SAMSON - SAMSON - Wikipedia

SAMSON
SAMSON-logo.jpg
Segment trubice se stěnami šedých čar tvořících šestiúhelníky, na středně modrém pozadí.
Interaktivně vzpírající se uhlík nanotrubice.
VývojářiOneAngstrom
Náhled verze
1.0.0
NapsánoC ++ (Qt )
Operační systémOkna, Operační Systém Mac, Linux
Plošinax86, x86-64
K dispozici vAngličtina
TypVýpočetní nanotechnologie
LicenceProprietární[1]
webová stránkawww.samson-connect.síť

SAMSON (Software pro adaptivní modelování a simulaci nanosystémů) je počítač software výpočetní platforma nanovědy je vyvíjena společností OneAngstrom a dříve skupinou NANO-D na Francouzský institut pro výzkum v informatice a automatizaci (INRIA).[2]

SAMSON má modulární architekturu, díky které je vhodný pro různé oblasti nanověd, včetně vědy o materiálech, vědy o živé přírodě, fyziky, elektroniky, chemie a vzdělávání.[3][4][5][6][7][8]


Prvky SAMSON

SAMSON Elements jsou moduly pro SAMSON, vyvinuté s SAMSON sada pro vývoj softwaru (SDK). SAMSON Elements pomáhají uživatelům provádět úkoly v SAMSON, včetně vytváření nových modelů, provádění výpočtů, spouštění interaktivních nebo offline simulací a vizualizace a interpretace výsledků.

SAMSON Elements mohou obsahovat různé typy tříd, například:

  • Aplikace - obecné třídy s a grafické uživatelské prostředí které rozšiřují funkce SAMSON
  • Redaktoři - třídy, které přijímají události interakce s uživateli za účelem poskytování editačních funkcí (např. Generování modelu, deformace struktury atd.)
  • Modely - třídy, které popisují vlastnosti nanosystémů (viz níže)
  • Parsery - třídy, které mohou analyzovat soubory a přidávat tak obsah do datového grafu společnosti SAMSON (viz níže)

Společnost SAMSON Elements prostřednictvím introspekčního mechanismu vystavuje své funkce společnosti SAMSON a dalším prvkům, a může tak být integrována a zrekonstruována.

Modelování a simulace

SAMSON představuje nanosystémy pomocí pěti kategorií modelů:

  • Strukturální modely - popište geometrii a topologii
  • Vizuální modely - poskytnout grafická znázornění
  • Dynamické modely - popište dynamické stupně volnosti
  • Interakční modely - popište energie a síly
  • Modely nemovitostí - popište vlastnosti, které nezadávají do prvních čtyř kategorií modelů

Simulátory (potenciálně interaktivní) se používají k vytváření fyzikálně založených modelů a předpovídání vlastností.

Datový graf

Všechny modely a simulátory jsou integrovány do hierarchické vrstvené struktury, která tvoří datový graf SAMSON. SAMSON Elements interagují navzájem as datovým grafem a provádějí úlohy modelování a simulace. Mechanismus signálů a slotů umožňuje uzlům grafu dat odesílat události, když jsou aktualizovány, což umožňuje vyvíjet např. Adaptivní simulační algoritmy.[9][10][11]

Jazyk specifikace uzlu

Společnost SAMSON má a jazyk specifikace uzlu (NSL), které mohou uživatelé použít k výběru uzlů datového grafu na základě jejich vlastností. Mezi příklady výrazů NSL patří:

  • Vodík - vyberte všechny vodíky (krátká verze: H)
  • atom.chainID> 2 - vyberte všechny atomy s ID řetězce přísně větším než 2 (krátká verze: a.ci> 2)
  • Uhlík v uzlu. Vybráno - vyberte všechny uhlíky v aktuálním výběru (krátká verze: C v n.s)
  • pořadí vazeb> 1.5 - vyberte všechny dluhopisy s objednávkou přísně větší než 1,5 (krátká verze: b.o> 1.5)
  • páteřní uzel typu - vyberte všechny páteřní uzly (krátká verze: n.t bb)
  • O v postranním řetězci node.type - vyberte všechny kyslíky v uzlech postranního řetězce (krátká verze: O v n.t sc)
  • „CA“ do 5A od S. - vyberte všechny pojmenované uzly CA které jsou do 5 angstromu od libovolného atomu síry (krátká verze: „CA“ s 5A S.)
  • uzel. typ zbytku nad 5A uzlu. vybráno - vyberte všechny zbytkové uzly nad 5 angstrom aktuálního výběru (krátká verze: n.t r b 5A z n.s)
  • zbytek. sekundární Strukturální šroubovice - vyberte zbytkové uzly v alfa helixech (krátká verze: r.ss h)
  • node.type postranní řetězec mající S - vyberte uzly postranního řetězce, které mají alespoň jeden atom síry (krátká verze: n.t sc h S)
  • H propojení O - vyberte všechny vodíky vázané na atomy kyslíku (krátká verze: Ahoj)
  • C nebo H - vyberte atomy, které jsou uhlíky nebo vodíky

Funkce

Společnost SAMSON je vyvinuta v C ++ a implementuje mnoho funkcí pro usnadnění vývoje SAMSON Elements, včetně:

  • Spravovaná paměť
  • Signály a sloty
  • Serializace
  • Víceúrovňové undo-redo
  • Introspekce
  • Odkazování
  • Systém jednotek
  • Funktory a predikátová logika
  • Generátory zdrojového kódu SAMSON Element

SAMSON Connect

SAMSON, SAMSON Elements a softwarová vývojová sada SAMSON jsou distribuovány prostřednictvím webových stránek SAMSON Connect.[3] Web funguje jako úložiště pro SAMSON Elements, které nahrávají vývojáři, a uživatelé SAMSON si vybírají a přidávají Elements z SAMSON Connect.

Viz také

Reference

  1. ^ "Podmínky použití". SAMSON Connect. Citováno 2020-05-30.
  2. ^ NANO-D - INRIA
  3. ^ A b SAMSON Connect
  4. ^ Je k dispozici SAMSON 0.7.0 - Macy v chemii
  5. ^ RDKit v SAMSON - Macy v chemii
  6. ^ Vaucher, Alain C .; Reiher, Markus (2016). „Molekulární sklon jako hybná síla studií explorativní reaktivity“. Journal of Chemical Information and Modeling. 56 (8): 1470–1478. arXiv:1604.06748. doi:10.1021 / acs.jcim.6b00264. PMID  27447367. S2CID  3549945.
  7. ^ Vaucher, Alain C .; Reiher, Markus (2017). "Řízení orbitální optimalizace z lokálních minim a sedlových bodů směrem k nižší energii". Journal of Chemical Theory and Computation. 13 (3): 1219–1228. arXiv:1701.00128. doi:10.1021 / acs.jctc.7b00011. PMID  28207264. S2CID  4406796.
  8. ^ Miao, Haichao; De Llano, Elisa; Sorger, Johannes; Ahmadi, Yasaman; Kekic, Tadija; Isenberg, Tobias; Gröller, M. Eduard; Barišić, Ivan; Viola, Ivan (2017). „Multiscale Visualization and Scale-Adaptive Modification of DNA Nanostructures“ (PDF). Transakce IEEE na vizualizaci a počítačové grafice. 24 (1): 1014–1024. doi:10.1109 / TVCG.2017.2743981. PMID  28866510. S2CID  9479885.
  9. ^ Artemova, Svetlana; Redon, Stephane (2012). „Adaptivně omezené simulace částic“. Dopisy o fyzické kontrole. 109 (19): 190201:1–5. Bibcode:2012PhRvL.109s0201A. doi:10.1103 / PhysRevLett.109.190201. PMID  23215362.
  10. ^ Bosson, Mael; Grudinin, Sergej; Bouju, Xavier; Redon, Stephane (2012). "Interaktivní fyzikální modelování struktur uhlovodíkových systémů". Journal of Computational Physics. 231 (6): 2581–2598. Bibcode:2012JCoPh.231.2581B. CiteSeerX  10.1.1.592.5537. doi:10.1016 / j.jcp.2011.12.006.
  11. ^ Bosson, Mael; Grudinin, Sergej; Redon, Stephane (2013). „Block-Adaptive Quantum Mechanics: an Adaptive Divide-and-Conquer Approach to Interactive Quantum Chemistry“. Journal of Computational Chemistry. 34 (6): 492–504. doi:10.1002 / jcc.23157. PMID  23108532. S2CID  2298570.