TeraChem - TeraChem

TeraChem
VývojářiPetaChem
První vydáníKvěten 2010; před 10ti lety (2010-05)
Stabilní uvolnění
1.93P / 16. srpna 2017; před 3 lety (2017-08-16)
NapsánoC, CUDA
Operační systémLinux
Plošinax86-64, Nvidia GPU
TypMolekulární modelování
LicenceProprietární komerční software
webová stránkapetachem.com

TeraChem je první výpočetní chemie software program napsaný úplně od nuly, aby mohl těžit z nových streamovacích procesorů, jako je jednotky grafického zpracování (GPU). Výpočtové algoritmy byly zcela přepracovány tak, aby využívaly masivního paralelismu CUDA - povoleno Nvidia GPU. Původní vývoj začal na University of Illinois v Urbana-Champaign.Vzhledem k velkému potenciálu vyvinuté technologie byl tento software s akcelerací GPU následně komercializován. Nyní je distribuován společností PetaChem, LLC se sídlem v Silicon Valley.[1] Softwarový balíček je v aktivním vývoji a často jsou vydávány nové funkce.

Základní funkce

Velmi rychle ab initio molekulární dynamika a hustota funkční teorie (DFT) metody pro nanoměřítku biomolekulární systémy se stovkami atomů jsou pravděpodobně nejatraktivnějšími rysy TeraChemu. Jeho afinita k extrémnímu výkonu je také ilustrována heslem TeraChem „Chemistry at the Speed ​​of Graphics“.[2] Všechny použité metody jsou založeny na Gaussovy orbitaly, volba pro zlepšení výkonu na omezených výpočetních kapacitách moderních počítačový hardware Podrobnější seznam funkcí naleznete na webových stránkách společnosti nebo v uživatelské příručce.[3]

Tiskové zpravodajství

  • Chemické a technické novinky (C&EN) časopis časopisu Americká chemická společnost poprvé zmínil vývoj TeraChem v jednom ze svých vydání z podzimu 2008. Poté byla akcelerace pomocí GPU na úrovni velmi extravagantní vědy.[4]
  • V poslední době má časopis C&EN titulní článek molekulární modelování na GPU a TeraChem.[5]
  • Podle nedávného příspěvku na Nvidia blog, TeraChem byl testován, aby poskytoval 8–50krát lepší výkon než systém General Atomic and Molecular Structure System (GAMESS ). V tomto měřítku byl TeraChem proveden na plocha počítače stroj se čtyřmi (4) GPU Tesla a GAMESS běžel na clusteru 256 čtyřjádrových procesorů.[6]
  • TeraChem je k dispozici zdarma prostřednictvím testovací jízdy GPU.

Média

Tento software je uveden v sérii klipů na jeho vlastním kanálu YouTube pod uživatelem „GPUChem“.

  • Vydání TeraChem v1.5 odkaz
  • Nové druhy vědy povoleny: ab initio dynamika přenosu protonů odkaz
  • Režim Discovery: reakce v nanokaviditách odkaz
  • Výkon TeraChem na 4 GPU: video

Hlavní historie vydání

2017

  • TeraChem verze 1.93P
Podpora GPU Maxwell a Pascal (např. Titan X-Pascal, P100)
Použití více základních sad pro různé prvky $ multibasis
Využití metod polarizovatelného kontinua pro základní a excitované stavy

2016

  • TeraChem verze 1.9
Podpora karet Maxwell (např. GTX980, TitanX)
Efektivní hlavní potenciály (a přechody)
Časově závislá funkční teorie hustoty
Modely solvatace kontinua (COSMO)

2012

  • TeraChem verze 1.5
Plná podpora polarizační funkce: energie, přechody, ab initio dynamika a DFT funkcionály korigované na rozsah (CAMB3LYP, wPBE, wB97x)

2011

  • TeraChem verze 1.5a (před vydáním)
Alfa verze s plnou podporou funkcí d: energie, přechody, dynamika ab initio
  • TeraChem verze 1.43b-1.45b
Beta verze s polarizační funkce pro výpočet energie (úrovně HF / DFT) a další vylepšení.
  • TeraChem verze 1.42
Tato verze byla poprvé nasazena v Národní centrum pro superpočítačové aplikace „(NCSA) Lincoln superpočítač pro Národní vědecká nadace (NSF) TeraGrid uživatelé podle oznámení v Tisková zpráva NCSA.

2010

  • TeraChem verze 1.0
  • TeraChem verze 1.0b
Úplně první iniciála beta verze byl údajně stažen více než 4 000krát.

Seznam publikací

Ufimtsev, N. Luehr a T. J. Martinez, Journal of Physical Chemistry Letters, sv. 2, 1789-1793 (2011)

C. M. Isborn, N. Luehr, I. S. Ufimtsev a T. J. Martinez Journal of Chemical Theory and Computation, sv. 7, 1814-1823 (2011)

N. Luehr, I. S. Ufimtsev a T. J. Martinez, Journal of Chemical Theory and Computation, sv. 7, 949-954 (2011)

Ufimtsev a T. J. Martinez Journal of Chemical Theory and Computation, sv. 5, 2619-2628 (2009)

Ufimtsev a T. J. Martinez Journal of Chemical Theory and Computation, sv. 5, 1004-1015 (2009)

Ufimtsev a T. J. Martinez Journal of Chemical Theory and Computation, sv. 4, 222-231 (2008)

Ufimtsev a T. J. Martinez Computing in Science and Engineering, sv. 10, 26-34 (2008)

Nirupam Aich, Joseph R V Flora a Navid B SalehNanotechnology, sv. 23, 055705 (2012)

Kregg D. Quarles, Cherno B. Kah, Rosi N. Gunasinghe, Ryza N. Musin a Xiao-Qian WangJournal of Chemical Theory Computation, sv. 7. 2017–2020 (2011)

M. P. Andersson a S. L. S. Stipp, Journal of Physical Chemistry C, sv. 115, 10044–10055 (2011)

Rosi N.Gunasinghe, Cherno B.Kah, Kregg D. Quarles a Xiao-Qian WangApplied Physics Letters 98, 261906 (2011)

Xiao-Qian Wang Fyzická recenze B 82, 153409 (2010)

Andrzej Eilmes Přednášky v informatice, 7136/2012, 276-284 (2012)

Ruben Santamaria, Juan-Antonio Mondragon-Sanchez a Xim Bokhimi J. Phys. Chem. A, ASAP (2012)

Viz také

Reference

  1. ^ http://www.petachem.com/
  2. ^ Výkon TeraChem
  3. ^ uživatelská příručka
  4. ^ http://pubs.acs.org/isubscribe/journals/cen/86/i38/html/8638sci5.html
  5. ^ http://pubs.acs.org/isubscribe/journals/cen/88/i44/html/8844sci1.html
  6. ^ Svět je paralelní