Reynolds CR, Islam SA, Sternberg MJ (2018). „EzMol: Průvodce webovým serverem pro rychlou vizualizaci a produkci obrazu proteinových a nukleových kyselinových struktur“. J Mol Biol. 430 (15): 2244–2248. doi:10.1016 / j.jmb.2018.01.013. hdl:10044/1/56880. PMC  5961936. PMID  29391170.

externí odkazy